대도시내의 부동산을 취득하고 분사무소를 설치한 경우 부동산등기가 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부 (경정)

[참조결정] 조심2009지0708 / 조심2009지0096 /

[주 문] 처분청이 2009.10.9. 청구법인에게 한 등록세 476,803,570원, 지방교육세 88,415,650원, 합계 565,219,220원의 부과처분은 쟁점 부동산을 제외한 면적은 등록세 중과세 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2008.3.11. OOO OOO OOO OOO 1076-2 외 1필지 토지 1,369㎡와 그 지상건축물 4,541.52㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 같은 날 그 취득가액(9,580,000,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 229,920,000원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 2009.6.17. 세무조사 결과 청구법인이 이 건 부동산 취득 신고 당시 취득비용 일부인 중개수수료 등 5,500,000원을 누락하였고, 이 건 부동산 일부에 분사무소를 설치한 후 이를 직접 사용하고 있음을 확인하고 이 건 부동산등기가 등록세 중과세대상인 대도시내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 그 누락한 신고가액을 포함한 취득가액(9,585,500,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 526,474,000원, 지방교육세 97,626,400원 합계 624,100,400원(가산세 포함)을 2009.10.9. 청구법인에게 부과고지 하였다가, 2009.10.13. 이 건 부동산 중 직업전문학교로 사용하는 7층 부분(면적 418.7㎡, 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)은 구 지방세법 제278조 제1항의 규정에 의한 등록세 등의 50% 경감대상에 해당되는 것으로 보아 이에 대한 세액은 경감하는 것으로 하여 당초 세액을 등록세 476,803,570원, 지방교육세 88,415,650원, 합계 565,219,220원으로 감액하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 1990.7.16. 노사관계 및 노동문제 전반에 관한 조사연구와 교육훈련을 통해 노사협력촉진, 산업평화증진 등 국가경제발전과 인류번영에 이바지함을 목적으로 하고, OOOOO OOO OOO 547-8을 주사무소로 하여 설립된 비영리재단법인으로, 1993.9.1. 목적사업인 근로자직업훈련촉진법에 근거한 산업인정(지정) 교육훈련원 설립운영을 실현하기 위하여 부설기관으로 OOO OOO OOO OOO 89-3을 소재지로 한 OOOOOOOO(OO OOOOOOOOO OO)를 개원하였고, 그 후 1994.1.10. 직업능력개발훈련기관으로 지정된 이래 건설기계운전, 건축배관 등의 정부위탁 훈련과정과 중장비운전, 인터넷활용전문가 등의 실업자 재취업 훈련과정을 전액 국비지원으로 교육해오던 중에 OOOOO 수강생들이 교통수단으로 겪는 불편을 개선하고자 건설기계, 중장비 등 불가피하게 야외교육장을 필요로 하는 훈련과정을 제외한 인터넷활용과정 등을 쟁점 부동산에서 실시하기 위해 OOOOOOOOOOOO라는 명칭으로 개원하고 이에 컴퓨터 시설을 설치한 후 2008.8.1. 직업능력개발훈련시설로 지정받아 현재 실업자훈련에 대해서는 국비지원으로 무료교육을 실시하고 있고, 재직자교육에 대해서는 고용환급제도를 통해 수강생으로 하여금 실질적인 비용 부담없이 교육을 수강토록 하고 있는바, 이 건 부동산의 관리인인 OOO가 쟁점 부동산에 컴퓨터 시설을 설치하여 강의실로 개원한 2008년 8월 이후 교육이 시작된 2008년 10월까지 매일 출근하는 직원은 없었고, 교육이 진행되는 기간에만 관련 직원이 출입하였으나 교육이 종료되면 더 이상 출입하지 아니하였으며, 2009년에는 마지막으로 교육이 진행된 2009.7.31. 이후인 2009년 8월부터 진술일 현재(2009.12.16.)까지 매일 출입하는 직원이 없었고, 교육이 없는 상당기간 동안에는 왕래하는 사람이 없어 출입문이 잠겨 있었을 뿐더러 매일 출입하는 직원도 없어 직원이 상주하는 곳으로 생각해 본 적이 없다고 진술하고 있는 점,교육기간 동안 쟁점 부동산을 출입한 교육강사 및상담사 그리고 총무직원은 이에 전속된 인원이 아니고 부설기관인 OOOOO에서 파견된 직원들로서 강의진행을 위한 최소 인원이었고, 청구법인의 주된 대외적인 거래는 교육수료생 보고 및 고용보험 환급신청, 수강신청 접수 및 수강료 입금 확인 등인 반면에 위 인원이 담당한 역할은 이러한 대외거래와는 무관한 업무인 점, 쟁점 부동산에서는 학사관리/운영 및 훈련이 수행되고 있을 뿐 나머지 행정적인 업무는 모두 OOOOO에서 수행되고 있으며, 더구나 의사결정권한을 가진 교감, 교장, 이사장 모두 OOOOO에서 근무하고 있는 것으로 확인되고 있는 점, 쟁점 부동산에 파견된 직원들에 대한 급여와 훈련시설에 대한 관리비용은 전부 부설기관인 OOOOO에서 지출하고 있고, 이에 대한 회계업무 역시 OOOOO에서 수행하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 쟁점 부동산은 단순한 직업훈련장소에 불과할 뿐 독립적인 의사결정권한과 회계기능을 가지고 영업활동 또는 대외거래업무가 이루어지는 장소라고 인정하기는 어렵다 할 것이어서 구 지방세법 시행규칙(2008.3.24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 본문의 규정에 의한 지점 등에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠으므로 이 건 부동산등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 규정하고 있는 등록세 중과세대상인 대도시내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠으므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 할 것이다. 설사 이 건 부동산등기가 대도시내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 인정한다 하더라도 이 건 부동산 중 쟁점 부동산을 제외한 제3자에게 임대 사용토록 하고 있는 부분은 지점 또는 분사무소의 설치와는 아무런 관련이 없다 하겠으므로 이 부분에 해당하는 등록세 등의 중과세 처분은 부당하므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 경정되어야 한다(OO OOOOOOO, OOOOOOOOOOO)
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점 부동산은 대외적인 거래와는 직접적인 관련이 없고, 인적설비의 요건을 갖추고 있지 아니하고 있을 뿐더러 독립적인 영업활동을 위한 의사결정권한과 회계기능을 갖고 있지 아니하므로 구 지방세법상 지점 또는 분사무소에 해당되지 아니한다고 주장하나, 청구법인은 이 건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하고, 사업의 종류를 서비스·비영리·부동산으로, 종목을 직업전문학교·학술연구·임대 등으로 하는 사업자등록을 한 바 있고, 처분청 담당공무원이 현지조사 후 작성한 출장복명서에 의하여 직원 1인이 상주하면서 교육생을 모집한 사실이 확인될 뿐만 아니라 청구법인 스스로도 쟁점 부동산에서 2008년 10월부터 2009년 7월까지 8개의 직업능력개발훈련과정을 진행하였고, 위 기간 중에는 교육강사와 상담사, 총무직원이 근무한 사실을 인정하고 있으며, 청구법인의 홈페이지를 보면 교육생 모집(국비무료 중국취업 연수생 모집) 공지사항에서 쟁점 부동산 소재지를 방문상담 및 접수 장소로 안내하고 있음이 확인되고 있고, 쟁점 부동산을 사업장 소재지로 하는 다수의 세금계산서(전단 배포비, 재직자과정 DM용 봉투제작 및 DM대행, 교차로 광고료, 전단지, 현수막 등)를 청구법인의 거래처로부터 교부받은 사실이 있어 대외적인 거래가 이루어지고 있음이 확인되고 있는 이상, 쟁점 부동산은 인적·물적 설비를 갖추고 훈련생 모집 및 훈련과정 진행 등 청구법인의 사업을 수행하고 있는 청구인의 분사무소로 보아야 할 것이어서 이 건 부동산등기는 대도시내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 봄이 타당하다 하겠으므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 비영리법인인 청구법인이 대도시내의 부동산을 취득하고 이에 분사무소를 설치한 경우 당해 부동산등기가 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2010.1.1. 법률 9924호로 개정되기 전의 것) 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 제278조【산업인력지원을 위한 감면】① 근로자직업능력개발법에 의한 직업능력개발훈련시설(숙박시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 토지(건축물 바닥면적의 10배 이내의 것에 한한다)와 건축물에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 직업능력개발훈련시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 직업능력개발훈련시설에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 특별시 외의 지역에서 특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

