과점주주이었던 자가 주식양도 등으로 인하여 과점주주에 해당하지 아니하다가 5년이 경과한 후에 다시 과점주주가 된 경우 취득세를 부과고지한 처분의 당부 (취소)

[주 문] 처분청이 2009.10.21. 청구법인에게 한 취득세 704,589,440원, 농어촌특별세 70,421,050원, 합계 775,010,490원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2008.5.15. OOOO OOO OOO OOO OO OOOOOO OOOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대한 현물출자 및 영업양수도로 인하여 주식소유비율이 36%에서 52.02%로 증가하여 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 성립하였음에도 이를 신고납부하지 아니한 사실이 충청북도지사의 세무조사과정에서 확인됨에 따라, 과점주주 납세의무성립일인 2008.5.15. 현재 쟁점법인의 취득세 과세대상물건에 대한 장부가액의 52.02%에 해당하는 가액 26,154,026,290원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 704,589,440원, 농어촌특별세 70,421,050원, 합계 775,010,490원을 2009.10.21. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인의 경우에는 과점주주 납세의무를 규정하고 있는 지방세법 시행령제78조 각 항에 해당하지 아니하므로과점주주 간주취득세 납부할 의무는 없다. 가)지방세법 제105조 제6항은 과점주주의 간주취득에 대하여 규정하고, 그 취득의 유형에 대하여는 구 지방세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것을 말한다)제78조에서 ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우, ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우, ③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도ㆍ당해 법인의 증자 기타의 사유로 인하여 과점주주에 해당하지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우 등 3가지만 규정하고 있으므로 조세법률주의에 입각하여 위 취득유형 이외에는 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과할 수 없다. 나)청구법인은 1997년 쟁점법인의 과점주주이었다가 소유주식 일부를 양도하여 과점주주에 해당하지 아니하다가,5년이 경과한 후인 2008.5.15. 증자로 주식을 취득하여 다시 과점주주가 되었는바,청구법인의 취득유형은 위 개정전 지방세법 시행령제78조의 어느 유형에도 해당하지 아니함에도불구하고 처분청은 아무런 법률적 근거 없이 이 건 거래에 대하여청구법인이 보유하고 있는 지분 52.02% 전부에 대하여 취득세를 부과고지한 것으로 명백히 잘못이다. 다)또, 2010.1.1. 지방세법 시행령제78조 제3항을 개정하면서종전 규정의 “…그로부터 5년 이내에 다시…”부분을 “…다시…”라고 개정하였는바, 만약 이 건 거래와 같은 유형에 대하여 개정전지방세법 시행령을 적용하여 과세하는 것이 적법하였다고 하면 개정할 이유가 없었을 것이며, 과세관청 및 정부 스스로가 이 건 거래의 유형에 대하여 과세를 하는 것이 잘못되었다는 것을 인식하고 지방세법 시행령제78조 3항을 개정한 것이므로, 이 건 거래에 대한 과세처분이 잘못된 것임을 스스로 자인하고 있는 것이라 할 것이다. (2)OOO OOOOOOOOOO(OOOOO OO OOO OO)의 판례에 의하면, 동일 과세물건에 대하여 동일한 납세의무가 이미 납부하였던 과점주주 취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다고 판시하고 있는바,청구법인은 이 건 거래의 대상인 취득세 과세대상물건에 대하여 과거 이를 취득할 당시 취득세를 납부한바 있으므로,청구법인이 이러한 취득세 과세대상물건을 쟁점법인에게 현물출자 및 사업양도 하고 그 대가로 주식을 교부받음으로써 과점주주가 된 경우에 까지 취득세를 부과하는 것은 위 대법원 판례에서 보는바와 같이 명백히 이중과세에 해당한다 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 설사, 청구법인이 쟁점법인에 대한 과점주주로서 취득세 납세의무가 성립되었다고 하더라도, 처분청이 취득세 과세대상으로 보아 과세한 구축물 중에는 취득세 과세대상물건과는 무관한 야적장, 굴뚝, 적치장 및 포장공사비용 등이 포함되어 있으므로, 취득세 과세대상 물건에 해당되지 않는 구축물에 대한 취득세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 과점주주가 주식을 양도하여 일반주주로 되었다가 5년이 경과한 후 다시 과점주주가 된 경우에는 과점주주 주식취득에 따른 취득세 납세의무가 성립되는 것(O OOOOO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O)이므로, 청구법인은 1997년 과점주주이었다가 소유주식 일부를 양도하여 과점주주에 해당하지 아니하다가, 5년이 경과한 후인 2008.5.15. 증자로 주식을 취득하여 다시 과점주주가 되었으므로 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 성립되었다 할 것이다.

