겸용건물의 부수토지 중 일부를 타인이 소유하고 있는 경우 주택과 상가의 부수토지 안분계산시 건물전체면적 기준으로 안분함이 타당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구인이 2008.1.7. ○○○, 위 지상 건물 110.73㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OO시에 양도하고 그 보상금을 수령하였음에도 양도소득세를 무신고한 사실이 확인되어, 쟁점부동산 중 1세대 1주택 비과세에 해당하는 주택 및 그 부수토지부분(주택 29.07㎡, 주택부수토지 19㎡)은 비과세 결정하고, 과세대상에 해당하는 상가 및 그 부수토지부분(상가 81.66㎡, 상가부수토지 57㎡)에 대하여 2010.10.18. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 57,825,540원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 거주하던 쟁점부동산이 공부상 상점 및 주택으로 등재되어 있으나, 실제는 대부분 주택으로 사용되었으므로 1세대 1주택 비과세에 해당하여 OO에 수용된 후 양도소득세 신고를 하지 아니하였는바, 보상 기관이 보상 당시에는 행정착오로 주택으로 인정하지 않았으나 청구인의 이의신청에 의해 거주사실이 확인되어 추가로 주거대책비 및 이사비를 지급받고, 공공분양아파트 특별공급대상자로도 지정받아 쟁점부동산의 건물에 대한 청구인의 거주사실을 확인할 수 있음에도 처분청은 실질내용을 무시하고 형식에 따라 이 건 양도소득세를 과세하여 국세기본법제14조 제2항의 실질과세원칙을 위배하였고, 만약, 쟁점부동산상의 건물의 일부가 상가로 사용되었다 하더라도, 처분청은 청구인이 보상받은 건물 중 연접한 ○○○ 소유의 토지인 ○○○ 번지와 연접 도로 지상의 건물 면적을 쟁점부동산에 포함하여 계산하였는바, 쟁점부동산 토지의 면적이 76㎡에 불과한데 수용당시 ○○○의 보상내역에 단층 건축물의 면적이 110.73㎡인 점, 해당 지적도와 청구인이 매년 ○○○에 무단사용변상금을 납부한 점 등에 의해 쟁점부동산 건물의 일부가 ○○○ 소유 토지 45㎡를 점유하고 있었다는 사실이 명백히 확인되므로 주택부속토지의 면적을 산정할 때, 이를 제외하고 부속토지의 면적을 안분계산하여야 함에도 처분청이 이를 무시하고 타인 소유 토지지상에 소재한 건물의 면적을 포함한 전체면적을 기준으로 주택과 점포의 부속토지를 안분하여 계산한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 일부가○○○ 지상에 있기에 비과세 주택이 있는 동소 471-35와 합쳐서 안분계산한 처분은 부당하다고 주장하나, ○○○번지에 걸쳐서 한 울타리안의 건물로 정착되어 있음이 확인되고, 이에 따라 처분청은 청구인이 ○○○를 무단으로 사용하여 무단사용변상금을 납부하는 면적이 40㎡임을 확인하여 상가부분과 비과세 주택부분을 안분하여 계산하였으며, 소득세법 시행령 제154조 제3항 에서 하나의 건물이 주택과 주택 이외의 부분으로 이루어져 있는 경우, 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 큰 때에는 전체를 주택으로 보고, 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 적거나 같은 때에는 주택부분만 주택으로 보도록 규정하고 있는바, 각 부동산의 소유주가 다를지라도 건물의 부속토지임이 틀림없으므로 상가부분과 비과세 주택부분을 안분하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 주택면적보다 상가면적이 큰 겸용주택으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조(비과세양도소득) ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

(2) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (3) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.

③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 "지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 청구인은 김○○○이 1965.7.31. 매매를 원인으로 취득한 쟁점부동산을 1980.5.5. 협의분할에 의한 상속으로 취득하여 2008.1.3. 공공용지의 협의 취득을 등기원인으로 하여 ○○○에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도가액 340,244,995원에서 취득가액 104,306,490원, 필요경비 630,348원, 장기보유특별공제 70,592,446원, 양도소득기본공제 250만원을 공제하여 양도소득과세표준을 162,215,711원으로 계산하고, 이에 양도소득세율(36%)를 적용하여 산출세액을 46,694,655원으로 한 후, 감면세액 4,646,766원을 공제하고, 신고불성실가산세 9,339,531원, 납부불성실가산세 5,386,718원을 가산하여 양도소득세 고지세액 56,777,130원, 농어촌특별세 고지세액 1,048,400원을 결정하였다.

(3) ○○○는 쟁점부동산의 토지수용(협의매수)과 관련하여 쟁점부동산을 <표1>과 같이 수용하였다고 통보하였다.○○○

(4) 청구인이 제출한 쟁점부동산 중 건물의 (말소)건축물대장에 의하면, 해당건물은 세멘브럭조 구조의 지상 1층 건물로서 용도는 상점 및 주택이고 연면적이 33.52㎡이며, ○○○로 확장공사로 도로에 편입된 것으로 나타난다.

(5) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 1995.9.11. ○○○로, 2003.3.17. 쟁점부동산 주소지로, 2008.4.11.에는 ○○○로 전입한 것으로 나타난다.

(6) 2008.2.28. ○○○로 확장공사 등으로 보상협의에 응할 경우 공공분양 아파트 특별공급대상자 분양권을 알선한다는 안내공문을 발송하였다.

(7) 청구인은 ○○○가 청구인에게 무단사용변상금으로 2006년 5월 1,677,840원, 2007년 12월 1,948,300원을 청구한 지로통지서를 제출하고 있다.

(8) 청구인은 2008.1.8. 청구인이 1968.10.20.부터 ○○○에 거주하여 생활하여 오던 중 2003.3.17. 뒤늦게 쟁점부동산 주소지로 전입 신고하여 실제 거주하고 있음에도 보상을 위한 시정추진과정에서 착오발생으로 주거이전비 및 이사비 보상 대상자에서 제외된 것을 알고 ○○○에게 이의신청하였다는 이의신청서를 제출하고 있다.

(9) 우리 원이 처분청에 쟁점부동산상 사업자등록현황에 관한 전산자료를 조회한바, 쟁점부동산 양도당시 쟁점부동산 주소에서 ○○○이 사업자등록을 하고 있었던 것으로 나타나고, ○○○에는 국세청 전산자료에 등록된 사업자는 없었던 것으로 나타난다.

(9) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점부동산 수용당시 청구인은 ○○○로부터 타인 소유 토지에 정착된 건물부분을 포함한 건물 전체 면적 110.73㎡과 토지 76㎡에 대해 보상금을 수령하였고, ○○○이 쟁점부동산의 수용보상시 작성한 도면을 보면, 건축물관리대장상의 33.52㎡를 초과하는 110.73㎡의 건물이 ○○○번지에 걸쳐서 한 울타리안의 건물로 정착되어 있으며, 국세청의 사업자등록현황을 보면 쟁점부동산의 주소에 여러 사업자가 사업자등록을 하고 있어 당해 건물의 일부가 상가로도 사용되었음이 확인되므로 청구인이 타인 소유 토지를 무단으로 사용하여 건물이 소재한 각 토지의 소유주가 다를지라도 주택과 상가의 부수토지면적을 계산함에 있어 청구인의 건물 전체면적을 기준으로 상가부분과 비과세 주택부분을 안분하여 계산하는 것이 타당하다고 보이므로 처분청이 건물 전체면적을 기준으로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.