쟁점건물의 매매를 사업의 포괄적 양도・양수로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당함

OO세무서장이 2011.5.2. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세OOO원의 부과처분은 청구법인이 OOO주식회사로부터 교부받은 공급가액 OOO원의 매입세금계산서에 대한 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 부동산임대업을 영위하는 법인으로 2010.12.3. 광주광역시OOO 대지 777.2㎡를 김OOO로부터 OOO원에, 같은 곳 지상 10층, 지하 2층 건물 5,902.66㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지를 포함하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO원에 매입하고 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제하고 2010년 제2기 부가가치세 신고시 OOO원을 환급신청하였다.
• 나. 처분청은 2011년 2월 환급 현장확인을 실시한 결과, 쟁점건물의 매매를 사업의 포괄적 양도․양수로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 초과환급가산세를 적용하여 2011.5.2. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지 하였
• 다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.13. 이의신청을 거쳐 2011.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산은 OOO에 대한 대여금의 안정적인 보전과 사옥을 마련할 목적으로 취득한 것으로, 매매대금지급을 임대보증금과 차입금을 인수하는 방법으로 한 것은 매매가액이 큰 부동산의 거래관행이며, 일반적인 매매계약서를 작성하여 계약하였고, 양도법인의 직원에 대한 고용승계가 없었으며, 미지급 임금과 퇴직금도 청구법인의 책임이 아니며, 1층 농협을 제외한 모든 임차인들의 임차료와 관리비가 연체된 상황에서 임대계약을 그대로 승계할 이유가 없으며, 새로운 임차인들과 계약을 체결하였는바, 쟁점건물의 매매는 사업의 양도가 아닌 재화의 공급으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 사업의 양도․양수에 해당하는지 여부는 취득 목적이나 매매계약서의 형식적 요건보다는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되었는지 여부에 따라 판단하여야 하는 바, ① 청구법인은 쟁점부동산을 OOO원에 매수하면서 부속시설 및 기계장치 등 모든 물적 시설을 인수한 점, ② 쟁점건물에 대한 임대보증금 OOO원과 종전 사업자가 임차인에게 받은 채권인 연체금액 OOO원까지 인수하였고, 인수당시 임차인들의 변동이 없는 점, ③ 종전 사업자의 쟁점건물에 대한 금융기관 채무액 OOO원을 전액 계약인수한 점, ④ 청소원과 주차관리원 2명은 계속 근무하고 있어 고용승계된 것으로 보이는 점 등을 감안할 때 청구법인이 양도법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 사업의 동질성이 유지된 것으로 보이므로 쟁점건물의 매매를 사업의 양도로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 매매를 사업의 포괄적 양도․양수로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세 제6조【재화의 공급 】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것.

(2) 부가치세법 시행령 제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납 】② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 2010년 12월 쟁점부동산을 매입하고, 주업종을 부동산임대업으로 정정한 후, 2010년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 매입과 관련한 매입세액의 환급을 요청함에 따라 사업의 포괄적 양도․양수 여부를 조사한 결과, 쟁점부동산에 대한 부채 등이 그대로 인수․인계된 사실을 확인하고 사업의 포 괄적 양도․양수에 해당하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다. 쟁점부동산의 매매계약서에는 매수인인 청구법인은 매도인이 부담하여야 할 농협중앙회 OOO 지점 대출금OOO원과 쟁점부동산 건물에 관한 보증금 OOO원과 월세 OOO원 등의 채무와 쟁점부동산에 설정된 근저당권, 전세권의 채무를 매수인으로 변경한다고 기재되어 있는바, 쟁점부동산의 근저당권 및 전세권에 관한 변동사항은 다음 표와 같다. 또한, 청구법인의 쟁점건물의 임대보증금 인수현황은 다음의 <표1>, <표2>와 같으며, OOOOOOOOOO (OO: OO) 한편, 쟁점건물의 매매계약 체결당시 임차인 현황을 보면 다음 표와 같다.

(2) 청구법인은 OOO주식회사를 모기업으로 하여 OOO주식회사 등 5개 법인으로 구성된 그룹회사의 하나로 OOO주식회사를 대여자로, OOO주식회사를 채무자로 하여 2010.10.25. 자금대여약정을 체결하고, 2010.10.25. OOO원, 2010.10.28. OOO원 합계 OOO원을 대여하면서 그 이자에 갈음하여 쟁점건물의 9층과 10층을 2010.11.1부터 2015.10.31.까지 5년 동안 무상 사용하기로 약정하는 한편, 채권보전을 위하여 2010.10.25. 쟁점부동산에 소유권이전청구권가등기 하였고, 2010.10.25. 매매를 원인으로 2010.12.3. 소유권이전 등기를 하였는바, 쟁점부동산의 매매계약을 하면서 임대보증금과 차입금을 인수하는 방식으로 계약을 체결한 것은 매매대금이 큰 경우 부동산거래의 관행이고, 양도법인의 직원에 대한 고용승계가 없었으며, 쟁점부동산 취득후 새로운 임차인들과 임대차계약을 체결하였으므로 쟁점건물의 매매는 사업의 양도가 아닌 재화의 공급으로 보아야 한다고 주장하면서 증빙자료로 쟁점부동산의 부동산 매매계약서(2010.10.25.), 토지 및 건물 등기부등본, 청구법인의 대출금 인수 통장, 쟁점건물 매입세금계산서, 부동산임대차계약서 14매, 이사회의사록 2부, 그룹회사의 2009년 표준재무제표 확인원 5부 등을 제시하고 있다. 한편, 청구법인이 주장하는 쟁점건물의 매매계약 체결당시 및 현재 임차인 현황은 다음 표와 같다.

(3) 살피건대, 청구법인은 쟁점건물의 매매는 사업의 포괄적 양도․양수가 아닌 재화의 공급으로 보아야 한다고 주장하고 있는바, 쟁점건물에 대한 임대보증금과 근저당권 설정된 채무 및 전세권 등을 인수한 것으로 나타나고 있으나, 포괄양수도계약서가 아닌 일반부동매매계약서를 작성한 점, 양도법인의 직원에 대한 고용승계가 거의 이루어지지 아니한 점, 대여금의 회수목적 및 사옥으로의 사용목적에 따라 쟁점부동산을 취득한 것으로 볼 수 있는 점 및 심리일 현재 종전의 임차인들이 거의 다 새로운 임차인들로 변경된 점 등을 감안할 때 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계한 것으로 보기 어려우므로 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것은 임대사업용 고정자산을 취득한 것으로 봄이 타당하다고 하겠다.

(4) 따라서, 처분청이 쟁점건물의 매매를 사업의 양도․양수로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 초과환급가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.