건설업을 영위하던 중소기업자가 제조업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우 이를 창업중소기업이 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 2008.10.9.부터 2009.2.4.까지의 기간 중에 OOOOOOOOOO OOO OOO OOOO OO OO,OOOO(지목변경분 11,168㎡포함) 및건축물 3,870.08㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한데대하여 창업중소기업이 당해 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산의취득으로하여 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제 받고, 재산세의 100분의 50을감면받았다. 나.그 후, 처분청은 청구법인이 창업중소기업 업종에 해당하지 아니하는건설업으로 등록한 후, 제조업을 추가하였으므로 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상의 감면대상에해당하지 아니한다고 보아 이 건 부동산의 취득가액 2,580,563,000원을과세표준으로 하여 산출한 취득세69,304,860원, 농어촌특별세 6,930,430원,등록세 21,812,300원, 지방교육세 4,183,580원, 재산세 720,860원, 합계102,952,030원(가산세 포함)을 2010.5.10. 청구법인에게 부과고지 하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2010.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 정관이나 법인등기부등본에 사업목적을 제조업으로표기하여 설립당시부터 제조업을 염두에 두고 사업을 개시하였으며,제조업을 영위하기 위하여는 상당한 시일이 소요되는 점을 감안하면 건설업은 제조업에 따른 부수업으로 그 수입금액은제조업의창업단계에 발생하는 보충적인 수입금액에 불과하고, 청구법인이 영위한 건설업은 비닐하우스 설치용 쇠파이프를 생산하여 시공·판매하는 것이므로 독립적인건설업이 아닌 제조업의 한 형태라 할 수 있다.

(2) 청구법인은 중소기업창업지원법 제2조 제2호에서 규정하고있는 바와 같이 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이지나지아니하였고, 창업사업계획승인 전 자가공장을 보유하고 있지 아니하였으므로 창업중소기업에 해당함에도 처분청이 실질과세원칙을 따르지아니하고 청구법인이 당초 건설업을 영위하다가제조업을 추가하였다 하여창업중소기업에 해당하지 아니한다고 판단하여 가산세까지 포함하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 2007.5.10부터 2008.12.31.까지의 기간 중에 작성한 손익계산서상 매출액은 공사수입금, 매출원가는 공사원가명세서상 당기공사원가인 도급공사매출원가로 구성되어 있고, 부가가치세신고서(2007년,2008년)상에도 업종을 건설업으로 신고한 사실이 확인되므로 청구법인은창업당시부터 건설업을 영위하여 왔다 할 것이며, 조세특례제한법상창업중소기업 업종에 해당하지 아니하는 건설업종으로 사업을 영위하다가 제조업을 추가로 등록하였다면, 새로운 사업을 최초로 개시하는것이 아닌 업종추가의 경우로서 이는 창업에 해당되지 아니한다 할 것이므로 청구법인의주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 건설업을 영위하던 중소기업자가제조업에사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우 이를 창업중소기업이 당해 사업에 사용하기위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항의 규정에 의하여 창업보육센터 사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초의 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료되는 과세연도 까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는제조업,광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업·대통령령이 정하는 관광객이용시설업·국제회의업·유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립·운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 제119조(등록세의 면제 등)③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 1.창업중소기업,창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 제120조(취득세의 면제 등) ③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은세액을 추징한다. 