영농조합법인이 취득한 부동산을 가공포장용, 보관·유통·판매용으로 사용하는 경우 영농에 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2007.12.17. 유기농작물의 가공·유통·판매사업 등을 위해 영농조합법인을 설립하였고, 2009.2.16. OOO 주택 170.12㎡(이하 “이 사건 주택”이라 한다) 및 점포136.8㎡(이하 “이 사건 점포”라 한다. 이 사건 주택과 이 사건 점포를합하여 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 취득하고, 2009.2.3. 이 사건건축물에 대하여 창업후 2년 이내에 취득한 부동산으로서 영농에 직접 사용하는 것으로 보아 지방세감면신청을 하여 취·등록세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2010년도 지방세 세무조사 실시 결과 이 사건 건축물을영농에 직접 사용하지 않은 것으로 하여, 이 사건 주택은 구 지방세법 제273조의2의 규정에 따라 유상거래를 원인으로 취득한 영농조합법인의 목적외 부동산으로 보아 100분의 50을 경감한 취득세 802,00원,농어촌특별세 401,000원, 등록세 802,000원, 지방교육세 160,400원 등합계 2,165,400원을, 이 사건 점포는 구 지방세법 제266조 제7항 제2호의 농업법인의 유통에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여100분의 50을 경감한 취득세 1,214,900원, 농어촌특별세 121,490원,등록세 1,218,490원, 지방교육세 243,690원 등 합계 2,798,570원을 2010.5.13. 각 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2010.5.13. 심판청구를제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 법인 등기부상 생산 및 생활지도사업과 유기농작물의가공, 유통, 판매사업 등을 목적사업으로 영위하는 법인으로서, 이 사건건축물등을 목적사업에 맞게 사용하고 있어 이 사건 건축물에 대하여취·등록세를 전부 면제하여야 함에도 불구하고 100분의 50만 경감하여추징한 것은 부당하다.

(2) 이 사건 건축물은 이미 20년 전부터 영농의 목적으로 사용(주택은 가공포장용, 점포는 보관·유통·판매용)하여 왔으며, 굳이 이전이 필요없음에도 처분청은 세원을 확보하기 위하여 청구법인에게 취·등록세 면세대상이라고 속여 이전등기를 유도하였고, 청구법인은 그 말을 신뢰하여 이 사건 건축물을 이전하게 된 것이므로 그 원인을 제공한 처분청에 책임이 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이 사건 건축물중 유통시설로 이용되고 있는 이 사건 점포는 구 지방세법 제266조 제7항 제1호의 “영농”과 구별되는 개념이며,이 사건 주택은 영농조합법인의 목적사업과 관련이 없는 것으로 보아,구 지방세법 제273조의2에 의거 유상거래를 원인으로 취득한 주택으로 판단하여 취·등록세를 부과고지한 처분은 정당하다. (2)처분청이 세원을 확보하기 위하여 청구법인에게 이전등기를 유도했다는 청구법인의 주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 영농조합법인이 취득한 부동산을 가공포장용, 보관·유통·판매용으로 사용하는 경우 영농에 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부

② 처분청의 면세대상이라는 말을 신뢰하여 부동산 소유권을 이전하였다고 주장하는 경우 취·등록세 납세의무 여부

• 나. 관련 법령 (1)구 지방세법(2009.4.1, 법률 제9620호 농어업경영체육성및지원에관한법률 부칙에 의해 개정되기 전의 것) 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면) ⑦ 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제28조에 따른영농조합법인과 같은 법 제29조에 따른농업회사법인(이하 이 항에서 “농업법인”이라 한다), 수산업법에 의한 영어조합법인이 영농ㆍ영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는부동산에 대하여는 다음 각호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.다만,그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

2. 농업법인，수산업법에 의한 영어조합법인이 영농ㆍ영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 당해 용도에직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 제273조의2(주택거래에 대한 감면) 유상거래를 원인으로 취득ㆍ등기하는 주택에 대한 취득세는 제112조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감하고, 등록세는 제131조 제1항 제3호 (2)목의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. (2)구 농업·농촌기본법(2010.3.31, 법률 제10220호로개정되기 전의 것) 제3조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농어업"이란 다음 각 목의 산업을 말한다. 가.농업: 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서대통령령으로 정하는 것

(3) 농업·농촌기본법 시행령(2009.12.15, 대통령령 제21887호로 개정되기 전의 것) 제2조(농업의 범위) 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다. 1.농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업,양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 2007.12.17. 설립되었고 이 사건 건축물을 설립일로부터 2년 이내인 2009.1.28. 매매를 원인으로 OOO로부터 취득한사실이 부동산 등기부등본, 부동산거래계약신고필증을 통해서 확인된다. (나) 청구법인은 이 사건 주택을 가공포장용도로, 이 사건 점포는보관·유통·판매용도로 사용하고 있다고 주장하고 있다. (다) 처분청은 2009.2.4. 이 사건 건축물에 대해 등록세 비과세(감면)확인서를 발급한 사실이 청구법인이 제출한 심리자료에서 나타난다.

(2) 쟁점 ①에 대하여 본다. (가) 구 지방세법 제266조 제7항 및 제1호에서 영농조합법인이영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에대하여는취득세와 등록세를 면제하되, 다만 그 취득일부터 1년내에 정당한사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 “영농”이라 함은 구 농업·농촌기본법 제3조 제1호 및 그 시행령 제2조에서규정한 농업(농작물재배업, 축산업, 입업)을 경영하는 것으로, 유통·가공과는 구별되는 개념이라 할 것이다. (나) 살피건대, 청구법인의 경우 2009.2.16. 영농에 사용하기 위하여이 사건 건축물을 취득하였으나 이 사건 주택은 가공포장용으로 이사건 점포는 보관·유통·판매용으로 활용하고 있는 이상, 청구법인은이 사건 건축물을 취득하여 1년내 농업용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 경우라고 판단된다.

(3) 쟁점 ②에 대하여 본다. (가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이침해되는 결과가 초래되어야 하는바OOO, 이러한 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다OOO (나) 살피건대, 이 사건 건축물에 대해 등록세 비과세(감면) 확인서를 발급한 사실이 청구법인이 제출한 심리자료에서 나타나고는있지만, 청구법인은 처분청의 면세대상이라는 말을 믿고 이 사건 건축물의 소유권 이전등기를 하였다는 주장만 할 뿐 이에 대한 구체적인 입증자료를 제출하지 않고 있고, 설령 처분청 공무원이 면세대상이라고 답변하였다 하더라도 과세관청의 공적인 견해 표명으로보기어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의원칙이 적용되기 어렵다고 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.