기업부설연구소용 부동산을 취득한 후 그 일부를 4년내에 매각시 기 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 청구법인 및 OOOOO(O), (O)OOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO), OOOOOOOO(O)각사가 2006.8.25.(O)OO OOO OOOOOO OO OOO-OO O OOO OOOO,OOOO, OOOOO,OOOO을 매입하기로하는 매매계약을(O)OO과 각각체결하고, 그 매입 부동산 중에서 청구법인의 지분에 해당하는 토지 16,410㎡,건축물 7,693㎡를 2006.9.22. 취득한데 대하여 2006.10.20. 지방세법(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조에 의한 ‘기업부설연구소용 부동산’으로 보아 취득세 등을 면제하였으나, 청구법인은 2006.8.25. 체결한 위 5개 회사들간의 연구소 부지 정산약정서에 따라2009.11.19. 청구법인 소유의OOOOOO OO OOO-OO O OOO OOOO,OOOO O OO,OOOOOOOO(OO OOOOOOO OO)를 OOOOO(O),(O)OO, OOOOOOOO(O)〔이하 3개사를 ‘매수법인들’이라 한다〕에게 매각하고,지방세법 제282조 단서 규정에 의하여그 쟁점토지에 대한 취득세 133,308,120원,농어촌특별세 13,330,810원, 등록세 133,308,120원,지방교육세 26,661,620원,합계 306,608,670원을 2009.12.9. 신고·납부하였다. 나.청구법인은 이에 불복하여2009.12.31. 이의신청을 거쳐 2010.6.29.심판청구를제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 소유지분율 감소는 최초 연구소 공동사업 약정에 의거한 실제사용 면적 비율 확정에 따른 공유지분 비율 정산에 해당되므로 실질상 기존 매매계약의 연장선에 해당되며, 지분의 매매거래로 볼 수 없다. 비록, 청구법인을 비롯한 공동사업자들이 각자의 예정지분 비율을 등기하였으나, 이는 각자 부담한 토지 및 건물 취득자금에 대한 담보차원에서 등기한 것이며, 최초 약정시점부터 확정정산이 예정되고 확정 정산시 매매대금의 정산은 최초 계약시 적용된 감정가액을 적용함으로써 지분변동에 따른 처분손익이 발생되지 않은 점을 고려할 경우 청구법인의 보유지분 변동은 매매거래가 아닌 단순한 정산과정에 해당하는 것이다. 또한, 사업부지 공동 매입자들간의 지분비율의 변동은 있으나 청구법인을 비롯한 공동 매입자 전체의 토지용도(연구소)에는 변동이 없으므로 개별 사업자별 지분율 변동에 따른 취득세 등을 추징할 경우 지방세법 제282조의 취지에 부합되지 않을 뿐만 아니라, 공동사업 전체의 입장에서 전체부지가 연구소로 사용되고 있는 점을 고려할 때, 정산약정에 의거 공동사업자간 보유토지 지분 변경은 정당한 사유에 해당되어 기 면제된 추징사유에 해당되지 않는 것으로 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2009.11.16. 매수법인들과 쟁점토지에 대한 매매계약 체결 후, 2009.11.19. 이를 매각하였고, 매수법인들은 2009.12.17. 그 토지의 소유권을 각각의 명의로이전한 점을 볼 때,관련 회사들간의 연구소부지 정산약정에 따른 청구법인의 쟁점토지에 대한 매도가실질상 당초 매매계약의 연장선상에 있다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없고,청구법인을 포함한 (O)OO 등 5개 회사가 증축허가를 받아, 2008.10.17.임시사용승인을 득한 증축 건물 99,601.7㎡ 중 취득세 등을 신고·납부한 OOOOO 등 6,283.49㎡를 제외한 나머지 건물 연면적(93,318.21㎡)을기업부설 연구소로 사용하고 있으나, 청구법인이 기업부설연구소로 사용하고 있는 건축물은 OOOO OOOOOOOOOOO으로부터 기계기술 및 차량부품연구소로 인정을 받은 2,499.8㎡(2.6788%)로 확인되므로,2006.10.20.청구법인이 취득한토지 16,410㎡(20.42%) 중 기업부설연구소로 인정받은 건축물 면적분(2.6788%)을 초과하는 쟁점토지는 감면요건을 충족하지 못하므로 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 기업부설연구소용 부동산을 취득한 후, 그 취득시 체결한 공동매입자들간의 정산약정에 따라 그 공유지분을 4년이내 매각시 추징처분의 적법 여부
• 나. 관련법령