(2) 또한, 청구법인은 기 취득한 취득세 과세대상을 현물출자 및 사업양도를 통해 주식을 교부받아 과점주주가 된 경우, 과점주주 취득세를 부과하는 것은 이중과세(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO)에 해당한다고 주장하지만, 지방세법제105조제6항에서 과점주주는 과점주주가 된 때에 당해 법인의 부동산 등을 취득하는 것으로 법인의 부동산 현물출자에 따른 증자의 경우, 당해 증자로 인한 과점주주 납세의무 성립시점에서 당해 법인이 현물출자한 부동산을 소유하고 있는 것으로 보아야 할 것으로서 당해 과점주주 취득세 과세대상에는 현물출자된 부동산이 포함되어야 할 것(O OOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)인바, 청구법인은 청구법인 소유의 취득세 과세대상을 사업양수도 및 현물출자 방식으로 매각과 동시에 증자로 주식을 취득하여 과점주주 간주 취득한 경우로서 과점주주 납세의무가 성립하였다 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 과점주주이었던 자가 주식양도 등으로 인하여 과점주주에 해당하지 아니하다가 5년이 경과한 후에 다시 과점주주가 된 경우 그 과점비율분에 대하여 취득세를 부과고지한 것이 적법한지 여부

② 과점주주 성립이전에 취득세 과세대상 물건에 대한 취득세를 이미 납부하였음에도 과점주주가 되었다는 사유로 취득세를 다시 부과하는 것은 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 취득세 과세대상물건이 아닌 구축물에 대한 이 건 부과처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제104조 (정의) 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. 부동산: 토지 및 건축물을 말한다.

3. 토지: 측량·수로조사 및 지적에 관한 법률에 따른 토지를 말한다.

4. 건축물: 건축법제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다. 제105조(납세의무자 등)⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 구 지방세법 시행령(2010.1.1 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제75조의2 (건축물의 범위) 법 제104조 제4호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 시설물을 말한다.

1. 레저시설: 풀장, 스케이트장, 골프연습장(체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 의하여 골프연습장업으로 신고된 20타석 이상의 골프연습장에 한한다), 전망대, 옥외스탠드，유원지의 옥외오락시설(유원지의 옥외오락시설과 유사한 오락시설로서 옥내 또는 옥상에 설치하여 사용하는 것을 포함한다)

2. 저장시설: 수조, 저유조, 사일로, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)

3. 도크시설 및 접안시설: 도크, 조선대

4. 도관시설(연결시설을 포함한다): 송유관, 가스관, 열수송관

5. 급ㆍ배수시설: 송수관(연결시설을 포함한다), 급ㆍ배수시설, 복개설비

6. 에너지 공급시설: 주유시설, 가스충전시설, 송전철탑(전압 20만볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 전기사업법 제72조의 규정에 의하여 이전ㆍ설치하는 것을 제외한다)

7. 기타 시설: 잔교, 기계식 또는 철골조립식 주차장, 방송중계탑(방송법 제54조 제1항 제5호의 규정에 의하여 국가가 필요로 하는 대외방송과 사회교육방송중계탑을 제외한다), 무선통신기지국용 철탑 제78조 (과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가그로부터 5년이내에 다시당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

