등록세를 적법하게 납부한 이후 법률의 변경으로 과오납금이 발생한 경우 환부이자 기산일 적용이 적정한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2010.3.16. 청구법인에게 환부한 1,443,481,920원 중 환부이자3,481,920원은 2010.2.19.이 아닌 2010.1.2.을 기산일로 하여 산출한 금액으로 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2009.5.21. 개정된 OOOOOOOOO에 의하여 OOOOOO에서 인적분할된 법인으로 자본금 등기와 관련하여 300,000,000,000원을 과세표준으로 하여 등록세 1,200,000,000원, 지방교육세 240,000,000원, 합계 1,440,000,000원을 2009.10.28. 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 조세특례제한법 제119조 제1항 제31호 및같은 법시행령 제116조 제9항의 규정에 의하여 당초 청구법인이 신고·납부한이 건 등록세 등을 취소하고 2010.2.18.을 환부기산일로 하여 산출한 환부금 1,443,481,920원(환부이자 3,481,920원 포함)을 2010.3.16. 청구법인에게 환부(이하 “이 건 과오납금 환부처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 등록세 및 지방교육세 과오납금에 대한 환부이자 기산일은 시행령시행일의 익일(2010.2.19.)이 아닌, 구 지방세법 제47조 제3호의 규정에 따라 법률 시행일의 익일인 2010.1.2.로 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인데 (OO OOO OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO), 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제31호에서는 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 상법 제530조의2부터 제530조의11까지의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 분할을하는 경우 그에 따른 법인의 설립 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하면서 그 구체적인 감면요건으로서의 분할의 범위를 하위법령인 대통령령으로 정하도록 하여 2010.2.18. 관련법령을 신설하여적용하고 있고, 구 지방세법 제47조 제3호에서는 적법하게 납부 또는납입된 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일부터 환부이자를 계산하도록 규정하고 있는데, 여기서 법률의 변경이라 함은 하위법령 없이 그 법률 자체만으로 변경되어시행이 완전한 경우라면 그 법률 자체를 적용하면 될 것이나, 그 법률의시행요건을 대통령령 등 하위 법령에 위임하여 그 시행요건을 구체적으로 명시하고 있는 경우에는 그 위임된 사항이 구체적으로 정해진 때에 그 법률의 변경이 완성되는 것이므로, 이 사건 심판청구의 환부이자 기산일의 시점은 관련법령이 신설되어 법률변경이 완성된 2010.2.18.의 익일인 2010.2.19.을 기산일로 하여 적용하는 것이라 하겠으므로 처분청에서 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제31호 및 같은법 시행령 제116조 제9항 제1호의 규정에 따라 2010.3.16. 부과취소 결정을 하고 2010.2.19.을 환부기산일로 하여 환부이자 3,481,920원을 포함한 환부금 1,443,481,920원을 환부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 등록세를 적법하게 납부한 이후 법률의 변경으로 과오납금이 발생한경우 환부이자 기산일 적용이 적정한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제46조(환부이자 계산) 납세의무자 또는 특별징수의무자가 납부 또는 납입한 지방자치단체의 징수금에 과오납이 있을 경우에 그 과오납금을 제45조 제1항의 규정에 의하여 충당하거나 환부할 때에는 제47조의 규정에 의한 날로부터 과오납금을 충당하는 날 또는 과오납금의 지급결정을 하는 날까지 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “환부이자”라 한다)을 환부 또는 충당할 금액에 가산한다. 제47조(환부이자의 기산일) 지방자치단체의 장이 제46조의 규정에 의하여 환부이자를 계산하는 경우에 그 기산일은 다음 각 호의 정하는 바에 의한다.