제121조(재산세의 감면) 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 재산(건축물 부속토지 경우에는 대통령령이 정하는 공장입지기준면적이내 또는 대통령령이 정하는 용도지역별적용배율이내의 부분에 한한다)에 대하여는 창업일부터 5년간 재산세의 100분의 50에상당하는 세액을 감면한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2007.4.19. 상호를 주식회사 OOOO로, 업종을 창호공사업, 철물공사업 및 제조업 등으로 하여 설립되었고,2007.11.14. 창호공사업 및 철물공사업을 업종에서 삭제하고 금속구조물창호공사업을 업종에 추가하였으며, 2008.8.18. 금속조립구조제 제조 및 선박구성부분품 제조를 업종에 추가하고, 2008.10.15. 상호를 주식회사 OOOOO로 변경한 후, 2009.3.12. 농업용파이프제조를 업종에 추가한 사실이 청구법인의 등기사항일부증명서에서 알 수 있다. (나) 또한, 2009.3.16. OO세무서장이 발행한 청구법인의 사업자등록증에는 개업년월일이 2007.5.10.이고, 사업의 종류는 농업용파이프 제조, 금속구조물창호공사 건설업, 온실설치공사 건설업으로 표기되어있고, 2008.10.13. 발행한 (사업자등록교부이력)사실증명에는 2007.5.10.부터 발행일 현재까지의 청구법인(OOOO OOOO)의 업종은 금속구조물 건설업으로 기재되어 있고, 청구법인은 2008.9.23. 처분청으로부터업종을 선박구성부분품 제조업 및 금속조립구조재 제조업으로 하여 창업사업계획승인을 받았다. (다) 한편, 2007년 제2기분부터 2008년 제2기분까지의 청구법인의부가가치세 신고서 내역서상의 업태는 건설, 업종은금속구조물창호공사(금속구조물공사)이고, 2009년 제1기분부터 제조(농업용파이프)가 포함되어 있으며, 청구법인의 2007.5.10.부터 2008.12.31.까지의 손익계산서에서 매출액은 공사수입금이고, 매출원가는 도급공사 매출원가인 사실을알 수 있다. (2)조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항에서창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에취득하는 사업용 재산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제3항에서 창업중소기업의 범위는 제조업, 광업 등을 영위하는 중소기업으로 한다고 규정하고있으므로중소기업이 창업 당시부터같은 법제6조 제3항에 규정된업종을영위하는 경우에창업중소기업으로 보는 것이 상당하고,조세감면과관련된창업중소기업의 요건 등은 같은 법에서규정하고 있는 바에따라판단하여야 할 것이고,창업중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재만을 가지고 판단할 것이아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하여야 할 것이다. (3)청구법인의 경우2007.4.19.법인등기부등본 및 사업자등록증에건설업과 제조업을 업종으로 하여 설립되었으나 창업업종에 해당하지 아니하는 건설업으로 사업을 개시하여 2008.12.31.까지 건설업만을 영위하였고,2008.8.18. 금속조립구조제 제조 및 선박구성부분품 제조를 업종에 추가한 후,2008.9.23. 처분청으로부터업종을 선박구성부분품 제조업 및 금속조립구조재제조업으로 하여 창업사업계획승인을 받아,2008.10.9.부터 2009.2.4.까지의 기간 중에 이 건 부동산을 취득하여2009.3.12. 농업용파이프제조를 업종에 추가하였으므로 청구법인은 조세특례제한법 제6조 제3항의 규정에 의한창업중소기업에 해당된다고 보기 어렵고, 제조업을 영위하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였으므로 업종추가의경우에 해당한다 할 것인바,비록,청구법인이이 건 부동산을 창업일부터 4년 이내에취득하였다하더라도이 건 부동산은 같은 법 제119조제3항 제1호 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 볼 수는 없다할 것이다. (4)또한,신고납세방식의 조세인 취득세와 등록세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다. (5)청구법인은조세특례제한법에서 규정하고 있는 창업중소기업에해당하지 아니함에도 이 건 부동산 취득 당시 청구법인이 창업중소기업에 해당된다고 잘못 판단하여 지방세 감면신청을 하였고, 처분청 또한 사실관계를 오인하여 착오로 취득세 등을 면제하였다가 뒤늦게이 건 취득세 등을 부과고지한 것으로써 청구법인은 이 건 부동산취득에 따른 취득세 등을 신고·납부하였어야 함에도 그 납세의무를이행하지 아니한 이상, 처분청이 사실관계를 오인하여 청구법인의 지방세감면신청을 받아들인 잘못이 있다 하더라도 이를 이유로 청구법인이신고·납부의무를 제대로 이행하지 아니한 정당한 사유가 존재한다고도할 수 없으므로 처분청이 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 추징한처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.