대도시내 법인이 지점을 설치한 후 5년 이내에 취득한 임대용 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부

[주 문] 처분청이 2010.7.9. 청구법인에게 한 등록세 93,103,320원, 지방교육세 17,505,060원, 합계 110,608,380원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인(2007.5.9. 주식회사 OOO에서 주식회사 OOO로 상호 변경)은2005.8.30. OOO(이하 ‘이건 토지’라 한다)를 748,700,000원에 매매로 취득하고, 2006.11.1. 동 소지상에 기숙사 1,149㎡(이하 ‘이 건 건축물’이라 하고, 이 건 토지와합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 그취득가액을 1,614,482,000원으로 하여 일반세율로 등록세 등을 각각 신고납부 하였으나, 처분청은 이 건 부동산에 대한 등기가 대도시내 지점설치에따른 부동산 등기에 해당된다고 보아 그 취득가액(토지 748,700,000원,건축물 1,614,482,000원)을 과세표준으로 하고 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여산출한 세액에서기 납부한 세액을 차감한 등록세 93,103,320원, 지방교육세 17,505,060원, 합계 110,608,380원(가산세 포함)을 2010.7.9. 청구법인에게 부과고지 하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여2010.10.11.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 건물시설 관리용역을 주 사업목적으로 2000.4.4. OOO을 소재지로 본점을 설립한 법인으로서이 건부동산은 본점이 취득하여 그 임대차 계약, 임대료 및 관리비의 결산과 수납, 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 등 임대관련 업무를 본점에서 총괄 수행하고 있고, 본점에서 직접 외부업체와 빌딩관리 용역계약을 체결하여 경비, 청소, 급식 등을 위탁관리하고 있다. 그리고, 청구법인의 지점(2003.12.1. OOO에 설치)은 목적사업인 건물시설 관리용역을 지점소재지의건물 소유자인 OOO(주)에게 제공하기 위하여 불가피하게 지점 소재지인 그 건물 지하3층에설치한 것으로, 이 건 부동산과 관련한 어떠한 임대업무도 수행하고 있지 않을 뿐만 아니라, 건물 관리 및 임대를 위한 인적·물적설비도 갖추어져 있지 않는데도 불구하고, 단지 지점에 인접해있다는 이유만으로처분청이 이 건 부동산을 대도시내에서 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2003.12.1. OOO지점을 설치한 후, 2006.11.1. 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축하고, 2005.12.19. 작성한 OOO 기숙사 운영 계획(안)의 운영 취지가 청구법인의 직원에 대한 복리후생 및 편의 증대 차원에서 기숙사를 운영한다고 되어 있으며, 사용인원도 기숙사 인원 2명을 포함하여 23명으로 예상하고 있고, 청구법인의 2006년 및 2007년 사업년도 귀속 법인세할 주민세 안분내역에서도 청구법인의 OOO지점에서 이 건 건축물을 포함하여 신고한 점 등으로 비추어 볼 때,이 건 부동산은 청구법인이 대도시내에서 지점 설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보는 것이 타당하다 할 것으로, 이 건 부동산에 대한 등록세 중과세 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내 법인이 지점 설치 후 5년이내 취득한 임대부동산이 등록세 중과세 대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제138조(대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기

(2) 지방세법 시행령(2008.8.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조(대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며,"그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2008.3.24.행정안전부령 제10호로 개정 전의 것) 제55조의2 (사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다. 1.영업행위가 없는단순한 제조·가공장소