3. 적법하게 납부 또는 납입된 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일

(2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. 31.공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 상법 제530조의 2부터 제530조의 11까지의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 분할을 하는 경우 그에 따른 법인의 설립 등기 부칙 제1조(시행일)이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분(“법인세법 제46조제2항”의 개정부분만 해당한다), 제46조 제4항, 제47조의3(“2012년 12월 31일”의 개정부분은 제외한다) 및 제117조 제1항 제14호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제111조, 제111조의2, 제113조 및 제140조의 개정규정 중 교통·에너지·환경세의 폐지와 관련된 부분은법률 제9346호 교통·에너지·환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. 제24조(공공기관의 구조개편을 위한 분할에 대한 과세특례에 관한 적용례) ② 제119조제1항제31호 및 제32호의 개정규정은 2009년 6월 1일 이후 최초로 등기하는 분부터 적용한다

(3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제42조의2(공기업 민영화에 따른 분할에 대한 과세특례) ①법 제45조의2에서 “대통령령으로 정하는 분할”이란다음 각 호의 어느 하나에해당하는 분할을 말한다. 1.OOOOOO법 제50조 제1항에 따른 OOOOOO의 분할

2. 그 밖에 민영화 등의 구조개편을 위한 공공기관의 분할로서 기획재정부령으로 정하는 분할 제116조(지방세면제) ⑨법 제119조 제1항 제31호에서“대통령령으로 정하는 분할”이란제42조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 분할을 말한다. 부칙 제1조(시행일)이 영은 공포한 날부터 시행한다.다만, 제106조제7항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제104조의7 제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

(4) OOOOOO법(2009.5.21. 법률 제9703호로 개정된 것) 제50조(설립) ① OOOOOO은 금융서비스 역량강화 및 원활한 민영화 추진을 위하여 상법 제530조의2에 따른 회사분할을 함으로써 산은금융지주주식회사(이하 “산은지주회사”라 한다) 및 한국정책금융공사법에 따른 한국정책금융공사를 설립한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 본점 소재지를 OOOOO OOOO OOOO OOOO으로 하고, 정부가 전액 출자하여 1954.4.3. 설립한 법인으로, 2009.5.21.개정된 OOOOOOOOO에 따라 조직변경을 한 후2009.10.28. 그자본금을 300,000,000,000원으로 설립등기를 하면서 같은 날설립등기에따른 이 건 등록세 등을 신고·납부하였다.

(2) 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010.12.31.까지 상법 제530조의2부터 제530조의11까지의 규정에 따라 대통령령으로정하는 분할을 하는 경우 그에 따른 법인의 설립 등기에 대하여 등록세를면제하는 것을 내용으로 하는 조세특례제한법 제119조 제1항 제31호는2010.1.1. 시행일로 하여 2010.1.10. 신설 공포되었고, 그 세부적인 사항을 규정한 같은 법 시행령 제116조 제9항은 2010.2.18. 신설 공포됨과동시에 시행되었다.

(3) 청구법인은 2010.3.11. 처분청에 위 지방세법령 및 조세특례제한법령을 근거로 하여 2009.10.28. 신고납부한 이 건 등록세 등의환부를 청구하였고, 이에 처분청은 청구법인이 신고납부한 이 건 등록세 등에 그 기산일을 위 조세특례제한법 시행령 개정 시행일 익일인 2010.2.19.로 하여 산출한 환부이자 3,481,920원을 합한 금액을 2010.3.16. 청구법인에게 환부하였다.

(4) 살피건대, 구 지방세법 제47조 제3호에서 환부이자 기산일을 법률로만 한정하고 있는 점, 조세특례제한법 제119조 제1항 제31호에서 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지상법 제530조의 2부터 제530조의 11까지의 규정에 따라 대통령령으로정하는 분할을 하는 경우 그에 따른 법인의 설립 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 하면서 그 범위 등을 대통령령에 위임하고 있지만,같은 법 시행령 제42조의2 및 제116조 제9항에서 공공기관의 범위를청구법인을 비롯한 민영화 등의 구조개편을 추진하고 있는 공공기관을모두 포함하고 있어 위 시행령의 규정이 없다 하더라도 위 조세특례제한법 그 자체만으로도 변경의 효과를 가져올 수 있다고 볼 수 있는점,청구법인은 위 조세특례제한법령의 관련 조항이 신설되기 이전에 이미민영화 등의 구조개편을 위해 OOOOOOOOO이 개정되어 설립된 점등을 종합하여 볼 때, 이 건 등록세 등의 환부처분에 있어 그 환부이자 기산일을 위 조세특례제한법 시행일의 익일인 2010.1.2.로 봄이타당하다. 따라서 처분청이 환부이자 기산일을 조세특례제한법 시행령 시행일의익일이라고 판단하여 청구법인에게 한 이 건 과오납금 환부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여주문과 같이 결정한다.