[요지] 벤처기업집적시설의 입주적격업체에 해당하지 않으므로 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 면제된 지방세의 추징요건이 성립하고 쟁점공실은 앞서 살핀 바와 같이 벤처기업집적시설 용도 이외의 다른 용도에 사용되었다고 볼 수 없어 그 면적에 대해서는 이미 면제된 지방세를 추징하기 어려우므로 경정함이 타당함
[요지] 벤처기업집적시설의 입주적격업체에 해당하지 않으므로 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 면제된 지방세의 추징요건이 성립하고 쟁점공실은 앞서 살핀 바와 같이 벤처기업집적시설 용도 이외의 다른 용도에 사용되었다고 볼 수 없어 그 면적에 대해서는 이미 면제된 지방세를 추징하기 어려우므로 경정함이 타당함
[주 문]
1. 처분청이 2009.9.10. 청구법인에게 한취득세 1,028,113,420원, 농어촌특별세 102,811,300원, 등록세 1,980,319,430원, 지방교육세 365,021,910원(합계 3,476,266,060원)의 부과처분은, OOO OOO OOO OOO OOOOOO외 31필지 토지 및 그 지상 건축물의 벤처기업집적시설로 지정된 14,489.64㎡ 중에서 유한회사 OOOOOOO에게 임대한 면적 753.79㎡ 해당분을 제외한 면적 해당분에 대하여는 취득세 등을 과세면제 하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 (O)OOOOOOO를 벤처기업집적시설의 입주적격업체인 것으로 명시하여 OOOOO에게 수차례 보고하였으며, 이에 대해 OOOOO는 그간 아무런 이의를 제기하지 않은 점을 볼 때 위 법인은 벤처기업집적시설의 입주적격업체이다.
(2) 쟁점건축물 3층에서 발생한 쟁점공실은 벤처기업집적시설임차인 변경과정에서 일시적으로 발생한 공실이므로 이를 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도로 사용한 것으로 보고 한 부과처분은 부당하다. 따라서, 처분청에서벤처기업집적시설 지정면적 중 벤처기업 등이사용하고있는 면적비율이 70%에 미달하고, 청구법인이 지정요건 충족 후 5년 내에 다른 용도로 사용했음을 이유로 취득세 등을 추징한 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
(3) 설령, 쟁점건축물이 벤처기업집적시설이 100분의 70미만으로 본다고 하더라도 쟁점건축물 전체에 대하여 면제된 취득세, 등록세 등을 추징하는 것이 아니라,지방세법제276조 제3항 단서에 따라 그 해당 부분에 대하여만 추징하여야 한다.
(4) 2002.1.4.에 취득한 토지는 제척기간이 도과하였으므로 이에 대한 취득세를 추징하는 것은 위법한 처분이다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법 제276조(산업단지등에 대한 감면) ③산업입지 및 개발에 관한 법률제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의한 사업시행자 및 벤처기업 육성에 관한 특별조치법에의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화 및 공장설립에 관한법률 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제45조의7제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감(수도권정비계획법제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다.다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조(벤처기업집적시설의 지정 등)① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.
② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은건축법제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다) 부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은3개 이상)일 것
2. 연면적의 100분의 70(수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권 외의지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것
3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것
③ 시·도지사는 벤처기업을 지원하기 위하여 필요하다고 인정하면 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 지정하여 벤처기업과 그 지원시설을 입주하게 할 수 있다.
④ 시·도지사는 벤처기업집적시설이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 지정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 그 지정을 취소하여야 한다.
1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 지정받은 경우
2. 제1항이나 제2항에 따른 지정 요건에 맞지 아니하게 된 경우
⑤ 시·도지사는 제4항에 따라 벤처기업집적시설의 지정을 취소하려면 청문을 하여야 한다.
(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법시행령 제11조의8(벤처기업집적시설의 지정 요건등)② 법 제18조제2항제1호에서 "벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 기업을 말한다.
1. 법 제25조에 따라벤처기업으로 확인받은 기업 2.조세특례제한법 시행령제6조제6항에 따른지식기반산업을 경영하는 중소기업 3.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령제6조제2항에 따른 지식산업 또는 같은 조 제3항에 따른 정보통신산업을 경영하는 중소기업
(4) 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령 제6조(산업단지의 입주자격)② 법 제2조제11호에서"지식산업"이라 함은 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.
