토지를 취득할 당시 매입한 국민주택채권 매각손실액을 당해 토지 취득비용으로 보아 과세한 처분의 당부(기각)

[참조결정] 조심2009지0866 / 조심2009지0866 /

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2006.11.15. OOO OOO OOOOOOOO 사업지구 3-3블럭 토지 33,881㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 2006.12.7. 그 취득가액(79,281,540,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 3,646,490,320원을 신고·납부하였고, 2009.6.19. 이 건 토지상에 공동주택 7개동 85,566.8730㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축 취득하고 2009.7.20. 그 취득가액(67,280,763,820원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 2,126,072,120원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 세무조사결과 청구법인이 이 건 토지 및 건축물 취득신고 당시 토지의 경우 제3종 국민주택채권(이하 “쟁점채권”이라 한다) 매각손실액(12,939,818,940원, 이하 “이 건 채권매각손실액”이라 한다)과 건설자금이자(5,406,567,700원) 및 은행수수료(541,850,000원)를, 건축물의 경우 지급수수료(30,000,000원)를 취득비용에서 누락하였다고 보아 그 누락된 가액 18,918,236,640원에 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 602,110,330원, 농어촌특별세 41,632,550원, 등록세 488,989,490원, 지방교육세 90,239,790원, 합계 1,222,970,160원(가산세 포함)을 2010.7.19. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 이 건 토지를 낙찰받기 위하여 42,286,990,000원에 해당하는 쟁점채권을 매입하였다가 그 후 29,347,171,060원에 매도함으로써 발생한 이 건 채권매각손실액 12,939,818,940원이 이 건 토지 취득에 소요된 비용에 해당된다고 보아 이에 해당하는 세액을 포함한 이 건 취득세 등을 부과고지하였는데, 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제1항의 규정으로 미루어 볼 때, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로, 그 과세표준이 되는 취득가격에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접 비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함되나, 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상 물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO) 할 것인바, 이 건에 있어서 청구법인이 쟁점채권을 매입한 것은 이 건 토지의 공급가액은 79,026,480,000원으로 확정되어 있었지만, 공공택지 안에서 택지를 공급받는 자에게 귀속되는 개발이익을 환수하여 서민주거안정을 위한 주택자금으로 활용하기 위한 국가의 정책에 따른 것이고, 쟁점채권은 중도에 매각하거나 만기까지 보유함으로써 회수할 수 있어 그 매입금액은 이 건 토지 취득을 위한 간접비용이 아니라 별도의 자산을 취득한 것으로 보아야 하며, 법인세법에서도 국공채의 매각으로 인한 처분손실은 처분일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하고 있음에 비추어 볼 때, 쟁점채권 매입금액이 이 건 토지의 취득을 위하여 그 취득시기 이전에 지급한 것이라 하더라도 그것이 이 건 토지의 매매대금과는 별도로 그 액수와 지급이 약정되어 있고 만기에 전액 환급받을 수 있어 이 건 토지 자체의 가격이라거나 그에 준하는 취득절차비용이 아니라 취득의 대상(이 건 토지)이 아닌 다른 물건이나 권리(유가증권)에 관한 취득금액이라 할 것이어서 이 건 토지 취득비용으로 볼 수 없고, 위 쟁점채권 매각손실액 또한 토지의 취득행위와는 전혀 별개로 청구법인이 채권을 만기까지 보유하여 전혀 환급받지 아니하고 중도에 처분함에 따라 발생한 금액이므로 이 건 토지 취득비용으로 볼 수 없다 할 것이며(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO), 만약 이 건 채권매각손실액을 이 건 토지 취득비용으로 본다면 이 건 토지의 취득과는 관계없이 채권을 만기까지 보유할 것인가 아니면 중도에 처분할 것인가에 대한 의사결정에 따라 이 건 토지에 대한 취득세 과세표준이 달라지는 모순이 발생하고, 이 건 토지 취득일 이후에 채권을 처분하는 경우 발생될 채권매각손실액은 이 건 토지 취득시기 이전에 지급하였거나 지급하기로 한 것이 아니어서 이 건 토지 취득일에 금액이 확정되지 아니하여 취득세 등의 신고시 그 과세표준을 확정할 수 없게 되는 문제점이 발생하게 된다 할 것이며, 한편, 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급받는 자에게 쟁점채권을 매입하도록 규정한 주택법 제68조 제1항은 2005.1.8. 