[요지] 등록세가 중과세 되는 대도시내 본점 전입 이후의 부동산 등기는 이 건 신축건축물의 취득·등기만이 해당된다 할 것이므로 기존 부동산에 등록세를 중과세하는 것은 잘못이나 신축건축물의 취득·등기를 등록세 중과세 대상으로 등록세를 부과고지 한 것은 적법함
[요지] 등록세가 중과세 되는 대도시내 본점 전입 이후의 부동산 등기는 이 건 신축건축물의 취득·등기만이 해당된다 할 것이므로 기존 부동산에 등록세를 중과세하는 것은 잘못이나 신축건축물의 취득·등기를 등록세 중과세 대상으로 등록세를 부과고지 한 것은 적법함
[참조결정] 조심2009지0626 /
[주 문]
1. 처분청이 2009.12.10. 청구법인에게 한 <표1> 의 부과처분은 제2처분의 등록세 105,868,560원, 지방교육세 19,549,710원, 합계 125,418,270원은 이를 취소하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 1988.12.5. 이 건 기존부동산을 본점 소재지로 하여 법인을 설립하여 의류제조업 등을 영위하다가 2007.8.17. 임차중인 이 건 기존부동산을 취득하여 건축물을 신축하는 과정에서이 건 기존부동산의 인근인 OOOOO OOO OOO으로 2007.9.3. 본점을 일시 이전하였다가 3개월 후인 2007.12.27. 다시 원래상태로 전입하였음에도 이를 법인의 설립으로 보아 이 건 제1처분의 중과세 처분을 하는 것은 부당하고, OOO OOOO OOOO에서도 “대도시 내의 주식회사가 동일 등기소 관할 내인 당해 대도시 내로 본점이전등기를 신청하는 경우에는 등록세 중과세 대상에 해당하지 아니한다”고 명백히 규정하고 있으므로 이 건 제1처분의 중과세 처분은 취소하여야 한다.
(2) 구 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제102조 제2항에서 대도시내로의 법인의 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 청구법인은2007.8.16. 쟁점토지를 취득하여 등록세를 납부한 후, 2007.9.3. 대도시 외의 지역인 OOOOO OOO 소재 산업단지로 이전하였다가 2007.12.27. 다시 대도시내로 본점을 이전한 것이므로 청구법인의 2007.8.16. 쟁점토지의 취득·등기는 대도시 내로 법인 전입이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당하지 아니한다 할 것임에도 처분청에서는 이를 대도시내 법인 전입 이후의 부동산등기로 보아 이 건 제2처분에 의한 등록세를 중과세 하는 것은 부당하다. (3)또, 청구법인이 이 건 기존부동산을 취득한 후 이 건 신축건축물을 신축하기 위하여 산업단지내로 본점을 이전한 것은 불가피한 사유이었고, 이 건 기존부동산이 소재한 OOOOO OOO OOO과 산업단지가 소재한 OOOOO OOO OOO은 동일한 OOOOO 관내에 소재하고 있어 대도시 외에서 대도시 내로의 이전에 해당하지 아니함에도 이를 대도시 내로의 전입으로 보아 이 건 신축건축물에 취득·등기에 대하여 이 건 제3처분에 의한 등록세를 중과세하는 것은 부당하다.
(1) 지방세법제138조 제1항 제2호 및 제3호에서 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점의 전입에 따른 등기를 하는 경우와 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 하는 경우에 등록세를 중과한다고 규정하고 있는바, 여기서 등록세 중과대상의 지역적 범위인 “대도시”가 무엇을 의미하는지 문제되는데, 이에 관하여 지방세법제138조 제1항 단서에서 수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역을 의미한다고 하면서 다만, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다고 규정하고 있다.
(2) 위 규정에 따르면 지방세법상 대도시는수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역에서 산업단지를 제외한 지역을 의미하여 산업단지가 과밀억제권역 내에 있다고 해도 산업단지 자체는 지방세법상 “대도시”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이므로 과밀억제권역 내에 있는 산업단지에서 산업단지 밖의 과밀억제권역으로 본점을 이전하는 경우에는 지방세법제138조 제1항 제2호 소정의 대도시내에로의 전입으로 보아야 한다.