1. 자연과학 연구개발업 2.고등교육법제25조에 따른 연구소의 연구개발업
3. 기술개발촉진법 제7조제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체(동법 제7조제1항제4호에 따른 대학을 제외한다)의 연구개발업
4. 건축기술 및 엔지니어링 서비스업
5. 과학 및 기술서비스업
6. 광고물 작성업
7. 영화 및 비디오 제작업
8. 오디오 기록매체 출판업
9. 전문 디자인업
(1) 먼저,(O)OOOOOOO가 벤처기업집적시설의 입주적격 기업에 해당하는지에 대하여본다. ㈎ 처분청의 과세기록에 의하면, 처분청은벤처기업집적시설 지정면적 중 벤처기업 등이사용하고있는 면적비율을 산정함에 있어서 벤처기업집적시설로 지정된 면적(24,739.94㎡)을 분모로 하고, 지정면적에서 지원시설 면적(6,123.55㎡)과(O)OOOOOOO에 임대한 면적(753.79㎡) 및 공실면적(794.88㎡)을 차감한 면적(17,067.72㎡)을 분자로 하여 68.98%로 산출한 후쟁점건축물이벤처기업집적시설 지정요건을충족하지 못하므로 면제된취득세 등 추징대상에 해당한다 하여쟁점건축물 및 그 부속토지의취득가액(40,289,734,875원)에지방세법제112조제1항 및제138조제1항의 세율을적용하여 산출한취득세 등3,476,266,060원을 추징하였다. ㈏ OOOOO의 답변서에 의하면,청구법인은 2001.12.26. 벤처기업집적시설지정서를 OOOOO로부터 받고,2002.1.4.부터 2004.11.11.에 걸쳐이 사건 토지를 취득한 후2006.9.12. 및 2006.12.19. 그 지상에건축물 44,594.72㎡를 신축한 후,이 중 벤처기업집적시설로사용하기 위하여 쟁점건축물 면적 24,739.94㎡에 대하여취득세등을 면제받았다. ㈐ 벤처기업집적시설지정서에 의하면,OOOOO는 2006.9.25. 쟁점건축물에 대해시설명은 OOOOOOOO,지정면적은 24,739.95㎡(벤처 9,575.17㎡, 지원 386.33㎡, 관련 2,211.20㎡, 공용 12,567.25㎡)로 하여벤처기업집적시설로 지정한 사실이 확인된다. ㈑우리 OOO이 사실조회 하여 회보된 공문(OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하면, OOOOO는 쟁점건축물에 대하여벤처기업집적시설지정이 취소된 사실이 없는 것으로 확인하였다. ㈒OOO OOOOOOOOOO(OOOOOOOOO)호 공문에 의하면, OOOOO O(O)OOOOOOO를 지식산업(과학및기술서비스업)으로 벤처기업집적시설 입주적격업체로 확인하였다. ㈓(O)OOOOOOO의 사업자등록증사본에 의하면, 이 법인은 설립일은 1991.5.6. 업종은 도매/일반무역업, 서비스/반도체공정장비설치유지보수, 소재지는 OOO OOO OOO OOO OOO으로 나타난다. 또한, 이 법인의 손익계산서에 의하면,매출액 중 상품매출이 2007사업연도는 34,670,425,030원 중 22,019,948,741원으로서 63.5%, 2008사업연도는 28,223,565,087원으로서 60.8%를 점하고, 매출원가도 2007사업연도는 매출원가 중 상품매출원가가 8,349,676,746원 중 8,027,714,276원으로 96.14%, 2008사업연도는 7,368,225,646원 중 7,047,158,206원으로서 95.64%에 달하고 있다. ㈔관련 규정과 사실관계를 종합하여 살피건대,(O)OOOOOOO는사업자등록상 업종은 도매업 및 서비스업 2종이나, 손익계산서를 보면, 2007사업연도 및 2008사업연도에매출액 중 상품매출이 63.5% 또는 60.8%에 달하고,매출원가 또한 상품매출원가가 96.14% 또는 95.64%에 달하는 사실에 비추어비록OOOOO가 당해 법인을 지식산업업체로 확인하였으나 제품매출이나 용역매출이 거의 없고 상품매출이 대부분인 사실에 비추어 이는 사업자등록상 업종이 도매업 및 서비스업으로 등재된 사실 등의 형식적 기재사항만으로 지식산업업체로 확인한 측면이 있고 그 실질은 지식산업을 운영하는 기업에 해당한다고 보기 어렵다. ㈕소결론 그러므로,(O)OOOOOOO는 쟁점건축물의 입주적격 기업에 해당한다는 청구법인의 주장은 구체적이고 객관적인 증빙의 제시가 없어 이를 받아들이기 어렵다.
