[요지] 하나의 과세대상에 대하여 납부부분은 중과세대상이고 감면부분은 일반과세대상이라고 구분할 수 없고, 지방세법제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감규정은 등록세의 세율 인하가 아닌 산출세액의 100분의 50을 경감하는 것이라 할 것이므로 대도시 내 법인의 등록세 중과세 규정과 주택거래에 대한 경감 규정이 동시에 적용되는 경우 그 등록세는 과세표준에 지방세법제131조제1항제3호(2)에서 규정한 표준세율(1,000분의 20)에 같은 법 제138조제1항의 중과세율(100분의 300)을 곱하여 산출한 세액에서 같은 법 제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감율(100분의 50)을 적용하여 산출한 세액이라고 할 것임.
[주 문] 처분청이 2010.4.16. 청구법인에게 한 등록세 124,000,000원, 지방교육세 24,800,000원, 합계 148,800,000원의 부과처분(신고납부)은 등록세 과세표준에 지방세법 제138조 제1항에서 규정한세율(1,000분의 20 × 100분의 300)을 적용하여 세액을 산출한 후, 그 세액에 주택거래에 대한 경감률(100분의50)을 적용하여 산출한 금액을 납부하여야 할 등록세액으로 하여 각각 그 세액을경정한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 2010.4.16. OOOOO OOO OOO OOO-OO O OOOOOO O O OO OO OOOOOOO(OOOOO OOOO OO OO O OOOOOO OO)에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료하면서, 같은 날 그 취득가액 2,480,000,000원에 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)목의 일반세율(2%)을 적용한 세액에서 같은 법 제273조의2에 의한 경감세액(등록세 경감세율: 1%)을 차감한 세액을 다시 같은 법 제138조 제1항에서 규정하는 중과세율(6%)을 적용하여 산출한 세액에서 차감하여 산출한 등록세 124,000,000원 및 지방교육세 24,800,000원, 합계 148,800,000원(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)을 신고납부하였고, 처분청은 이를 수납하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 3.대도시내에서의 법인의설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그설립·설치·전입이후의 부동산등기 제273조의2(주택거래에 대한 감면)유상거래를 원인으로취득ㆍ등기하는 주택에 대한취득세는 제112조제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감하고,등록세는 제131조제1항제3호 (2)목의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다.
(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조제1항제3호에서"법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며,"그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은법인 또는 지점등이설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
(1) 청구법인은 2007.3.14. OOOOO OOO OOO OOO-O OOOOO OO을 본점으로 하여 설립되었고, 2010.4.16. 다가구주택 9가구인 이 건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였으며, 같은 날 그 취득가격 2,480,000,000원을 과세표준으로 하고 등록세 중과세율(1,000분의 60)과 등록세 표준세율(1,000분의 20)에 주택의 유상거래에 따른 경감율(100분의 50)을 적용하여 산출한 등록세 등 148,800,000원을 신고납부하였고, 위 2010.4.16.자 등기가 대도시 내 법인의 부동산 등기로서 등록세 중과세대상이라는 점에서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.
(2) 청구법인과 처분청의 등록세 산출방식을 비교하면 아래와 같다. 청구법인 주장 처분청 주장 과세표준 2,480,000,000 과세표준 2,480,000,000 등록세율 × 0.06 등록세율 × 0.06 등록세산출총액 = 148,800,000 등록세산출총액 = 148,800,000 주택감면세액 (과표×6%×50%) (-) 74,400,000 주택감면세액 (과표×2%×50%) (-) 24,800,000 총납부세액 74,400,000 총납부세액 124,000,000 지방교육세 14,880,000 지방교육세 24,800,000 합 계 89,280,000 합 계 148.800,000
(3) 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)에서 등록세의 표준세율은 부동산가액의 1,000분의 20이라고 규정하고, 같은 법 제138조 제1항에서 대도시 내 법인이 설립된 이후의 부동산 등기에 대한 등록세는 위 표준세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제273조의2에서 유상거래를 원인으로 취득ㆍ등기하는 주택에 대한 등록세는 제131조 제1항 제3호 (2)의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.
(4) 살펴보면, 하나의 과세대상에 대하여 납부부분은 중과세대상이고 감면부분은 일반과세대상이라고 구분할 수 없고, 지방세법 제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감규정은 등록세의 세율 인하가 아닌 산출세액의 100분의 50을 경감하는 것이라 할 것이므로 대도시 내 법인의 등록세 중과세 규정과 주택거래에 대한 경감 규정이 동시에 적용되는 경우 그 등록세는 과세표준에 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)에서 규정한 표준세율(1,000분의 20)에 같은 법 제138조 제1항의 중과세율(100분의 300)을 곱하여 산출한 세액에서 같은 법 제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감율(100분의 50)을 적용하여 산출한 세액이라고 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOO OO OO OO). 따라서 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 신고납부한 등록세는 그 산출방법에 일부 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.