개인사업자가 현물출자 방법에 따라 법인으로 전환한 청구법인이 「조세특례제한법」에 의한 취득세 등 면제기준에 적합한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2010.1.8. 청구법인에게 한 취득세 32,670,780원, 등록세 32,670,780원, 합계 65,341,560원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 사내이사인 OOO이 소유하던 개인사업장 OOOOOOO OOO OOO OOOOO 공장용지 18,239㎡, 공장 1,990.5㎡ 등(이하“이 사건 부동산”이라 한다)을 현물출자 방식에 의하여 2009.4.3. 취득하고, 조세특례제한법 제119조 제4항 및 같은법 제120조 제5항을 근거로 개인사업자의 법인전환에 따라 취득한 부동산으로 하여 2009.4.9. 취득세 및 등록세를 면제받았다.
• 나. 처분청은 2009.8.27.부터 2009.9.11.까지 실시된 정부합동종합감사지적에 따라, 개인사업자에서 법인전환하여 취득한 주식이 소멸하는개인사업장의 순자산가액에 미달하여 조세특례제한법상의 면제요건을충족하지 못한 것으로 보아 청구법인에게 이 사건 부동산의 순자산가액1,633,049,976원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 32,670,780원, 등록세32,670,780원, 합계 65,341,560원(가산세 포함)을 2010.1.8. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 사내이사인 OOO 소유의 개인사업장을 법인으로 전환하면서 사업용 고정자산 3,998,589,420원(토지 766,038,000원, 건물2,043,003,240원, 기계기구 1,155,548,180원, 자동차 34,000,000원)과 재고자산 1,432,330,516원 등 합계 5,430,919,936원에서 부채 3,797,869,960원을차감한 1,633,049,976원에 대하여 청구법인의 정관 제48조에서 10,000원이하는 절사한다는 규정에 의하여 1주당 5,000원인 주식 326,608주(1,633,040,000원)를 2009.4.3. 취득하였는 바, 이는 신설법인의 개인사업자 현물출자금액이 전환전 개인기업의 순자산가액 이상이라고 할 수있으므로 처분청의 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 신설법인의 개인사업자 주식지분은 1,633,040,000원으로 전환전 사업장의 순자산가액 1,633,049,976원에 9,976원이 미달하여 조세특례제한법 제32조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제4호 규정의 자본금요건을 충족하지 못하므로 처분청의 취득세 등 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 개인사업자가 현물출자 방법에 따라 법인으로 전환한 청구법인이 조세특례제한법에 의한 취득세 등 면제기준에 적합한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액이상인 경우에 한하여 이를 적용한다. 제119조(등록세의 면제등) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 제120조(취득세의 면제등) ⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ①법 제31조 제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. 2.통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ④ 법 제32조 제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인 설립일(2009.4.3.) 현재의 청구법인 사내이사인 OOO은 2007.10.1. 이 사건 부동산 소재지에 개인사업장인 OOOO을 설립하였다. (나) 그 후 2009.4.3. 개인사업장 OOOO OO OOO 외 3인이 현물출자하여 청구법인인 주식회사 OOOO로 법인전환하면서 총발행주식수를 412,838주로, 자본총액을 2,064,190,000원으로 하고 OOO을대표이사로, OOO, OOO을 사내이사로 하여법인 설립등기를하였다. (다)이 때, 소멸하는 개인사업장인 OOOO의 감정평가서와 법인장부에 의하면, 토지 766,038,000원, 건물 2,043,003,240원,기계기구1,155,548,180원, 자동차 34,000,000원 등 사업용고정자산은 3,998,589,420원이고재고자산은 1,432,330,516원으로 자산총액이 5,430,919,936원이며 부채액은3,797,869,960원으로써 순자산가액은 1,633,049,976원임이 확인된다. (라) 한편, 2009.4.1. 발기인 OOO, OOO, OOO이 작성한 신설법인의 정관 제48조 후단에 “위 부동산 및 별지 기계기구목록 평가금액5,430,919,936원 중 부채금액 3,797,869,960원을 공제하고 10,000원이하는 절사한다. 출자재산의 평가액: 금1,633,040,000원, 이에 부여하는주식의 종류와 수: 보통주식 326,608주”로 기재되어 있고 이 정관은 OOOOOOOOO에서 등부 2009년 제1335호로 인증되었다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 제32조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제28조제1항 제2호, 제29조 제4항에서 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하는 방법에 따라 2012.12.31.까지 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해통합으로 인하여 취득하는 주식 가액이통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한금액을 말한다.이하 같다)이상일 경우에는 조세특례제한법 제119조제4항 및제120조제5항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하도록규정하고있고,상법 제289조는 주식회사 정관의 절대적 기재사항으로 회사가발행할 주식의 총수, 1주의 금액 등을 열거하고 있으며, 같은 법 제290조는현물출자를 하는 자의 성명과그목적인 재산의종류, 수량, 가격과이에 대하여 부여할 주식의 종류와수는 정관에 기재함으로써 그 효력이 있다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 상법 제289조 및 제290조의 규정에 따라 법인은 정관에 정해진 사항에 반해서현물출자를 할 수는 없고 1주의 금액도 정관의 절대적 기재사항으로 규정하고 있는바, 청구법인의정관에서 10,000원 이하는 절사하고 출자재산의 평가액을 1,633,040,000원으로 하는 내용이 확인되고 있는 이상, 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미달된다고는 볼 수 없다고 하겠다. 따라서 처분청이 이 사건 부동산이 조세특례제한법 제119조 제4항및 제120조 제5항의 취득세와 등록세 면제요건을 충족하지 못하였다고보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여주문과 같이 결정한다.