현물출자를 통하여 설립된 농업회사법인이 설립일부터 2년 내에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 면제 후 추징한 처분의 당부 (취소)

[참조결정] 조심2008지1073/조심2008지0407

[주 문] 처분청이 2010.1.11. 청구법인에게 한취득세 22,126,500원, 농어촌특별세2,212,650원, 등록세 21,809,350원, 지방교육세 4,066,170원, 합계 50,214,670원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 2006.12.18. 설립된 농업회사법인인 청구법인이 2007.5.8.취득한 OOO 외 5필지 토지 11,319㎡ 및 건축물 6,868.69㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제7항 제1호에서 규정하고 있는 농업회사법인이영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 내에 취득하는 부동산에 해당된다고 보아 취득세와 등록세를 각각 면제하였다가 청구법인이 창업농업회사법인에 해당되지 아니한다고 판단하여 그 취득가액(1,500,000,000원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항과 제131조 제1항의 세율 및 제266조 제7항 제2호의 규정을 적용하여 산출한 취득세 22,126,500원, 농어촌특별세2,212,650원, 등록세 21,809,350원, 지방교육세 4,066,170원, 합계 50,214,670원(가산세 포함)을 2010.1.11. 청구법인에게 부과고지 하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2006.12.18. 현물출자로 설립된 농업회사법인으로 2007.5.8. 부화장으로 사용하기 위해 이 건 부동산을 취득하는 과정에서 지방세를 숙지하고 있는 전문가가 아니었기에 이에 대한 취득세 및 등록세 관련 업무를 법무사에 위임하였는바, 처분청에 제출된 자진납부계산서를 보면 위임란에 위임에 관한 아무런 표기도 되어 있지 아니할 뿐만 아니라 과세표준이나 산출세액, 감면세액 등도 표기되어 있지 아니하는 등 형식이나 내용면에서 상당한 하자가 있는 상태로 접수되었음에도 처분청은 위 신고서를 반려하지 아니한 채 하자있는 신고서를 접수받아 자의적으로 감면율을 적용하여 납세의무를 종결하였으므로 단순한 사무행위의 범주를 벗어났다고 할 수 있을 뿐만 아니라 납세의무자가 올바른 결정을 할 기회를 상실하게 하였고, 또한, 제출된 정관을 면밀히 살펴보았다면 부칙 제32조에 명기된 바와 같이 청구법인은 현물출자로 설립되었음을 확인할 수 있어 이 건 부동산 취득이 취득세 등의 전액 면제가 아닌 100분의 50 경감대상임을 알 수 있었다 할 것임에도 이를 확인하지 아니하였으며, 더구나 현물출자로 설립된 법인임을 타 과세관청에 확인할 수 있었음에도 불구하고 과세관청간의 전산 이원화를 이유로 이를 확인하지 아니함으로써 결과적으로 잘못된 감면율을 적용하였으므로 이는 처분청의 귀책사유로 인한 것이라 할 것이어서 이 건 취득세 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 처분청의 귀책사유로 발생한 가산세를 청구법인에게 부과고지한 것은 부당하다고 주장하나, 이 건 부동산 취득에 따른 취득세등을 신고할 당시 청구법인은 감면신청서에 법조항, 감면율, 감면사유를표기하지 않았지만 위임받은 법무사 직원의 자필 서명이 있는 취득 신고 및 자진납부 세액계산서를 보면 지방세법 제266조 제7항 1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 전액 면제받았음을 알 수 있고, 처분청은 뒤늦게 청구법인이 취득한 이 건 부동산은 지방세법 제266조 제7항 2호의 규정에 의한 취득세와 등록세의 100분의 50 경감대상임을 인지하여 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과고지하였는바, 취득세와 등록세는 납세의무자 스스로 조세채무 성립요건의 충족 여부를 조사·확인하고 자신의 책임하에 세액을 신고 납부하여야 하는 이른바 신고납부방식에 의한 조세일뿐더러 과세관청이 자진신고 납부서나 신고납부용 고지서를 교부하는 행위는 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 단순한 사무행위에 불과하고, 가산세 면제는 지방세법 제27조의2 제2항에서 정하는 있는 사유에 해당되는 경우에만 가능하고 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는다OOO 할 것이므로, 청구법인이 지방세법에서 정한 취득신고 및 감면신청을 위반하여 신고한 사항에 대하여 처분청이 시정이나 보완요구 등을 하지 아니하였다 하여 신고납부의무를 다했다고 인정할 수는 없을 뿐만 아니라 과세관청의 이러한 행위를 신뢰하였다 하여 신고납부의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이어서 면제된 취득세 등의 100분의 50을 추징하면서 가산세를 가산한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 현물출자를 통하여 설립된 농업회사법인인 청구법인이 그 설립일부터 2년 내에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하였다가 그 후 취득세 등의 100분의 50 경감대상에 해당되는 것으로 보아 가산세를 가산하여 경감된 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제27조의2【가산세의 부과와 면제】① 지방자치단체의 장은 이 법이 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 이 경우 가산세는 당해 지방세의 세목으로 한다.

