(합동)고유수면매립을 수행하는 과정에서 민간투자사업 시행협약에 따라 사업시행자로부터 취득한 토지가 취득세 등이 면제하는 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2007.5.30. OOO 1319 잡종지 100,252.1㎡(2010.7.1. 행정구역명칭변경으로 인하여 OOO 1319로 변경되었으며, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 경상남도세 감면조례제19조 제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제를 신청한데 대하여 청구법인이 취득한 이 건 토지가 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 면제하였다.
• 나. 처분청의 확인 결과 청구법인이 이 건 토지를 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한 사실을 확인하고 이 건 토지의 취득가액 23,507,593,618원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 672,082,090원, 농어촌특별세 67,208,190원, 등록세 672,082,090원, 지방교육세 125,013,360원 합계 1,536,385,730원(가산세 포함)을 2010.8.5. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.14. 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 경상남도세 감면조례제19조 제1항에서 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 지방공사가 그 고유 업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 법인 정관에 의하여 정하여진 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 말한다OOO고 할 것이다. 청구법인은 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사로서 청구법인의 정관에는 공유수면매립법에 의한 공유수면매립사업 중 국가로부터 사업시행자로 지정된 자가 위탁하는 사업을 목적사업으로 하고 있고, OOO로부터 OOO의 사업시행자로 지정된 OOO로부터 위탁받아 배후부지를 조성하는 것은 청구법인의 고유목적사업에 해당되며, 목적사업 수행과 관련된 개발비에 충당하기 위하여 OOO와 협약하여 청구법인이 이 건 토지를 취득한 것은 청구법인이 고유목적 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것에 해당한다. 처분청은 OOO의 시공대가로 OOO가 현금대신 이 건 토지를 대물변제한 것으로 오인하면서, 이 건 토지를 매각할 목적으로 취득하였기 때문에 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다고 주장하지만, 청구법인은 이 건 토지를 민간투자사업 OOO 시행과정의 일환으로 취득한 것이고, 청구법인이나 OOO 모두 시공의 대가를 채권이나 채무로 법인장부 등에 기장한 사실이 없으며, 청구법인의 정관상 주 목적사업이 주택건설, 대지조성사업 및 공유수면매립사업 등이기 때문에 대지조성사업 등이 이루어지고 난 후에는 이를 매각하여 사업비로 충당하는 것은 당연히 청구법인의 목적사업에 해당한다 할 것이다. 또, 이 건 토지는 실제 매매계약은 2005.8.29. 체결되었고, 그 대금의 지급조건은 2005.9.16.부터 2010.12.31.까지 8회 분할 연부조건이며, 소유권의 이전은 각 연부금이 완납되고 단계별로 토지가 준공되어 지적이 완료되는 시점에 소유권을 이전하기로 한 것이므로 실질 내용은 이 건 토지의 개발이 완료되기 전에 매각한 것이지 취득 후 1년 11개월이 경과한 후 매각한 것이 아닐 뿐만 아니라 이 건 토지의 개발단계에서 완공되기 전에 국가 등에 매각한 것 자체가 청구법인의 고유목적사업을 위하여 보유하다가 매각한 것이므로 청구법인의 이 건 토지의 취득에 대한 취득세 등은경상남도세감면조례제19조에 의하여 과세면제 되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1991.1.25. 지방공기업법및 OOO에 따라 택지개발사업, 공유수면매립법에 따른 공유수면매립사업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 청구법인과 OOO는 2006.3.31. OOO을 체결하였는데, OOO가 정부로부터 사업시행자 지정을 받은 위 사업을 상호 위·수탁하여 시행하기로 하고, 제3조 제1항에서 배후부지개발은 청구법인에게 위탁한다고 하면서, 제2항에서 청구법인은 자기의 노력과 비용으로 배후부지를 조성하고, OOO는 청구법인이 조성한 배후부지를 청구법인에게 토지공급대가 상당액으로 매각한다는 내용을 담고 있으며, 이러한 협약에 따라, OOO는 2007.5.30. 청구인이 부담한 비용 23,507,593,618원의 정산변제에 갈음하여 이 건 토지의 소유권을 청구법인에게 이전한다는 내용의 대물변제계약을 체결하여 이 건 토지를 취득한 후 고유업무에 직접 사용하지 아니한 채 1년 11개월이 경과하여 이를 매각하였다. 경상남도세 감면조례제19조 제1항 및 제3항에 의하면, 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 당해 재산을 당해 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사용의 범위는 당해 사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다OOO. 청구법인의 법인등기부상 목적사업이나 정관에서 공유수면매립법에 의한 공유수면매립이 목적사업 중의 하나로 되어 있다는 것은 인정되지만, 이 건 토지는 청구법인이 위탁받은 부지개발사업 시공의 대가로서 위탁자의 채무에 갈음하여 현금대신 받은 것이고, 결과적으로 이를 그대로 보유하다가 취득일부터 1년 11개월이 경과한 2009.4.28. OOO와 OOO에게 매각하였으므로, 이 건 토지는 취득당시부터 매각할 목적으로 취득한 부동산으로서 고유 업무에 직접 사용한다는 의미와는 다르다 할 것이고, 지방공기업법에 따라 설립된 청구법인이 취득한 이 건 토지는 그 고유 업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득이라 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지방공기업법에 의하여 설립된 청구법인이 정관에서 정한 목적사업(공유수면매립 등)을 수행하는 과정에서 민간투자사업 시행협약에 따라 사업시행자로부터 취득한 토지가취득세 등이 면제되는 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는 지 여부
• 나. 관련 법령 경상남도세 감면조례 제19조(지방공사 등에 대한 감면) ①지방공기업법에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를 면제하며, 과세 기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 면제한다.

