유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2010.6.17. 청구법인에게 한등록세 246,350,000원, 지방교육세49,270,000원 합계 295,620,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.외국인투자기업인 청구법인은 2005.7.27. 자본금 1,625억원을 증자하고 그 증자등기시 등록세 650백만원, 지방교육세 130백만원, 합계780백만원에 대한 외국인투자비율인 37.9%에 해당하는 등록세 등 295,620,000원을조세특례제한법제121조의2 및 같은 법 121조의4제1항 관련OOOOO OOOO(OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하여처분청으로부터감면을 받고 나머지 세액인 484,380,000원을 신고납부하였지만,2009.12.18.OOOOO가 위 규정에 의한 외국인투자기업의 자본금 증자등기 시 외국인 투자 지분에 해당하는 등록세가 감면이 아니라는 새로운 해석(OOOOOOOOOO)을 전 지방자치단체에 통지함에 따라 처분청은 이를 근거로 청구법인이 2005.7.27. 감면받은 등록세 등295,620,000원을 2010.6.17. 부과고지 하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여2010.7.16.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인이 2005.7.27. 증자 당시 법규 및 OOOOO 유권해석이명확히 감면으로 규정 및 해석하고 있었고, 처분청이 청구법인의 2004년증자등기시 외국인투자지분에 해당하는 등록세를 감면으로 인정하여 그 투자지분에 해당하는 등록세를 환급하는 등의 지방세 행정이 이루어진 점으로 볼 때 동 감면 규정은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 판단되어 이 건 부과처분은 지방세법제1조의2 제3항에 따라 취소되어야 한다. (2)또한, 국세기본법 기본통칙 18-0-2에 의하면 ‘새로운 세법 해석이종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다’라고 규정하고 있어 이 건 부과처분에서 인용하고 있는 OOOOO의 새로운 해석은 적용할 수 없다. (3)나아가, OOO OO(OOOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)에서언급하고 있는 신의성실의 원칙과 관련하여, 2004년도에 처분청은 등록세가 감면된다는 공적인 견해 표명이 있었고, 처분청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 것에 청구법인의 귀책사유가 없으며,청구법인은 그 견해표명을 신뢰하고 경정청구를 하였으며, 2009.6.17. 처분청이 당초 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 당사의 이익이 침해되는 결과가 초래되었으므로 이 건 부과처분은 신의성실 원칙에 위배된다고 할 수있고, 더불어, 청구법인이 과세행정을 신뢰한 나머지 경정청구 및 감면을 적용하여 신고납부 하였으며, 처분청의 부과처분의 결과 조세부담의 경제적 불이익이 발생하였으므로 소급과세금지 원칙에도 어긋난다고 할 수 있어 처분청의 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 신의성실의 원칙이나국세기본법제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이므로(OOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OO O OO), 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙이나 비과세관행에 관한 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOOOOOO의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제1조의2(해석의 기준 등) ③ 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들어진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(3) 조세특례제한법 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ①다음 각 호의어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다.다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.

1. 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

(4) 정부조직법(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것) 제34조(OOOOO) ① OOOOO장관은 국무회의의 서무, 법령 및 조약의 공포, 공무원의 복무 및 연금관리 상훈, 정부조직과 정원의 관리, 정부혁신, 행정능률, 전자정부, 정부청사의 관리, 지방자치제도, 지방자치단체의 사무지원·재정·세제, 지방자치단체간 분쟁조정, 선거, 국민투표, 민방위·재난관리 제도에 관한 사무를 관장한다. (5)OOOOO와그소속기관 직제(2005.12.9. 대통령령 제19167호로개정되기 전의 것) 제14조(지방재정세제국) ① 지방재정세제국에 국장 1인을 두고, 국장 밑에 지방세제심의관을 둔다.

② 국장은 이사관 또는 부이사관으로, 지방세제심의관은 부이사관으로 보한다.

③ 국장은 다음 사항을 분장한다.

