유연탄 보관창고를 화물운송사업에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2008.3.11. 취득한 OOOO OOO OO OOO 122-8 외 8필지상의 창고시설용 건축물 6,578.29㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 청구법인이 화물운송사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되는 것으로 보아 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제6항에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였다가 그 후 2009.10.1. 현지확인 결과 청구법인이 이 건 건축물을 당해 사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 판단하여 그 취득가액(1,322,236,290원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 36,327,100원, 농어촌특별세 3,632,700원, 등록세 27,411,920원, 지방교육세 5,085,700원, 합계 72,457,420원(가산세 포함)을 2009.11.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 약 30여년 전부터 OOOO OOO OO OOO에서 시멘트 제조회사(OOOOO, OOOO O)가 사용하는 유연탄에 대한 철도운송을 담당하고 있는 법인으로, 종전에는 운송화물인 유연탄을 OOO 공터에 야적하였다가 철도차량에 상차하여 운송하는 형태로 작업을 하였는데, 최근에 야적된 유연탄 분진 등으로 인한 공해로 많은 민원이 발생하여 이러한 민원을 해소함과 동시에 유연탄을 운송하기 위해서는 야적장에 반드시 분진을 막는 공해방지시설이 필요하여 OOO에서 1978년 이후 약 30여년 이상 유연탄 운송물량을 철도차량에 상차작업을 하고 있는 (O)OO으로부터 공해방지시설인 이 건 건축물을 무상으로 기부받아 취득한 후 유연탄을 보관하는 장소로 이용하고 있는바, 구 지방세법 제289조 제6항에서는 청구법인이 화물운송사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있으므로 이 건 건축물의 사용목적에 따라 직접 사용 여부를 판단하여야 할 것으로, 첫째, 처분청은 (O)OO이 향후 유연탄 화물에 대한 상차료 수입을 기대하고 이 건 건축물에 대하여 일시적으로 기부금 비용회계처리하지 아니하고 무형자산으로 회계처리한 후 매년 감가상각하여 수익과 비용이 대응되도록 회계처리한 것을 오해하여 (O)OO이 이 건 건축물을 직접 사용하고 있는 것으로 판단하였으나, 청구법인과 (O)OO이 체결한 “OOO 유연탄취급 물류시설 조성 및 운영에 관한 협약서”에 20년간 사용권을 준다는 내용이 없고, 당해 물류시설은 철도수송을 위한 목적으로만 사용하여야 한다고 명시되어 있을 뿐만 아니라 실제로 철도화물운송물량(유연탄)을 보관하는 시설물로만 사용하고 있으며, 청구법인의 무상기증자산에 대한 선급임대료 계정처리는 부가가치세법 제6조 및 제13조의 규정에 의거 재화의 공급으로 처리하도록 하고 있어 20년간 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 징수하기 위해 회계처리하고 있는 것일 뿐 실제 (O)OO과는 매월 임대료 없이 부가가치세만 주고 받고 있고, 이 건 건축물과 관련된 임대료를 받지 아니하고 있으므로 청구법인이 이를 (O)OO에 임대한 것이 아니라 화물운송사업에 직접 사용하고 있는 것이 명백하다 할 것이며, 둘째, 처분청은 유연탄운송에 대하여 철도운송 면허를 소지한 (O)OO이 수요가인 각 시멘트 제조회사를 대행하여 청구법인과 OOO에서의 유연탄운송 관련업무를 책임지고 있다고 하여 이 건 건축물을 (O)OO이 사용하고 있다고 판단하였으나, OOO 유연탄 상옥하치장의 작업과정을 보면, 시멘트 제조회사가청구법인(OOO)에게 유연탄 발송요청을 하면 청구법인은 (O)OO에게화물운송통지서 발행과 상차작업을 지시하면서 공화차를 배차하고, (O)OO은 청구법인의 지시에 따라 철도차량(화차)에 이 건 건축물 내에 보관된 유연탄을 상차하며, 이러한 작업이 끝나면 철도차량으로 운송을 하여 수요가인 시멘트 제조회사에 유연탄을 전달하게 되는데, 위 작업과정에서 (O)OO은 청구법인의 지시를 받아 상차업무를 수행하고 있어 OOO 구내에서 위 업무 이외의 다른 어떠한 영업행위를 할 수 없으며, 이 건 건축물에 보관된 시멘트 제조회사 소유의 유연탄에 대하여 보관료를 전혀 징수하지 아니한 채 오직 상차비만을 받고 있을 뿐이고, 이러한 업무는 지난 30여년간 시멘트 제조회사와 계약을 맺어 계속 해 오던 작업으로서 단지 유연탄의 보관장소가 공터에서 공해방시시설인 이 건 건축물 내로 바뀐 것에 불과하므로 이 건 건축물은 화물운송을 위해서 반드시 갖추어야 하는 시설로서 청구법인의 철도운송을 위한 물품보관창고임이 명백하다 하겠고, 셋째, 청구법인의 기본업무는 여객운송과 화물운송사업으로, 