[요지] 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 그 후 그 과점주주가 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당함
[요지] 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 그 후 그 과점주주가 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당함
[주 문] 처분청이 2010.5.28. 청구법인에게 한 취득세 1,639,768,810원, 농어촌특별세 163,976,880원 합계 1,803,745,690원의 부과처분은 청구법인이 2009.5.27. 신고납부한 과점주주 간주 취득세 과세표준을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제22조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 한국증권선물거래소법 제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 제105조(납세의무자등) ① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다
⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다. 제111조(과세표준) ④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.
(2) 지방세법시행령(2009.9.21. 대통령령 제21737호로 개정되기 전의 것) 제78조(과점주주의 취득등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.
(3) 조세특례제한법(2010.5.14. 법률 제10285호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의30(제3호의 경우에는 100분의 50) 상당하는 세액을 감면한다
2. 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
(4) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조(금융투자업자) ⑦ 이 법에서 “신탁업자”란 금융투자업자 중 신탁업을 영위하는 자를 말한다. 제9조(그 밖의 용어의 정의) ＜18＞ 이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구 제80조(자산운용의 지시 및 실행) ① 투자신탁의 집합투자업자는 투자신탁재산을 운용함에 있어서 그 투자신탁재산을 보관·관리하는 신탁업자에 대하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 투자신탁재산별로 투자대상자산의 취득·처분 등에 관하여 필요한 지시를 하여야 하며, 그 신탁업자는 집합투자업자의 지시에 따라 투자대상자산의 취득·처분 등을 하여야 한다. 다만, 집합투자업자는 투자신탁재산의 효율적 운용을 위하여 불가피한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 자신의 명의로 직접 투자대상자산의 취득·처분 등을 할 수 있다. 제88조 (자산운용보고서의 교부) ① 집합투자업자는 자산운용보고서를 작성하여 해당 집합투자재산을 보관·관리하는 신탁업자의 확인을 받아 3개월마다 1회 이상 해당 집합투자기구의 투자자에게 교부하여야 한다. 다만, 투자자가 수시로 변동되는 등 투자자의 이익을 해할 우려가 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 자산운용보고서를 투자자에게 교부하지 아니할 수 있다 제90조 (집합투자재산에 관한 보고 등) ① 집합투자업자(투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)는 대통령령으로 정하는 방법에 따라 집합투자재산에 관한 매 분기의 영업보고서를 작성하여 매 분기 종료 후 2개월 이내에 금융위원회 및 협회에 제출하여야 한다. 제109조 (신탁계약) 신탁업자는 위탁자와 신탁계약을 체결하는 경우 제59조 제1항에 따라 위탁자에게 교부하는 계약서류에 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.
1. 위탁자, 수익자 및 신탁업자의 성명 또는 명칭
2. 수익자의 지정 및 변경에 관한 사항
3. 신탁재산의 종류·수량과 가격
4. 신탁의 목적
5. 계약기간
6. 신탁재산의 운용에 의하여 취득할 재산을 특정한 경우에는 그 내용
7. 손실의 보전 또는 이익의 보장을 하는 경우 그 보전·보장 비율 등에 관한 사항
8. 신탁업자가 받을 보수에 관한 사항
9. 신탁계약의 해지에 관한 사항
10. 그 밖에 수익자 보호 또는 건전한 거래질서를 위하여 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 제182조 (집합투자기구의 등록) ① 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사·투자유한회사·투자합자회사 및 투자조합(이하 ‘투자회사 등’이라 한다)은 집합투자기구가 설정·설립된 경우 그 집합투자기구를 금융감독위원회에 등록하여야 한다. 제184조 (집합투자기구의 업무수행 등) ③ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사 등은 집합투자재산의 보관·관리업무를 신탁업자에게 위탁하여야 한다.
④ 집합투자업자는 자신이 운용하는 집합투자재산을 보관·관리하는 신탁업자가 되어서는 아니 된다. 제188조 (신탁계약의 체결 등) ① 투자신탁을 설정하고자 하는 집합투자업자는 다음 각 호의 사항이 기재된 신탁계약서에 의하여 신탁업자와 신탁계약을 체결하여야 한다.(이하 생략)
(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가) 집합투자업자는 자본시장과금융투자업에관한법률(이하 ‘자금법’이라 한다)에 의하여 집합투자기구인 ‘OOO 사모 부동산투자신탁 OOO’를 2009.7.6. 금융감독원에 변경등록OOO 하였다. (나) 집합투자업자는 집합투자기구의 운용 및 관리 등을 위하여 청구법인과 신탁계약을 체결하였는 바, 그 제1조에서는 이 신탁계약은 자금법에 의한 집합투자기구로서 자금법이 정하는 바에 따라 투자신탁의 설정, 투자신탁재산의 운용 및 관리를 함에 있어 집합투자업자인 OOO자산운용(주)와 신탁업자인 (주)OOO이 수행하여야 할 업무 등 필요한 사항과 수익자의 권리 및 의무에 관한 사항을 정함을 목적으로 한다고 하고, 제2조 제3호의 ‘용어의 정의’에서는 ‘투자신탁’이라 함은 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자․운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구를 말한다라고 하고, 제4조에서는 집합투자업자는 투자신탁의 설정․해지, 투자신탁재산의 운용․운용지시 업무를 수행하고, 신탁업자는 투자신탁재산을 보관 및 관리하는 자로서 집합투자업자의 투자신탁재산 운용지시에 따른 자산의 취득 및 처분의 이행, 해지대금 및 이익금의 지급 등의 업무를 수행한다고 하고, 제5조 제3항에서는 이 투자신탁의 계약기간은 투자신탁의 최초 설정일부터 9년간으로 하나, 투자신탁의 해지시에는 투자신탁의 최초 설정일부터 투자신탁의 해지일까지로 한다라고 약정하였다. (다) 질권에 의한 주식매각조서OOO 등에 의하면 청구법인은 집합투자업자의 자산운용 지시에 따라 2009.4.30. 