(3) 지방세법 시행령(2010.1.1 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제78조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는다시과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) OOOOOOOOOO의 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 청구법인은 1997.12.31. 기준으로 쟁점법인에 청구법인이 지분 50.0%, 청구법인의 임원 OOO가 1.0%의 지분을 출자하여 최초로 과점주주(51.0%)가 된 후, 1999.12.31. 현재 72.0%의 지분을 보유하고 있다가, 2000.12.31. 이후부터는 주식 양도 등으로 과점주주가 아닌 일반주주가 되었고, 2008.1.1. 현재 지분율이 36.0%로 감소하였다가 쟁점법인에 대한 현물출자 및 사업양수도계약에 의해 2008.5.15. 현재 지분율이 52.02%로 증가하여 과점주주가 되었다. (나) 청구법인은 2008.2.21. 쟁점법인과 현물출자 및 사업양수도계약을 체결하면서, 양수도일자를 2008.5.1.로 하여 청구법인의 Printed Circuit Bord("PCB")사업을 3,366억원에 현물출자 및 양도하고, 쟁점법인의 PDP Rear Plate("PRP")사업을 1,462억원에 양수하였다. (다) 청구법인은 위 현물출자 및 영업양수도 정산과 관련하여 종속회사인 OOOOOOOOOO로부터 주식 3,276,324주, 현금 56,859백만원을 수령하였으며, 이로 인하여 청구법인의 OOOOOOOOOO에 대한 지분율은 52.02%로 증가되었다. (라) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 2008.5.15. 쟁점법인에 대한 주식소유비율이 36%에서 52.02%로 증가하였음에도 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고, 과점주주 납세의무성립일인 2008.5.15. 현재 쟁점법인의 취득세 과세대상물건에 대한 장부가액의 52.02%에 해당하는 가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세와 농어촌특별세를 청구법인에게 각 부과고지 하였다. <표1> 쟁점법인의 유형자산집계표(2008.5.31. 기준) (단위: 원) 구분 계 토지 건물 구축물 차량운반구 취득가액 67,391,579,780 30,552,766,286 23,518,413,333 13,164,959,211 155,440,950 감가상각누계액 11,002,914,530

• 5,903,141,031 4,971,360,151 128,413,348 순장부가액 56,388,665,250 30,552,766,286 17,615,272,302 8,193,599,060 27,027,602 ※ 과세표준액(26,154,026,290원) = 순장부상가액 × 52.02%(주식비율)

(2) 판 단 (가) 쟁점①에 대하여 본다.

1. 구 지방세법 시행령제78조 제3항에서 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

2. 하지만, 구지방세법 시행령제78조 제3항이 5년 이내에 다시 과점주주가 된 경우에는 그 증가된 비율에 한하여 취득세를 부과한다고만 규정하고 있고, 5년이 경과하여 다시 과점주주가 된 경우에 대한 명시적 규정이 없는데도 처분청은 반대해석을 하여 이를 과세한 것으로 보이는바, 위 시행령 규정은 과점주주 이었다가 주식 전체를 양도하여 지분을 전혀 갖고 있지 아니하는 경우와 일정부분의 주식을 계속하여 보유하고 있는 경우와의 본질상 차이가 존재함에도 이를 인정하지 아니한 채 과점주주이었다가 주식의 양도로 일반주주가 된 상황에서 단지 5년이 경과하여 다시 과점주주가 되었다는 사유를 들어 전체 지분에 대하여 다시 취득세를 부과하려는 취지로는 해석되지 아니한다.

3. 또, 과점주주로서 부동산에 대한 간주 취득세를 납부한 후 사업양수도방식에 의하여 부동산을 취득한 경우 간주취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당한다는 OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO)의 취지와 2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정 시행된 지방세법 시행령제78조 제3항의 개정취지 즉, 5년 이내 다시 과점주주가 된 자와 5년 이후 다시 과점주주가 된 자와의 형평성 문제, 기 납부한 취득세의 세부담과중 및 이중과세 등을 해소하기 위해 5년 경과 여부에 관계 없이 종전 과점비율보다 증가분에 대하여만 취득세를 과세하도록 한 점에 비추어 보아도 위와 같이 해석함이 보다 합리적이라 할 것이다.

4. 따라서, 1999.12.31. 현재 쟁점법인의 지분 72.0%를 보유하고 있던 청구법인이 2000.12.31. 이후부터 주식양도 등으로 과점주주가 아닌 일반주주가 된 후, 그로부터 5년이 경과한 2008.5.15. 지분율이 52.02%로 증가하였다는 사유로 1999.12.31. 현재의 지분비율(72.0%)을 인정하지 아니하고, 2008.5.15. 현재의 지분비율(52.02%) 전체에 대하여 과점주주 취득세를 부과하는 것은 부당하다는 청구법인의 주장은 설득력이 있다고 판단된다. (나) 쟁점②, ③은 쟁점①이 인용 결정되어 심리의 실익이 없으므로 그 판단을 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.