여객운송의 경우 반드시 고객이 열차를 기다려 승차할 수 있는 여객역사가 반드시 필요하고 이는 사업에 직접 사용되는 부동산에 해당되듯이 화물운송의 경우에도 실제 철도운송을 할 때까지 화물을 받아 보관할 창고가 반드시 필요하며 따라서 이러한 창고는 철도사업에 직접 사용되는 부동산으로 보아야 하며, 더구나 이 건 건축물의 취득 이유 또한 유연탄 야적에 따른 분진 등 공해문제를 해결하고 원활히 유연탄을 철도운송하기 위함에 있고, (O)OO의 상차작업은 유연탄을 공화차에 싣는 1회성 순간 작업이지만 청구법인의 화물운송 보관업무는 화물도착시부터 화차배정시까지 많은 시간 보관을 요하며, 이 건 건축물로 인한 청구법인과 (O)OO의 유연탄 톤당 수입금액을 비교하더라도 청구법인의 유연탄 운송요금은 약 9,500원인 반면, (O)OO의 유연탄 상차비는 약 1,300원에 불과하므로 이 건 건축물은 유연탄 상차장소가 아닌 청구법인의 유연탄 화물운송을 위한 보관장소임이 명백하고, 이를 청구법인이 직접 사용하고 있다 할 것이어서 단지 재산세 감면대상에서 누락하였다고 하여 면제된 이 건 취득세 등을 추징한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 이 건 건축물에 대해 (O)OO은 유연탄을 운송하기 위한 상차작업장소일 뿐 실질적인 작업지시는 청구법인에 의해 이루어지고 있으므로 청구법인이 화물운송사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 청구법인 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 청구인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하겠고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO), 직접 사용이라 함은 부동산을 취득·등기한 자가 그 시설의 사용자로서 그 취득·등기한 부동산을 직접 사용하는 것만을 의미한다고 보아야 할 것인바(OOO OOOO OOOOO OO OOOOO, OOOOOOOOOO OO), 청구법인과 (O)OO과의 임대차계약서에서 토지 부분에 대해서 임대료를 지불하고 있고, 건축물 부문은 임대한 사실이 없고 임대료를 지불하지 않는다고 하지만 (O)OO과 체결한 “OOO 유연탄취급 물류시설 조성 및 운영에 관한 협약서” 제8조에서 준공된 물류시설의 기증 및 임대에 관하여는 청구법인의 자산관리규정을 적용하여 처리한다고 규정하고 있으며, 청구법인의 자산관리규정 제22조(기증자산의 임대)에서 기증받은 자산에 대하여 기증자 또는 그 상속인 기타의 포괄승계자에게 임대할 때에는 임대료 총액이 기증을 받은 자산의 가액에 달할 때까지 임대료를 면제토록 규정하고 있고, (O)OO의 법인세 과세표준 및 세액신고서의 무형고정자산 감각상각비 조정명세서에서 사용자수익 기부자산으로 회계처리하여 매년 임대료에 해당하는 금액을 상각처리하고 있는 점으로 보면 실제로 임대료를 지급하는 것으로 볼 수 있으며, 2009.6.16. 청구법인이 처분청에 재산세·도시계획세 감면신청서를 제출하면서 이 건 건축물은 제외한 점, (O)OO과 계약을 맺은 OOOOO(주)의 작업계약서 제5조(사고의 책임 및 방지)를 보게 되면 유연탄이 부족, 변질, 수침될 경우 변상의무와 작업 중에 발생되는 비산먼지 및 제반 공해방지에 책임이 있어 이 건 건축물의 전용사용은 필수적이며, OOO 구내에서 발생되는 제비용 및 화차작업은 (O)OO의 책임으로 하고 있는 점, 현지 확인결과에서도 입항 본선의 하역작업 관리부터 화차 적재 발송, 항만에서 위 장치장까지 육상운송하여 장치장에 적재 보관 후 상차 및 발송까지 하고 있어 청구법인의 사업장이라기 보다는 (O)OO의 화물운송처리의 주된 사업장으로 쓰이고 있는 것으로 보여지는 점 등으로 볼 때, 이 건 건축물은 타사의 사용을 제한하고 의뢰받은 재화를 구분, 보관 및 재고관리 등 (O)OO의 업무수행에 필수적인 건축물로서 청구법인이 직접 사용하고 있다고 보기는 어렵다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이유연탄 보관창고를 화물운송사업에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제289조【공공사업용 토지 등에 대한 감면】⑥ 한국철도공사법에 의하여 설립된 한국철도공사가 한국철도공사법 제9조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호(제6호 중 철도역사 개발사업에 한한다)의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 철도차량에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 한국철도공사의 한국철도공사법 제9조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호(제6호 중 철도역사 개발사업에 한한다)의 사업에 직접 사용되는 부동산에 대하여는 재산세와 도시계획세 및 당해 법인에 대한 사업소세의 100분의 50을 경감한다.