경락에 의하여 (주)OOO가 소유하고 있는 OOO의 주식 950,000주(액면가 5,000원, 발행일 2006.4.1.)를 3억원(집행비용 제외)에 취득하였고, 그 결과 청구법인은 지방세법 제22조 제2호에 의한 100% 과점주주에 해당하여 그 과점주주가 된 날 현재 OOO가 소유하고 있던 이 건 부동산의 장부가액 92,029,417,431원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 1,840,588,340원, 농어촌특별세 184,058,830원, 합계 2,024,647,170원을 2009.5.27. 신고납부 하였는 바, 처분청도 청구법인의 과점주주 비율 및 취득세 과세물건의 취득시기 및 과세표준에 대해서는 달리 다툼이 없는 것으로 보인다. (라) 청구법인은 집합투자업자의 자산운용 지시에 따라 2010.4.29. OOO의 부동산 수탁자인 (주)OOO과 매매로 이 건 부동산을 117,126,344,234원(부대비용 포함)에 취득하고 소유권이전등기를 경료한 후 조세특례제한법 제120조 제4항에 의하여 일부 취득세액(30%)을 감면 받고 나머지 세액인 취득세 1,639,768,810원, 농어촌특별세 163,976,880원 합계 1,803,745,690원을 2010.5.28. 처분청에 신고납부 하였다. (마) 이 건 부동산의 등기부등본(갑구) 내역에 의하면 청구법인은 신탁재산 처분에 의한 신탁으로 2010.4.29. OOO의 부동산 수탁자인 (주)OOO으로부터 환매특약부 매매로 소유권이전등기를 경료하였다.
(2) 관련 규정을 살펴보면, 지방세법 제105조 제1항 및 제6항에 의하면 취득세는 부동산·차량·기계장비 등의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도에서 그 취득자에게 부과한다고 하면서, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비 등을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고, 지방세법 제111조 제4항에 의하면 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비 등에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비 등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 하며, 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 하나, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제78조 제1항에 의하면 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다라고 규정하고, 조세특례제한법 제120조 제4항 제2호에 의하면 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의30 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. 한편, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제18항 제1호에 의하면 이 법에서 ‘집합투자기구’란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구를 말한다라고 하고, 같은 법 제80조 제1항에서는 투자신탁의 집합투자업자는 투자신탁재산을 운용함에 있어서 그 투자신탁재산을 보관·관리하는 신탁업자에 대하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 투자신탁재산별로 투자대상자산의 취득·처분 등에 관하여 필요한 지시를 하여야 하며, 그 신탁업자는 집합투자업자의 지시에 따라 투자대상자산의 취득·처분 등을 하여야 한다고 하고, 같은 법 제188조 제1항에서는 투자신탁을 설정하고자 하는 집합투자업자는 집합투자업자 및 신탁업자의 상호 등이 기재된 신탁계약서에 의하여 신탁업자와 신탁계약을 체결하여야 한다라고 규정하고 있다.
(3) 살펴 보건대, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로(대법원 1994.5.24. 선고, 92누11138 판결 참조), 이후 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257)할 것인바, 청구법인이 OOO의 100% 과점주주로서 이 건 부동산의 장부가액 92,029,417,431원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 2,024,647,170원을 2009.5.27. 신고납부하고, 2010.4.29. OOO의 부동산 수탁자인 (주)OOO으로부터 매매로 이 건 부동산을 117,126,344,234원에 취득한 후, 조세특례제한법 제120조 제4항에 의하여 일부 취득세액(30%)을 감면 받고 나머지 세액인 취득세 등 1,803,745,690원을 2010.5.28. 처분청에 신고납부 하였으므로, 청구법인이 과점주주로서 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 이 건 부동산의 취득에 대한 이중과세에 해당한다.
(4) 한편, 처분청은 지방세법 제105조 제6항에 의하여 과점주주로서 신고납부한 취득세와 같은 법 제105조 제1항에 의한 취득세는 취득의 시기, 납세의무의 성립요건 등이 각각 다르기 때문에 이는 별개의 취득행위로서 납세의무도 각각 따로 성립하는 것이므로 이 건 부동산에 대한 취득세의 부과처분은 정당하다고 주장하나, 과점주주로서 의제 취득한 이 건 부동산을 그 과점주주의 지위에서 실제로 취득하였다면 그 과점주주는 동일한 과세물건에 대하여 중복적으로 취득(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 같은 뜻)하게 되므로 처분청의 주장은 과점주주의 간주 취득세에 대한 법리를 오해한 것으로서 인정하기 어렵다. 따라서, 청구법인이 실제로 취득한 이 건 부동산에 대한 취득세 등은 이 건 부동산에 대한 취득가액에서 이미 과점주주의 지위에서 간주 취득한 그 부동산 가액을 차감하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.