[요지] 종교단체인 재단법인 ○○○인 점 등을 종합하여 보면, 종교단체 경내에 위치하고 있는 이 건 부동산은 선교활동이나 학생들의 종교교육을 위해 직접 사용하였다고 봄이 타당한 측면이 있으므로, 처분청의 이 건 부동산에 대한 취득세 등 부과고지처분은 부당한 처분임
[요지] 종교단체인 재단법인 ○○○인 점 등을 종합하여 보면, 종교단체 경내에 위치하고 있는 이 건 부동산은 선교활동이나 학생들의 종교교육을 위해 직접 사용하였다고 봄이 타당한 측면이 있으므로, 처분청의 이 건 부동산에 대한 취득세 등 부과고지처분은 부당한 처분임
[주 문] 처분청이 2010.3.10. 청구인에게 한 취득세 4,615,180원, 농어촌특별세 1,153,770원, 등록세 4,615,180원, 지방교육세 860,430원의 부과고지처분은 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기
(2) 지방세법 시행령 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 이 건 부동산은 ○○○ 소재 건축물 174.54㎡ 및 토지 219.60㎡로, 일반건축물대장 및 부동산등기부등본상 용도는 주택으로 되어있고, 2009.12.23. 철거된 것으로 나타나며, 지적도 등본상 이 건 부동산은 청구인 경내에 본당, 교육관1, 2, 미션홈과 함께 위치한 것으로 나타난다. (나) 신고관련 자료 등에 의하면, 청구인은 2006.10.17. 이 건 부동산을 재단법인 ○○○으로부터 313,000,000원에 취득(2006.11.8. 소유권이전등기 경료)하여 세액의 50％는 주택유상거래 감면을 받고, 종교용도(교회 회의실 및 사무실)로 사용한다는 사용목적확인서를 처분청 제출하여 나머지 세액인 취득세 3,130,000원, 농어촌특별세 782,500원, 등록세 3,130,000원, 지방교육세 626,000원, 합계 7,668,500원은비과세 받았다. (다) 처분청의 조사복명서를 보면, 2009.12.1. 처분청 담당공무원은 이 건 부동산에 대한 현장조사를 실시하여 조사일 현재 청구인이 유예기간내 종교용도로 사용하지 않고 부목사 및 전도사의 사택으로 사용하다가 매각한 사실을 확인하였고, 동 일자로 이 건 부동산은 ○○○에게 소유권 이전등기 경료되었다. (라) 2009.12.17. 처분청은 이 건 부동산의 취득가액 313,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 4,559,780원, 농어촌특별세 1,139,940원, 등록세 4,559,780원, 지방교육세 849,350원, 합계 11,108,850원을 과세예고 통지하였고, 2010.2.18. ○○○는 불채택 결정하였다. (마) 한편, 주민등록초본 및 가족관계증명서상 나타난 이 건 부동산의 주민등록 전입사항을 보면 ○○○이 전입신고된 사실이 확인된다. (바) 청구인은 ○○○ 등은 이 건 부동산에 주민등록만 등재하고 실제로는 거주하지 않았다고 주장하면서 ○○○는 증빙자료로 진술서, 미션홈 허가서○○○ 임대보증금수령통장과 ○○○ 부친의 주민등록등본, 가족관계증명서, 임대차계약서 등을, ○○○는 진술서, 부친의 주민등록초본, 아파트관리비 수납내역 및 인터넷뱅킹이체확인증, 핸드폰신청서 및 요금청구서 사본 등을 제출하고 있다. (사) 청구인은 해외 선교사 등의 거주관련 증빙자료로 ○○○ 참가자 명단 및 ○○○ 외 2인이 작성한 진술서 및 번역서를 제출하고 있는바, 동 진술서에 의하면 ○○○은 2008년 5월부터 2009년 10월까지 이 건 부동산에 거주하면서 선교훈련을 받았고, ○○○에서 온 전도사와 신학생들도 선교사 대회에 참석차 한국에 입국하여 선교사 대회 기간 전후로 이 건 부동산에서 거주하였으며, 나머지 2명도 일정기간 이 건 부동산에 거주하였다고 하고 있다(2010.1.18., 여권 출입국기록사본 첨부).
또한, 청구인은 독일에 주소를 둔 ○○○ 외 2명○○○이 한국에 체류하는 일정기간 이 건 부동산에서 기거 및 체류하였다는 확인서(2010.1.18. 작성)를 제출하였고, ○○○에 거주하고 있는 청구인 학생회 학생인 ○○○ 외 5명이 작성한 진술서(이들이 청구인 학생회 학생으로 중학교 1학년 때부터 집이 먼 관계로 3년간 또는 1년간 주일성수와 말씀공부를 위해 매주 토요일 이 건 부동산을 사용하였다고 기재)도 제출하였다
(2) 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다○○○.
(3) 살피건대, 종교단체가 취득ㆍ등기하는 부동산 중 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산을 말한다 할 것인바, 청구인의 이 건 부동산 소유기간 중 다수의 해외 선교사들이 ○○○ 참가 및 전도활동을 목적으로 이 건 부동산에 거주한 사실이 관련증빙에 의해 확인되고 있고, 청구인 학생회 학생들이 청구인 소재지와 집의 거리가 먼 관계로 3년간 또는 1년간 주일성수와 말씀공부를 위해 매주 토요일 이 건 부동산○○○을 사용(거주)하였다고 동 학생회 소속 학생인 ○○○ 외 5인이 진술하고 있는 점, 이 건 부동산이 청구인 경내에 위치하고 있는 점, 이 건 부동산의 직전 소유자가 같은 종교단체인 재단법인 ○○○인 점 등을 종합하여 보면, 종교단체 경내에 위치하고 있는 이 건 부동산은 선교활동이나 학생들의 종교교육을 위해 직접 사용하였다고 봄이 타당한 측면이 있으므로, 처분청의 이 건 부동산에 대한 취득세 등 부과고지처분은 부당하다 할 것이다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.