[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 청구법인은 2007.9.10. OOOO OOO OOO OOO OOOOO를 주사무소로 하여 설립한 의료법인(OOOOOOOOO, OOOO OOO)으로서 2007.9.20. OOOO OOO OOO OOO OO OOOOOOO 소재 지하 1층 지상 5층 건축물 1,429.07㎡(부속토지 326.2㎡를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO 외 3인으로부터 출연받아 취득한 후 2007.10.1. 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 신고하여지방세법제287조 제2항 규정에 의한 취득세 등을 면제받았다. 나.2010.1.21. 처분청의 지방세 담당공무원이 이 건 부동산에 현지출장 하여 확인한 결과, 1층과 2층은 요양보호사교육학원으로 임대중이고, 지하 1층과 지상 3층 내지 5층은 유예기간 내에 임대를 하였거나 공실상태로 있다는 이유로 청구법인의 목적사업인 의료업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 1,188,551,263원을 과세표준으로 하고지방세법제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 32,169,310원, 농어촌특별세 3,216,920원, 합계 35,386,230원(가산세 포함)을 2010.3.17. 부과고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 ⑴처분청에서 이 건 부동산에 대하여 1·2차에 걸쳐 현지확인시 1층과 2층은 임대한 것으로 확인하였지만, 3층과 4층, 5층은 출입이 통제되어 있어 사용여부를 확인하지 못하였음에도 추측하여 의료업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 판단하였고, ⑵ 이 건 부동산은 기증자의 유지를 받들어 본원의 쾌적한 환경을 위하여 필수적으로 필요한 각종 기자재와 의료소모품 등을 보관하기 위한 창고로 활용하고 있는바, 창고는 진료실 및 입원실에 필수적으로 필요한 부분이므로 의료법인 고유목적에 직접 사용하는 부동산으로 인정하여야 할 것이므로 이 건 취득세 등은 취소하여야 한다.
- 나. 처분청 및 OOOOOO 의견 이 건 부동산은 청구법인의 주사무소로 되어 있는 병원과 4㎞ 정도 떨어진 곳에 위치하고 있어 청구법인의 의료업에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 처분청에서 이 건 부동산에 현지출장 하여 확인시 3층과 4층은 시건장치를 하여 출입을 통제하고 있어 의료업에 직접 사용하지 아니하고 있는 것으로 확인되고 있으며, 공실로 있는 부분과 의료자재 창고로 사용하고 있다 하더라도 이를 의료업에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 의료법인이 부동산을 취득한 후 의료업에 직접 사용하는 것으로 신고하여 취득세 등을 면제받았으나 제3자에게 임대 또는 의료소모품의 창고용도 등으로 사용하는 것으로 주장하는 경우 기 면제한 취득세 등을 추징할 수 있는지 여부
- 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제112조(세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다. 제131조(부동산 등기의 세율)① 부동산에 대한 등기를 받는 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 ⑴ 농지 부동산가액의 1,000분의 10 ⑵ 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제287조(사회단체 등에 대한 감면) ② 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하기 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세와 등록세를 추징한다.
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴지방세법제287조 제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제한 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. ⑵ 청구법인은처분청의 지방세 담당공무원이 이 건 부동산 현지확인시3·4·5층은 출입이 통제되어 있어 사용여부를 확인하지 아니하였음에도 추측하여 의료업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 판단하였으나, 이 건 부동산은 병원운영에 필요한 각종 기자재와 의료소모품 등을 보관하기 위한 창고로 활용하고 있으므로 의료법인 고유목적에 직접 사용하는 부동산으로 인정하여 이 건 취득세 등을 취소하여야 한다고 주장하고 있는바, ⑶ 이 건 부동산은청구법인이 운영하고 있는 병원(OOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOOOO, OOOO OOO)과 약 4㎞정도 떨어진 곳에 위치하고 있는 점, 2010.1.21. 처분청의 지방세 담당공무원이 이 건 부동산에 현지출장 하여 확인한 복명서에서 1층과 2층은 요양보호사교육학원으로 사용하고 있고, 지하 1층과 지상 3층, 4층, 5층은 공실상태에 있는 것이 제출된 현장사진 등에서 확인되고 있는 점,2010.3.3. 처분청에서 OOOOOOO에게 이 건 부동산 에 대한 과세자료 요청을 한데 대하여 이 건 부동산 취득일부터 2년 이내인 2008.1.7. OOOOOOOOO(OOOOOOOOOOOO), OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOOOO), OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO(OOOOOOOOOOOOO), OOOOOOOOOO OOOO OOOOOOOOO(OOOOOOOOOOOO)가 이 건 부동산에 사업자등록을 하고 있었던 것으로 처분청에 통보(OOOOOO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO) 한 점과 이 건 부동산을 청구법인의 의료기구 및 의료소모품 창고로 사용하고 있는 객관적인 사실 여부도 입증되지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.