법인의 감독회장이 사용하는 사택을 종교활동에 직접 사용한 것으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세할 수 있는지 여부 (취소)

[주 문] 처분청이 2009.9.10. 청구법인에게 한 취득세 13,752,000원, 농어촌특별세 1,375,200원, 등록세 13,773,600원, 지방교육세 2,754,720원과 취득세 9,890,400원, 농어촌특별세 4,945,200원, 등록세 9,890,400원, 지방교육세 1,978,000원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 OOO OOOOO에 속한 모든 교회의 종교사업 등에 필요한 재산을 관리·공급하기 위하여 전도 등의 사업을 행하는 것을 목적사업으로 하여 1964.12.24. 성립된 비영리사업자로서, 2004.11.15. OOOOO OOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 ‘쟁점1주택’이라 한다)를, 2006.9.4. OOOOO OOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 ‘쟁점2주택’이라 하고, 쟁점1주택과 합하여 ‘쟁점주택’이라 한다)를 각 취득하고 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 등에 의거 종교사업용 부동산으로 취득세 및 등록세 비과세를 신청하여 쟁점1주택에 대하여는 2004.11.17., 쟁점2주택에 대하여는 2006.9.4. 처분청으로부터 각 비과세 확인을 받았다.
• 나. 처분청은 쟁점주택에 거주한 OOO가 담임목사의 지위에 있지 않아서 비과세 대상인 종교사업에 직접 사용되는 부동산이 아니라고 보아 2009.9.10. 청구법인에게 쟁점1주택에 관하여 취득세 13,752,000원, 농어촌특별세 1,375,200원, 등록세 13,773,600원, 지방교육세 2,754,720원을, 쟁점2주택에 관하여 취득세 9,890,400원, 농어촌특별세 4,945,200원, 등록세 9,890,400원, 지방교육세 1,978,080원, 합계 58,359,600원을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.24. 이의신청을 거쳐 2010.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO OOOOO(이하 OOOOO라 한다)는 각종 정책수립과 행정, 선교, 교육, 유지재단, 사회복지재단 등을 총괄하기 위한 기구로 OOO 본부를 설치하고,영적 지도자인 감독회장(직책상 청구법인의 이사장을 겸임)이 행정수반으로서 OOO의 정책과 본부의 행정을 총괄하면서, 총무, 원장. 실장 및 직원을 신앙적으로 지도하고 있는데, 쟁점주택에 거주한 OOO는 당시 감독회장으로서 OOO를 대표하는 영적인 지도자로서 활동하였다. 또한, 일반 교회와 마찬가지로 OOO 본부에도 예배실이 있는데 그 예배실은 본부 임직원들이 아침 예배시 사용하거나 OOO 산하의 전국 교회와 성도들이 수시로 다양한 용도로 사용하고 있으며 그 모임의 내용이 일반적인 회의가 아니라 종교의식이 중심이 되는 한편, OOO 본부에 속한 부서인 선교국, 교육국, 사회평신도국, 사무국, 출판국, 행정기획실이 사용하는 사무실에서도 예배, 종교교육, 종교의식, 선교 등 각종 종교행사를 통하여 불특정 다수인에게 종교를 보다 널리 알리는 교회 본연의 업무가 행하여진다. 따라서, 처분청이 OOO에는 본부교회가 없고 본부가 소재하는 장소의 주용도가 사무실과 회의실이라고 보고서 이 건 취득세 및 등록세를 부과처분한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점주택을 비과세 받을 당시 처분청에 제출한 OOO의 재직증명서와 소속증명서에 의하면 OOO가 담임목사로 재직하고 있는 OOO 본부교회가 OOOOO OO OOO OO OOOO에 소재하고 있는 것으로 되어 있지만, OOO 본부교회가 소재하고 있는 장소의 주용도는 사무실과 회의실로서 교회라는 문구와 간판이 없고, 청구법인이 예배를 드리는 장소라고 주장하는 회의실은 주로 일반회의 용도와 OOO 본부 임·직원들이 평일 사무를 시작하기 전에 아침예배를 보는 장소로 사용되고 있는 것으로 처분청의 현장조사에서 확인되었으며, OOO의 홈페이지에서도 OOO 본부교회의 존재를 확인할 수 없으므로 청구인이 주장하는 OOO 본부교회가 예배축전, 종교교육, 종교의식, 선교 등 여러 가지 종교행사를 통하여 불특정 다수인에게 종교를 보다 널리 알리는 교회 본연의 역할을 하고 있다고 볼 수 없다. 또한, 심판청구서상 감독회장은 개체교회를 담임할 수 없다고 기재되어있는 바, 이는 당시 OOO의 감독회장인 OOO가 담임목사의 지위에 있지 않았다는 것을 간접적으로 말하고 있는 것이다. 따라서, 담임목사의 사택으로 비과세된 쟁점주택은 종교 본연의 목적에 직접 사용되었다고 할 수 없으므로 이 건 취득세와 등록세를 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인의 감독회장이 사용하는 사택을 종교활동에 직접 사용한 것으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는취득세를 부과하지 아니한다.다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가그 사업에 사용하기 위한 부동산의취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한등기

