[요지] 청구법인이 연구소를 확장하고자 소재지 변경을 하였다하더라도 이는 청구법인의 내부사정으로서 이를 정당한 사유로 인정할 수는 없으므로 처분청에서 취득세 등을 부과고지한 것은 적법함.
[요지] 청구법인이 연구소를 확장하고자 소재지 변경을 하였다하더라도 이는 청구법인의 내부사정으로서 이를 정당한 사유로 인정할 수는 없으므로 처분청에서 취득세 등을 부과고지한 것은 적법함.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
○○○의 청구법인에 대한 기업부설연구소 소재지 변경승인에 따라 청구법인의 기업부설연구소 소재지는 2009.4.30.부터는 이 사건 부동산이 아닌 같은 건물의 ○○○가 되었으며, 이 사건 부동산은 기업부설연구소로서 인정받은 후 약 1년 3개월만에 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소용 부동산에서 제외되었는 바, 지방세법 제282조 단서규정에 의하면 “연구소 설치후 4년이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에는 기 면제받은 취득세 등을 추징토록 규정하고 있으며, 여기서 “다른 용도로 사용하는 경우”란 당해 부동산을 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용으로 인정받아 실제 기업부설연구소용으로 사용하는 경우 이외의 모든 경우를 의미하는 것이므로, 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 3개월만에 동 부동산이 구 과학기술부장관으로부터 인정받은 기업부설연구소용 부동산에서 제외된 이상 기 면제받은 취득세 등은 추징대상에 해당하고, 비록 청구법인이 연구소를 확장하고자 소재지 변경을 하였다하더라도 이는 청구법인의 내부사정으로서 이를 정당한 사유로 인정할 수는 없으므로 처분청에서 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 기업부설연구소인정서상의 연구소 소재지를 다른 곳으로 변경한 경우 취득세 등의 추징대상으로 볼 수 있는지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제282조 【기업부설연구소용 부동산에 대한 면제】대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속 토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제228조 【기업부설연구소】법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.
(3) 기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서
(4) 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 2009년 7월 1일부터 2011년 6월 30일까지는 3명 이상으로 한다.
2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인 이상
3. 제1호에도 불구하고 교육과학기술부령으로 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조에 따른 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2명 이상
4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인 이상 제28조 【권한의 위탁】① 법 제16조의 규정에 의하여 교육과학기술부장관 또는 지식경제부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법 제32조 및 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 교육과학기술부장관 또는 지식경제부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.
2. 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고의 수리 및 인정에 관한 사무
(5) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부
4. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)
5. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)
6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)
7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(벤처기업육성에 관한특별조치법 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)
8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.
④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 교육과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.
- 다. 관련 규정
(1) 교육과학기술부 고시 제2008-121호(기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령) 제2조 【정의】이 신고요령에서 사용되는 용어의 정의는 다음과 같다.
③ “연구시설”이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로써 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소ㆍ전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다. 제3조 【연구소 등의 일반기준】② 제2조의 규정에 의한 연구소 직원 및 연구시설은 동일한 소재지 내에 위치하여야 한다. 다만, 연구수행의 원활화를 위하여 필요한 경우에는 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개 장소로 신고할 수 있다. 이 경우 기술개발촉진법시행령 제15조의 규정에 의한 연구전담요원의 수를 합산할 수 있되, 신고요령 제6조 제2항에 의한 독립공간은 각각 갖추어야 한다.
- 라. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2007.12.20. 이 사건 부동산을 취득하고, 같은 날 취득신고한 후, 2008.1.16. 기업부설연구소용으로 감면신청서를 제출하자, 처분청은 지방세법 제282조의 규정에 따라 취득세 등을 면제하였다. (나) 청구법인의 기업부설연구소인정서를 보면, 2008.2.11. ○○○의 소재지를 ○○○에서 ○○○로 변경한 후, 2009.4.30. ○○○로 다시 소재지 변경을 하였고, 변경신고 내용은 아래와 같다. (다) 처분청의 세무담당 공무원 ○○○와 ○○○이 2010.5.14. 현지에 출장하여 작성한 복명서에는 청구법인이 ○○○는 교육실습장으로 사용하고 있고, 기업부설연구소는 2009.4.30. ○○○로 이전하였다고 되어 있다.
(2) 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 여기서 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한, 천재지변 등 그 법인의 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 말하고, 법인내부의 사정인 자금악화 등 경영상의 문제는 정당한 사유라 할 수 없다(대법원 1995.12.8. 선고 95누5257 판결 참조)고 할 것이며, 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조) 할 것이다.
(3) 살피건대, 청구법인은 신장비 구입과 인력보강(연구보조인원) 계획에 따라 연구소를 확장하여 ○○○와 ○○○를 모두 연구소로 사용하고 있고, 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하지 않았음에도 기 면제한 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다는 주장이나,
기업부설연구소용 부동산에 대한 세금감면 요건에 해당되기 위해서는 법령상 기업부설연구소로 인정받은 연구소와 실제 부동산 소재지가 일치하여야 하여야 하는 바, 여기서 소재지라 함은 교육과학기술부장관이 위임하여 OOOOOOOOOOO이 발행한 기업부설연구소인정서상의 소재지를 말하는 것으로, 동 협회장이 2009.4.30. 변경승인한 기업부설연구소인정서상에서 청구법인의 연구소 소재지가 ○○○로 나타나고 있는 이상 ○○○는 더 이상 법령상 기업부설연구소로 인정받은 연구소에 해당되지 않는다고 하겠다.
더욱이, 처분청의 세무담당공무원이 2010.5.14. 출장하여 확인한 복명서에 의하면 이 사건 부동산은 관련 법령에서 규정하고 있는 연구소가 아닌 교육실습장으로 사용하고 있다고 되어 있는 점을 보면 이 사건 부동산은 연구소 용도로 사용하고 있지 아니한 것으로 보이고, 비록 청구법인이 연구소를 확장하고자 소재지를 변경하였다 하더라도 이는 청구법인의 내부사정으로 이를 정당한 사유로 인정할 수는 없다고 보는 것이 상당하다. 따라서, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.