(3) 구 지방세법 시행규칙(2008.3.24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제55조의2【사무소 등】영 제102조 제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1990.7.16. 명칭을 재단법인 OOOOOOOOO으로, 본점 소재지는 OOOOO OOO OOO 547-8으로, 목적사업은 청소년 심신수련 및 교육훈련, 근로자직업훈련촉진법에 근거한 인정(지정) 교육훈련원 설립운영, 학원설립운영 및 지식, 인력개발 사업관련 평생교육시설 운영, 근로기준 및 임금제도에 관한 조사연구 등으로 하여 법인설립등기절차를 완료하였다.

(2) 청구법인은 2008.3.10. 사업장 소재지를 이 건 부동산 소재지로 하고, 업태는 서비스·비영리·부동산으로, 종목은 직업전문학교·학술연구·임대로 하여 사업자등록(OOOO O OOOOOOOOOOOO)을 하고 그 다음 날인 2008.3.11. 이 건 부동산을 취득하였다.

(3) 청구법인은 2008.6.20. 명칭은 재단법인 OOOOOOOOO OOOOOOOOOO로, 소재지는 이 건 부동산 소재지로, 시설구분은 직업능력개발훈련시설로, 시설내역은 훈련시설 면적 418.7㎡, 강의실 면적 64.97㎡, 강의실 및 실습실 예정 면적 162.94㎡로 하여 OOOOOOO OOOOO에게 직업능력개발훈련시설 지정신청서를 제출하였고, 이에 OOOOOOO OOOOO은 2008.8.1. 청구법인에게 직업능력개발 훈련시설 지정서(O OO OOOOOO)를 교부(OOOOOOOOOO)하였다.