33. 지방세관련법령 및 조세특례제한법률등 관련 국세법령의 운영

34. 지방세관련 자치법규의 입법지원 및 평가

35. 지방세 부과ㆍ징수기법의 개발ㆍ보급ㆍ개선

36. 지방세법령에 관한 질의회신 및 세무상담

37. 지방세 과세표준의 적정운영을 위한 제도의 개발ㆍ개선 및 표준지침 시달

41. 지방세 심사청구의 접수 및 심사ㆍ결정

42. 감사원 심사청구의 접수 및 의견 회신

43. 지방세 부과징수 관련 납세자 권리구제제도의 연구ㆍ개선

44. 지방세관련 판례의 분석ㆍ검토 및 자료관리

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료와 청구법인이 제시한 심리자료 등은 다음과 같다. (가) OOOOOOO은조세특례제한법제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 규정하고 있는 바, 외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당(OOOOOOOO, OOOOOOOOO)하다고 하였으나,OOOOOOOOOOOOOOOO(OOOOOOOOOOO)호에 의한 ‘외국인투자기업 증자등기에 대한등록세 감면에 관한 법규해석 및 세정운영 기준’을 지방자치단체에 알리면서조세특례제한법제121조의4 제1항 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로보아 사업용 재산에 대한 취득세·등록세·재산세를 외국인투자비율 만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니하므로 부과제척기간 미도과분에 대해서 가산세는 배제하고 추징처분하는 것이 타당하다고 통보하였다. (나) OOOOO의 지방세 해석운용 매뉴얼 1의2-1(세법해석의 기준)에 의하면 법 제1조의2 제3항에서 ‘이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후’라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다고 규정하고, 1의2-2(새로운 세법해석의 적용시점)에 의하면새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 나타나 있다. (다)청구법인은1985.2.27.설립되었고,OO OOOO OOOO OO(‘98.12.19～)을 본점 소재지로 하고, 현재 자본금은 1,789,078,500,000원이며, 목적사업은TFT-LCD, LTPS-LCD 및 OLED 등의 기술을 활용한 DISPLAY 및 관련제품의 연구, 개발, 제조, 판매 및 마케팅 등이다. (라) 청구법인은 1999.9.7. 외국인투자기업으로 등록하여 1999.9.20.OOOOO로부터 등록세 등 감면결정을 통보 받아, 2004.7.23. 1차1,680억원증자등기에 따른 등록세 672,000,000원, 지방교육세 134,400,000원을처분청에 신고납부하고, 2004.9.8. 2차 8,578,500,000원 증자등기에 따른등록세 34,314,000원, 지방교육세 6,862,800원을 처분청에 신고납부하고,2005.1.19. OOOOO OOOO(OOOOOOOO, OOOOOOOOO)을 근거로 1·2차증자등기 당시의 외국인투자비율(44.57%)에 해당하는 등록세 314,804,150원,지방교육세 62,960,830원 합계 377,764,980원을 처분청으로부터 환급받았으며, 2005.7.27. 3차 1,625억원 증자등기 시 그 당시 외국인투자비율(37.9%)에 해당하는 등록세 246,350,000원, 지방교육세 49,270,000원합계 295,620,000원을 처분청으로부터 감면받았으나, 2010.6.17. 처분청은 OOOOO의 새로운 유권해석(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에 따라 3차 증자등기 시 감면받은 등록세 등 295,620,000원을 부과고지한 사실이 확인된다.

(2) 먼저, 외국인투자기업의 증자등기 자체에 대한 등록세가 감면대상인지 여부에 관하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제121조의4 제1항에 의하면 외국인투자기업이 증자하는 경우 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 같은 법 제121조의2 및 제121조의3을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제121조의2 제4항에서는 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다고 규정하고 있으며, 그 1호 본문 전단에서 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 지방세법 제131조 내지 제136조는 부동산등기, 자동차등록 등 재산등기에 관한 사항이고 제137조는 법인의 설립과 불입, 자본증가 등 법인등기에 관하여 규정하고 있는 바, 등록세 과세체계상 법인의 재산등기와 법인등기가 명확히 구분된다 할 것이고, 외국인투자기업의 증자등기에 관하여 감면규정을 둔 입법취지가 증자분에 대하여도 법인 설립시와 동등하게 재산등기에 관하여 조세혜택을 부여하고자 하는 것으로, 법인 설립시 최초 투자에 대한 자본등기의 경우 감면이 배제됨에도 불구하고 증자분에 대한 자본등기에 대하여만 감면하는 것은 과세체계상 모순이다. (나) 따라서, 조세특례제한법 제121조의4 제1항의 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 법인 설립시 최초 투자에 대한 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용 재산에 대한 취득세·등록세·재산세를 외국인투자비율 만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 해석된다. (3)다음으로, OOOOOOO의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부에 관하여 살펴본다. (가) 일반적으로 조세법률관계에서 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙의 적용은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO). (나) 살피건대, 정부조직법(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것) 제34조는 구 OOOOOOO이 지방자치단체의 세제에 관한 사무를 관장하는 것으로 규정하고 있는 점, 조세특례제한법제121조의2 제4항이 취득세, 등록세 및 재산세를 감면하는 대상에 관하여 “외국인투자기업이 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산”이라고만 규정하고 있어 감면대상에 자본금 증자등기에 대한 등록세가 포함되는지 여부에 대하여 여러 가지 해석이 있을 수 있는 상황에서, 구 OOOOOOOO 2004.6.8. 외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신하였던 점, 이에 따라 처분청이2005.1.19. 1·2차증자등기 당시의 외국인투자비율(44.57%)에 해당하는 등록세 등을환급해주고,2005.7.27. 3차 증자등기 시 그 당시 외국인투자비율(37.9%)에 해당하는 등록세 등을 감면해 준 사실이 있는 점,2009.12.19.자 OOOOOOO의 변경된 유권해석은 그 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 납세자의 법적 안정성·정의·형평 등의 관점에서 더 합리적인 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 새로운 유권해석에 따라2010.6.17.청구법인이3차 증자등기 시 감면받은 등록세 등 295,620,000원을 부과고지한 것은잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.