기업부설연구소용 부동산을 취득한 후 4년을 경과하여 기업부설연구소로 인정받은 경우 취득세등 면제대상인지 여부 (기각)

[주 문] 심판청구를기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 어학실습기기 제조판매업 등을 목적사업으로 하여 1993.4.21. 설립된 법인으로, 임차한 건물인 OOOOO OOO OOO OOOOO에 연구소를 설립하여 2002.1.24. OOOOOOOOOOO으로부터 기술부설연구소로 인정받았다. 또한, 청구법인은 2005.10.20. OOOOO OOO OOO OOOOO 토지 278㎡ 및 그 지상 2층 건물 연면적 167.83㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 2005.10.25. 지방세법 제282조에 의거 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 그 취득세 및 등록세를 면제받고 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOOOOOOOO(OOOOOOO OOOO O OO O OOO OOOO OOO OOOO OO OOOOOOOOOOOOO OO)의 인정을 받았어야 하나, 위 4년이 되는 날인 2009.10.20.을 경과한 2009.12.9. 쟁점부동산을 소재지로 하여 기업부설연구소로 인정받은 사실을 확인하고, 쟁점부동산의 취득가액인 500,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 16,626,000원, 농어촌특별세 1,100,000원, 등록세 16,626,000원, 지방교육세 3,125,200원, 합계 37,477,200원을 2010.2.5. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법 제282조에서 기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용한 부동산에 대하여 재산세를 면제한다고 되어 있으며, 감면분 취득세와 등록세의 추징사유는 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우로 규정하고 있는바 이는 실질과세의 원칙을 규정한 것으로 보인다. 특히 2009.10.7. 연구소의 주소지 변경신고를 한 사실에 비추어 볼 때, 쟁점부동산을 취득한 날부터 4년(이하 “감면유예기간”이라 한다) 이내인 2009.10.20.까지 기업부설연구소로 충분히 인정받을 수 있는 단순한 상황이었음을 고려해 주시기 바라며, 업무담당자의 업무해태가 아닌 법률적 전문상식부족 및 업무처리 미숙으로 인해 단지 며칠간의 등록지연이 감면받았던 세금은 물론 거기에 4년간의 가산세까지 추가하는 것은 기업활동의 보탬이 되겠다는 본래 취지와도 상반된다고 생각하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제282조 및 같은 법 시행령 제228조에서 기업부설연구소로 취득세 및 등록세 등을 감면받기 위해서는 쟁점부동산에 대하여 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 요건을 갖추어 쟁점부동산을 감면유예기간 이내에 OOOOOOOOO의 인정을 받을 것을 요건으로 하고 있는데, 청구법인의 경우 쟁점부동산의 취득일인 2005.10.20.부터 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 기업부설연구소로서 인정받았어야 하나, 감면유예기간인 4년을 경과한 2005.12.9. 쟁점부동산으로 소재지를 변경하여 기업부설연구소로 인정받은 사실이 확인되므로 이 건 취득세 및 등록세 부과고지는 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 기업부설연구소용 부동산을 취득한 후 4년을 경과하여 기업부설연구소로 인정받은 경우 취득세 및 등록세 면제대상인지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령 제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOOOOOOOO의 인정을 받은 것을 말한다.

(3) 기술개발촉진법 제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① OOOOOOOOO은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 법인등기부등본, 기업부설연구소인정서, 임대차계약서, 건축물철거·멸실신고필증, 처분청 공문 등 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 어학실습기기 제조 판매업 등을 목적사업으로 하고 OOOOO OO OOO OOOO를 본점 소재지로 하여 1993.4.21. 설립된 법인으로, 2002.1.9. OOOOOOOOO으로부터 OOOOO OOO OOO OOOOO 지상 건물 157.55㎡를 기업부설연구소로 인정받았다. (나) OOO OOOOO 지상 건물 157.55㎡는 청구법인이 OOO으로부터 임차한 것인데, OOO은 2006.9.2. 처분청에 OOO OOOOO(OOO OOOOOO OOOOO OOO OO) 연면적 157.55㎡를 멸실신고하였고, 이에 처분청은 2006.6.30. OOO OOOOO, 12에 지하1층, 지상4층, 연면적 873.13㎡의 건축허가를 하였으며, OOO은 2006.9.25. 공사기간을 2006.9.23.～2006.9.27.로 하여 OOO OOOOO, 12 지상건물을 철거하는 공사(철거) 계약을 체결하였고, 2009.5.1. OOO OOOOO 토지 175.9㎡와 OOO OOOOO OO OOOOOOO OOOOOO (O) OOOOO OOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OOOOOOO OOO OOOO, OOOOOOOOOOO OOOOOO OOO OOOO OOOO OO, OOOOOO OOO OOO OO OOO O OOO OOO OOOOOO (O) OO OOOOO OOOOOOOOOO OOOOOO OOO OOOO OOOO OOO OO, OOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOOO OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOOOOO OOOOOO OO OOOOOO(OOOOOOOOOOO)O OOO OOOOOO (O) OO, OOOOO OOOOOO OOOOOO OOO OOOOOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOO OOOOO OOOOOOOOOOO OOOO OOOOOO OO OOOO OO OOO OOOO OO OOOOOO OOO OOOO(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO) 등을 제출한바, 동 공문의 내용은 감면부동산의 사후관리를 위하여 사용목적의 적정성을 일제 조사하므로 사용현황 및 관련서류를 2007.12.7.까지 처분청에 제출하도록 되어 있으며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점부동산을 2006년 5월부터 기업부설연구소로 사용한 것으로 하여 회신한 것으로 나타난다. 또 서울사무소 및 부설연구소 준공 및 이전 기념식 초대장에는 청구법인이 쟁점부동산에서 2006.5.26. 기념식을 여는 것으로 되어 있다.

(3) 지방세법 제282조는 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조는 법 제282조의 기업부설연구소는 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOOOOOOOO의 인정을 받은 것으로 규정하고 있으며, 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호는 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소를 규정하고 있는데, 위 지방세법 시행령조항은 취득세와 등록세의 면제요건의 전제가 되는 기업부설연구소에 대하여, 첫째 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 인적·물적시설의 기준을 갖추어야 하고, 둘째 부동산을 취득한 후 4년 이내에 OOOOOOOOO의 인정을 받을 것을 그 조건으로 규정하고 있다(OO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO).

(4) 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 감면유예기간 이내에 실질적으로 기업부설연구소로 사용하였으므로 취득세 및 등록세를 면제하여야 한다고 주장하지만, 기업부설연구소로 인정 받기 위해서는 인적요소뿐 아니라 물적시설을 갖춤과 동시에 부동산을 취득한 후 4년 이내에 OOOOOOOOO의 인정을 받아야 하는데, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 날인 2005.10.20.부터 4년이 되는 날(2009.10.20.)을 경과한 2005.12.9.에서야 비로소 기업부설연구소로 인정받은 이상, 쟁점부동산이 취득세 및 등록세 감면대상에 해당된다는 청구법인의 주장은 이를 받아들이기 어렵다. 또한, 청구법인의 법률지식 부족 및 업무처리 미숙으로 불과 몇 일 등록 지연한 것에 대하여 4년간의 가산세를 추징하는 것은 감면규정의 취지와 부합하지 않는다는 주장과 관련하여, 가산세는 세법상 각종 의무위반에 대한 행정상 제재로서 법령의 부지 및 납세자의 과실 등은 가산세 조각사유인 정당한 사유에 해당하지 아니하므로(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO), 가산세 또한 면하기 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 기 면제한 취득세 및 등록세(가산세 포함)를 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.