부동산을 취득한 교회가 아닌 다른 교회가 당해 부동산을 종교 목적사업에 사용하고 있는 경우에도 이를 직접 사용하고 있는 것으로 보아 「지방세법」 제107조 및 제127조에 따른 취득세 및 등록세가 비과세되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구인이 2009.10.9. OOO 토지 67.25㎡, 건물 540.48㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득(경락)한 데 대하여 2009.10.13. 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였다.
• 나. 이후 처분청은 2010년 4월 현지조사 결과, 청구인이 이 사건 부동산을 OOO에 임대하였음을 확인하고, 이 사건 부동산의 취득가액(310,100,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,006,160원, 농어촌특별세 800,610원, 등록세 8,006,160원, 지방교육세 1,477,190원, 합계 18,290,120원(가산세 포함)을 2010.9.9. 청구인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 교회 소재지를 OOO로 이주(신축)함에 따라 OOO에 거주하는 성도들이 예배에 참여하기가 불편하여 2008.7.23. 이 사건 부동산중 201호와 202호를 보증금 60,000,000원에 상가월세계약을 체결하고 OOO을 개설하여 예배와 선교활동을 하던 중, 위 건물이 경매되어 위 보증금을 확보하기 위하여 위 201호, 202호와 함께 101호, 203호도 경락을 받은 후, 위 선교원을 OOO로 명칭을 승격하여 예배와 선교활동을 하고, OOO로 명칭변경한 것은 교회운영에 있어 대외적으로 종교단체 등록이나 고유번호를 부여받기 위함이었고, 이를 위해 임대차계약서가 필요했던 것으로, 지방세법 제107조 및 제127조 제1항의 직접 사용한다는 의미는 교회의 사용목적과 취득목적을 고려하여 그 실체의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하므로 선교 등을 위하여 그 부동산을 사용하거나 그 사용이 예배 및 선교활동에 필수적으로 수반되는 경우라면 교회의 목적사업에 직접 사용된다고 할 수 있다는 판시에 비추어 볼 때, 비록 청구인과 OOO간 형식상 임대차계약을 맺었지만, 같은 OOO로 사용대차된 것이고, 그 사용목적이 교회의 예배와 선교활동에 동일 목적으로 사용하고 있음이 분명함에도 법적용을 축소 해석하여 기 비과세한 취득세 등을 과세한 이 사건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 이 사건 부동산을 2009.10.9. 취득한 후 2009.11.15.부터 2년간 OOO에 임대하기로 하는 임대차계약서를 작성하고, 2010년 4월 처분청 담당공무원의 현지출장결과, OOO에서 사용하고 있음이 확인되고 있으며, 청구인과 OOO는 고유번호증에서 볼 수 있듯이 대표자 및 소재지를 달리하고, 별도의 신도가 존재하는 별개의 독립된 실체이므로, 청구인은 이 사건 부동산을 취득하여 청구인이 직접 종교용으로 사용하지 아니하고, 다른 종교단체에 임대 또는 사용대차하게 한 경우에 해당되어, 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 단서규정에 따라 기 비과세받은 취득세 등은 추징대상이 된다할 것으로, 처분청에서 청구인이 이 사건 부동산을 취득 후 취득․등기일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 청구인이 직접 종교용으로 사용하지 아니하고, 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징하기 위하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 부동산을 취득한 교회가 아닌 다른 교회가 당해 부동산을 종교 목적사업에 사용하고 있는 경우에도 이를 직접 사용하고 있는 것으로 보아 지방세법 제107조 및 제127조에 따른 취득세 및 등록세가 비과세되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기․등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조(비영리사업자의 범위등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 이 사건 부동산을 OOO에 사용대차하였고 OOO가 당해 부동산을 종교 목적사업에 사용하기 때문에 이를 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2008.7.23. 이 사건 부동산 중 201호, 202호를 OOO으로부터 보증금 6천만원, 임대차기간은 2008.8.29.부터 24개월로 하여 임차사용하면서 그 용도를 OOO 선교원으로 활용하고 있다가, 2009.10.9. 이 사건 부동산을 경락을 원인으로 310,100,000원에 취득하고, 2009.10.13. 취득세 등을 신고한 데 대하여 처분청은 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였다. (나) 청구인과 OOO 담임목사 OOO간에 2009.11.9. 작성한 상가전세계약서에서 보증금은 6천만원으로 임대차기간은 2009.11.15.부터 2011.11.15.까지로 임대인은 청구인이며 임차인은 OOO로 되어 있는 사실이 확인된다. (다) 한편, 청구인은 본 계약서는 OOO의 고유번호 등록과 종교단체 등록을 위해 필요하다는 처분청 담당공무원의 말을 믿고 형식상으로 작성한 것에 불과하며, 청구인과 OOO간에는 보증금 등의 금전거래가 전혀 없으며 단지 사용대차한 것이라고 주장하며 무상사용승낙서를 제출하였다. (라) 처분청 담당공무원이 2010.4.16. 현지출장하여 작성한 복명서에는 이 사건 부동산을 타교회가 임대 사용하고 있다고 복명하고 있다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가) 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 종교 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하지만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등은 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하겠으므로OOO, 종교단체가 취득 등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세대상이 되는 것은 취득자가 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다. (나) 살피건대, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 취득한 후 종교용 부동산으로 신고하여 취득세 등을 비과세받았으므로 이를 청구인이 직접 사용하였어야 함에도, 2009.10.9. 청구인이 취득한 이 사건 부동산을 청구인이 직접 사용하지 아니하고 청구인과 대표자 및 소재지를 달리하고 있고 별도의 신도가 존재하는 별개의 독립된 비영리사업자인 OOO가 사용하고 있는 사실이 확인되고 있으므로, 이 사건 부동산은 교회의 목적사업에 청구인이 직접 사용되는 것으로 볼 수는 없다고 보아 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.