법률 제7334호로 신설되었다가 2005.12.23. 법률 제7757호의 개정으로 삭제되었는데, 위 규정을 신설한 취지는 공공택지 안에서 택지를 공급받는 자에게 귀속되는 개발이익을 환수하여 서민주거안정을 위한 주택자금으로 활용할 수 있도록 85제곱미터를 초과하는 주택을 건설하기 위한 공동택지에 대하여는 쟁점채권을 많이 매입한 자에게 공급하기 위함에 있고, 이를 삭제한 취지는 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 분양가상한제 적용주택에 대하여 주택채권입찰제를 도입함에 따른 것이므로, 쟁점채권의 매입은 공공택지 안에서 택지를 공급받는 자에게 귀속되는 개발이익을 환수하여 서민주거안정을 위한 주택자금으로 활용하기 위한 정부의 정책에 따라 특별법인 주택법(2005.12.23. 법률 제7757호로 개정되기 전의 것)에 의거하여 매입한 것일 뿐 이 건 토지의 취득과는 전혀 무관한 일종의 부담금 성격을 지니고 있는 쟁점채권 매입금액이나 매각손실액을 이 건 토지 취득비용에 포함하여 취득세 등을 과세하는 것은 이중과세에 해당된다 하겠고, 또한, 주택법 제68조를 보면, 국민주택채권은 제1종, 제2종, 제3종이 있으며, 제2종과 제3종 국민주택채권은 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관과 건설공사 도급계약을 체결하는 자가 면허·허가·인가나 등기·등록 및 도급계약 체결 등 일정한 법률행위를 하기 위하여 필수적으로 매입하여야 하고 그 매입기준(매입금액)도 확정되어 있는 제1종 국민주택채권과는 달리 구 주택법에 의하여 건설·공급하는 주택을 공급받는 자와 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급받는 자가 채권입찰제에 의하여 주택이나 토지를 공급받는 자격을 얻기 위하여 매입하는 것으로 위 제1종 국민주택채권과는 성격이 다르다는 점도 쟁점채권 매각손실액을 취득세 과세표준에 포함시킬 것인지 여부에 대한 판단과정에서 고려되어야 할 것이며, 더구나 2006.8.8. 구 OOOOO 보도자료에 의하면 OO OOO 중대형은 순수 분양가에 대해서만 취득세 등을 납부하면 된다고 하면서, 채권입찰제가 적용되어 분양가 보다 높은 금액으로 사실상 분양을 받지만 과세대상은 아니라고 밝히고 있음을 볼 때, 아파트를 분양받는 자에게 대한 취득세 등의 과세표준에 채권상환액이나 채권매각손실액이 포함되지 아니한다면 공평과세의 원칙상 택지채권입찰제도에 따라 공공택지를 공급받는 자의 토지 취득에 따른취득세 등의 과세표준에도 채권상환액이나 채권매각손실액이 포함되지아니하여야 하겠으므로 이 건 취득세 등은 이 건 채권매각손실액을 제외한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에 의하면 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(할부이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함)을 말한다고 규정하고 있으며, 여기서 말하는 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접 비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO, OOOOOOO OO OO)인바, 청구법인은 쟁점채권 매입금액은 이 건 토지의 자체의 가격이거나 그에 준하는 취득절차비용이 아니라 취득의 대상이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 취득금액이라 할 것이므로 이 건 토지의 취득가액에 포함된다고 볼 수 없으며, 이 건 채권매각손실액 또한 이 건 토지의 취득가액에 포함된다고 볼 수 없다고 주장하나, 주택법등 관련법령에서 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 공동주택의 건설용지를 공급하는 경우에는 쟁점채권을 매입하도록 하면서, 이를 가장 많이 매입하고자 하는 자를 당해 택지의 공급대상자로 결정한다고 규정하고 있고, 구 OOOOOO가 공고한 이 건 토지관련 분양공고에서 분양신청자가 제시한 최고분양가격과 채권매입액을 제시한 산식에 따라 평가 점수화하여 가장 높은 점수를 얻은 신청자를 낙찰자로 결정한다고 하고 있는 이상, 청구법인이 매입한 쟁점채권 매입비용 전액이 이 건 토지의 취득을 위한 간접비용으로서 취득세 과세표준에 포함되는 것(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)으로 보아야 하겠으므로 이 건 채권매각손실액을 취득비용에 포함한 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 토지를 취득할 당시 매입한 국민주택채권 매각손실액을 당해 토지 취득비용으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다. 1.·2. (생 략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2)지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(3) 주택법(2005.12.23. 법률 제7757호로 개정되기 전의 것) 제68조【국민주택채권의 매입】① 다음 각 호의 1에 해당하는 자중 대통령령이 정하는 자는 국민주택채권을 매입하여야 한다.

