수정신고를 하지 않아처분청의 처분이 없음에도 수정신고대상이라는 심판결정을 구할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 2008.3.21. OOOOO OO OOO 201 외 3필지 토지3,804.4㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 그 취득가액을 28,447,220,000원으로 하여 산출한 취득세 등 합계 1,308,572,120원을 신고납부하였다.

• 나. 그 후 처분청은 2009.9.21. 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 당초 취득신고 당시 이 건 토지를 31,900,475,000원에 취득하였음에도 이를 과소신고하였고, 이를 취득하는 과정에서 건설자금이자 5,798,551원이 발생하였음에도 이를 취득비용에서 제외한 사실을 확인하고 위 과소신고금액 및 누락금액을 합한 금액에서 당초 신고한 가액을 차감한 금액(3,429,053,551원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 95,428,360원, 농어촌특별세 9,542,820원, 등록세 96,071,740원, 지방교육세 17,830,720원, 합계 218,873,640원(가산세 포함)을 2009.12.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2002년도에 OO라는 시행사가 개발을 하고 청구법인의 모법인인 OOOO(O)가 시공사로 참여하여 이 건 토지상에 지하 7층, 지상 15층 규모의 복합상가를 신축 분양하고자 하였으나, 지방 부동산경기의 침체로 분양이 여의치 아니하여 결국 시행사인 OO가 부도처리되면서 2005년도에 (O)OOOO로 시행사가 바뀌게 되었고, 이 과정에서 (O)OOOOOOOOO 등으로부터 PF자금을 융통하면서 시공사인 OOOO(O)가 지급보증을 하였음에도 분양실적이 저조하여 분양대금으로는 PF자금 이자비용 조달도 어려워 보증사인 OOOO(O)가 계속적으로 이자를 대신 부담하게 되었으며, 설상가상으로 공사대금도 회수하지 못하던 차에 시행사인 (O)OOOO마저 사업을 포기함에 따라 OOOO(O)의 자회사인 청구법인이 2008년 3월 이 건 토지의 개발사업 시행사가 되면서 이 건 토지를 취득하였는데, 이 건 토지 및 그 지상의 복합상가 신축사업권을 포괄적으로 양수받으면서 현금이라는 양수대가를 지급함이 없이 자산과 부채를 인수하였고, 이러한 과정에서 이 건 토지의 매매가액을 2007년도 개별공시지가로 하되 신탁수익금 정산채무를 청구법인이 면책적으로 인수한 것으로 갈음한다는 내용의 매매계약서 및 합의서를 작성하였지만, 취득 후 8월이 경과된 2008.11.27. 감정평가법인으로부터 이 건 토지를 재평가받아 영업권으로 계상한 금액 중 34억 5천만원을 착오로 토지와 미완성주택 계정에 반영시켜 결과적으로 영업권은 과소계상된 반면 이 건 토지 등은 과대계상하게 됨에 따라 이러한 회계처리의 오류를 시정하기 위하여 2009.1.1.자로 차변에 영업권과 대변에 토지로 수정회계처리를 하였는바, 구 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 제130조 제3항, 구 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제1항에서 법인이 작성한 원장 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 당해 금액을 취득세 등의 과세표준으로 삼도록 규정하고 있다고는 하나, 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 삼는 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가액에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 한 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가액에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 한다는 것은 아니며, 구 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 제130조 제3항에 따라 법인장부상의 취득가액을 사실상의 취득가격으로 인정하는 경우에도 취득 당시의 장부가액을 과세표준으로 하여 1회에 한하여 취득세와 등록세를 부과하는 것이고, 그 후 자산재평가 등 방법에 의하여 법인의 장부가액이 증감 변동된다고 하여 취득세와 등록세를 추징하거나 환부하는 문제가 생기는 것은 아니다라고 판시한 대법원 판례(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)와 취득시기 이후 재평가 등의 방법으로 법인장부가액이 증감되더라도 취득세 등을 환부 또는 추징할 수 없다는 구 행정자치부 