(2) 지방세법 시행령 제79조(비영리사업자의 범위) ①법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다 1.종교및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙 등에 의하면 이 건 과세경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 그 담임목사인 OOO가 사용하는 사택을 구입하기로 한 이사회 의결에 따라 2004.11.15. 쟁점1주택을, 2006.9.4. 쟁점2주택을 각 취득하고서 종교사업용 부동산이라는 사유로 2004.11.17. 및 2006.9.4. 그 취득세 및 등록세 비과세 확인을 받았다. (나) 쟁점1주택은 2004.11.19. 화장실공사, 수장공사, 가구공사 등을 실시하였고, OOO는 쟁점1주택에 2004.12.14.부터 2006.11.23.까지, 쟁점2주택에는 2006.11.24.부터 2008.12.23.까지 각 주민등록을 둔 것으로 청구법인이 제출한 공사견적서 및 주민등록정보에 나타난다. (다) 청구법인은 2009.9.5. 현지확인 조사를 실시하여 쟁점주택에 주민등록을 둔 OOO가 담임목사의 지위에 있지 않아서 비과세 대상인 종교사업에 직접 사용하는 부동산이 아니라고 보고, 2009.9.10.. 청구법인에게 취득세 및 등록세 등을 부과고지하였다.

(2) 먼저, OOO가 청구법인의 담임목사에 해당하는지에 대하여 살펴본다. (가) 2009년도 OOO의 교세현황자료에 의하면 OOO에는 교회 6,014곳, 담임목사 7,241명, 교인 1,563,993명 등이 속해 있는데, 청구법인은 OOO에 속한 모든 교회의 종교사업 등에 필요한 재산을 관리·공급하기 위하여 전도 등의 사업을 행하는 것을 목적사업으로 하여 1964.12.24. 성립(1926.5.7 설립허가)된 비영리사업자로서, 그 홈페이지상에는 OOO 본부로 표시되어 있고, 선교국, 교육국, 사회평신도국, 사무국 등으로 구성되어 있는 바, 청구법인은 OOO 본부와 동일시된다. (나) OOO 본부는 국내외적으로 OOO를 대표하는 기관으로서OOO의 정책과 사업 및 행정을 총괄하고, OOO의 최고임원인 감독회장(임기 4년)은 OOO를 대표하는 영적지도자이자 OOO의 행정수반으로서 OOO의 정책과 본부의 행정을 총괄하는 역할을 수행하면서 교회를 담임할 수 없는 것으로 OOO의 조직과 행정법 제129조 및 헌법 제17조에 나타난다. (다) OOO는 1996년 10월 OOO OOOO OOOOO OOOO의 담임목사를 역임하는 등 선교활동을 하다가, 2004.10.28.부터 2008.10.31.까지 OOO의 감독회장으로 재직한 것으로 청구법인이 제출한 경력증명서 및 이력서에 기재되어 있고, OOO의 헌법 제17조에서 감독회장은 그 임기 중에 교회를 담임할 수 없도록 규정되어 있는바, 설령 청구법인에 직원들이 예배를 보는 예배실이 있다고 하더라도 OOO 전체를 대표하는 감독회장인 OOO를 개체 교회를 맡는담임목사로 보기는 어렵다고 할 것이다.

(3) 그렇다면, OOO의 감독회장에게 쟁점주택을 사택으로 제공한 것이 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다. (가) 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호 및 제94조에 의하면 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과하는 것으로 규정하고 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 것이다(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO). (나) 살피건대, 처분청은 쟁점주택에 거주한 OOO가 개체 교회의 담임목사의 지위에 있지 않기 때문에 쟁점주택을 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 의견이지만, 설령 청구법인을 개체 교회로 볼 수 없다고 하더라도 청구법인이 OOO의 정책과 사업및 행정을 총괄하면서 산하 개체 교회의 종교활동을 지원하고 교회를 유지·발전시켜 나가기 위한 대표기관에 해당하며, OOO의 감독회장은 OOO 본부와 산하의 모든 개체 교회(담임목사 포함)를 대표하는 OOO의 영적인 지도자이자 행정수반으로서 역할을 하고 있는 사실 등에 비추어 볼 때, 담임목사와 마찬가지로 OOO의 감독회장을 청구법인의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 존재라고 인정하지 않을 수 없고, 이와 같은 사정하에서 감독회장에게 사택을 제공하는 것은 청구법인의 종교활동에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주택을 종교사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.