1. 국가 또는 지방자치단체로부터 면허·허가·인가를 받거나 등기·등록을 신청하는 자

2. 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관 관리기본법 제2조의 규정에 의한 정부투자기관과 건설공사의 도급계약을 체결하는 자

3. 이 법에 의하여 건설·공급하는 주택을 공급받는 자

4. 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급받는 자

② 제1항의 규정에 의하여 국민주택채권을 매입하는 자의 매입금액과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4)주택법 시행령(2006.2.24. 대통령령 제19356호로 개정되기 전의 것) 제91조【국민주택채권의 발행방법 등】① 국민주택채권은 다음 각 호로 구분하여 발행한다. 1.법 제68조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 매입하는 제1종국민주택채권 2.법 제68조 제1항 제3호에 해당하는 자가 매입하는 제2종 국민주택채권 3.법 제68조 제1항 제4호에 해당하는 자가 매입하는 제3종 국민주택채권 제95조【국민주택채권의 매입】④ 법 제68조의 규정에 의하여 건설교통부장관은 법 제41조 제1항의 규정에 의한 투기과열지구안에서 국민주택이 아닌 주택을 공급받고자 하는 자에 대하여 제2종 국민주택채권을 매입하도록 할 수 있다. 이 경우 제2항 후단의 규정은 제2종 국민주택채권의 매입사실 확인에 관하여 이를 준용하며, 제2종 국민주택채권의 매입기준·매입절차 및 매입의 효력 등에 관하여는 건설교통부령으로 정한다.

⑤ 법 제68조의 규정에 의하여 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급하는 자는 공공택지를 공급받고자 하는 자에 대하여 제3종 국민주택채권을 매입하게 하여야 한다. 이 경우 제3종 국민주택채권의 매입사실 확인에 관하여는 제2항 후단의 규정을 준용한다. 제96조【국민주택채권의 중도상환】① 국민주택채권은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 중도에 상환할 수 없다.

1. 당해 면허·허가·인가가 제1종 국민주택채권 매입자에게 책임 없는 사유로 철회되거나 취소된 경우

2. 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관과 건설공사의 도급계약을 체결한 자가 그에게 책임 없는 사유로 계약을 취소당한 경우

3. 제2종 국민주택채권을 매입한 후 입주자로 선정된 지위(입주자로 선정되어 당해 주택에 입주할 수 있는 권리·자격 또는 지위를 말한다) 또는 공급계약이 무효로 되거나 취소된 경우 또는 그 공급계약이 해지된 경우

4. 국민주택채권매입대상자가 아닌 자가 착오로 인하여 매입하였거나 법정매입금액을 초과하여 매입한 경우

5. 제3종 국민주택채권을 매입하여 체결한 공공택지의 공급계약이 무효로 되거나 취소된 경우 또는 그 공급계약이 해지된 경우

(5) 택지개발촉진법 시행령(2006.2.24. 대통령령 제19355호로 개정되기 전의 것) 제13조의2【택지의 공급방법 등】② 택지의 공급은 시행자가 미리 정한 가격으로 추첨의 방법에 의하여 분양 또는 임대한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 택지는 경쟁입찰의 방법에 의하여 공급한다.

