비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위해 신축한 건물을 부동산임대용으로 전환한 경우 「부가가치세법」 제17조 제6항의 매입세액 공제대상으로 보아 경정 청구한 환급신청은 정당함(인용)

○○○세무서장이 2011.01.02. 청구법인에게 한 ○○○○년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 ○○○○.1.11. 한센병환자의 보호 및 치료를 목적으로 설립인가를 받은 비영리재단법인으로, 한센인들의 주거를 위하여 ○○시 ○구 ○○동 ○○-○○○ 외 2필지 상에 지하1층. 지상6층의 기숙사 건물○,○○○㎡ (이하“쟁점건물”이라한다.)를 2008년 1월 준공하였으나, 인근 주민들의 민원제기로 당초 계획대로 사용할 수 없게 되자, 쟁점건물을 병원으로 개조하여 ○○○○.○○.○○일부터 임대사업에 공한 후, 당초 신축관련 매입세액공제를 받지 아니한 ○○○,○○○천원(이하 “쟁점매입세액”이라한다.)에 대하여 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용으로의 전환이라 하여 ○○○○년 제2기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 2010.10.12. 경정청구 하였다.
• 나. 처분청은 비영리법인이 고유목적사업을 위하여 쟁점건물을 신축한 후 관련 매입세액을 공제 받지 아니하고 사정변경으로 부동산 임대용으로 전환한 경우에는 부가가치세법 제17조 제6항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에 따른 매입세액 공제에 해당하지 아니한다 하여 2011.01.02.청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.03.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 한센병환자의 치료 및 보호를 목적으로 설립된 비영리재단법인으로 재원마련을 위해 부동산임대업과 의료사업을 수익사업으로 영위하고 있고, 부가가치세법 제17조 제6항에 취득당시 감가상각자산이 면세사업에 사용되는 경우 불공제된 매입세액은 동 자산을 과세사업용으로 전환하는 경우 일부를 매입세액으로 공제할 수 있도록 규정되어 있으며, 청구법인이 영위하는 고유목적사업은 사회복지사업과 의료사업 등으로 부가가치세법 시행규칙 제11조 의 5 제1항에 따라 면세사업에 해당하는바, 쟁점건물은 한센병환자들에게 무상으로 진료를 해주고 생활공간을 제공하는 사업의 일환으로 건축된 건물로써 면세사업에 사용하기 위하여 건축한 건물이며, 이를 과세사업인 부동산 임대업으로 전용하였으므로 부가가치세법제17조 제6항에 따라 관련 세액을 매입세액 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 한센병환자의 보호 및 치료를 목적으로 설립된 비영리법인으로 쟁점건물을 한센병환자들에게 대하여 사용대가를 받지 않는 순수한 고유목적사업용으로 사용할 예정이었는바, 비영리법인이 과세사업이나 면세사업에 해당하지 아니하는 고유목적사업을 위하여 건물을 신축하고 관련 매입세액을 공제받지 아니하였으나 사정변경으로 해당건물을 부동산 임대용으로 전환한 경우 해당 건물의 신축관련 매입세액은 부가가치세법제17조 제6항에 따라 공제되는 매입세액에 해당하지 아니하며, 쟁점건물을 면세사업과 관련된 신축건물의 취득으로 볼 경우에도 청구법인이 ‘제○○회 이사회회의록 사본’ 과 같이 쟁점건물을 주거용인 기숙사임대에 사용하였으므로 이는 부가가치세법 제12조 제1항 제11호 의 주택임대업으로 면세에 해당하므로 매입세액 공제대상에서 제외되므로 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위해 신축한 쟁점건물을 임대한 경우 부가가치세법제17조 제6항의 매입세액 공제대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하“사업자”라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인 ․ 법인(국가․ 지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단․재단․ 기타단체를 포함한다. 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것

16. 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제2조【용역의 범위】① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.

6. 부동산업 및 임대업. 다만, 전 ․ 답 ․ 과수원 ․ 목장용지 ․ 임야 또는 염전 임대업을 제외한다.

제63조【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액×(1 - 5/100 × 경과된 과세기간의 수)

⑤ 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용ㆍ소비하는 때에는 동 과세사업에 사용ㆍ소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 과세사업전환 감가상각자산신고서 에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제34조 【주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역의 범위】① 법 제12조 제1항 제12호에 규정하는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우를 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 "주택"이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대를 말하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다. 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】 법 제12조 제1항제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업 을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 (3) 부가가치세법 시행규칙 제11조의5【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】

① 영 제37조제1호 에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

(4) 상속세 법 증여세법 제12조 【공익법인의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(“이하 공익법인등”이라 한다)를 말한다.