② 지방자치단체의 장은 이 법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 때에는 이를 면제한다. 제266조【농어민관련사업 등에 대한 감면】⑦ 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인과 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인(이하 이 항에서 “농업법인”이라 한다), 수산업법에 의한 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 2.농업법인, 수산업법에 의한 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. (2)농업·농촌기본법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제16조【농업회사법인의 육성】① 기업적으로 농업을 경영하거나 농산물의 유통·가공·판매를 하고자 하는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업회사법인을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농산물의 생산자단체로 하되, 농업인이 아닌 자도 대통령령이 정하는 비율의 범위안에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

③ 제15조 제4항 및 제5항의 규정은 농업회사법인에 관하여 이를 준용한다.

④ 농업회사법인의 설립·출자 및 부대사업 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 농업회사법인에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 상법중 회사에 관한 규정을 준용한다.

(3) 상법 제172조【회사의 성립】회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

(4) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 “엔지니어링사업”이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업·대통령령이 정하는 관광객이용시설업·국제회의업·유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립·운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다.

(5) 중소기업창업 지원법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 그 대표이사 OOO을 비롯한 OOO 등의 현물출자를 통하여 2006.12.18. 설립된 농업회사법인으로, 그 설립일부터 2년 내인 2007.5.8. 이 건 부동산을 취득하였다.

(2) 취득세와 등록세는 신고에 의하여 일단 과세표준 및 세액이 확정되는 신고납세방식의 조세이고, 납세의무자가 취득세 등을 자진신고하는 과정에서 처분청이 납부서를 교부하는 행위는 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 단순한 사무적 행위에 불과하므로 청구법인이 이 건 부동산 취득신고 당시 처분청이 신고서의 하자를 이유로 이를 반려하지 아니한 채 처분청이 납부서를 교부하였다고 하여 하자있는 처분이라 할 수는 없다 할 것이어서 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수는 없다. 다만, 직권으로 살피건대 지방세법 제266조 제7항 제1호에서 농업회사법인 등 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 하면서, 그 제2호에서 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 “창업”이라 함은 지방세법 개정(2005.1.5. 법률 제7332호)을 통해 농업회사법인 등 농업법인에 대한 감면범위를 확대한 점, 농업·농촌기본법에서 농업회사법인에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 상법 중 회사에 관한 규정을 준용토록 규정하고 있고, 상법에서 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다고 규정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법 또는 중소기업창업 지원법상의 창업을 의미하는 것이 아니라 법인 설립을 의미한다고 봄이 타당하다OOO. 그렇다면 청구법인이 현물출자를 통하여 종전의 사업을 승계한 법인에 해당된다 하더라도 창업일(설립등기일)인 2006.12.18.부터 2년 내인 2007.5.8. 영농에 사용하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 이상, 지방세법 제266조 제7항 제1호의 규정이 적용되어 취득세 등의 면제대상에 해당된다. 따라서 처분청이 청구법인의 이 건 부동산 취득이 취득세 등의 면제대상이 아니라 100분의 50 경감대상으로 보아 가산세를 가산하여 이 건 취득세 등을 추징한 것은 법리를 오해한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유없지만 처분청의 관련 규정 적용에 잘못이 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.