재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우나 재화 또는 용역의 공급에 대한 직접적인 대가로 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임
재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우나 재화 또는 용역의 공급에 대한 직접적인 대가로 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임
심판청구를 기각한다.
(1) 정부에서 추진 중인 모든 연구개발과제 등은 어느 기관이 혼자 독립적으로 사업을 수행할 수 없어서 산학연(産學硏)간의 협업의 중요성이 크게 부각되면서 과제의 주관기관과 참여기관 내지는 협력업체 등으로 업무영역이 분할되어 있고 각자는 정부가 승인한 사업계획에 따라 각자의 업무를 수행하고 그 수행역할에 따서 국가보조금이 책정되고 있는 형편이고, 단지 업무효율성 차원에서 누군가 대표로 정부와 계약을 체결하고 그 주계약자(주관기관이 되며 이 건의 경우는 ○○○연구소)가 다른 참여기관들(청구법인 등)과 계약을 하는 형태를 취하고 있지만 실질적으로는 모든 참여기관들이 정부와 계약을 하는 것과 예산이나 직무에서 하등의 차이가 있을 수 없는 바, 참여자들은 산학연협업체계 및 각각의 역할에 따라서 예산을 배정받아 정부 공공프로젝트를 공동으로 수행하고 각자가 수행한 결과에 따라서 정부로부터 평가를 받는 것일 뿐이다. 이 건의 경우에도 사업계획 및 협약단계에서 주관기관인 ○○○연구소뿐만 아니라 참여기관인 청구법인도 역할과 임무가 있었고 청구법인이 ○○○연구소와 맺은 협약의 내용을 보면 ○○○연구소가 지식경제부의 위임에 따른 전담기관인 한국산업기술진흥원(이하 “진흥원”이라 한다)과 맺은 협약서와 동일한 내용과 형식으로 되어 있으므로 위 협약서에 따라 청구법인과 ○○○연구소가 계약의 당사자로 독립적인 계약을 체결하였다는 것은 연구개발 과제의 계약체계를 오해한 것인 바, 청구법인의 사업계약서도 진흥원의 승인 및 심사를 거쳐서 승인된 것이고 ○○○연구소는 단지 위 업무추진을 위해서 위임된 범위 내에서 청구법인과 협약서를 체결한 것이다. 따라서, 청구법인은 지역간 균형발전을 위한 정부정책의 일환으로 ○○○에 대한 광고를 사업계약에 따라 수행한 것일 뿐 ○○○연구소를 위하여 어떠한 용역을 제공한 사실이 없다. 또한, 처분청에서는 청구법인이 관련한 매입세액을 공제받은 사실을 지적하나, 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액 불공제항목(사업관련성이 없거나, 면세사업과 관련된 재화의 매입세액 등) 어느 곳에도 해당하지 아니하기 때문에 당연히 매입세액공제는 되어야 할 것이며, 아울러, 주관기관이나 참여기관 모두 국가정책과제를 동일하게 수행하는 위치에 있고, 국가보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것은 그 수령자에게 전액이 지급되도록 하는 것에 취지가 있으므로, 만약 청구법인과 같은 참여기업에게 부가가치세를 과세할 경우 그 배정된 예산의 110분의 10은 사용할 수 없게 되는 문제가 발생하게 된다.
○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】
② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액
5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】
⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 기재내용을 종합하면 다음의 사실이 인정된다. (가) 지식경제부는 지역연고자원의 고부가가치화를 위하여 2004년부터 지역연고산업 육성사업을 시행해 오고 있고 진흥원이 그 전담기관을 맡으면서 매년 과제를 선정하여 국비를 지원하고 있는데, 청구법인은 동 사업 지원과제 중 하나인 ○○○ 활성화사업에 참여하고 있으며, 동 사업 참여자 및 역할은 다음 <표2>와 같은 바,
○○○ (나) 청구법인은 동 사업에 홍보, 마케팅지원 업무를 수행하고 소요된 비용상당액을 주관기관인 ○○○연구소로부터 국고보조금을 재원으로 한 쟁점보조금으로 지급받았는데, 청구법인이 쟁점보조금을 수령하게 되는 체계는 다음 <표3>과 같다.
○○○
(2) 처분청이 제출한 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 종결복명서(2010.5.24.)를 보면, 처분청은 청구법인이 명품○○○ 활성화사업과 관련하여 ○○○연구소에 기업 및 제품홍보, 브랜드이미지 제고, 시장조사 등의 광고용역을 공급하고 ○○○연구소로부터 국고보조금을 재원으로 한 광고용역대금을 수령하였으므로 ○○○연구소에 공급가액 260,426천원의 광고용역을 제공하고 신고누락한 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는데, 청구법인은 쟁점보조금 수령을 위한 광고활동을 수행하는 과정에서 수취한 매입세금계산서의 매입세액(28,646천원)공제를 받았던 것으로 나타난다.