유권해석(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO) 및 부동산의 취득가격으로 제시한 감정가액은 단지 평가자의 의견으로서 부동산을 금전적인 가액으로 평가한 것에 불과하고 거래당사자의 의사의 합치에 따라 정해지는 취득가액으로 볼 수 없다는 구 행정자치부 심사결정례(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO) 등에 비추어 볼 때, 이 건 토지 취득 이후 8월이 경과한 2008년 11월말에 감정평가를 하여 토지를 재평가한 후 재평가차액을 토지가액을 증가시키는 것과 영업권을 감소시키는 회계처리를 하여 법인장부에 계상한 금액을 이 건 토지 취득비용으로 본 것은 소급감정을 인정하는 것으로, 이는 위 대법원 판례와 선결정례에 반하는 부당한 처분이라 하겠으므로 취소되어야 할 것이며, 설사 이를 인정한다 하더라도 구 지방세법 제71조 및 같은 법 시행령 제53조에서 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 공사비 정산이 확정되어 장부에 기장한 날부터 60일 이내에 수정신고할 수 있도록 규정하고 있는바, 이 건 토지에 대한 사업은 현재 미분양문제가 해소되지 않은 채 지지부진 진행되고 있고, 사업시행권양도양수계약서 제5조 제3항에 의하면 사업종료 후 3개월 내에 정산하도록 약정하였으며, 처분청의 과세전적부심사청구 결정 통지문에도 사업종료 후 정산시에 토지비용으로 정산될 것으로 보고 있기 때문에 청구법인이 처분청에 신고납부한 취득세와 등록세 등 신고내역과 이 건 취득세 등의 부과처분에 대하여 추후 사업완료시 정산한 결과를 토대로 취득세와 등록세 등을 수정신고할 수 있다는 결정을 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 청구법인은 이 건 토지에 대하여 2008.3.17.을 가격시점으로 하여 조사기간 2008.11.25.부터 2008.11.26.까지 관련법령에 의거 감정평가를 실시하여 2008.11.27. 작성된 감정평가서를 근거로 2008.3.21. 이 건 토지 인수시 용지감정평가액 31,900,475,000원을 용지매입비계정원장에 전기하고 2009.1.1. 영업권 가액의 착오기장분이라 하면서 이 건 토지 인수시 용지과대계상 조정분 2,433,280,350원을 용지매입비계정원장을 수정전기 하였으므로 이 건 취득세 등의 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 구 지방세법 제111조 제5항 제3호에서 말하는 사실상의 취득가격이라 함은 같은 법 시행령 제82조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표, 결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고 있어 청구법인이 작성한 결산서 및 용지매입비 계정에 계상되어 있는 금액을 기준으로 취득세 등의 과세표준을 산정한 것은 적법하다 하겠고, 또한, 청구법인은 사업시행권양도양수서 제2조의 규정에 의거 개발사업시행권 및 부동산 등에 대한 소유권 및 그에 관한 일체의 권리를 양수하였으므로 단순히 매도인인 (O)OOOOOOO과 매수인인 청구법인간의 임의로 정하는 매매가격이 아니라 감정평가기관 등 공신력 있는 방법에 의하여 산정하는 것이 사회통념상 합리성이 있다고 할 것이며, 기업회계기준에 의거 원장 및 재무제표를 작성하여 외부감사인의 감사를 거쳐 2009.3.26. 공시한 이상 법인장부에 기장된 금액을 조작하였다거나 착오 기장하였다는 사실을 인정할 만한 근거가 없다 할 것이고, 둘째, 구 지방세법 제72조에 의하면 이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 심판청구를 할 수 있도록 규정하고 있는 이상, 이 건 토지에 대하여 수정신고에 따른 과세기관의 처분이 없음에도 불구하고 청구법인이 사전에 결정을 구하는 것은 심판청구에서 다툼의 실익이 없다 할 것이어서 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 토지 취득일 이후 8개월이 경과한 시점에서 평가한 감정가액을 소급하여 청구법인의 장부에 취득비용으로 계상한 경우 이를 당해 토지 취득비용으로 보아 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부

(2) 청구법인이 토지를 취득한 후 지방세기본법령에서 정한 후발적 사유 발생을 이유로 수정신고를 하지 아니하여 이에 따른 처분청의 처분이 없음에도 당해 토지상의 건축물 신축사업 종료 후 사후정산을 한다는 이유로 수정신고대상이라는 심판결정을 구할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. 제71조【수정신고】① 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다.

