종중이 부동산수용으로 인하여 대체 부동산을 취득한 경우 법인으로 보아 장부가액을 기준으로 과세표준을 계산할 수 있는지 여부 (기각)

[참조결정] 국심2005구0039

[주 문] 심판청구를기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2007.12.21. OOO 보존정비사업으로 OOO에 수용된 OOO 대지 및 건축물(이하 “이 건 수용된 부동산”이라 한다)에 대한 보상금 1,024,187,800원을 수령하고,2008.7.10. OOO 대지 966㎡ 및 지상 2층의 건축물 1,420.74㎡(근린생활시설로, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(잔금지급약정일)한 후, 지방세법 제109조 제1항 및 제127조의2 제2항의 규정에 의거 토지수용으로 인한 대체취득으로 취득세 및 등록세 등에 대한 비과세를 신청하여 이를 적용받았다.
• 나. 처분청은 2009년 5월 OOO에서 실시한 종합감사결과에 따라 청구인의 쟁점부동산 취득이 지방세법 제111조 제5항 각호에서 규정하는 취득외의 취득에 해당하는 경우로 보고, 쟁점부동산 취득 당시의 시가표준액 1,108,369,910원에서 이 건 수용된 부동산의 수용 당시 시가표준액 331,381,540원을 차감하여 산정한 초과액 776,988,370원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 17,381,220원, 농어촌특별세 1,738,110원, 등록세 17,381,220원, 지방교육세 3,476,240원, 합계 39,976,790원(가산세 포함)을 2009.9.10. 청구인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점부동산의 취득이 지방세법 제111조 제5항 각호에 해당하지 아니하므로 같은 법 시행령 제79조의3 제1항 제2호를 적용하여 쟁점부동산 취득 당시 시가표준액과 이 건 수용된 부동산의 수용 당시 시가표준액의 차액에 대하여 과세하여야 한다고 주장하지만, 같은 법 제111조 제1항을 보면 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 청구인은 법인에 해당하는바, 청구인의 장부에 의하여 입증되는 쟁점부동산 취득당시의 가액에서 이 건 수용된 부동산의 가액을 차감한 차액에 대하여 취득세 등을 과세하는 것이 타당하다. 또한, 취득세는 재산을 취득하는 자에게 과세하는 것이라고 같은 법 제105조에 규정하고 있는바, 이 건 수용된 부동산과 쟁점부동산의 차액은 사실상 존재하지 아니하여 새로운 취득이 없음에도 불구하고 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 취득 당시 공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률에 의하여 부동산거래계약신고필증을 교부받았다고 하더라도 같은 법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득에는 해당하지 아니하고, 지방세법 제111조 제5항에 열거된 취득에도 해당하지 아니하므로 같은 법 제109조 제1항, 제127조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제79조의3 제1항 제2호에 의하여 대체취득한 쟁점부동산의 시가표준액에서 이 건 수용된 부동산의 수용 당시 시가표준액을 차감하여 그 초과액을 취득세 등에 대한 과세표준으로 보아야 할 것이므로 이 건 부과처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종중이 부동산수용으로 인하여 대체 부동산을 취득한 경우, 당해 종중을 법인으로 보아 그 장부가액을 기준으로 취득세 등 과세표준을 계산할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제109조(토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) ①공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제55조제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 농어촌정비법 제30조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일 및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다)이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조제2항의 규정에 의하여 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다.다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법등은 대통령령으로 정한다. 제111조(과세표준) ⑤다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고사실상의 취득가격또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 5.공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득 제127조의2(대체취득등기에 대한 비과세) ② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 제82조(국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.

(2) 지방세법 시행령 제79조의3(수용시의 초과액 산정기준) ①법 제109조 제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다.

1. 부동산등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

2. 부동산등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 매수ㆍ수용ㆍ철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

(3) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2007.12.21. OOO에서 시행하는 OOO에 편입된 이 건 수용된 부동산에 대하여 보상금 1,024,187,800원을 수령하고, 2008.7.10. 쟁점부동산을 1,100,000,000원에 취득한 후, 2008.7.11. 지방세법 제109조 제1항 및 제127조의2 제2항의 규정에 의거 토지수용으로 인한 대체취득으로 취득세 및 등록세 등에 대한 비과세를 신청하여 이를 적용받았으나, 2009.9.10. 처분청이 쟁점부동산의 취득을 지방세법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득 외의 취득에 해당하는 경우로 보고 쟁점부동산의 취득 당시 시가표준액 1,108,369,910원에서 이 건 수용된 부동산의 수용 당시 시가표준액 331,381,540원을 차감하여 산정한 초과액 776,988,370원을 과세표준으로 하여 청구인에게 취득세 및 등록세 등 39,976,790원을 부과고지한 것은 이 사건 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 또한, 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2008.9.1. 쟁점사업장을 사업장으로 하여 부동산임대업을 영위하는 개인사업자OOO로 사업자등록하였으나, 쟁점부동산을 취득할 당시에는 물론 이 사건 심리일 현재까지도 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 따라 법인으로 보는 단체의 신청이나 승인이 없었던 사실이 확인된다.

(3) 지방세법 제109조 제1항 단서에서 새로 취득한 부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조의3 제1항 제2호에서 부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득외에 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산 등의 시가표준액에서 매수·수용·철거된 부동산 등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제111조 제5항에서 다음에 게기하는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액 또는 연부금액에 의한다고 규정하면서, 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고, 그 제5호에서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득이라고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 청구인은 OOO를 법인으로 인정하여 시가표준액이 아닌 법인의 장부가액을 기준으로 대체취득으로 인한 과세표준인 초과액을 산정하여야 한다고 주장하고 있지만, 청구인이 제시한 ‘부동산등기용 등록번호등록증명서OOO’는 부동산등기법 제41조 및 법인이 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조에 의하여 단체의 등록번호를 증명하는 것으로서 법인으로 등록한 것을 증명하는 것이 아닐 뿐만 아니라OOO, 청구인은 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 따라 관할세무서장에게 신청하여 법인으로 승인받은 사실이 없고, 오히려 2008.9.1. 개인사업자로 사업자등록한 점 등에 비추어 볼 때 청구인은 법인이 아니므로 그 장부가액을 기준으로 과세표준인 초과액을 산정할 수 없다. 또한, 쟁점부동산은 구 OOO 부동산 실거래가신고제도 업무처리 요령 등에 의하여 가격이 검증되는 토지나 주택이 아닌 근린생활 및 업무용시설이어서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 검증이 이루어진 취득으로 볼 수 없으므로 지방세법 제111조 제5항 제5호에서 정하는 사실상 취득가액이 인정되는 취득에도 해당되지 아니한다. 따라서, 처분청이 지방세법 제109조 제1항 단서, 제127조의2 제2항 및 같은법 시행령 제79조의3 제1항 제2호의 규정에 의하여 쟁점부동산의 시가표준액에서 이 건 수용된 부동산의 시가표준액을 차감한 초과액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.