(2) 한국철도공사법 제9조【사업】① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다. 1.철도여객사업, 화물운송사업, 철도와 다른 교통수단의 연계운송사업

2. 철도 장비와 철도용품의 제작·판매·정비 및 임대사업

3. 철도 차량의 정비 및 임대사업

6. 철도건설법 제2조 제6호 가목의 역 시설 개발 및 운영사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

(3) 한국철도공사법 시행령 제7조의2【역세권 개발·운영 사업 등】② 법 제9조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 사업”이란 다음 각 호의 시설을 개발·운영하는 사업을 말한다.

1. 화물유통촉진법 제2조 제5호에 따른 물류시설 중 철도운영이나 철도와 다른 교통수단과의 연계운송을 위한 시설

2. 도시교통정비 촉진법 제2조제3호에 따른 환승시설

3. 역사와 같은 건물 안에 있는 시설로서 건축법 시행령 제3조의4에 따른 건축물 중 제1종 근린생활시설, 제2종 근린생활시설, 문화 및 집회시설, 판매시설, 운수시설, 의료시설, 운동시설, 업무시설, 숙박시설, 창고시설, 자동차관련시설, 관광휴게시설과 그 밖에 철도이용객의 편의를 증진하기 위한 시설

(4) 철도건설법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 다만, 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 철도산업발전 기본법에서 정하는 바에 따른다.

6. “철도시설”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.

• 가. 철도의 선로(선로에 딸리는 시설을 포함한다), 역 시설(물류시설, 환승 시설 및 역사(역사)와 같은 건물에 있는 판매시설·업무시설·근린생활시설·숙박시설·문화 및 집회시설 등을 포함한다) 및 철도 운영을 위한 건축물·건축설비
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2008.3.11. 청구법인은 (O)OO으로부터 창고시설인 이 건 건축물을 증여 취득하였는데, 증여계약서에 첨부된 기증서에 본 계약의 목적물인 이 건 건축물은 한국철도공사법 제9조 제1호와 관련한 사업(화물운송)으로써 OOOO OOO OOO 122-8 외 8필지상의 단층 창고시설 6,578.29㎡이고, 청구법인의 철도화물운송사업에 대해 (O)OO은 청구법인의 관리감독을 받아 수행키로 하며, 기증가액은 1,809,029,750원으로 하고, (O)OO은 2008.2.29.까지 청구법인에게 이 건 건축물의 소유권이전등기를 경료하는 것으로 되어 있다.