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우 제72조【청구대상】① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

(2) 구 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 제53조【수정신고】법 제71조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날

2. 소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날

3. 증빙서류의 압수 등으로 인한 경우에는 압수 또는 영치되었던 증빙서류를 되돌려 받는 날

4. 법인의 청산 등 기타 사유로 인한 경우에는 법인의 청산절차 등이 진행되어 세액의 계산이 가능하게 된 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2008.3.21. 청구법인은 이 건 토지 매도인인 (O)OOOOOOO과 매매대금은 28,447,220,000원으로, 대금지급은 같은 날 청구법인, (O)OOOO, OOOO(주), (O)OOOOOOO 사이에 체결된 합의서에 의하여 (O)OOOOOOO의 신탁수익금 정산채무를 청구법인이 면책적으로 인수한 것으로 갈음한다는 내용의 매매계약을 체결하고 이를 취득하였다.

(2) 2008.3.21. 청구법인과 (O)OOOO, OOOO(주), (O)OOOOOOO이 체결한 합의서를 보면, 청구법인이 양수하는 자산에 대하여는 (O)OOOO가 (O)OOOOOOO에게 신탁한 이 건 토지 및 이 건 토지 지상 및 지하의 모든 건축물(건축중인 건축물 포함), (O)OOOO가 수분양자와 체결한 분양계약상의 분양계약자의 지위, 건축주 명의 기타 이 건 토지상의 OOOOO 신축사업의 시행과 관련된 일체의 권리·의무로, 채무인수에 대하여는 청구법인은 (O)OOOO의 (O)OOOOOOOOO에 대한 대출원리금 채무, (O)OOOOOOOOO에 대한 대출원리금 채무, OOOO(주)에 대한 공사대금 등의 채무 및 이 건 토지상의 OOOOO 신축사업과 관련하여 계약당사자간에 체결한 개별계약상의 (O)OOOO의 채무와 이 건 토지상의 OOOOO 신축사업의 사업약정 및 신탁계약에 의하여 우선수익자인 OOOO(주), (O)OOOOOOOOO 및 (O)OOOOOOOOO에 대한 (O)OOOOOOO의 정산채무를 면책적으로 인수하는 것으로, 신탁부동산의 소유권이전에 대하여는 (O)OOOOOOO은 2007년 6월에 (O)OOOO 및 OOOO(주)와 체결한 사업약정 변경합의서 제5조에 의하여 OOOO(주)의 요청에 의하여 (O)OOOO가 (O)OOOOOOO에게 신탁한 이 건 토지의 소유권(이 건 토지의 지상 및 지하 건축물 제외)을 청구법인과 매매계약을 체결하여 이전하기로 하되, 위 매매계약의 매매대금은 이 건 토지의 2007.1.1.자 기준의 공시지가를 적용하여 산정한 금액으로 하고, 청구법인이 (O)OOOOOOO의 OOOO(주), (O)OOOOOOOOO 및 (O)OOOOOOOOO에 대한 신탁수익금 지급채무를 인수함으로써 매매대금은 실질적으로 지급하지 않기로 한다는 것으로 되어 있다.

(3) 2007.1.1. 기준 이 건 토지의 공시가액은 위 매매계약서상의 매매대금과 동일한 28,447,220,000원이다.

(4) 청구법인은 OOOOOOOOOO에게 이 건 토지에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 이에 OOOOOOOOOO은 2008.11.25.부터 2008.11.26.까지 이 건 토지를 조사한 후 가격시점을 2008.3.17.로 한 가액을 31,900,475,000원으로 평가하였다.

(5) 청구법인은 용지매입비 계정원장에 이 건 토지가액을 매매계약서상의 매매대금이 아닌 감정평가액을 2008.3.21. 소급하여 계상하였다가 2009.1.1. 이에 대한 수정회계처리를 하였다.

