대도시 밖에 본점 소재지를 두고 있는 법인이 대도시내 토지 매입 및 사옥을 신축하여 보존등기한 후 신축한 사옥으로 이전한 경우 중과세한 처분의 당부 (취소)

[주 문] 처분청이2009.8.10. 청구법인에게 한 등록세 76,349,950원, 지방교육세 14,303,580원합계 90,653,530원의부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은1998.1.22. OOO OOO OOO OOOOO을 본점소재지로 하고 엔지니어링사업 등을 목적사업으로 하여 설립(OOOOOOOOOOOOO OOO OOO OOOOOO, OOOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO O OO)된 법인(OOOO OOO)으로서 2004.12.23. OOOOO OOO OOO OOOOOO 외 1필지상 단독주택을 취득하여 2005.1.12. 등기한 토지 360.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 철근콘크리트구조 5층 근린생활시설 건축물 910.32㎡(이하 부속토지를 포함하여 “청구법인의 사옥”이라 한다)를 신축하여 2006.1.25. 보존등기 하면서 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였다.

• 나. 처분청은 2009.5.28.～2009.6.12. 기간동안 OOOOOO의 지방세 지도점검 결과에 따라 OOO OOO OOO OOO OOOOO에 소재하고 있던 청구법인의 본점이 2006.1.19. 청구법인의 사옥으로 이전한 것으로 보아 이 건 토지 취득가액 946,000,000원과 신축한 사옥 건축물의 취득가액 654,981,859원을 합한 1,600,981,859원을 과세표준으로 하고지방세법제138조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 제외한 등록세 76,349,950원, 지방교육세 14,303,580원, 합계 90,653,530원(가산세 포함)을 2009.8.10. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여2009.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의법인등기부상 본점으로 등재되어 있는 OOO OOO 소재 본점은 형식상 본점일 뿐, 1998.5.22. 설치한 OOOO이 실질적인 본점으로서 OOOO 설치 후 5년이 경과한 2004.12.23.과 2006.1.19. 각각 이 건 토지와 청구법인의 사옥을 취득하였고, 청구법인의 사옥으로 이전한 OOOO도 단순히 조직을 확대한 것에 지나지 않으므로 이 건 등록세 중과세 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 및 OOOOOO 의견 ⑴2009.5.28.～2009.6.12.기간동안OOOOOO의 처분청에 대한 지방세 지도점검 결과, 2006.1.19. 청구법인의 OOOO O OOO OOO 소재 본점의 주요부서들이 이 건 건축물로 이전하였음이 조직도 및 홈페이지에서 확인되고 있고, 법인설립 후 1998년부터 2006년 사업년도까지 법인세와 부가가치세에 대하여 OOO OO을 본점으로 하여 신고하였으며, 사업장별 인원과 면적에 따라 납부하여야 하는 법인세할 주민세의 신고 및 납부도 본점 소재지인 OOO OO에 납부한 사실이 확인되고 있는바, ⑵ 청구법인의경우 대도시내에서 부동산을 취득하여 신축한 청구법인의 사옥에 본점의 인적·물적 설비를 갖추고 OOOO 및 본점의 주요부서가 2006.1.19. 청구법인의 사옥으로 전입한 것으로 확인되고 있는 이상, 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOOOOO에 본점 소재지를 두고 있는 법인이 2004.12.23. OOOOOO 토지 매입 및 2006.1.25. 사옥을 신축하여 보존등기한 후 1998.5.22. 설치한 OOOO을 신축한 사옥으로 이전한 경우 대도시내로 청구법인의 본점이 전입한 것으로 보아 등록세를 중과세 한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제120조(신고 및 납부) ② 취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조 제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제112조 제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,수도권정비계획법제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. ⑵구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 OOOOO외의 지역에서 OOOOOO로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴청구법인은1998.1.22. 엔지니어링사업 등을 목적사업으로 하고 본점소재지를 OOO OOO OOO OOOOO로 하여 설립(OOOOOOOOOOOOO OOO OOO OOOOOO,OOOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO O OO)된 법인(OOOO OOO)으로서 2004.12.23. 취득한 이 건 토지에 청구법인의 사옥을 신축한 후 2006.1.19. 청구법인의 OOOO을 청구법인의 사옥으로 이전하였고, 2006.1.25. 