(3) 청구법인의 경우를 보면,청구법인은 OOO 소재 산업단지 내인 OOOOO OOO OOO에서 산업단지 밖의 OOOOO OOO OOO OOOOOOO로 본점을 이전하고 그에 따른 이전등기를 한 사실이 명백히 확인된 이상, 이는 지방세법제138조 소정의 등록세 중과규정이 적용된다고 할 것이고, 본점 신축을 위하여 일시적으로 본점을 이전하였다 하더라도 이러한 경우에 중과대상에서 제외한다는 별도의 명문 규정이 없는 이상 같으며, 청구인이 제시한 동일 등기소 관할 내로의 본점 이전등기시에는 등록세가 중과세 되지 않는다는 상업등기선례 1-43등은 본점의 단순 이전에 따른 지방세법제137조 제1항 제4호 규정의 정액등록세에 관한 내용으로 대도시외에서 대도시내로의 본점 전입(설립)에 해당한다고 본 이 건과는 사안을 달리 하므로 원용하기에 적절하지 아니한다 할 것이므 청구법인의 본점 이전등기를 대도시내로의 전입으로 보고 한 이 건 등록세 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 (산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점또는 주사무소의전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기.이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기와그설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)구 지방세법 시행령 (2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서"법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은당해 법인 또는 지점등이그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 OOOOO외의 지역에서 OOOOO내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며,"그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시 외의 법인이 당해 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.
(1) 사실관계 (가)청구법인은 1988.12.5. OOOOO OOO OOOOOOOOOO을 본점소재지로 하고, 의류제조 판매업, 수출입업, 부동산임대업 등을 목적사업으로 하여설립되어 사업을 영위하고 있다. (나)청구법인은 2007.8.16.임차하여 사용중이던이 건 기존부동산을 취득한 후, 2007.8.17. 그 취득가액인 2,370,000,000원을 과세표준으로 하고일반세율을 적용하여 산출한 등록세47,400,000원, 지방교육세 9,480,000원, 합계 56,880,000원을신고납부하였다. (다) 청구법인은 2007.8.16. 취득한 이 건 기존부동산의 기존건축물을 철거한 후 업무시설 및 근린생활용 건축물을 신축하는 과정에서2007.9.3. 청구법인의 본점소재지를 이 건 기존부동산에서 OOOOO OOO OOOOOOOOO OOOOOO OO으로 이전하였으며, 2007.11.30. 이 건 기존부동산의 기존건축물을 철거한 후인2007.12.27. 본점 소재지를 다시 이 건 기존부동산의 소재지인 OOOOO OOO OOO OOOOOOO로 이전하면서 본점 이전에 따른 등록세 75,000원, 지방교육세 15,000원, 합계 90,000원을 신고납부 하였다. (라)그 후, 청구법인은 2008.11.28.이 건 기존부동산에 있는 기존건축물을 철거하고, 쟁점토지 상에이 건 신축건축물을 신축하여 사용승인을 득한 후, 2008.12.24. 신축가액인 3,039,692,843원을 과세표준으로하고 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 24,317,540원, 지방교육세 4,863,500원, 합계 29,181,040원을 신고납부하여2009.1.9. 소유권보존등기를 경료하였으며, 처분청은 청구법인이 신고납부한 이 건 신축건축물의 취득가액에서 공사도급가액 증가분 538,000,000원을 신고누락한 사실을 확인하고 이를 과세표준으로 하여 산출한 등록세 5,323,610원, 지방교육세 978,640원, 합계 32,248,820원을 2009.5.10. 청구법인에게 부과고지 하였다. (마) 한편, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의하면, 청구법인이 이 건 기존부동산에서 3개월여 기간 동안 본점 소재를 이전한 OOOOO OOO OOO OOOOOO은 산업단지에 위치하고 있으며,지방세법제138조 제1항의 단서에 의하면, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지는 수도권정비계획법의 규정에 의한 과밀억제권역에서 제외되는 대도시 외의 지역에 해당함을 알 수 있다. (바) 이에 처분청은 1988.12.5. 대도시 내에서 법인을 설립하여 부동산 등을 취득·등기한 청구법인이 2007.9.3. 대도시 외의 지역인 OOOOO OOO OOO 소재 산업단지로 본점을 이전하였다가 2007.12.27. 대도시 내인 OOOOO OOO OOO으로 본점을 다시 이전함에 따라, 청구법인의 이러한 일련의 과정이 지방세법제138조 제1항의 규정에 의한 대도시 지역내 법인등기 등의 중과세 대상에 해당한다고 보아, 2009.9.10. 청구법인의 본점 이전등기와 이 건 기존부동산의 부동산등기 및 이 건 신축부동산의 부동산등기에 대하여 등록세 중과세에 대한 지방세과세예고를 통지하였다. (사) 청구법인은 처분청의 위 과세예고통지에 대하여 2009.10.5. OOOOOO에게 과세전적부심사를 청구하였으며, OOOOOO은 2009.11.19. 과세전적부심사 결정통지(OOOOOOOOO)를 통해 처분청의 2009.9.10.자 지방세과세예고통지 중 이 건 기존부동산의 기존건축물은 청구법인이 산업단지에서 본점을 전입하기 이전인 2007.11.30. 철거되었으므로 등록세 중과세 대상에서 제외하는 것으로 결정하였으며, 처분청은 위 과세전적부심사결정에 따라 본점전입에 따른 법인등기, 이 건 기존부동산의 부속토지인 쟁점토지에 대한 부동산등기 및 이 건 신축건축물의 부동산등기에 대하여 2009.12.17. 이 건 제1, 2,3 처분의 등록세를 부과고지 하였다.