1. 판매시설용지 등 영리를 목적으로 사용될 택지

2. 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻어 건설하는 공동주택의 건설용지외의 택지(시행자가 토지가격의 안정과 공공목적을 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 제외한다)

⑧ 시행자는 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 공동주택의 건설용지(임대주택 건설용지를 제외하며, 이하 이 항에서 “공동주택의 건설용지”라 한다)를 공급하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 주택법 제68조의 규정에 의한 국민주택채권을 가장 많이 매입하고자 하는 자를 당해 택지의 공급대상자로 결정한다. 다만, 제5항의 규정에 의한 수의계약의 방법으로 공급하는 공동주택의 건설용지에 대한 국민주택채권 매입금액에 관한 기준은 건설교통부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2005.5.30. 구 OOOOOO(O OOOOOOOO)O OOO OOOOOO 공동주택건설용지 공급공고를 하면서, 공급대상자는 필지별로 지정신청 접수받아 채권·분양가 병행입찰(중형임대주택용지는 전산추첨)의 방법(아래 참조)으로 결정하며, 경합이 없는 토지는 단독신청자로 결정한다고 하였다. ※ 채권·분양가 병행입찰 방법·분양신청자가 제시한 최고분양가격과 채권매입액을 아래 산식에 따라평가 점수화하여 가장 높은 점수를 득한 신청자를 낙찰자로 결정·종합평가점수=[(A-B)×k×0.3]+[C/용적률×택지면적)×손실율×0.7 A: 분양가 평가기준가격 B: 제시 분양가격 C: 응찰업체가 제시한 채권매입가격 k: A-B ≥ 0일 경우는 1, A-B ＜ 0일 경우는 3

(2) 2005.6.17. 청구법인은 OOO OOOOOO 공동주택건설용지를 공급받기 위하여 채권·분양가 병행입찰에 참여하였는데, 이때 청구법인이 제시한 채권매입금액은 42,286,990,000원이었고, 2006.6.23. 청구법인은 위 금액에 해당하는 쟁점채권을 매입하였다.

(3) 2005.6.24. 청구법인과 구 OOOOOOO OOO OOOOOOOOOOOO 3-3블럭 토지 33,772㎡에 대한 용지매매계약(매매대금 79,026,480,000원)을 체결하였다가 2006.11.13. 매매계약서상 공급면적을 33,881㎡로, 매매대금을 79,281,540,000원으로 변경하는 계약을 체결하였고, 이러한 매매계약서상 위 토지의 지정용도는 85㎡ 초과 분양공동주택건설용지로 기재되어 있다.

(4) 2005.9.15. 청구법인은 2005.6.23. 매입한 쟁점채권을 전부 매각(매각금액 29,347,171,060원)함으로써 12,939,818,940원의 매각손실액이 발생하였다.

(5) 2006.11.15. 청구법인은 OOO OOOOOOOOOOOO 내의 이 건 토지를 취득하였다.

(6) 살피건대, 지방세법 시행령 제82조의3 제1항에서 말하는 취득가격에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것으로, 주택법 등 관련법령에서 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 공동주택의 건설용지를 공급하는 경우에는 국민주택채권을 매입하도록 하면서, 이를 가장 많이 매입하고자 하는 자를 당해 택지의 공급대상자로 결정한다고 규정하고 있고, 구 OOOOOO가 공고한 이 건 토지를 포함한 OOO OOOOOO 공동주택건설용지 공급공고문에서 분양신청자가 제시한 최고분양가격과 채권매입액을 제시한 산식에 따라 평가 점수화하여 가장 높은 점수를 얻은 신청자를 낙찰자로 결정한다고 하고 있으므로, 이 건 채권매입비용 전액이 이 건 토지 취득을 위한 간접비용으로서 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아야 하겠고, 그렇다면 이 건 채권매각손실액만을 취득비용에 포함한 처분청의 부과처분에 잘못이 있다 할 것이나(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 이 건의 경우 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.