대도시 내로의 본점 전입 이후 5년 이내에 공업지역에 위치한 공장용 부동산을 승계취득한 경우 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부 (기각)

[참조결정] 조심2010지0562 /

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2009.10.19. OOOOO OO OOO OOOOOOO1111111111111111111111 토지 507㎡ 및 그 지상건축물 416.44㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가액(830,000,000원)에 지방세법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 이 건 부동산등기가 대도시 내로의 본점 전입 이후 5년 이내의 부동산등기로서 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 판단하여 그 취득가액을 과세표준으로 하고 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 41,523,240원, 지방교육세 7,640,640원, 합계 49,163,880원(가산세 포함)을 2010.4.6. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 설립 후 5년이 넘은 법인으로 높은 공장 임대료로 인해 고생하다 5번의 이사를 거쳐 이 건 부동산을 취득함으로써 자가 공장을 갖게 되었는바, 처분청은 2004년 12월 OOOOO OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 당사에게 OOOO으로 이전하여 2007.5.1.부터 2007.10.31.까지 약 6개월간 공장을 운영하다가 2007.11.1.자로 OOO OOO OOO 소재 공업지역으로 이전한 이상, 2007.11.1.을 법인설립일로 보아야 하고, 이 건 부동산등기는 그 법인설립일부터 5년 이내에 이루어졌으므로 등록세 중과세대상에 해당된다고 하면서 가산세까지 가산하여 이 건 등록세를 추징하였는데, 소규모 월세 임차 공장을 전전하다 겨우 작은 자가 공장을 마련한 것이고, 구 내무부 질의회신(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에서도 대도시 내에서 월세 임차 공장을 2년 이상 운영하였다면 중과세대상에서 제외된다고 하고 있으며, 청구법인은 OOOOO OOOO에서 이전하여 2007.11.1.부터 2년 동안 OOO OOO OOO OOO 공업지역에서 월세로 2년간 공장을 운영하였음에도, 단지 OOOOO OOOO에서 6개월 동안 경영하였다고 하여 지방세법을 일률적으로 적용하여 이 건 등록세를 추징한 것은 영세한 기업의 경쟁력을 떨어뜨리는 부당한 법 해석이라 하겠고, 또한, 이 건 부동산에 대한 등기를 경료하기 전에 처분청과 상의하여 청구법인 명의로 가능하다고하여 이에 대한 등기절차를 이행하면서 일반세율의 납세고지서를발부받아 이미 등록세 등을 납부한 상태에 있음에도 가산세까지 가산하여 이 건 등록세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 설립 후 5년이 경과한 법인이므로 이 건 부동산등기에 대한 등록세 중과세 처분은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제138조 제1항 제2호 및 제3호에서 대도시내로의 법인 본점의 전입등기 및 그에 따른 부동산 등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 “대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 2007.10.15. 대도시 내로의 법인 전입 이후 5년 이내인 2009.10.19. 이 건 부동산을 취득한 사실이 제출된 증빙자료에서 명백히 확인되고 있는 이상 위 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠고, 또한, 청구법인은 이 건 부동산에 대한 등록세 신고 당시 담당공무원 요구에 따라 사업계획서를 제출하고 일반세율로 납부한 이상 가산세를 부과고지한 것은 부당하다고 주장하나, 신고납부방식의 조세인 등록세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 신고납부기한 내에 과세표준과 세율 및 납부할 세액을 스스로 결정하여 신고납부하여야 하고, 그렇지 아니한 경우에 과세관청이 부과처분을 할 수 있는 것이므로 납세의무자가 신고 납부하는 과정에서 과세관청이 납부서를 교부하는 행위는 그 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 단순한 사무적 행위에 불과한 것으로 이를 등록세를 부과하는 행정처분이라고 할 수 없다 할 것이고, OOO OO(OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)에서 신고납부시 세무공무원에게 조언을 구한 결과 일반세율이 적용된다는 설명과 함께 납부서를 교부받고 이에 따랐다 하더라도 그것이 일반세율 적용대상이 아님이 법령상 명백한 경우 이는 세무공무원이 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하다는 점에 비추어 볼 때 이를 믿고 따랐다 하여 신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 판시하고 있으므로, 청구법인이 국가산업단지인 OOOO OO OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOO로 본점을 이전한 시점을 법인설립일로 보고 이 시점을 기산일로 하여 5년이 경과한 시점에서 이 건 부동산을 취득하였다면 중과세 대상에서 제외되어야 할 것이나 5년이 경과되지 아니한 시점인 2009.10.19. 이 건 부동산을 취득등기한 이상, 청구법인의 이 건 부동산의 취득·등기는 대도시 내로의 본점 전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 해당된다 할 것이어서 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시 내로의 본점 전입 이후 5년 이내에 공업지역에 위치한 공장용 부동산을 승계취득한 경우 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 따른 해당 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제14호에 따른 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)의 법인등기 및 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하는 부동산에 관한 등기와 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령으로 정하는 주거용부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)으로 직접 사용하는 부동산에 관한 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 따른 해당 세율로 한다.

2. 대도시 외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

⑤ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. 제27조의2【가산세의 부과와 면제】① 지방자치단체의 장은 이 법이 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 이 경우 가산세는 당해 지방세의 세목으로 한다.

