등록세를 적법하게 납부한 이후 법률의 변경으로 과오납금이 발생한 경우 환부이자 기산일 적용이 적정한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2010.3.10. 청구인에게 환부한 46,367,016,160원 중 환부이자 86,082,520원은 2010.2.19.이 아닌 2010.1.2.을 기산일로 하여 산출한 금액으로 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 법인등기부등본상 자본금을 10,000,000,000,000원에서 9,641,861,175,000원으로 변경하는 등기를 하면서 2009.8.27. 변경된 자본금 9,641,861,175,000을 과세표준으로 하고 지방세법 제137조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 38,567,444,700원, 지방교육세 7,713,488,940원, 합계 46,280,933,640원(이하 “이 건 등록세 등”이라 한다)을 신고납부 하였다.
• 나. 그 후 처분청은 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호 및같은 법 시행령 제116조 제10항의 규정에 의하여 당초 청구법인이 신고납부한 이 건 등록세 등을 취소하고 2010.2.19.을 환부기산일로 하여산출한 환부금 46,367,016,160원(환부이자 86,082,520원 포함)을 2010.3.10.청구법인에게 환부하였다(이하 “과오납금 환부처분”이라 한다).
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2010.3.3. 처분청에 이 건 등록세 등에 대한 과오납금 환부청구를 하였고, 처분청은 이 건 등록세 등과 2010.2.19.을 환부기산일로 하여 산정한 환부이자 86,082,520원을 2010.3.10. 환부하였는바, 지방세법 제46조에서 납세의무자가 납부한 징수금에 과오납이 있을 경우에 이를 환부할 때에는 제47조의 규정에 의한 날로부터 과오납금의 지급결정을 하는 날까지 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율에 따라 계산한 금액을 환부할 금액에 가산한다고 규정하고 있고, 같은 법 제47조 본문 및 제3호에서 환부이자를 계산하는 경우 적법하게 납부한 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일을 기산일로 한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 부칙 제1조 본문에서 이 법은 2010.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있으므로, 이 건 등록세 등에 대한 환부이자는 2010.2.19.이 아닌 조세특례제한법 시행일의 익일인 2010.1.2.을 기산일로 하여 다시 산정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호에서 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 자본금을 주식으로 분할하는 경우 그에 따른 자본금의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제116조 제10항 제1호에서 OOOOOOO 제4조에 따라 OOOOOO의 자본금을 주식으로 분할하는 경우 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제47조에서 지방자치단체의 장이 제46조의 규정에 의하여 환부이자를 계산하는 경우에 그 기산일은 다음 각 호의 정하는 바에 의한다고 하면서, 그 제3호에서 적법하게 납부 또는 납입된 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일이라고 규정하고 있어, OOOOOOO 제4조에 따라 OOOOOO의 자본금을 주식으로 분할하는 경우 그에 따른 자본금의 등기에 대하여 등록세를 면제한다는 조세특례제한법 시행령 제116조 제10항 제1호의 규정에 따라 청구법인이 신고납부한 이 건 등록세 등을 전부 부과 취소하고 이 건 등록세 등과 2010.2.19.을 기산일로 하여 산정한 환부이자 86,082,520원을 합한 46,367,016,160원을 2010.3.10. 환부하였는바, 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호에서는 OOOOOOO 제4조에 따라 OOOOOO의 자본금을 주식으로 분할하는 경우와 그 밖에 민영화 등의 구조개편을 위하여 공공기관의 자본금을 주식으로 분할하는 경우 한시적으로 2010년 12월 31일까지 등록세를 면제한다고 규정하면서 그 구체적인 감면요건으로서의 분할의 범위를 하위법령인 대통령령으로 정하도록 하여 2010.2.18. 관련법령을 신설하여 적용하고 있고, 지방세법 제47조 제3호에서는 적법하게 납부 또는 납입된 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일부터 환부이자를 계산하도록 규정하고 있는데, 여기서 법률의 변경이라 함은 하위법령 없이 그 법률 자체만으로 변경되어 시행이 완전한 경우라면 그 법률 자체를 적용하면 될 것이나, 그 법률의 시행요건을 대통령령 등 하위 법령에 위임하여 그 시행요건을 구체적으로 명시하고 있는 경우에는 그 위임된 사항이 구체적으로 정해진 때에 그 법률의 변경이 완성되는 것이어서 관련법령이 신설됨으로써 법률변경이 완성된 2010.2.18.의 익일인 2010.2.19.을 이 건 심판청구의 환부이자 기산일로 적용함이 타당하다 하겠으므로, 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호 및 같은 법 시행령 제116조 제10항 제1호의 규정에 따라 2010.3.10. 이 건 등록세 등의 취소결정을 하고 2010.2.19.을 환부기산일로 하여 20일이 경과한 환부이자 86,082,520원을 포함한 환부금 46,367,016,160원을 환부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 등록세를 적법하게 납부한 이후 법률의 변경으로 과오납금이 발생한 경우 환부이자 기산일 적용이 적정한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제46조【환부이자 계산】납세의무자 또는 특별징수의무자가 납부 또는 납입한 지방자치단체의 징수금에 과오납이 있을 경우에 그 과오납금을 제45조 제1항의 규정에 의하여 충당하거나 환부할 때에는 제47조의 규정에 의한 날로부터 과오납금을 충당하는 날 또는 과오납금의 지급결정을 하는 날까지 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “환부이자”라 한다)을 환부 또는 충당할 금액에 가산한다. 제47조【환부이자의 기산일】지방자치단체의 장이 제46조의 규정에 의하여 환부이자를 계산하는 경우에 그 기산일은 다음 각 호의 정하는 바에 의한다.