3. 사회복지사업법 의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

(5) 사회복지사업법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "사회복지사업"이란 다음 각 목의 법률에 따른 보호·선도(선도) 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담, 노숙인 등 보호, 직업지원, 무료 숙박, 지역사회복지, 의료복지, 재가복지(재가복지), 사회복지관 운영, 정신질환자 및 한센병력자의 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 한센병환자 구료, 선교 등을 위해 ○○○○년 설립되어 ○○○○.○.○○. 보건사회부장관으로부터 재단설립허가(재단법인 ○○)를 받은 비영리 재단법인으로, 법인정관 및 법인등기부등본을 보면 설립목적은 나병환자의 영육을 구원하기 위하여 그들에게 복음전도, 교육, 구료사업을 영위하여 이에 필요한 자산을 소유관리 및 공급하고, 이를 위해 의료기관 및 기타시설을 유지․경영하며, 이에 부수되는 사업을 영위하는 것으로 되어있고, 성격 및 사업자등록내역은 아래와 같다. (가) 청구법인의 소관업무 질의에 대한 보건사회부장관의 회신(보건사회부 방익 ○○-○○, ○○○○.○○.○○)을 보면, 청구법인은 사회복지사업법에 의하여 설립된 법인으로 간주하고 있어 사회복지사업법을 적용하여야 하는 것으로 되어있고, ○○○시장의 청구법인에 대한 임시이사 선임결과 통보 (보건○○-○○, ○○○○.○○.○○)를 보면, 청구법인이 이사결원으로 이사회를 구성치 못하여 운영에 어려움을 겪고 있음에 따라 ○○○시에서 예장총회 등의 추천을 받아 사회복지사업법제20조(임원의 보충)의 규정에 의거 임시이사를 선임하였음을 통보하는 내용으로 되어 있으며, 사회복지사업법 제2조 제1호 를 보면, 사회복지사업이란 다음 각 목의 법률에 따른 보호·선도(선도) 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담, 노숙인 등 보호, 직업지원, 무료 숙박, 지역사회복지, 의료복지, 재가복지(재가복지), 사회복지관 운영, 정신질환자 및 한센병력자의 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말하는 것으로 규정되어 있는바, 정관, 운영현황, 관련법령, 관계기관의 공문 등에 의하면, 청구법인의 성격은 사회복지법인으로 보인다. (나)국세청 전산망 등에 의하면, 청구법인 소재지는 ○○○ ○○ ○○○ ○○으로 ○○○○.○○.○○. 개업하여 ○○○○년도에 부동산/임대업을 추가(수익사업)하였고, 업종은 보건의료업/구료사업, 피부과 및 부동산/임대이며, 사업자등록번호는 ○○○-○○-○○○○○로 나타난다. (2)건축물대장을 보면, 쟁점건물은 ○○○ ○○ ○○○ ○○외2필지 대지 ○○○㎡, 지하1층, 지상 6층 건물(연면적 ○,○○○㎡)로서 주 용도는 의료시설이며, 사용승인일은 ○○○○.○○.○○.이고, ○○○○.○○.○○. 1층 공동주택(기숙사) ○○○㎡를 의료시설(병원) ○○○㎡와 제1종근린시설(소매점) ○○㎡로 2층, 공동주택(기숙사) ○○○㎡를 의료시설(병원)로, 공동주택(기숙사) ○○○㎡를 의료시설(병원)로 용도변경 한 것으로 나타난다. (3)제출된 심리자료에 의하면, 청구법인은 시설노후화 등으로 ○○○○년 기숙사와 병원 신축공사를 시작하여 기숙사는 ○○○○년 ○월 준공하고, 병원은 ○○○○년 ○월 완성하였으나, 인근 주민의 항의와 민원제기로 나병환자 기숙사로 사용할 수 없게되자 기숙사 건물을 병원으로 개조하여 임대하였는바, 부동산임대차계약서 및 계정별 원장을 보면, ○○○○년 ○월 ○일 쟁점건물을 노○○에게 보증금○○○백만원, 선불월차임○○백만원에 임대하는 계약을 맺고 보증금 등을 일부 수령하였다가 ○○○○년 ○월 ○일 반환하고, ○○○○년 ○월 ○일 김○○(○○○병원 원장)에게 보증금 ○○○백만원, 선불월차임○○백만원에 임대한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인의 2005년부터 2008년까지 쟁점건물 신축에 따른 매입세금계산서의 공급가액은 ○,○○○백만원으로 매입세액 ○○○백만원에 대하여 매입세액공제를 받지 아니한 것으로 심리자료에 나타난다.

(5) 이 건 관련규정인 부가가치세법 제17조 제6항 의 신설 취지분부터 적용대상에 해당한다(개정세법해설참조).

(6) 관련 법령 및 위 사실관계를 종합하면, 처분청은 비영리법인이 고유목적사업을 위하여 신축하고 관련매입세액을 공제받지 아니한 건물을 부동산 임대용으로 전환한 경우 신축 관련 매입세액 공제대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 청구법인의 정관, 운영현황, 관련법령, 관계기관의 공문 등을 보면, 청구법인은 사회복지법인에 해당하는 것으로 보이고, 그 고유목적사업(한센병환자의 보호 및 치료 등)은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 제3호의 사회복지사업법에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업 또는 부가가치세법 시행령 제11조 의 5 제1항에 규정된 사회복지 등 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 비영리법인이 제공하는 용역으로서 부가가치세 면세대상으로 보이는 바, 쟁점매입세액은 당초 면세사업인 고유목적사업에 사용하기위해 신축하였던 감가상각자산인 쟁점건물을 과세사업인 부동산 임대업에 사용하는 경우로서 부가가치세법제17조 제6항 및 같은 법시행령 제63조 제1항의 규정에 의한 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액에 해당된다 할 것이다. 따라서, 처분청이 비영리법인의 고유목적사업을 위하여 쟁점건물을 신축한 후 관련 매입세액을 공제받지 아니하고 사정변경으로 부동산임대용으로 전환한 경우에는 매입세액 공제대상이 아니라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.