(4) 2009.6.18. 처분청 담당공무원(OOOOOO OOO)이 현지출장한 후 작성한 복명서에 “현재 사업장은 2008.3.10. 사업자등록을 하고 2008.3.11. 토지/건물을 매매로 취득하였으며, 현재는 7층에 사무실 및 강의실이 있고, 직원이 상주하여 영업을 하고 있으며, 나머지는 임대를 주었거나 임대를 주기 위하여 비어있는 상태임”이라고 되어 있고, 2009.9.3. 처분청 담당공무원(OOOOOOO OOO, OOO)이 현지출장하여 작성한 복명서에 “청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 7층을 제외한 나머지 건물(OOOO OOOO OOOO, OOOO OO OOOOO OOOO)에 대하여는 임대를 주거나 일부는 비어있는 상태이며 현재 사용중인 7층은 OOOOOOOO를 개설하고 강의실 3개소, 상담실 2재소, 사무실이 설치되어 있고 직원 1인(OOOOO OOO OO)이 근무하며 교육생을 모집하고 있는 중임을 확인하였음”이라고 되어 있다.

(5) 청구법인은 이 건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 발급한 다수의 세금계산서를 거래처OOOOOOO, (O)OOOOO O)로부터 교부받았고, 청구법인의 국비지원 계좌제 교육생(경리사무-전산세무·회계) 모집공고문 및 청구법인 홈페이지상 국비무료 중국취업 연수생 모집과 관련한 상담 및 접수장소의 하나로 쟁점 부동산을 안내하고 있다.

(6) 이 건 부동산 관리인인 OOO(OOOOOOOOOOOOOO)의 2009.1.16.자 진술서에 “본인은 2008년 3월부터 이 건 부동산의 관리원으로 근무하였으며, 현재까지 OOOO OOOOOOO 소속으로 재직 중에 있습니다. 본인은 OOOO OOOOOOO 업체에 근무하면서 보안을 목적으로 이 건 부동산에 입주한 업체 외 다른 외부인의 출입을 통제하고자 입주 직원들의 신상을 파악하고 있습니다. 따라서 7층 OOOOOOOOOO의 직원들이 출입하는 경우 해당 직원들의 얼굴을 알아볼 수 있습니다. 본인은 7층에 컴퓨터 시설이 설치되고 OOOOOOOOOO로 개원한 2008년 8월 이후 교육이 시작된 2008년 10월까지 매일 출근하는 직원은 없었고, 컴퓨터 관리를 위해 가끔 OOO 대리가 일주일에 두 세번 출입한 적은 있었습니다. 교육이 있었던 기간에만 관련 직원이 출입하였으나 교육이 종료되면 더 이상 출입하지는 않았습니다. 그리고 2009년 8월부터 현재까지 7층을 매일 출입하는 직원은 없었습니다. 7층 강의실은 교육이 없는 상당기간 동안 사람이 없어서 문이 잠겨있었고 또 매일 출입하는 직원도 없었기에 직원이 상주하는 곳으로 생각해 본 적이 없습니다.”라고 되어 있다.

(7) 쟁점 부동산에서의 교육현황은 아래 표와 같다.

(8) 직업훈련시설인 쟁점 부동산 운영과 관련한 경비의 지출청구 및 결의(OOOOO OOOO, OOO OOOO OO)는 OOOOO에서 관리하고 있다.

(9) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의 2 각 규정에 의한 등록세 중과세 대상인 “지점”은 각 세법 규정에 의하여 사업장으로 등록된 사실 및 실질적으로 인적·물적설비를 갖추고, 계속적으로 사무 또는 사업을 행한 장소인 사실이 인정되어야 할 것이며, 여기서 “인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”라 함은 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당하다 할 것인바, 청구법인은 이 건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 한 점, 공급업자로부터 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 한 세금계산서를 교부받은 점, 청구법인의 홈페이지 및 안내문 등에서 쟁점 부동산 소재지를 방문상담 및 접수 장소로 안내하고 있는 점, 직업훈련기간 동안 쟁점 부동산에서 교육강사와 상담사, 총무직원이 근무한 사실이 있는 점 등으로 미루어 보면, 쟁점 부동산은 청구법인의 분사무소로 보아야 할 것이어서 이에 대한 부동산등기는 분사무소 설치와 관련이 있는 부동산등기에 해당된다 할 것이나, 다만, 등록세 중과세 대상을 판단함에 있어 대도시내 법인의 지점 설치 이전에 지점설치와 관련성이 없이 지점용도가 아닌 임대를 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것으로(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 처분청 담당공무원의 두 번에 걸친 현지출장 후 작성한 복명서에 이 건 부동산 중 쟁점 부동산을 제외한 나머지는 제3자에게 임대를 주거나 임대하기 위하여 공실상태로 비어 있는 상태에 있다고 되어 있어 이 건 부동산 중 쟁점 부동산을 제외한 나머지 부분은 분사무소 설치와는 관련이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지하면서 분사무소 설치와 관련이 없는 부동산등기에 대하여도 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.