농민이 아닌 자에게 영의세율을 적용하여 세금계산서를 교부한 경우 추징대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009.5.21. 사료제조 등을 영위할 목적으로 설립한 법인으로, 법인의 출자금과 경상북도 OOO의 보조금으로 경상북도 OOO OOO OOO OO의 토지상에 사료제조공장을 신축 중에 있으며, 사료제조공장 신축과 관련하여 2010년 제1기 부가가치세 과세표준 확정신고시 부가가치세 33,660,360원의 조기환급 신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 부당환급신청을 한 혐의가 있다고 보아 조사를 실시한 뒤, 청구법인이 조기환급을 신청한 매입세액 중 토지관련 매입세액 19,812천원을 매입세액 불공제하고, (주)OO와 사료배합기 등의 공급계약을 체결하고 (주)OO로부터 영세율 매입세금계산서 2매(공급가액 600,000천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으나 쟁점세금계산서 중 공급가액 21,750천원은 선발행된 것으로서 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보아 이를 부인하고, 나머지 공급가액 578,250천원에 대하여도 청구법인은 농업에 종사하지 않고 조합원과 준조합원 등 경주지역 인근의 영농인들에게 판매할 목적으로 사료를 제조업을 영위하고 있으므로조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호의 영세율 적용대상 농민에 해당되지 아니한다고 보아 같은 조 제2항의 규정에 의하여 청구법인에게 직접 매출세액을 부과하여 2010.11.11. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 51,740,940원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 동물사료 제조업을 영위하는 법인으로 공장부지 및 공장설비를 전액 국고지원으로 신축하고 있으며, 사료제조시설을 신축하는 과정에서 (주)OO와 설비공급계약을 체결하고 당해 법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하였는바, (주)OO는 청구법인의 명칭이 영농조합법인이므로 영세율 적용대상에 해당하는 것으로 오인하여 영세율을 적용한 쟁점세금계산서를 교부하였던 것으로서 조특법 제105조 제2항은 최종 소비자가 부가가치세를 절감할 목적으로 부정하게 영세율을 적용하는 경우에만 공급받는 자에게 부가가치세를 징수할 수 있도록 규정하고 있으나, 청구법인은 제조설비를 취득하는 과정에서 정당한 세금계산서를 수취하여 이를 환급받을 수 있는 상황으로서 영세율을 적용하여 부가가치세를 절감할 하등의 이유가 없다 할 것이고, 부가가치세는 거래세로서 과세물품의 공급자가 거래징수하여 납부하는 방법을 취하고 있어 (주)OO가 청구법인에게 제조설비를 공급하면서 청구법인으로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하였어야 할 것이므로 이를 거래징수하지 아니한 경우 (주)OO에게 이를 부과하여야 할 것인데도, 처분청이 착오로 영세율을 적용한 것에 대하여 최종 소비자도 아니고 부정하게 영세율을 적용받을 의사가 없었던 청구법인에게 조특법 제105조 제2항의 규정을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 (주)OO가 잘못된 법해석으로 영세율을 적용하여 쟁점세금계산서를 발행한 것이며, 조특법 제105조 제2항은 부정하게 부가가치세 영세율을 적용하는 경우에만 공급받는 자에게 부가가치세 및 가산세를 징수할 수 있는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 제105조 제2항에서 부정하게 부가가치세 영세율을 적용하는 경우에만 이를 적용할 수 있다고 규정하고 있지 아니하며, 농민에 해당하지 아니하는 자가 축산업용 기자재 등을 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받는 경우에는 그 축산업용 기자재 등을 공급받는 자로부터 부가가치세 및 가산세를 추징하도록 규정하고 있으며, 이는 부정하게 영세율을 적용하여 공급자가 거래징수를 하지 아니한 경우 부가가치세를 부담하지 아니한 공급받는 자에게 직접 추징하도록 규정한 것이며, 당해 조문상 “부정하게”라는 의미는 농민에 해당하지 아니하는 자가 영의 세율을 적용하여 공급받은 행위 자체가 부정하게 영의 세율을 적용받은 것으로 보아야 할 것이고, 청구법인은 (주)OO가 청구법인의 사업자등록증을 제대로 확인하지 아니하고 영세율의 적용한 쟁점세금계산서를 발행하였고, 최종 소비자가 아니고 거래징수를 하지 아니한 것에 대하여 아무런 잘못이 없는 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 것이 부당하다고 주장하나, 청구법인의 사업자등록증에 업종이 제조/사료업으로 기재되어 있으며, (주)OO가 재화의 공급계약 및 세금계산서 발행시 청구법인의 업종을 제조/사료업으로 기재하였는바 (주)OO가 착오로 영세율을 적용하였다는 주장은 신빙성이 없다 하겠고, 청구법인이 축산업이 아닌 사료업을 영위하고 있는데도 공급계약을 체결한 당시 영세율을 적용한 공급계약서를 작성하고 영세율을 적용한 쟁점세금계산서를 교부받은 것이므로 조특법 제105조 제2항에 의하여 공급받는 자인 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 영세율세금계산서를 교부받은 것에 대하여 거래상대방이 착오로 잘못 발행한 것이므로 거래상대방에게 부가가치세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의 2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가.비료관리법에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것 나.농약관리법에 따른 농약으로서 대통령령으로 정하는 것