(1) 지방세법(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것) 제282조 (기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2)지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제228조(기업부설연구소)법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2006.8.25. (O)OO 소유의 OOOOOO OO OOO-OO O OOO OOOO,OOOO O O O OOOOOO O,OOOO, 구축물, 기계장치를 19,754,897,971원에 매수하는 부동산매매계약을 체결하고, 2006.9.22. 잔금을 지급하고,2006.10.20. 지방세법제282조에 의한 ‘기업부설연구소용 부동산’으로처분청으로부터취득세 등을 면제받은 후,2006.11.20.OOOOOO OO OOO-OO O OOO OOOO,OOOO에 대한 필지별 지분등기를 경료하였다. (나) 청구법인,(O)OO및 매수법인들은 2006.8.25. OOO OOOOO OOO-OO O OOO OO,OOOO에 대하여 OOOOOO OO OOOOO OOOOOO를 체결하였는 바, 그 주요내용은2006년 8월 각사가 합의한 부지매매는 사업부지/사업외부지분할 및 연구소 사용승인 후 건물 실사용 면적비율에 따른 사용부지의 공유지분 비율 확정을 통한 정산을 전제로 하고, 연구소 사용승인 후 최종정산시 정산대금을 공동사업자의 토지취득에 대한 최종잔금으로 하기로 합의한다는 내용으로 작성되어져 있다. (다) 청구법인을 포함한 (O)OO 등 5개 회사는 2007.4.1. 기존 건축물에 대한 증축허가를 받은 후, 2008.10.17. 증축한 건축물99,601.7㎡(이하 “이 건 연구소”라 한다)에 대하여 처분청으로부터 임시사용승인을 받았으며, 건축물 중 OOOOO 등 6,283.49㎡에 대해서는 기업부설연구소용으로 사용하지 않아 취득세 등을 신고·납부하였다. (라) 청구법인은 2009.10.14. 및 2009.12.2. 연구소명을 기계기술 연구소, 차량부품연구소로 각각 하고, 그 연구소 소재지를 OO OOO OO OOO-OO OOOO OOOO 및 동 소 OOOOO OOOOO OO OOOO O,OOOOOO로 하여 OOOOOOOOOOO으로부터 기업부설연구소 인정서(OOOOOOOOOO O OOOOOOOOOO)를 교부받았고,2010.6.15. 기업부설연구소 인정서 OOOOOOOOOO에 대한 변경(분리구역이 503㎡에서 3,674.4㎡로 변경) 승인을 받은 것(OOOOOOOOOOO OOOOO - OOOOOOOOOOO)으로 나타난다. (마)청구법인은 2006.8.25. 체결한(O)OO등 5개 회사들간의 ‘연구소 부지 정산약정서’에 따라2009.11.16.매수법인들과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 후, 2009.11.19. 이를 매각하였고, 매수법인들은 2009.12.17. 그 토지의 소유권을 각사의 명의로이전등기를 경료하였다. (바) 청구법인이2006.9.22.취득한 부동산 지분과 2009.11.19. 정산된 소유지분의 감소폭(△12.5%)이 큰 이유는 연구소 증축면적의 감소(20층→15층)에 따라 청구법인의 전체연구소 이전이 불가하여 일부 차량연구소만 이전하고 기계사업연구소를 이전하지 않음에 따라 그 소유지분이 현저하게 감소되었다는 사실을 청구법인 내부의 OOO OOO OOO OOOO OOOO 등의 서류로서 주장하고 있다.

(2) 관련 규정을 살펴보면, 지방세법 제282조 및 같은 법 시행령 제228조에 의하면 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하나, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 살펴 보건대, 청구법인은2006.9.22.(O)OO으로부터 매매계약에 의하여‘기업부설연구소용 부동산’으로 사용하기 위하여OOOOOO OO OOO-OO OOOO OOOO,OOOO를 취득하고처분청으로부터취득세 등을 면제받아, 그토지에 대한 필지별 지분등기를2006.11.20. 경료 하였고, 2009.10.14. 연구소명을 OOOO OOO로 하고, 그 소재지를 OOO OOO OO OOO-OO OOOO OOOO로 하여 OOOOOOOOOOO으로부터 기업부설연구소 인정서(OOOOOOOOOO)를 교부받았으나, 위 토지 취득시 체결한(O)OO등 5개 회사들간의 ‘연구소 부지 정산약정서’에 따라2009.11.16.매수법인들과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 후, 2009.11.19. 이를 매각하였고, 그 매수법인들은 2009.12.17. 그 토지의 소유권을 각사의 명의로이전등기를 경료하였는 바, 처분청이 청구법인이 매도한 쟁점토지를지방세법 제282조의 단서 규정의‘연구소 설치 후4년 이내에 정당한 사유없이 다른 용도로 사용하는 경우’로 보아 취득세와 등록세를 추징한 것은 달리 잘못이 없어 보인다.

(4) 한편, 청구법인은2006.9.22.취득한 부동산 지분과 2009.11.19. (O)OO 등 5개회사간의‘연구소 부지 정산약정’에 따른 그 일부 부동산 지분의 매도는 증축건물의실제사용 면적 비율 확정에 따른 공유지분 비율 정산에 해당되므로 실질상 지분의 매매거래로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 그정산약정에 의한 회사들간의 보유토지 지분 변경은 그 회사들 전체의 부지가 연구소로 사용되고 있는 점 등을 고려할 때 ‘정당한 사유’에 해당되어 기 면제된 취득세 등의 추징은 부당하다고 주장하나, 당초 매매계약에 의하여 부동산을 취득한 후 사정의 변경 등을 고려하여 그 매매기준을 약정한‘연구소 부지 정산약정’에 따라 청구법인이매수법인들과의매매계약에 의하여 쟁점토지를 매각한 법률행위는 각각의 독립적인 매매계약에 의하여 소유권의 취득 또는 이전이라는 법률효과를 창설한 것이고,지방세법 제282조의‘기업부설연구소용 부동산’에 대한 취득세 등의 감면은 부동산의 취득 주체별로 그 감면요건 여부를 판단하는 점에서 청구법인의 보유지분이 매각되어도 계열사간 전체로 보아서는 기업부설연구소라는 용도가 변함이 없어 ‘정당한 사유’가 있다는 주장도 수긍하기가 어려워 보인다. 따라서,처분청의 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 달리잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.