② 지방자치단체의 장은 이 법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 때에는 이를 면제한다. 제150조의2【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2) 지방세법 시행령 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시 외의 법인이 당해 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다. 제11조【기한의 연장사유 등】① 법 제26조의2 제1항에서 대통령령이 정하는 사유라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사유를 말한다. 1.납세의무자 또는 특별징수의무자가 재해 등을 입거나 도난당한 때

2. 납세의무자·특별징수의무자 또는 그 동거가족이 질병으로 인하여 위독하거나 사망하여 상중인 때

3. 권한있는 기관에 장부·서류가 압수 또는 영치된 때 3의2. 정전, 프로그램의 오류 그 밖의 부득이한 사유로 지방자치단체의 금고(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보처리장치의 정상적인 가동이 불가능한 때

4. 납세의무자 또는 특별징수의무자가 그 사업에 심한 손해를 입거나 그 사업이 중대한 위기에 처한 때

5. 제1호 내지 제3호에 준하는 사유가 있는 때 제13조의2【가산세의 면제】법 제27조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 제11조 제1항 각호의 1에 해당하는 사유를 말한다. 제86조의2【납부불성실가산세】법 제121조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 1일 10,000분의 3을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙 제47조【공장의 범위와 적용기준】① 법 제112조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다. 제55조【공장의 범위와 적용기준】법 제138조 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문 중 “법 제112조 제4항의”는 각각 “법 제138조 제3항의”로 본다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 “제조시설등”이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

21. “공장의 신설”이란 건축물을 신축(공작물을 축조하는 것을 포함한다)하거나 기존 건축물의 용도를 공장용도로 변경하여 제조시설등을 설치하는 것을 말한다.

22. “공장의 증설”이란 제16조 제1항에 따라 등록된 공장의 공장건축면적 또는 공장부지면적을 넓히는 것을 말한다. 제28조【도시형공장】지식경제부장관은 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 및 도시민생활과 밀접한 관계가 있는 공장 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시형공장으로 지정할 수 있다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조【도시형공장의 구분 및 범위】법 제28조에 따른 도시형공장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공장(이하 “도시형공장”이라 한다)으로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공장 외의 공장

• 가. 대기환경보전법 제2조 제9호에 따른 특정대기유해물질을 배출하는 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장
• 나. 대기환경보전법 제2조 제11호에 따른 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 10의 1종사업장부터 3종사업장까지에 해당하는 공장. 다만, 연료를 직접 사용하지 아니하는 공장은 제외한다.
• 다. 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 제2조 제8호에 따른 특정수질유해물질을 배출하는 폐수배출시설을 설치하는 공장. 다만, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령 제33조 제2호에 따라 폐수를 전량 위탁처리하는 공장은 제외한다.
• 라. 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 제2조 제10호에 따른 폐수배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 13의 1종사업장부터 4종사업장까지에 해당하는 공장

2. 별표 4에 해당하는 업종을 경영하는 공장으로서 제1호에 따른 공장에 해당하지 아니하는 공장(환경영향평가법 제4조에 따른 환경영향평가대상사업의 범위에 해당하는 공장만 해당한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2003.12.26. 청구법인은 본점 소재지를 대도시 내인 OOO OOO OOO OOO OOO로 하고, 목적사업을 열병합 및 지.에이치.피 설비사업 및 관련 판매사업, 에너지절약(이.에쓰.씨.오) 관련사업, 태양광·풍력 등 대체에너지사업, 부동산 매매업 등으로 하여 법인설립등기절차를 완료하였다.

(2) 그 후 청구법인은 2004.6.11.에 본점을 OOOOO OOO OOO OOOOOO, 3층으로, 2006.5.9.에 OOOOO OOO OOO OOOOO으로 이전하였다가 2007.4.25.에는 대도시 외의 지역인 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOO OOOOO OOO로 이전하였고, 이후 2007.10.15.에 일반공업지역이나 대도시 지역인 OOO OOO OOO OOO OOOOO 5동 1층 1호로, 2009.3.3.에 OOOOO OOO OOO OOOOO으로 이전하였다.

(3) 2009.10.19. 청구법인은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 일반공업지역 내의 이 건 부동산을 승계취득하고 이에 대한 소유권등기를 경료하였다.

(4) 살피건대, 지방세법 제138조 제1항 제2호 및 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항 및 제4항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제14호에 따른 산업단지는 대도시 지역에서 제외토록 하면서 대도시 외의 지역에서 대도시 지역으로 본점을 이전하는 경우에는 이를 대도시 지역에서의 새로운 법인의 설립으로 보고, 이로부터 5년 이내의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2003.12.26. 대도시 내인 OOO OOO OOO 소재에 본점을 두고 설립된 법인이라고는 하나 2007.4.25. 대도시 외의 지역인 OOOOO OOO OO OOOOOOOO 내로 본점을 이전하였다가 2007.10.15. 일반공업지역이지만 대도시 내인 OOO OOO 소재로 본점을 이전한 후 그로부터 5년 이내인 2009.10.19. 이 건 부동산을 취득등기한 이상, 이 건 부동산등기는 등록세 중과세 대상인 대도시 내에서 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당된다고 봄이 타당하다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO, OO O). 한편, 신고납부방식의 조세인 등록세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이므로 과세관청이 자진신고납부서나 자납용 납세고지서를 교부하는 행위는 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 단순한 사무행위에 불과하여 신고납부에 대한 책임은 근본적으로 납세의무자에게 있는 것이고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO), 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지 따위는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것으로(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO), 청구법인은 지방세법령의 규정에 의하여 이 건 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 세액으로 등록세 등을 신고·납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니한 이상, 설사 청구법인의 이 건 부동산등기에 대하여 처분청 담당공무원의 업무미숙 등으로 잘못된 안내가 있었다 하더라도 이를 이유로 청구법인이 신고·납부의무를 제대로 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다고 인정할 수는 없다. 따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.