• 다. 농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용 기계로서 대통령령으로 정하는 것
• 라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것
• 마. 사료관리법에 따른 사료(부가가치세법제12조에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

② 관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용 기자재등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다. 제105조의2【농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례】① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 “관할 세무서장”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농어민(이하 이 조에서 “농어민”이라 한다)이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제3조 제4항 에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.

1. 제3항에 따른 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는 환급대행자의 사업장 관할 세무서장

2. 제1호 외의 경우에는 해당 농어민의 사업장 관할 세무서장

② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민이 세금계산서의 발급을 요구하면 부가가치세법 제32조 에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다.

• 나. 조세특례제한법 시행령 제2조 【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】①조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 “한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류”라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민" 이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

1. 개인(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만해당한다.

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제3호 및 제5호의 규정에 의한 법인은 국세청장이 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장이 교부하는 확인서를 법 제105조 제1항 제5호 마목 및 이 영 제3조의 규정에 의한 기자재 구매시에 공급자에게 제시하여야 한다. 이 경우 당해 확인서의 유효기간은 이를 교부받은 날부터 1년간으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인의 2010년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 조기환급신청에 대하여 조사를 실시한 뒤 작성한 조사보고서에는 관련 조사내용이 아래와 같이 기재되어 있다. (가) 청구법인은 경상북도 OOO에 소재한 영농인 180명이 1인당 10백만원을 출자(OOO의 보조금 2,420백만원)하여 국산사료를 자체 제조하여 OOO 일원의 영농인들에게 공급할 목적으로 설립한 법인으로 현재 경상북도 OOO OOO OOO O O의 토지상에 공장건물을 신축중에 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 2010년 제1기 부가가치세 신고현황은 아래〈표1〉과 같다. OOOO OOOOO OOO OOOOO OOOO(OO O OO) (다) 토지관련 매입세액에 대하여 (주)OOOO로부터 2010년 제1기에 수취한 세금계산서 2매 215,006천원 중 토지관련 매입세액 179,065천원을 불공제하고, OOOOO(주)로부터 수취한 세금계산서 2매 공급가액 19,060천원도 토지관련 매입세액으로 이를 불공제한다. (라) 청구법인은 영농조합법인으로 설립하였으나 실제 사업내용을 확인한바, 조합원 및 준조합원 등 영농인들에게 판매목적으로 사료제조업을 영위하는 제조업자이므로 조특법 제105조 제1항 제5호의 영세율 적용대상 농어민의 범위에 해당되지 않는 것으로 확인된다. (마) (주)OO와 사료배합기 등 총 1,927백만원의 공급계약을 체결하였으며, 계약내용은 아래〈표2〉와 같다. OOOO(O)OOOO OOOOO O OOOOOO(OO O OO) (바) (주)OO로부터 2010.6.30. 수취한 영세율 세금계산서 2매(공급가액 600,000천원)는 2010.6.18. 지급한 선급금 578,250천원에 대하 발행한 세금계산서로 거래처 (주)OO에서 청구법인이 영농조합법인으로서 영세율 적용대상 농민에 해당하는 것으로 판단하여 영세율 세금계산서를 발행하였으며, 청구법인도 영세율 세금계산서를 수취하여 영세율 매입신고를 하였으나, 청구법인은 영세율 적용대상 영농조합법인이 아니므로 선발행된 영세율 세금계산서상 공급가액 600,000천원 중 선급금으로 지급한 578,250천원은 조특법 제105조 제2항의 규정에 의거 청구법인에게 부가가치세 및 가산세를 추징하고, 과다발행된 21,750천원은 공급시기 미도래로 거래처 관할세무서에 자료통보하고자 한다.