3. 적법하게 납부 또는 납입된 후의 법률의 변경으로 인한 과오납금에 있어서는 그 법률의 시행일의 익일

(2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제119조【등록세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.

32. 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 자본금을 주식으로 분할하는 경우 그에 따른 자본금의 등기 부칙 제1조【시행일】이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분(“법인세법 제46조제2항”의 개정부분만 해당한다), 제46조 제4항, 제47조의3(“2012년 12월 31일”의 개정부분은 제외한다) 및 제117조 제1항 제14호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제111조, 제111조의2, 제113조 및 제140조의 개정규정 중 교통·에너지·환경세의 폐지와 관련된 부분은 법률 제9346호 교통·에너지·환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. (3)조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제116조【지방세 면제】⑩ 법 제119조 제1항 제32호에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 자본금을 주식으로 분할하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2010.2.18>

1. OOOOOOO 제4조에 따라 OOOOOO의 자본금을 주식으로 분할하는 경우

2. 그 밖에 민영화 등의 구조개편을 위하여 공공기관의 자본금을 주식으로 분할하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 부칙 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제104조의7 제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

(4) OOOOOO법(2009.5.21. 법률 제9703호로 개정된 것) 제4조【자본금】OOOOOO의 자본금은 20조원의 범위에서 정관으로 정하되, 주식으로 분할한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 본점 소재지를 OOOOO OOOO OOOO OOOO로 하고, 정부가 전액 출자하여 1954.4.3. 설립한 법인으로, 2009.5.21. 개정된 OOOOOOO에 따라 조직변경을 한 후 2009.8.27. 그 자본금을 10,000,000,000,000원에서 9,641,861,175,000원으로 변경하는 등기를 하면서 같은 날 자본금 변경등기에 따른 이 건 등록세 등을 신고납부하였다.

(2) 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010년 12월 31일까지 자본금을 주식으로 분할하는 경우 그에 따른 자본금의 등기에 대하여 등록세를 면제하는 것을 내용으로 하는 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호는 2010.1.1. 시행일로 하여 2010.1.10. 신설 공포되었고, 그 세부적인 사항을 규정한 같은 법 시행령 제116조 제10항 제1호는 2010.2.18. 신설 공포됨과 동시에 시행되었다.

(3) 청구법인은 2010.3.3. 처분청에 위 지방세법령 및 조세특례제한법령을 근거로 하여 2009.8.27. 신고납부한 이 건 등록세 등의 환부를 청구하였고, 이에 처분청은 청구법인이 신고납부한 이 건 등록세 등에 그 기산일을 위 조세특례제한법 시행령 개정 시행일 익일인 2010.2.19.로 하여 산출한 환부이자 86,082,520원을 합한 금액을 2010.3.10. 청구법인에게 환부하였다.

(4) 살피건대, 지방세법 제47조 제3호에서 환부이자 기산일을 법률로만 한정하고 있는 점, 조세특례제한법 제119조 제1항 제32호에서 공공기관이 민영화 등의 구조개편을 위하여 2010.12.31.까지 자본금을 주식으로 분할하는 경우 그에 따른 자본금 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 하면서 그 범위 등을 대통령령에 위임하고 있지만, 같은 법 시행령 제116조 제10항 제1호 및 제2호에서 공공기관의 범위를 청구법인을 비롯한 민영화 등의 구조개편을 추진하고 있는 공공기관을 모두 포함하고 있을 뿐만 아니라 자본금을 주식으로 분할하는 경우라고 규정하고 있어 위 시행령의 규정이 없다 하더라도 위 조세특례제한법 그 자체만으로도 변경의 효과를 가져올 수 있다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 공공기관으로서 위 조세특례제한법령의 관련 조항이 신설되기 이전에 이미 민영화 등의 구조개편을 위해 관련법령을 개정한 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 등록세 등의 환부처분에 있어 그 환부이자 기산일을 위 조세특례제한법시행일의 익일인 2010.1.2.로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 환부이자 기산일을 조세특례제한법 시행령 시행일의 익일이라고 판단하여 청구법인에게 한 이 건 과오납금 환부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.