(3) 이에 대하여 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다. (가) 지역연고산업 육성사업을 전담하고 있는 진흥원의 홈페지이 자료에 의하면 진흥원은 기업, 대학, 연구소 등 지역혁신역량을 보유하고 기업지원이 가능한 기관이 주관이 되어 3개 이상의 참여기관과 함께 구성하는 사업단(이에 따라 동 사업단은 산·학·연·관 및 기업지원기관 등 지역발전 선도 주체들이 공동 참여하게 된다)이 추진하는 지역특화 지연(地緣)산업과 향토산업 등 지역의 경제발전과 자립화를 위한 사업에 대하여 국비, 지방비, 민간부담금 대응자금 방식의 출연금을 3년간 30억원 내외를 지원하고 있다. (나) 2009.7.1.~2010.6.30.(전체 3년의 사업연도 중 2차연도) 중 명품○○○ 활성화사업이 시행된 상황은 다음과 같다.
1. ○○○연구소 이사장이 지식경제부장관에 제출한 ○○○ 활성화사업 사업계획서에는 ○○○연구소가 주관하여 비영리기관인 ○○○ 청구법인을 참여기관으로 하여 ○○○사업단이 구성되어 아래 <표4>와 같이 사업비를 조달하여 사업을 추진하며, 그 중 청구법인은 홍보, 마케팅지원을 담당하는 참여기관으로서 2차년도에 현물 10백만원, 현물 39백만원의 사업비를 조달하는 것으로 되어 있다.
○○○
2. 이후 진흥원장과 ○○○연구소장은 지역연고산업 육성사업 협약서를 제결하였는데 사업명·사업기간·협약기간·사업비 등은 모두 위 1)의 사업계약서 내용과 동일하고, 주요한 내용은 사업목표를 사업계획서상 목표로 하며, ○○○연구소 이사장은 총괄책임자로서 사업을 조정·감독하여 사업계약서에 따라 수행하고, 사업결과 보고 및 이에 따른 보완·시정에 응하며, 관계 자료를 제출하여야 하고, 진흥원장은 ○○○연구소 이사장에게 국비 800백만원을 지급하는 것이다.
3. 그 이후 ○○○연구소장과 청구법인 대표이사는 주관기관과 참여기간관의 협약서를 체결하는데, 사업명·참여기관 수행사업·민간사업비부담·협약기간은 모두 위 사업계획서 및 협약서와 동일하고, 그 주요한 내용은 이 사업목표는 ○○○연구소의 사업계획서상 목표와 동일하며, 청구법인은 사업계획서상 제시된 민간부담 현금(10백만원) 또는 현물(39백만원, 5명)을 출자하며, 실적 보고서를 제출하고, 전 사업과정 ○○○연구소의 요청이 있을 때 사업내용에 관하여 수시로 협의하여야 하며, 지식경제부 및 전담기관 제출자료에 적극적으로 협조하고, ○○○연구소장은 청구법인에게 사업비 200백만원(추가 계약으로 쟁점보조금 상당액이 되었다)을 지급하는 것이다.
4. 진흥원은 이러한 과정을 거쳐서 수행된 ○○○ 활성화사업 2년차 평가결과를 ○○○연구소에 통보(지역발전지원팀-342, 2010.7.6.)하였는데, 이에 의하면 동 사업에 대한 평과결과가 보통이었고, 그 이유는 네트워크 사업 및 기업지원, 마케팅 관련사업 추진 등 정량실적은 전반적으로 양호하나, 사업화 방안에 대한 구체적 전략·○○○의 차별성 강조·체험프로그램운영·창업 및 고용창출 방안·지역 관련사업의 활성화 등이 요구되기 때문이었다.