② 지방자치법제2조에서 규정한 지방자치단체가 출자 또는 출연한 법인(단체를 포함한다)이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 법인등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.

③ 제1항부터 제2항까지의 경우부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 지방공기업법과 OOO가 정하는 바에 따라 도시개발사업을 통하여 시민의 주거생활 안정과 복지향상 및 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 1991.1.25. 설립된 지방공기업이다. (나) 청구법인의 정관 및 법인등기부에 의하면, 청구법인은 주택법, 임대주택법, 보금자리주택건설 등에 관한 특별법에 따른 주택의 건설, 개량, 공급, 매입, 임대 관리 또는 대지조성에 관한 사업, 공유수면매립법에 따른 공유수면매립사업 및 국가, 지방자치단체 또는 공공기관이 위탁하거나 국가로부터 사업시행자로 지정된 자가 위탁하는 사업 등을 목적사업으로 하고 있다. (다) 청구법인은 사회기반시설에 대한 민간투자법제13조에 따라 2000.12.14. OOO 및 2000.12.22. OOO에 의하여 OOO으로부터 사업시행자로 지정된 OOO와 2001.6.27. OOO에 대한 시행협약을 체결하였다. (라) 2001.6.27. 청구법인OOO과 OOO간에 체결한 OOO에 의하면, 업무의 위·수탁(제3조)과 배후부지 소유권이전 및 토지등기(제32조)에 대하여 아래와 같이 체결한 사실이 나타난다.

1. 제3조(업무의 위·수탁)

① OOO는 배후부지의 개발을 실시협약 제38조 제2항에 의하여 OOO에게 위탁한다.

② OOO는 자기의 노력과 비용으로 배후부지를 조성하고 OOO는 OOO가 조성한 배후부지를 OOO에게 제8조 토지공급대가 상당액으로 매각한다.

③ OOO는 OOO로부터 매입한 배후부지를 실수요자에게 분양하여 투자비 등을 회수한다.

2. 제32조(배후부지 소유권이전 및 토지등기)

① 배후부지사업으로 조성된 매립지는 관계법령에 따라 사업준공(부분준공 포함)과 동시에 OOO의 명의로 소유권 보존등기를 하며, 배후부지사업 지구내 육지부는 매입시점에 OOO의 명의로 소유권 이전등기를 한다. 단, OOO는 본 시행협약과 관련된 권리보전을 위해 가등기, 근저당설정 등의 필요한 조치를 취할 수 있다.

② OOO가 OOO에게 공급하는 분양용지는 배후부지의 소유권보존등기와 동시에 OOO 명의로 이전등기를 한다. 단, 도로. 녹지, 공공시설 등 관련 법령에 따라 관리청에 기부채납할 시설은 제외한다.

