종교용으로 비과세 받고서 어린이집으로 사용한데 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[참조결정] 조심2010지0414 / 조심2008지0977 /

[주 문] 심판청구를기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2006.8.4. OOOOO OOO OOO OO OOO 토지 218㎡ 및 그 지상 건축물 292.8㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 400,000,000원에 취득하고서 종교사업용 부동산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세 신청하여 같은 날 처분청으로부터 비과세 확인을 받았다.
• 나. 처분청은 2009.9.9. 청구인이 쟁점부동산을 종교목적에 직접 사용하지 아니하고 어린이집으로 사용하는데 대하여 쟁점부동산의 취득당시 시가표준액인 472,132,650원을 과세표준액으로 하여 2009.9.10. 청구인에게 당초 비과세하였던 취득세 14,452,920원, 농어촌특별세 1,038,680원, 등록세 14,540,730원, 지방교육세 2,719,290원, 합계 32,751,620원을 부과·고지하였다(이하 “이 건 부과처분”이라 한다).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.2. 이의신청을 거쳐 2010.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2002.9.1.부터 쟁점부동산에서 어린이집을 운영해오다가 2006.8월 쟁점부동산을 취득하고 어린이집을 설치ㆍ운영하고 있으므로 지방세법 제272조 제5항에 의거 취득세 및 등록세 면제대상에 해당한다. 또한, 취득목적에 부합하지 않는 어린이집을 운영하였다는 처분청의 주장과 관련하여 당초 비과세 신청시 처분청에서 행정지도를 제대로 해주지 않아 비과세 사유에 종교목적으로 사용한다고 기재한 점을 들어 쟁점부동산을 목적사업에 직접 사용하지 아니한다고 보는 것은 부당하다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO). 실제 종교시설에서 운영하는 어린이집 및 유치원 등의 사례가 많은데 이는 사회기여도 및 학부모의 선호도가 높아서 전도의 기회가 되는 것이므로 취득목적에 적합한 운영이라고 할 수 있다. 한편 교회에서 운영하는 어린이집은 법인이 아닌 경우에는 그 운영상 책임소재를 위하여 단체가 대표자가 되지 못하며 담임목사에게 대표권과 원장자격을 동시에 부여하다가, 어린이집 업무가 복지부에서 여성부로 이관되면서 목사의 원장직이 상실되어 현재는 대표자격만 가지고 있다. 그러므로 보육교사 1급 시설장 자격이 없는 OOO 목사가 원장의 자격과 대표권자의 자격이 주어진 것은 청구인의 목사이기 때문이며, 그후 청구인과 새생활교회가 통합되어 OOO 목사가 담임목사, OOO 목사가 부목사가 되었는데 담임목사만을 교회의 대표로 인정한다는 처분청(세무과)의 안내에 따라 어린이집의 대표자를 담임목사인 OOO 목사로 변경하게 된 것이지 소유자가 변경된 것은 아니다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제직회 회의(2006.6.22)의 의결에 따라 예배당을 건축하기 위하여 쟁점부동산을 취득하면서 지방세법 제272조 제5항에 따른 취득세 등 면제신청을 하지 않고, 같은 법 제107조 및 제127조의 규정에 의거 종교목적으로 사용하는 것을 사유로 하여 취득세 등 비과세 신청하고 처분청으로부터 비과세 확인받은 사실이 확인되는 바, 청구인의 제직회에서 의결한 종교시설을 설치하지 아니하고 다른 용도인 영유아보육시설로 사용함으로써 당초 목적과 다른 용도에 사용하게 되는 결과 더이상 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호에 의한 비과세는 적용할 수 없는 것이다. 또한, 청구인이 제시한 사례(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)의 경우 종교단체가 처음부터 어린이집을 운영하고자 부동산을 취득하였고 실질적으로 어린이집으로 사용한 것이지만, 청구인의 경우 당초 예배당 건축이라는 종교목적으로 쟁점부동산을 취득하여 비과세 적용을 받은 후 종교용으로 직접 사용하지 않고 3년이 경과한 후에도 어린이집으로 사용하고 있으므로 이 건에는 적용될 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 취득한 부동산에 관하여 종교용으로 비과세 받고서 어린이집으로 사용한데 대하여, 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제272조(사회교육시설 등에 대한 감면) ⑤영유아보육법에 의한 영유아보육시설및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(영유아보육법 제12조 및 유아교육법 제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 2006.6.22. 예배당 건축을 위한 쟁점부동산 매입 및 자금차입을 결정하고, 2006.7.22. OOO로부터 쟁점부동산을 매매대금 400,000,000원(2006.8.7. 잔금지급)에 취득하기로 하는 매매계약을 체결한 사실은 재직회 회의록 및 부동산 매매계약서에 의하여 나타난다. (나) 청구인은 2006.8.3. 쟁점부동산에 관하여 “용도구분에 의한 비과세(종교목적)”를 그 사유로 하여 지방세 비과세 신청을 하였으며, 2006.8.4. 쟁점부동산의 소유권이전등기를 경료하고 처분청으로부터 비과세 확인서를 발급받았다. (다) 처분청은 2009.9.9. 현지확인조사를 실시하여 청구인이 쟁점부동산을 당초 비과세 신청사유인 종교용도(예배당 신축)이 아닌 영유아보육시설에 사용중인 사실을 확인하고, 2009.9.10. 이 건 부과처분을 하였다. (라) 심리일 현재 쟁점부동산에서 운영중인 OOOOOO의 보육시설인가 기록을 살펴보면, OOOOOO은 2000.1.21. 그 대표자를 OOO으로 하여 OOOOO OOO OOO OO OOOOO에서 최초 인가되었다가, 2002.9.18. 당시 임차건물인 쟁점부동산 소재지로 이전하면서 그 대표자를 OOO으로 변경하였으며, 2009.7.9. 그 대표자를 청구인의 담임목사인 OOO으로 변경한 사실이 나타난다.

(2) 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하면 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득·등기하는 경우 취득세 및 등록세를 비과세하되, 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있는 바, 여기서 종교목적에 직접 사용한다 함은 종교의식·예배·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 것을 의미한다고 할 것이다.

(3) 또한, 지방세법 제272조 제5항에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 등을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 부동산 취득일부터 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 영유아보육시설을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산을 취득일부터 1년 이내에 당해 목적에 직접 사용한다 함은 부동산을 취득한 자가 부동산 취득일부터 1년 이내에 영유아보육시설을 설치한 후, 영유아보육시설의 용도 등에 직접 사용하는 경우만을 의미한다고 할 것이다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)O

(4) 살피건대, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등이 비과세되는 것은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것인데 청구인의 경우 쟁점부동산을 종교목적으로 취득하고서 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다 할 것이고, 설령 지방세법 제272조 제5항을 적용한다손 치더라도 청구인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 1년 이내의 기간 중 OOOOOO의 대표자가 아니어서 영유아보육시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득ㆍ등기한 쟁점부동산의 취득자와 보육시설인가증의 대표자가 일치하지 아니하므로 쟁점부동산을 영유아보육시설의 용도에 직접 사용한 경우에도 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 기 면제한 취득세 및 등록세(가산세 포함)를 추징한 이 건 부과처분이 잘못이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.