(2) 2008.2.1. (O)OO은 이 건 건축물 기증과 관련한 세금계산서(공급가액 1,809,029,750원)를 청구법인에게 발급하였고, 청구법인은 (O)OO에게 2008.2.29, 2008.3.31, 2008.4.30, 2008.5.31, 2008.6.30.에는 각각 공급가액이 7,547,010원인 세금계산서를, 2008.7.1.에는 공급가액이 1,771,294,700원인 세금계산서를 발급하였다.

(3) 2009.10.1. 처분청 담당공무원이 이 건 건축물을 비롯한 청구법인 소유 부동산에 대한 조사한 후 작성한 출장복명서에 OOOOO, OOOO 등 시멘트 제조회사의 수입 유연탄을 (O)OO이 입항 본선의 하역작업 관리부터 화재 적재 발송까지 의뢰받아 항만에서 장치장까지 육상운송하여 장치장에 적재 보관 후 상차 및 발송하고 있고, 이 건 건축물의 위치가 (O)OO 본사와 접하여 별도 상주 직원이 불필요하며, 작업지시는 본사에서 처리하고 있어 이 건 건축물은 (O)OO의 업무수행에 필수적인 건축물로서 타사의 사용을 제한하고 직접 (O)OO이 의뢰받은 재화를 구분, 보관 및 재고 관리하는 등 (O)OO의 업무 부동산으로서 청구법인이 직접 사용하는 것으로는 보기 어렵다고 판단된다고 되어 있다.

(4) 청구법인은 2009.6.16.과 2010.6.29. 처분청에 소유 부동산에 대한 지방세 감면신청을 하면서 이 건 건축물은 직접 사용하는 부동산에서 제외하였다(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO).

(5) 2007.6.13. 청구법인과 (O)OO이 작성한 “OOO 유연탄취급 물류시설 조성 및 운영에 관한 협약서”를 보면, 본 협약의 목적은 OOO 유연탄 취급을 위한 화물상옥 등 물류시설의 원활한 조성 및 운영과 책임관계를 명확히 하는데 있고, 물류시설의 종류 및 규모는 유연탄 화물상옥 1동(약 2,000평) 및 표면경화제 살포시설, 살수시설, 자동식 세륜시설, 소방시설 등 대기환경보전법 등 관련법령에서 설치하도록 규정한 시설로 하되, 전체 부지 사용면적은 약 2,800평으로 하며, 물류시설 조성과 관련하여 소요되는 비용(표면경화제 약품 구입 및 살포비용 포함) 및 진출입로 등 추가적으로 발생하는 부대비용 등은 (O)OO이 부담하고, (O)OO은 물류기지 조성 및 작업장으로 사용하는 청구법인의 부지 전면적에 대하여 사업승인 후 2개월부터 준공시까지 청구법인의 자산관리규정을 적용하여 부지사용료를 납부하며, 준공된 물류시설의 기증 및 임대에 관하여는 청구법인의 자산관리규정을 적용하여 처리하고, 물류시설 준공 후 (O)OO은 화물상옥 이외에 작업장으로 사용하는 청구법인의 부지에 대하여 청구법인의 화물운송세칙 별표1에 정한 하치장사용료를 납부하며, 준공된 물류시설은 철도수송을 위한 목적으로만 사용하여야 한다고 되어 있다.

(6) 청구법인의 자산관리규정을 보면, 기증받은 자산에 대하여 기증자 또는 그 상속인 기타의 포괄승계자에게 임대할 때에는 그 임대료를 면제할 수 있다고 하면서 임대료의 면제는 임대료 총액이 기증을 받은 자산의 가액에 달할 때까지로 하고, 건물 기타 시설물을 기증받은 경우에는 그 건물 기타 시설물의 부지사용료를 임대료 총액에 합산할 수 있으며, 임대료는 제53조의 규정을 준용하여 산출하되, 그 임대료 계산의 기준이 되는 자산의 가액과 부지의 가액은 최초의 임대 당시를 기준으로 하여 결정한다고 되어 있다.

(7) 2009년 1월 (O)OO은 이 건 건축물의 부속토지와 연접한 청구법인 소유의 OOOO OOO OOO 122-7 토지 6,578.29㎡에 대하여 목적을 물류창고로 하고, 임대차기간을 2009.1.1.부터 2011.12.31.까지로 하며, 임대료를 37,825,160원(부가가치세 별도)으로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였는데, 그 면적이 이 건 건축물의 면적과 같다.