2. 물품의보관만을 하는보관창고

3. 물품의적재와 반출만을 하는하치장

• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가)청구법인은 2005.8.30. 이 건 토지를 매매로 취득하고, 그 지상에2006.11.1. 이 건 건축물〔지하1층, 지상4층 공동주택(기숙사) 숙소 및 그 부속시설〕을 신축한 후, 등록세 등을 일반세율을 적용하여 각각 신고·납부하였다. (나) 법인 등기부등본에 의하면, 청구법인은 2000.4.4. 본점 소재지를 OOO로 하고, 목적사업을 빌딩 및 각종시설 관리용역업, 용역경비업(시설경비업무), 부동산 임대업 및 매매업(2003.12.1. 추가등기) 등으로 하여 설립된 법인으로, 2000.6.1. OOO에 지점을 설치하고, 2000.10.31. 그것을 폐지하였다가, 2003.12.1. 다시 그곳에 지점을 설치한 후 2008.7.1. 최종적으로 폐지를 한 것으로 확인된다. (다)청구법인이 2006.11.1. 이 건 건축물을 신축하기 전인 2005.12.19.작성한 이 건 부동산(OOO 기숙사) 운영 계획(안)에 의하면 그 운영취지는 ‘청구법인 직원의 복리후생 및 편의 증대를 위한 기숙사 운영’ 등으로 되어 있고, 청구법인의 OOO지점 근무인원 63명중 23명이 기숙사를 사용할 예상으로 계획된 것으로 나타난다. (라)청구법인의 OOO지점에 대한 2006년 및 2007년 사업년도 귀속 법인세할 주민세 안분내역에 의하면, 그 주민세 안분비율을 2006 사업년도 9.31%, 2007 사업년도 10.29%로 하여 청구법인이 신고납부한 것을 알 수 있다. (마)청구법인이 처분청에 제출한 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 2006.11.15.부터 2010.3.31.까지 3차례에 걸쳐 그 계약을 갱신하여 이 건 부동산을 ‘OOO 전용숙소’의 용도로 OOO에 임대한 것으로 기재되어 있고, 이 건 부동산에는 청구법인의 인적·물적설비가 없고,청구법인의지점설치 부동산과는 380M 정도 떨어져 있다고 처분청에서 확인하였다. (바) 2010.10.20. 처분청 담당자의이 건 부동산에 대한 현지 출장 후 그 결과보고에 의하면, 이 건 부동산은 청구법인 소속직원의 기숙사로 사용하고 있지 않고 건물전체를 OOO의 숙소로임대를 주었고, 그 계약 및 임대관리는 본점에서 하며,청소 등만 지점에서 용역을 주어 관리하고 있다고 확인한 것으로 나타난다.

(2) 관련 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하면 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지는 제외)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종 등을 제외하고 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다라고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제55조의2에 의하면 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 물품의 보관만을 하는 보관창고 및 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장을 제외하고 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다라고 규정하고 있다.

(3) 살펴 보건대,등록세 중과세의 대상이 되는 ‘일체의 부동산 등기’라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기를 의미하는 것(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 같은 뜻)이므로, 대도시내에서 2000.4.4. 시설 관리용역업 등을 목적사업으로 하는 청구법인을 설립한 후2003.12.1. OOO에 지점을 설치하고,2005.8.30. 이 건 토지를 매매로 취득하여 그 지상에2006.11.1. 이 건 건축물을 신축한 후, 청구법인의 인적·물적설비를 전혀 구비하지 않고 2006.11.15.부터 2010.3.31.까지 ‘OOO전용숙소’의 용도로 OOO(주)에 임대를 한 것에 비추어 볼 때, 이 건 부동산은대도시내에서 법인설립 후 5년이 경과된 법인이 당해 대도시내에서 임대용부동산을 취득·등기한 후임대사업을 위한 별도의 인적·물적시설을 설치하지 아니하고 임대업 등을 본점에서 직접 수행하는 경우로 등록세 중과세 대상 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 보여진다. (4)한편, 처분청은2005.12.19.청구법인이작성한 OOO 기숙사 운영 계획(안)의 운영 취지 및 청구법인의 2006년 및 2007년 사업년도 귀속 법인세할 주민세 안분내역에 이 건 건축물이 포함되어 있는 것에 비추어 볼 때,이 건 부동산은 청구법인이 대도시내에서 지점 설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아야 한다고 주장하나,청구법인의OOO 기숙사 운영 계획(안)은 이 건 건축물을 신축하기 전에 청구법인이 그 운영(안)을 미리 작성한 계획서에 불과하고, 실제 사용도 이 건 건물을 신축한 후 OOO(주)에 임대를 주었으므로 그 운영계획(안)이 청구법인의 지점용 부동산이라는 것을 증빙할 수 없고,청구법인의 법인세할 주민세 안분내역에 이 건 건축물이 포함된 사실이 청구법인의 지점용 부동산으로 당연히 귀결시킬 수 없는 점에서 처분청의 주장은 설득력이 없다. 따라서, 처분청이 이 건 부동산을 청구법인의 지점용 부동산으로 간주하여 등록세를 중과세 한 처분은부당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항제1항제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.