5. 한편, 2010.7.1.~2011.6.30.(전체 3년의 사업연도 중 3차연도) 중 사업추진 관련 서류를 보면, 위 2)에서 적시한 바 있는 지역연고산업 육성사업 협약서를 진흥원, ○○○연구소만 참여한 2차연도와 달리 참여기관인 ○○○ 청구법인도 참여하는 형식으로 작성되어 있으나, 청구법인의 역할 등 사업내용 등은 전차연도와 커다란 차이가 없다. (다) 쟁점보조금의 성격과 관련하여 진흥원장이 청구법인에 회신한 공문(지역발전지원팀-540, 2010.8.12.) 및 지식경제부장관의 의견(지역경제총괄과-441, 2011.4.28.)을 종합하면, 정부의 연구개발비는 정책적 차원에서 지급하는 것으로서 어떤 재화나 용역의 대가로 지급하는 것이 아니며 그 과제를 한 개의 기관으로 수행하기 어려운 경우에는 여러 개의 기관이 연합하여 수행하게 되나 동 개발비는 정부가 승인한 사업계획에만 지급되는 것인 바, 청구법인이 참여한 ○○○ 활성화사업의 사업비(국비)도 전담기관(진흥원)이 주관기관(○○○연구소) 및 참여기관과 협약을 체결하고, 협약이 정하는 바에 따라 전담기관이 국비를 주관기관(○○○연구소)에 지급하며, 주관기관은 참여기관이 담당사업의 수행을 위해 소요되는 사업비를 지급하는 것이므로 협약에서 정하는 바에 따라 주관기관(○○○연구소)이 참여기관인 청구법인에 지급한 사업비이므로 용역의 대가가 아니라는 내용이 기재되어 있다.
(4) 살피건대, 청구법인은 쟁점보조금은 지식경제부의 국고보조금 사업인 ○○○ 활성화사업 주체로서 광고용역과 관계없이 지급받은 국고보조금이므로 이를 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 주장이나, (가)부가가치세법제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하도록 규정하고 있는 데, 국고보조금은 국가 또는 지방자치단체가 산업정책이나 사회정책적 견지에서 산업의 육성, 재해복구, 사회공공사업의 조성 등의 목적을 위하여 사업자에게 교부하는 금액으로 이러한 보조금은 재화 또는 용역을 공급받은 자로부터 직접 영수하는 것이 아닐 뿐만 아니라 당해 보조금에 대한 부가가치세를 국가 또는 지방자치단체가 부담하지 아니하도록 하기 위하여 과세표준에 포함하지 아니하는 것이 그 취지이므로(감심 2000-42, 2000.3.21., 같은 뜻), 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받는 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는 것이며(대법원 2001.10.9. 선고 2003두369 등 다수 같은 뜻), 이 경우에도 수령한 국고보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하여야 할 것인 바, 직접 교부받는 것이 아니라 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우나 재화 또는 용역의 공급에 대한 직접적인 대가로 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것이다. (나) 청구법인이 쟁점보조금을 지급받게 된 경위를 보면, 비록 청구법인이 진흥원에 제출된 사업계획서에서부터 참여기관으로 기재되어 있다고 하더라도 이는 그 실질이 동 사업의 전체사업내용 중 일부분을 담당하는 구성원으로 기재된 것이지 그 사업의 주체가 아닌 것으로 보여지고 이러한 점은 진흥원과 직접적으로 ○○○ 활성화사업 협약을 체결한 ○○○연구소와 참여기관인 청구법인이 다시금 체결한 협약에 따라서 쟁점보조금을 ○○○연구소로부터 지급받았고 청구법인의 실제 사업수행과정에서도 ○○○연구소에 실적보고서를 제출하고, 수시로 업무협의를 하기로 한 사실 등에서도 확인되며, 청구법인이 쟁점보조금을 수령하게 된 것은 청구법인이 ○○○연구소와 체결한 협약에 따라서 청구법인이 제공하게 되어 있는 광고용역에 따른 것이지 그 외 다른 사유가 없으므로 광고용역과 직접적인 대가관계가 있는 것으로 보아야 하며, 나아가 청구법인이 이미 쟁점보조금과 관련한 광고용역에 따른 매입세액을 공제받은 점을 고려한다면 국고보조금에 대하여는 부가가치세를 과세하지 아니하고 관련 매입세액만 공제해 주게 되면 동일한 용역을 공급하는 다른 사업자와는 달리 그 대가를 국고보조금으로 지급받는다는 이유만으로 완전면세 효과가 발생하게 되어 일물이가(1物2價)로 인한 자원배분의 왜곡현상을 초래하게 되어 불합리를 초래하게 되는 바(조심 2009서1690, 2009.10.12., 같은 뜻임), 이러한 사정을 종합적으로 고려할 때 청구법인이 수령한 쟁점보조금은 ○○○ 활성화사업 주체로서 광고용역과 관계없이 지급받은 것으로는 볼 수 없다고 판단된다. (다) 따라서, 처분청에서 청구법인이 쟁점보조금 상당액의 광고용역 매출을 신고누락한 것으로 보아 과세한 처분은 타당한 것으로 보인다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.