과점주주 취득세 과세표준 산정의 적법 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인 외 4인(OOO 이하, “청구인 등” 이라 한다)은 2008.1.31. (주)OOO의 주식을 양수하여 과점주주 주식비율이 76.45%에서 97.58%로 증가되었다.
• 나. 처분청은 청구인 등이 이 건 과점주주 취득세 납세의무가 성립되었음에도 취득세 등을 신고납부하지 아니하자, 과점주주 취득세 납세의무 성립일인 2008.1.31. 현재 (주)OOO이 소유하고 있는 OOO 등 5필지 토지 5,888㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)의 시가표준액에 증가된 과점주주 비율 21.13%을 곱하여 산정한 가액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세포함)을 2010.8.10. 부과고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (주)OOO은 이 건 부동산을 1969.12.29. 매매를 원인으로 취득하여 보유하다가 OOO 구획정리사업조합에 동 사업지구내의 부동산을 전부 양도하고 토지양도원가로 손금 계상하여 장부상에서 정리하였으나, 구획정리가 완료되고 사업지구내 소유관계를 확정하는 등기부 등재과정에서 특정인에게 분양되지 않는 도로를 구획정리사업조합이 (주)OOO의 동의 없이 임의로 당초 소유자 명의로 등기한 것으로 그 재산적가치가 “영(0)”이며, 당초 취득시 취득세도 과세되지 않은 재산에 대하여 과점주주 취득세 과세대상으로 보는 것은 잘못이고, 1969.12.29. 취득하여 토지구획정리사업시 모두 양도하여 법인장부상 정리한 것을 등기부상 소유자라 하여 과점주주 취득세를 과세하는 것은 부당하고 설령, 과점주주 취득세를 과세한다고 하더라도 당초 취득 당시의 취득가액을 기초로 과세표준을 산정하여 과세하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 이 건 토지의 등기부등본에 의하면 이 건 토지의 소유자는 (주)OOO인 것으로 확인되고 있는 반면에, 청구인은 이 건 토지가 (주)OOO의 소유가 아니라고 입증할만한 자료를 제시하지 못하고 있으므로 이 건 토지는 (주)OOO의 소유로 보는 것이 타당하다. 과점주주 취득세의 납세의무는 취득당시의 장부가액을 기초로 과세표준을 산출하여 취득세 등을 산출하여야 하나 그 장부가액이 없으므로 그 과세표준은 구 지방세법 제111조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 취득세 납세의무 성립당시의 시가표준액을 사용하여 산출하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 당해 법인의 명의로 등기되어 있으나 장부가액이 없는 이 건 토지의 시가표준액을 기준으로 과점주주 취득세 과세표준을 산정하여 청구인에게 취득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제22조 (출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 한국증권선물거래소법 제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 2.과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 제105조 (납세의무자 등) ⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다.(단서생략) 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21215호로 개정되기전의 것) 제78조 (과점주주의 취득 등) ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 이 건 토지에 대한 등기부등본에 의하면 이 건 과점주주 취득세 납세의무가 성립한 날인 2008.1.31. 현재 아래 <표1>의 부동산은 (주)OOO 명의로 등기되어 있다. (나) 이 건 토지OOO의 등기부등본 갑구(소유권에 관한 사항)에는 아래 <표2>와 같이 기재되어 있다. (다) 청구인 등은 2008.1.31. (주)OOO의 주식을 취득하여 주식소유비율이 76.45%에서 97.58%로 증가되었음이 (주)OOO이 OOO에게 제출한 주식등변동상황명세서에 의하여 확인된다. (라) 처분청은 2010.8.10. 이 건 토지의 시가표준액에 증가된 과점주주 비율 21.13%을 곱하여 산정된 가액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과고지 하였다. (마) 처분청은 이 건 과세처분을 하면서 이 건 토지에 대한 시가표준액을 국토해양부의 개별공시지가 조사·산정지침에 의거 아래의 <표4>와 같이 산정하였다.

(2) 쟁점사항에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의하면 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제111조 제4항의 규정에 의하면 같은 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 하되, 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 하며, 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 하도록 규정하고 있다. (나) 위의 규정을 종합하면, 과점주주 취득세 과세표준은 납세의무성립일 현재 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 산정하는 것이 원칙이나, 취득세 과세대상자산을 소유하고 있음에도 자산가액이 장부에 누락되는 등 특별한 사유로 장부가액이 없는 경우에는 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니고, 당해 재산의 객관적인 가치를 반영할 수 있는 합리적인 방법을 적용하여 과세표준을 산출할 수 있다고 할 것이며, 시가표준액은 재산의 객관적 가치 즉, 시가를 적절히 반영하여 세법의 집행과정에 개재될 수 있는 부정을 배제하고 실질적인 조세부담의 공평과 조세정의를 실현하기 위한 목적이 있으므로 과세대상 자산의 장부가액이 없는 경우 당해 자산의 시가표준액을 기준으로 과점주주 취득세 과세표준액을 산정하는 것은 잘못이 없다고 하겠다. (다) 관련 규정과 사실관계를 살피건대, 이 건 토지의 등기부등본에 의하면 (주)OOO은 1969.12.29 매매를 원인으로 이 건 토지를 취득하여 현재까지 소유하는 것으로 기록되어 있고, 이 건 토지가 (주)OOO 이외의 자가 소유하고 있다는 반증도 없으므로 이 건 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 이 건 토지는 (주)OOO 소유로 보는 것이 타당한 점, 이 건 토지의 지목이 도로인 것으로 확인되고 있으나 재산가치가 전무하다고 볼 수 없는 점, (주)OOO의 법인장부상 이 건 토지의 장부가액이 없음에 따라 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 이 건 토지의 시가표준액을 기준으로 과점주주 취득세 과세표준을 산정하는 것이 위법하다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 과점주주 취득세 등을 과세하면서 이 건 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 그 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여 과점주주 취득세 등을 부과고지한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.