조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 아니하면 세액공제 및 감면 배제함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008사업연도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 의한 중소기업 특별세액감면 OOO조특법 제7조의2의 기업어음제도개선을 위한 세액공제 OOO조특법 제10조에 의한 연구인력개발비 세액공제 OOO을 각각 적용하였다.
• 나. 처분청은 감사원의 감사결과 처분지시에 따라 청구법인이 중소기업이 아닌데도 중소기업에 대한 세액감면 등을 적용받은 것으로 보아 2011.8.12. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005.12.27. 법률 제19189호로 개정된 중소기업기본법 시행령 별표 2에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우이므로 동 시행령 부칙 제2조에 따라 2008.12.31.까지 중소기업으로 의제됨에도, 처분청은 관련법령을 착오하여 청구법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 각종 세액공제 및 감면을 배제한 것으로 부당하므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2005.12.27.자 중소기업기본법 시행령별표 2의 개정으로 인하여 중소기업에 해당되지 아니하게 된 것이 아니라, 그 이후에 발생된 요인(직전 사업연도말 대차대조표상 자산총액이 OOO이 지분 49%를 보유하게 됨)에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것으로, 청구법인에게는 2005.12.27. 법률 제19189호로 개정된 중소기업기본법 시행령 부칙 제2조를 적용할 수 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2008사업연도에조특법상 중소기업에 해당되지 아니하게 된 것으로 보아 각종 세액공제 및 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정괴기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 해운법에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(폐기물관리법에 의한 폐기물처리업 및 건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 폐기물관리법 제46조 의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 같다), 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률에 따른 폐수처리업(이하 "폐수처리업"이라 한다), 하수도법에 따른 분뇨수집·운반업 및 개인하수처리시설관리업, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 따른 가축분뇨수집·운반업, 가축분뇨처리업 및 가축분뇨시설관리업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 "영화산업"이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업, 무역거래기반조성에 관한 법률에 의한 무역전시산업, 제6조 제3항의 규정에 따른 직업기술분야 학원, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 및 제6조 제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한

• 다. 1.～2. (생략)

중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. 1.～2. (생략)

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2) 중소기업기본법 시행령(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것) 제3조【중소기업의 범위】 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 기업을 제외한다.

• 가. 상시근로자수가 1천명 이상인 기업
• 나. 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표2] 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련) 적용시기 독립성 기준 2005.3.31.까지 독점규제 및 공정거래에관한 법률 제9조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 2005.4.1.부터 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식(괄호안생략)총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업(이하 “중소기업제외대상기업”이라 한다)이 아닐 것 (3) 중소기업기본법 시행령(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조 【중소기업의 범위】 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업을 제외한다.

• 가. 상시근로자수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표 2] 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)

1. 제3조 제1호 나목에 다른 법인이 발행주식(괄호안 생략) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 부칙 제2조(경과조치) 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우(독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하는 회사를 제외한다)에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다. (3) 중소기업기본법 시행령(2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 것) 부칙 제2조(중소기업의 범위에 관한 경과조치) 2005년 12월 27일 당시 대통령령 제19189호 중소기업기본법 시행령 일부 개정령 부칙 제2항에 따라 중소기업에 해당하는 것으로 보는 기업은 2008년 12월 31일까지 이를 중소기업으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 감사원은 2010.9.15.부터 2010.11.5.까지 ‘국제거래 과세실태 특정감사’를 실시하고, 청구법인 외 6개 법인은 자산 OOO 이상 법인이 지분의 30%이상 소유하고 있어 중소기업에 해당되지 않는데도 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용받았다고 지적하고, 부당하게 세액공제 및 감면 등을 받은 법인세를 징수하라는 취지로 처분청 등에 처분지시를 하였다.

(2) 이에 처분청은 청구법인이 2008사업연도에 중소기업에 해당하지 않는다고 보고 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용배제하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 2005.12.27. 법률 제19189호로 개정된 중소기업기본법시행령 별표 2의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우이므로 동 시행령 부칙 제2조에 따라 2008.12.31.까지 중소기업으로 보아야 한다고 주장하면서 청구법인의 주주현황과 각 주주별 자산보유현황을 제출하였는바, 그 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인의 주주명부에 의하여 확인되는 청구법인의 2002사업연도 내지 2008사업연도 주주현황은 아래 <표1>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOO (나) 대차대조표에 의하여 확인되는 OOO의 2004사업연도 내지 2007사업연도 자산현황은 아래 <표2>과 같으며, OOO는 상장법인이고, OOO은 비상장법인이다. OOOOOOOOOO OOOO(O), OOOOOOOOOO OOOO OO (O) OO, OOOO OOO OOOOO OOO, OOOOO OO OOOO OOO OOOO OO OOOOO(OOOOOOOOOO) OO OOOOOO OOOOOOO OOOO 이상이 되었으므로 청구법인은 2008사업연도 중소기업에 해당되지 않는다고 되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, (가) 2005.12.27. 개정된 중소기업기본법시행령은 별표 2의 독립성 요건을 강화하면서 동 시행령 부칙 제2조 및 2007.9.10. 대통령령 제20260호 부칙 제2조를 통하여 “ 2005.12.27. 개정된 시행령 시행당시 종전의 규정에 의하면, 중소기업에 해당하는 기업이 동 개정 시행령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2008.12.31.까지 중소기업으로 본다”는 취지의 유예기간을 두었으나, 이는 ‘기초 사실의 변동없이 동 시행령 개정으로 인하여 강화된 독립성 기준을 적용함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에 적용할 수 있다고 보는 것이 타당하고, 청구법인과 같이 동 시행령이 개정된 이후에 새로이 발생된 사실에 의하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우는 동 부칙을 적용할 수 없다고 판단된다. (나) 따라서, 2005.12.27. 개정된 중소기업기본법시행령 부칙 제2조 및 2007.9.10. 대통령령 제20260호 부칙 제2조를 청구법인에게 적용하여 청구법인을 2008사업연도 중소기업으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.