소유권 보존등기를 한 것은 청구법인의 법인등기부, 이 건 부동산등기부등본 및 일반건축물대장 등 이 건 심판청구의 심리자료에서 입증되고 있다. ⑵ 처분청은지방세법상 대도시외 지역인 OOO OOO OOO OOO OOOOO에 소재하고 있던 청구법인의 본점이 2006.1.19. 대도시지역인 OOOOO OOO OOO OOOOOO 소재 청구법인의 사옥으로 이전함으로써 이 건 토지 및 청구법인의 사옥을 취득하여 등기한 날부터 5년 이내에 대도시외에 소재하고 있던 법인이 대도시내로 전입한 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과고지 하였다. ⑶ 청구법인이 1998.1.22. OOO OOO OOO OOOOO을 본점 소재지로 하여 법인을 설립한 후 처분청에서 OOOOO로 전입한 것으로 본 2006.1.19. 현재 법인등기부상 OOO OOO OOO OOO OOOOO를 본점 소재지로 등재되어 있는 것은 사실이나, 1998.2.1. 청구법인(OOOO OOO)과 OOO(OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOOOOOO)간에 OOOO 설치를 위하여 OOOOO OOO OOO OOOOO 사무실 174.15㎡를 보증금 30,000,000원에 매월 1,800,000원으로 하여 부동산 임대차계약을 체결한 후 1998.5.22. OOOO의 사업을 개시한 것과 2000.4.29. 청구법인(OOOO OOO)O OOO(OOOOO OOO OOOO OOOOO OO OOOOO)간에 OOOOO OOO OOO OOOOO 사무실 약 198㎡를 보증금 80,000,000원으로 계약을 체결하여 OOOO 이전을 한 것이 청구법인의 법인등기부상 지점에 관한 사항과 일치하는 점, 청구법인의 본점과 지점을 합한 전체 직원내역을 보면, 1999년부터2007.12월까지 매년 약 75명에서 112명 정도이나 청구법인의 본점소재지로 되어 있는 OOO OOOO OO에서 근무한 인원은 1～5명 이하로서 청구법인 설립이후 거의 대부분의 부서와 직원이 OOOO으로 등기된 장소에서 근무한 것이 청구법인의 조직도와 직원들의 주민등록표의 주소지에서 객관적으로 확인되고 있는 점, 청구법인의 법인등기부상 대표이사인 OOO과 감사로 등재되어 있는 OOO OOOOOOOOOOOOOO)의 주소지가 청구법인 설립당시부터 심판청구일 현재까지 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOOOOO OOOO OOOO로 되어 있고, 청구법인의 등기부상 이사로 등재되어 있는 OOO(OOOOOOOOOOOOOO), OOO(OOOOOOOOOOOOOO), OOO(OOOOOOOOOOOOOO) 등 청구법인의 사업추진과 관련하여 중추적인 의사결정을 할 수 있는 임원 모두가 OOOOOO OOOOO 인근 위성도시 내에 주민등록주소지가 되어 있는 점, 청구법인이 설립된 이후 1999년 이후 부터 법인세, 부가가치세, 갑종근로소득세 등의 납부는 물론, 모든 금융거래를 청구법인의 본점소재지 금융기관에서 한 것이 아니라 청구법인의 지점으로 등재되어 있는 지역인 OOOOO OO OOOO OOOOO(OOOOOOOOOOOOOOO)O OOOO OOOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 거래한 것으로 확인되고 있는 점, OOO에 법인의 본사를 두고 있는 기업에게는 OOO의 중소기업육성법에 의거 “특례보증제도”를 통하여 이자를 일정액 보전해 주고 해당 군수가 추천하는 경우 기업 당 200,000,000원까지 저리로 지원 할 수 있도록 하는 “OOO 기업투자유치 촉진조례”의 혜택을 받기 위하여 OOO에 청구법인의 본점소재지를 두고 있었다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 보여지는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 OOO OO을 법인소재지로 하여 법인설립을 한 후 2006.6.5. OOO OOO OOO OOO OOOOO로 본점소재지를 이전하였다가 2010.3.30. 청구법인의 사옥으로 본점 소재지를 이전하였다 하더라도 OOOO의 사업자등록증상개업연월일인 1998.5.22.부터OOOO에서 사실상 모든 본점업무를 영위해왔다고 인정되므로청구법인은 비록,등록세 중과세 대상이 되는 대도시내로의 법인의 본점 등기는 이루어지지는 아니하였지만 1998.5.22. 실질적으로 OOOOOO로 본점을 전입한 것(OOO OOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO O)으로 보아야 할 것이다. ⑷지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)제138조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)에서 대도시외의 법인이 대도시내로의 전입이전 또는 전입 후 5년 이내에 취득하여 등기하는 부동산에 대하여는 등록세를 100분의 300으로 중과세하도록 규정하고 있으나, 청구법인이 이 건 토지를 취득하여 등기한 날은 2005.1.12.이고, 청구법인의 사옥을 신축하여 등기한 날은 2006.1.25.으로서 이 건 토지와 청구법인의 사옥은 청구법인이1998.5.22. OOOOOO로 사실상 본점을 이전하기 전·후 5년 이내에 취득하여 등기한 부동산에 해당되지 아니하므로 청구법인에게 이 건 등록세를 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.