(2) 판 단 (가) 지방세법제138조 제1항 본문 및 그 제2호에서 대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기에 대하여는 등록세를 중과세하고 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다고 규정하면서, 지방세법제138조 제1항 단서에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지는 대도시에서 제외한다고 규정하고 있으므로, 산업단지가 비록 대도시내에 소재하고 있다고 하더라도 대도시내의 산업단지에서 대도시내의 다른 지역으로의 법인의 본점의 이전은 본점의 전입으로서 법인의 설립에 따른 등록세를 중과세 대상에 해당한다 할 것이다. (나) 위 사실관계 등에 의하면, 청구법인은 1988.12.5. 대도시 내 지역인 OOOOO OOO OOO에서 법인을 설립하여 2007.9.3. 대도시 외의 지역인 OOOOO OOO OOO 소재 산업단지로 본점 소재지를 이전하였다가, 2007.12.27. 본점을 다시 대도시 내의 종전의 본점 소재지로 이전한 사실이 입증되고 있으므로, 이는 지방세법제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점의 전입에 해당된다 하겠고, 그렇다면 이에 관한 등기에 대하여는 대도시 내 법인 설립에 해당하는 중과 등록세율을 적용함이 타당하다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O)할 것이므로 처분청의 이 건 제1처분은 적법한 것으로 판단된다. (다) 지방세법제138조 제1항 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있고, 지방세법제138조 제1항 단서에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지는 대도시에서 제외한다고 규정하고 있으며, 구지방세법 시행령제102조 제2항에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. (라) 위 규정에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세 중과세 대상으로 규정한 것은 당해 대도시를 기준으로 하여 당해 대도시의 인구집중을 억제하고 공해를 방지하려는 데에 그 입법목적이 있다고 할 것이다(OO OOO OOO OOOOOOOOOO OO OOOO OO O OO). (마) 처분청은 1988.12.5. 대도시 내에서 설립되어 사업을 영위하던 청구법인이 2007.9.3. 대도시 외의 지역으로 본점을 일시적으로 이전한 후 2007.12.27. 기존의 본점 소재지로 다시 전입하였기 때문에 2007.8.16.과 2009.1.7. 취득·등기한 이 건 기존부동산의 부속토지인 쟁점토지와 이 건 신축건축물에 대하여 지방세법제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 등록세 중과세 대상으로 보아 이 건 제2, 3처분에 의한 등록세를 청구법인에게 부과고지 하였지만, 이 건 기존부동산의 부속토지인 쟁점토지는 2007.8.16. 청구법인이 이를 취득·등기할 당시 지방세법제138조 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세 요건에 해당하지 아니하여 이미 중과대상에서 제외된 부동산에 해당하고, 지방세법제138조 제1항 제3호의 규정에 의하여 등록세가 중과세 되는 대도시내 본점 전입 이후의 부동산 등기는 이 건 신축건축물의 취득·등기만이 해당된다 할 것임에도 처분청에서 2007.8.16. 이 건 기존부동산의 취득·등기 당시 등록세 중과세 대상에서 제외되었던 이 건 부동산의 부속토지인 쟁점토지에 대하여 청구법인이 대도시 외의 지역인 산업단지에서 대도시내로 다시 본점을 이전하였다는 사유로 쟁점토지에 대하여 이를 새로운 등록세 중과세 대상으로 판단하여 이 건 제2처분에 의한 등록세를 중과세하는 것은 잘못이라 할 것이다. (바) 하지만, 청구법인이 2008.11.28. 취득하여 2009.1.7. 소유권보존등기를 경료한이 건 신축건축물은 청구법인이 2007.12.27. 대도시 외의 지역에서 대도시 내로의 전입이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되어 등록세 중과세 대상에 해당한다 할 것이므로 처분청의 이 건 신축건축물의 취득·등기를 등록세 중과세 대상으로 보아 이 건 제3처분에 의한 등록세를 부과고지 한 것은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.