(2) 청구법인의 대표자 전OO는 2010년 8월에 청구법인이 ‘사료 제조업’을 영위하는 법인(과세사업자)으로 영세율 적용대상이 되는 농민이 아니라는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 (주)OO로부터 수취한 쟁점세금계산서 2매의 기재내용을 보면, 발행일이 2010.6.30.이고, 공급품목은 OOOOO(OOOOOO)O OOO(OOO)배합기이며, 공급가액은 각각 480백만원과 120백만원으로, 청구법인의 업태와 종목은 ‘제조업/동물사료’라고 각각 기재되어 있다.

(4) (주)OOO OOOO OOO는 2010.12.28. 청구법인의 정관과 사업자등록증을 지참하여 포항세무서에 세무상담을 한 결과 청구법인은 농민에 해당하여 영세율 적용대상 사업자로 판단된다는 담당조사관의 구두확인을 받고 쟁점세금계산서를 발행하였다는 내용의 사실확인서를 작성하였다.

(5) 경주세무서장이 2009.5.27. 발행한 청구법인의 사업자등록증에는 업태와 종목이 ‘제조업/동물사료’로 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실에 기초하여 청구법인은 거래상대방인 (주)OO가 청구법인이 영세율적용대상자가 아님에도 착오로 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 거래징수하지 아니한 것인데도 청구법인에게 부가가치세를 추징하는 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조특법 제105조 제2항에서 농민에 해당하지 아니하는 자가 축산업용 기자재 및 사료를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 이와 같이 조특법 제105조 제1항에서 농업용 기자재 등에 대하여 세부담을 면제하기 위하여 영세율을 적용하도록 규정하면서, 같은 조 제2항에서 부당하게 영세율 적용하여 공급받은 경우에 공급받는 자에게 직접 가산세를 가산하여 탈루된 매입세액을 추징하도록 규정하고 있는 것은 사전에 부가가치세 영세율을 적용하여 부가가치세를 부담하지 아니하도록 하되 이를 부정하게 사용하는 경우 거래징수의 방법이 아니라 직접적으로 당해 매출세액을 부담할 공급받는 자에게 이를 부과하여 부가가치세의 탈루를 예방하기 위한 조치라고 할 것으로서, 청구법인의 경우 영세율 적용대상이 되는 농민 등에 해당하지 아니하는 사실에는 청구법인과 처분청이 다툼이 없으므로 청구법인이 영세율을 적용한 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 잘못이하겠으며, 거래상대방이 잘못 교부한 세금계산서라면 이에 대하여 수정세금계산서를 교부받았어야 함에도 이에 대한 아무런 조치를 취하지 아니하였고, 이와 같이 일반세금계산서를 교부받아야 함에도 영세율을 적용한 쟁점세금계산서를 교부받는 이상 일반 세금계산서를 교부받아 이를 매입세액으로 공제하는 것과 경제적 실질에 있어서 차이가 없다 하더라도 청구법인은 조특법 제105조 제2항의 적용대상에 해당된다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서와 관련한 매출세액을 청구법인에게 직접 부과하기 위하여 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.