③ 제1, 2항의 규정에 불구하고 배후부지 사업준공(부분준공 포함)후 관련법에 따라 분양용지에 대한 OOO 명의로 원시취득이 가능한 경우 협약당사자는 협의하여 OOO 명의로 소유권보존등기를 한다. (마) 그 후, 청구법인과 OOO, OOO는 2005.7.21. 청구법인이 OOO로부터 위탁받아 조성중인 OOO 중 물류부지 364,281평을 청구법인이 조성하여 OOO 및 OOO에 아래 <표1>과 같이 년차적으로 공급하는 것으로 내용으로 하는 OOO를 체결하였으며, 2005.8.29. 위 당사자간 OOO 물류용지에 대한 매매계약을 체결하였다. <표1> 물류용지의 공사 준공시기 및 공급면적 구분 1단계 2단계 3단계 4단계 계 준공시기 2005.12.31. 2006.12.31. 2008.12.31. 2010.12.31. 공급면적 (평) 64,997㎡ (19,662) 424,488㎡ (128,408) 493,896㎡ (149,403) 220,822㎡ (66,798) 1,204,203㎡ (364,271) (바) 사업시행자인 OOO는 청구법인의 노력과 비용으로 조성한 이 건 토지가 속한 OOO에 대하여 2007.1.9. OOO으로부터 준공확인필증OOO을 교부받아, 2007.1.29. OOO 명의로 신규등록(매립준공)을 경료하였다. (사) 2007.5.30. 청구법인과 OOO는 2006.3.31.자로 체결한 사회기반시설에대한민간투자법에 따라 채무자인 OOO가 정부로부터 사업시행자 지정을 받은 OOO중 OOO에 관한 시행협약에 의하여 채권자인 청구법인이 부담한 개발사업비 등의 비용 23,507,593,618원의 정산변제에 갈음하여 OOO는 물류용지로 조성된 이 건 토지의 소유권을 채권자인 청구법인에게 이전하는 것으로 내용으로 하는 대물변제 계약을 체결하였으며, 청구법인은 2007.6.7. 이 건 토지를 OOO로부터 취득하여 같은 날 소유권이전등기를 완료하였다. (아) 청구법인은 2007.6.7. 이 건 토지를 대물변제를 원인으로 취득하여 같은 날 경상남도세 감면조례제19조 제1항에 의하여 취득세 등을 과세면제 받은 후, 2001.6.27.자 시행협약 및 2005.8.29.자 매매계약에 따라 이 건 토지를 실수요자에게 분양하여 투자비 등을 회수할 목적으로 유예기간 1년이 경과한 2009.4.28. 이 건 토지를 실수요자인 OOO와 OOO에 각 매각하였다.

(2) 판 단 (가) 경상남도세 감면조례제19조 제1항 및 제2항에 의하면, 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 고유의 업무에 “직접 사용”이라 함은 부동산을 취득ㆍ등기한 자가 그 시설의 사용자로서 그 취득ㆍ등기한 부동산을 직접 사용하는 경우만을 의미한다고 보아야 할 것이고, 그 사용의 범위는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다OOO. (다) 청구법인의 경우, 정관 및 법인등기부상에 공유수면매립법에 의한 공유수면매립사업과 국가·지방자치단체 또는 공공기관이 위탁하거나 국가로부터 사업시행자로 지정된 자가 위탁하는 사업을 그 목적사업 중의 하나로 정하고 있는바, 청구법인이 OOO로부터 위탁 받아 공유수면을 매립한 행위는 고유목적사업에는 해당한다고 할 것이다. 그러나, 청구법인은 공유수면매립사업의 사업시행자가 아닌 점, 청구법인의 법인등기부와 정관에 공유수면매립사업까지는 정하여져 있으나 공유수면의 분양이나 매각이 없는 점, 또한, 청구법인은 OOO를 조성하는 과정에서 청구법인이 부담한 개발비 등의 비용정산에 갈음하여 OOO로부터 2007.6.7. 이 건 토지를 대물변제 형식으로 취득한 후, 1년 11개월이 지난 2009.4.28. OOO와 OOO에 매각한 점 등을 종합하여 보면, 청구법인이 이 건 토지를 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 인정되지는 아니한다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.