(6) 한편, 2008년 날짜 미상의 날에 (O)OOOO, OOOO(주), 청구법인이 체결한 사업시행권양도양수계약서 제2조는 청구법인은 (O)OOOO로부터 이 건 토지상의 OOOOO 신축사업의 개발사업 시행권 등 일체를 양수하는 것으로, 그 제5조는 청구법인은 이 건 토지상의 OOOOO 신축사업의 양도 대가로 위 사업에서 발생하는 수익 중 1개월당(15일 이하는 1개월에 불포함하고, 15일 초과시 1개월로 인정) 금 일억원(100,000,000원)으로 하여 산정한 금액을 위 사업정산시 선수취하고 잔여수익은 (O)OOOO에게 지급하기로 하며, 사업 종료(사용승인일 또는 가사용승인일)시까지 청구법인은 (O)OOOO에게 법적제한사항정리 및 제1조 제①항 관련 업무를 지원하는데 대하여 업무추진비용(월 10,000,000원)을 지원하고, 양도의 대가를 사업수지분석표를 근거로 하여 (O)OOOO 또는 (O)OOOO가 지정한 자에게 사업종료(사용승인일 또는 가사용승인일)후 3개월 내에 정산하는 것으로 되어 있다.

(7) 첫째, 취득세와 등록세의 과세표준에 관한 구 지방세법 제111조와 제130조의 취지는 납세의무자가 사실상 취득가액으로 신고한 금액을 원칙적인 과세표준으로 하고, 신고를 하지 아니한 경우 또는 신고를 하더라도 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하되, 구 지방세법 제111조 제5항의 요건이 충족된 경우에만 납세의무자의 신고 유무 및 금액 등에 관계없이 입증된 사실상의 취득가격으로 과세표준을 정한다는 것이고, 같은 법 제111조 제5항에 열거된 사유는 사실상의 취득가격에 의할 수 있는 제한적, 한정적 요건에 해당하며, 그에 열거된 요건을 갖추지 못한 경우에는 계약서 등에 기재되어 있는 취득가격을 과세표준으로 삼을 수는 없다고 보아야 할 것으로, 청구법인은 (O)OOOOOOO과 매매대금을 28,447,220,000원으로 하되, 대금지급은 (O)OOOOOOO의 신탁수익금 정산채무를 면책적으로 인수한 것으로 갈음한다는 내용의 매매계약을 체결하였다고는 하나, 결산서 및 용지매입비 계정에 매매계약서상의 금액이 아닌 감정평가액을 취득가액으로 계상하였을 뿐만 아니라 이에 대하여 기업회계기준에 의거 원장 및 재무제표를 작성하여 외부감사인의 감사를 거쳐 공시한 것으로 볼 때, 추후 이를 수정회계처리하였다고 하더라도 당초 법인장부상 가액을 이 건 토지 취득비용으로 봄이 타당하다. 한편, 구 지방세법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제71조 제1항 및 같은 법 시행령 제53조에서 규정하고 있는 수정신고제도는 납세자의 권리를 보호한다는 취지에서 신고납부 후의 후발적 사유를 원인으로 한 수정신고를 인정한다는 것이므로 위 규정에 의한 수정신고 사유를 해석함에 있어서는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함함이 상당하다 할 것이나, 이와 같은 수정신고 중 감액수정신고의 경우 그 경정청구에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 처분청이 이를 받아들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무 확정의 효력이 생기게 되는 것이어서, 만약 처분청이 그 법정기한 내에 조사, 결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자로서는이를 처분청이 수정신고를 거부한 처분으로 보아 이에 대한 심판청구를 제기할 수 있는 것이므로, 청구법인은 이 건 토지 취득 이후 위 규정에서 정하고 있는 후발적 사유 발생을 이유로 수정신고를 하였다거나 처분청이 이를 거부하는 처분을 한 사실이 없는 이상, 향후 이 건 토지상의 복합상가 신축사업 완료시 정산할 수 있다는 사업시행권양도양수계약서상의 내용을 토대로 이 건 취득세 등을 수정신고할 수 있다는 결정을 하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.