(2) 다음으로, 쟁점공실이 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도에 사용하는 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 본다. ㈎ 처분청의 과세기록에 의하면, 쟁점공실은 2006.11.6.부터 2009.6.19. 까지7개월 반가량 비워 있었는데, 청구법인이 2008.11.11. (O)OOOOOOO와 체결한임대차계약서에 의하면, 청구법인은(O)OOOOOOO에게2008.12.1.부터 2011.11.30.까지 임차면적 753.79㎡(3층 301-1호)에 대하여 임차보증금 307,827,000원에 임대한 것으로 약정되어 있다. ㈏청구법인이 2006.10.27.쟁점공실이 되기 직전에 임대한OOOOOOO와 체결한 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 OOOOOOO에게2006.11.6.부터 2008.11.5.까지임차면적 3층일부(456.04평), 2층일부(9.13평) 계 465.17평에 대하여임차보증금 981,384천원, 월임대료 8,987,000원에 임대한 것으로 약정되어 있고,OOOOOOOOOOO이 2007.9.11. 발급한 벤처기업확인서에 의하면,OOOOOOO는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의한 벤처기업으로 확인하고 있다. ㈐ 청구법인이 2009.6.19. 쟁점공실이 된 직후에 임대한OOOOOOO과 체결한임대차계약서에 의하면, 청구법인은OOOOOOO에게2009.6.19.부터 2011.6.18.까지 임차면적 725.47㎡(3층일부)에 대하여 임차보증금 83,394,800원에 임대한 것으로 약정되어 있고,OOOOOOOOO이 2009.11.19. 발급한 벤처기업확인서에 의하면, OOOOOOOOO은OOOOOOO을벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조에 의한 벤처기업으로 확인하고 있다. ㈑벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 제2항 제1호와 같은 법 시행령 제11조의8 제2항에 의하면,벤처기업집적시설의 입주적격업체는벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조에 의한 벤처기업과조세특례제한법 시행령제6조제6항에 의한 지식기반산업 및산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령제6조제2항 및 제3항에의한 지식산업 또는 정보통신업을 영위하는 업체이다. 이 들 업체 중 벤처기업확인기관은벤처기업육성에 관한 특별조치법및 같은 법 시행령 제18조의3에 따라 OOOOOOOO, OOOOOOOO 및민법제32조에 따라 OOOOOO의 허가를 받아 설립된 OOOOOOOOO이다. ㈒ 사정이 이와 같다면,쟁점공실은 2006.11.6.부터 2009.6.19.까지 7개월 반가량 비워있었다고는 하나, 공실이 되기 직전 임차법인OOOOOOO가 임대차기간이 종료되어 퇴거하고, 그 곳 중 일부는 (O)OOOOOOO가 곧바로 입주하고 나머지 부분은 공실기간 후 OOOOOOO이 각 임차한 사실이 임대차계약서에 나타나고, 이들 모두 권한있는 기관에 의하여 벤처기업으로 확인되었는 바, 이처럼 임대차기간의 종료로 인하여 다음 임대 업체의 선정 등으로 인하여 일시적으로 비우게 된 쟁점공실을 벤처기업집적시설이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다는 처분청의 주장은 상관행상 수긍하기 어렵다. ㈓ 소결론 그러므로, 청구법인이 임대차기간 종료 등으로 인하여 일시적으로 비운 쟁점공실은지방세법제276조 제3항 단서 후단의 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도로 사용하는 경우로 보기에는 무리가 있다.
(3) 관련 규정을 보면,지방세법제276조 제3항에서 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와등록세를 면제하되 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니한 경우 또는 부동산의 취득일부터5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 등을 추징한다고 규정하고 있다. 또한,벤처기업육성에 관한 특별조치법제18조 및 같은 법 시행령 제11조의9에 의하면, 벤처기업집적시설 지정 및 취소권자는 시·도지사이며, 같은 조 제2항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날 또는 건축물의 사용승인을 받은 날부터 1년 이내에벤처기업 등 입주적격 기업이 입주하게 하되, 수도권의 경우연면적의 100분의 70이상을 입주적격 기업이 사용하게 할 것이며, 같은 조 제4항 및 제5항은, 시·도지사는 벤처기업집적시설이 위 지정 요건에 맞지 아니하게 된 경우 청문을 거쳐 벤처기업집적시설의 지정을 취소할 수 있다고 규정하고 있다. 법리를 살펴보건대,지방세법제276조 제3항 단서에 따라, 벤처기업집적시설로 지정받아 지방세를 면제받은 경우 벤처기업집적시설의 입주적격 업체의 70%미만 사용 등으로 인하여 첫째, 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 둘째, 그 요건을 갖춘 날부터 5년이내 다른 용도로 사용하는 경우에 그 해당부분만이 면제된 지방세를 추징하는 법률구성요건이 성립하는 것으로 해석된다. 따라서, 쟁점건축물에 대하여는 벤처기업집적시설의 지정 및 지정취소권자인 OOOOO가 벤처기업집적시설의 지정을 취소한 사실이 없으므로,지방세법제276조 제3항 단서 전단의 규정에 따라 추징요건에 해당되지 아니한다. 그러나 (O)OOOOOOO는 벤처기업집적시설의 입주적격업체에 해당되지 아니하여지방세법제276조 제3항 단서 후단에 따라 벤처기업집적시설 이외의 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 면제된 지방세의 추징요건이 성립하는 것이고, 쟁점공실은 앞서 살핀 바와 같이 벤처기업집적시설 용도 이외의 다른 용도에 사용되었다고 볼 수 없어 그 면적에 대해서는 이미 면제된 지방세를 추징하기 어렵다. 그렇다면, 벤처기업집적시설로 지정된 쟁점건축물 면적중 (O)OOOOOOO에게 임차한 면적 753.79㎡에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징하고, 나머지 면적에 대하여는 면제대상으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 관련 법리에 부합되는 것으로 판단된다.
(4) 나머지 청구주장은 심리실익이 없어 그 판단을 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.