(8) 2002년 12월 OOOOO(주)과 (O)OO이 작성한 “수입 유연탄 작업계약서”를 보면, OOOOO(주)는 OOO으로 수입하는 유연탄의 하역계약 대행에서 철도상차까지의 업무를 (O)OO에게 대행케 하고, (O)OO은 대행받은 업무를 성실히 수행하여야 하며, (O)OO이 수행할 작업의 범위는 OOO 입항 본선의 선내 하역작업의 관리부터 화차 적재 발송까지로 하며, (O)OO은 원활한 하역과 화차발송 작업을 위하여 최선을 다하여야 하고, (O)OO이 성실히 이를 수행하지 못해 발생한 OOOOO(주)의 손해에 대해 책임을 지며 이의 없이 OOOOO(주)에게 이를 변상하며[“하역”이라 함은 (O)OO이 하역작업을 직접 수행한다는 의미가 아니고, (O)OO이 OOOOO(주)를 대행하여 하역을 “관리”함을 말한다], (O)OO은 작업 범위 내에서 OOOOO(주)의 유연탄 구분 보관관리 및 재고관리에 최선의 노력을 다해야 하고, 하역관련부대비는 유연탄 양하 완료 후 월말에 OOOOO(주)에게 청구하고, 소운송부대비는 (O)OO이 화차발송 완료 후 제증빙서류를 첨부하여 월말에 OOOOO(주)에게 청구하며, 입항 선박별 마감물량은 B/L톤수를 기준으로 하나 홀수검정량에 의한 톤수를 물량 확인에 참고하며 발송량은 비중 실측치에 의한 화차 용적톤수로 계산하고, (O)OO이 인수한 유연탄이 부족, 변질, 수침될 경우 (O)OO은 이에 대한 책임을 지며, (O)OO은 작업 중에 비산되는 먼지 및 제반 공해방지 등에 최선을 다하여야 하고, 이로 인해 발생되는 모든 책임은 (O)OO이 진다고 되어 있다.

(9) 살피건대, 구 지방세법 제289조 제6항에서 한국철도공사가 한국철도공사법 제9조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호(철도역사 개발사업에 한한다)의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 한국철도공사가 당해 부동산을 “사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 한국철도공사법 제9조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호(철도역사 개발사업)의 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 청구법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것이다. 청구법인의 경우 2002년 12월 OOOOO(주)와 (O)OO이 작성한 수입유연탄 작업계약서에 (O)OO의 작업범위가 입항 본선의 선내 하역작업의 관리부터 화차 적재 발송까지로 되어 있고, (O)OO은 위 범위 내에서 OOOOO(주)의 유연탄 구분 보관관리 및 재고관리에 노력을 다하여야 하며, (O)OO은 인수한 유연탄의 부족, 변질, 수침에 대하여 책임을 지고, 작업 중에 비산되는 먼지 및 제반 공해방지 등에 최선을 다하여야 한다고 되어 있는 점, 2009년 1월 (O)OO과 청구법인이 작성한 임대차계약서에 이 건 건축물 면적과 같은 면적의 토지(6,578.29㎡)를 임차하고 이에 대하여 37,825,160원의 임대료를 지급하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인은 처분청에 소유 부동산에 대한 재산세 감면신청을 하면서 이 건 건축물을 직접 사용하는 부동산에서 제외한 점, 이 건 건축물은 (O)OO으로부터 기증받은 자산인데, 청구법인의 자산관리규정을 보면 기증받은 자산에 대하여 기증자에게 임대할 때에는 임대료 총액이 기증을 받은 자산의 가액에 달할 때까지 임대료를 면제할 수 있다고 되어 있어 (O)OO이 청구법인에게 이 건 건축물에 대한 임대료를 지급하고 있지 아니한다고 하여 이를 임대용 건축물이 아니라고 단정할 수는 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 건축물은 청구법인이 위 규정에서 정하고 있는 청구법인의 사업에 직접 사용하고 있다기보다는 (O)OO이 그 목적사업을 영위하기 위하여 유연탄 보관장소로 사용하고 있다고 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.