[요지] 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 직전에 매도인이 복수의 감정평가법인에 의뢰하여 평가받은 그 감정가액의 평균액에 상당하고, 청구법인의 법인장부(건물 및 토지원장)에서 그 취득가격이 입증되는 535,000,000원의 장부가액을 처분청이 소득세법제101조 제1항에 의한 ‘거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우’에 해당된다고 판단하여 위 장부가액을 부인하고, 이 건 부동산의 시가표준액을 과세표준으로 삼아 취득세 등을 부과처분한 것은 지방세법제111조 제1항, 제2항 및 제5항의 법리를 오해한 것으로서 인정하기 어려움.
[주 문] 처분청이 2010.4.12. 청구법인에게 한취득세 16,157,280원, 농어촌특별세1,615,710원, 등록세 16,253,670원, 지방교육세 3,021,190원, 합계 35,968,810원의부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 2008.4.17. OOO 지하층비1호 토지 147.0052㎡ 및 건물 524.97㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을OOO로부터 매매로 취득한 후, 2008.4.21. 이 건 부동산의 취득가액535,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로개정되기 전의 것) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여산출한 취득세 10,700,000원, 농어촌특별세 1,070,000원, 등록세 10,700,000원,지방교육세 2,140,000원, 합계 24,610,000원을 신고납부 하였으나,처분청은 청구법인의 이 건 부동산의 취득에 대한 조사로그 취득이지방세법제111조 제5항 본문의 소득세법 제101조 제1항의 규정에 의한 특수관계인 간의 거래에 해당하는 것으로 보아 이 건 부동산의 시가표준액1,092,095,232원에서 기 신고가액535,000,000원을 차감한 557,095,232원을 과세표준으로 하여 산출한취득세 16,157,280원, 농어촌특별세 1,615,710원, 등록세 16,253,670원, 지방교육세 3,021,190원, 합계 35,968,810원(가산세 포함)을 2010.4.12. 부과고지하였다. 나.청구법인은 이에 불복하여 2010.7.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정되기 전의 것) 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.
2. 제1호외의 건축물(새로 건축함으로써 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다)과 선박·항공기·그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과년수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 (2)소득세법(2009.1.1. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제1조(납세의무) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 개인은이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
1. 국내에 주소를 두거나 1년이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다) 제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.
(3) 소득세법 시행령(2009.1.1. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제98조(양도소득의 부당행위계산) ① 법 제41조및 제101조에서 “특수관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다.
1. 당해 거주자의 친족
2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족
3. 당해 거주자의 종업원외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족
4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총 발행주식수 또는 총 출자지분의 100분의 30이상이거나당해 거주자가 대표자인 법인 제167조 (양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.
1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때
2. 그 밖에 특수관계 있는 자와의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때
④ 제98조제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.
⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 조세특례제한법 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 본문중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 조세특례제한법 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다.
⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
(4) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등)① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 한국증권선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.
② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).다만, 주식등을 제외한다.
(2) 관련 규정을 살펴보면, 지방세법제111조 제5항 제3호에 의하면 취득세의 과세표준은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(소득세법 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 사실상의 취득가격에 의하도록 하고,소득세법 제101조 제1항에 의하면납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있으나,소득세법 시행령제167조 제6항에 의하면개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등)의 규정에 의한 가액에 해당되어당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조(부당행위 계산의 부인)의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 하고, 법인세법 시행령 제89조 제2항에서는 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한경우에는부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액) 등을순차로 적용하여 계산한 금액에 의하도록 규정하고 있다.
(3) 살펴 보건대, 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것(대법원 2004.3.12. 선고 2003두9411 판결 같은 뜻)이고, 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 소득세법 시행령 제167조 제6항에서 규정하고 있으므로, 2008.4.17. 청구법인이 OOO로부터 이 건 부동산을 취득하기 직전에 매도인 OOO가 일반거래용으로 복수의 감정평가법인에 의뢰하여 평가받은 그 감정가액의 평균액에 상당하고, 청구법인의 2008사업년도 법인장부(건물 및 토지원장)에서 그 취득가격이 입증되는 535,000,000원의 장부가액을 처분청이 소득세법 제101조 제1항에 의한 ‘거주자와특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우’에 해당된다고 판단하여 위 장부가액을 부인하고, 이 건 부동산의 시가표준액을 과세표준으로 삼아 취득세 등을 부과처분한 것은 지방세법제111조 제1항, 제2항 및 제5항의법리를 오해한 것으로서 인정하기 어렵다. 따라서,처분청에서 이 건 부동산의 시가표준액과 청구법인이 신고한 취득가액의 차액을 과세표준으로 하여 산정한 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.