이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 일시적으로 1세대 3주택자가 된 것으로 투기목적이 없었으므로 중과세율 적용은 부당하다고 판단됨.

○○○세무서장이 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 46,462,500원의 부과처분은 1세대 2주택자에게 적용되는 세율 등을 적용하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2000.7.10. ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 거주하던 중 2005.8.16. ○○○(이하 “쟁점외1주택”이라 한다)를 청구인의 남편인 ○○○ 명의로 취득하여 일시적 1세대 2주택자가 되었으며, 2006.3.7. ○○○(이하 “쟁점외2주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.4.7. 쟁점주택을 양도하고, 일시적 1세대2주택인 것으로 오인하여 양도소득세를 신고하지 않다가 처분청으로부터 비과세대상이 아니라는 안내를 받고 2009.6.11. 양도소득세 기한후 신고·납부를 하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세 실지조사 결과, 쟁점주택의 취득가액이 청구인이 신고한 197,000,000원이 아닌 145,000,000원임을 확인하고, 1세대 3주택 중과세율 60%를 적용하여 2010.8.27. 세무조사결과를 통지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2010.9.13. 과세전적부심사를 청구하였으나 불채택되었으며, 처분청에서는 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택 소유자에 대한 양도소득세율 60%를 적용하여 2010.11.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 46,462,500원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 신부전증으로 십수년간 투석치료를 받아온 2급장애인인 청구인의 남편이 지병이 악화되자 사망에 대비하여 나중에 자녀가 전세금을 갚고 분가하여 자립하는 데 도움이 될 수 있도록 하기 위해 지인의 소개로 실 소요자금 약 5백만원에 쟁점외1주택을 취득하였으며, 직업도 없는 청구인 남편의 지병이 악화되면서 늘어나는 병원진료비와 두 자녀의 대학교 학비를 조달하기 위해 약 6년간 거주하였던 쟁점주택을 양도하고 좀 더 값싼 주택으로 이사를 하기로 하고, 쟁점주택을 양도하는 계약을 체결한 후, 새로이 이사를 하게된 쟁점외2주택을 취득하는 계약을 하였다. 그러나, 쟁점외2주택을 취득할 때 매도인인 ○○○ 자영업을 영위하고 있었는데, 불경기로 급히 자금이 필요하다고 하며 시세보다 조금 싸게 매매하는 대신 잔금을 1개월 이내로 지급해주기를 간곡히 요청하였고, 청구인 역시 경제적으로 조금이라도 도움이 되겠다 싶어 잔금청산일을 계약일로부터 1개월 이내로 정하였으며, 처음에는 쟁점주택의 잔금을 받아 쟁점외2주택의 잔금을 지급하려고 하였으나 양도자인 ○○○ 급히 대금을 지급하여줄 것을 요청하여 주택을 담보로하여 은행 대출까지 받아 지급하였는데, 이 과정에서 청구인은 세법에 대한 무지로 인하여 1개월 차이로 일시적 1세대 2주택의 양도자로 비과세 될 수 있었던 쟁점양도주택에 대해 1세대 3주택자가 양도한 것으로 되어 60%의 중과세율을 적용받게 되었다. 비록 청구인은 잔금청산일 기준으로 1세대 3주택에 해당되나, 거주하던 주택을 양도계약한 후 새로이 주택구입계약을 체결하였기 때문에 한번도 3주택 보유자라고 생각해본 적이 없으며, 투기목적도 없고, 그럴 형편도 안되었으며, 남편의 병원진료비 등 경제적인 사유로 조금이라도 싸게 주택을 구매해야하는 절박한 처지에서 세법에 대한 무지로 부득이하게 일시적 3주택자가 된 것으로, 3주택 보유기간도 1개월에 불과하고 부동산 투기를 한 것도 아니므로 부동산 투기로 인한 이익을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위하여 양도소득세를 중과하는 입법취지 및 대법원 판례 등에 비추어 청구인에게 1세대 3주택자에 대한 60% 중과세율을 적용한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산의 양도시기를 잔금청산일로 규정하고 있고, 일시적 3주택자에 대한 세율의 특례규정이 없으므로 청구인의 쟁점양도주택에 대하여 1세대 3주택 소유자로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 60% 중과세율을 적용한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 일시적으로 1세대 3주택자가 된 것으로 투기목적이 없었으므로 중과세율 적용은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법<2007.12.31. 개정되기 전> 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만의 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(단서 생략) 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준 8천만원 초과, 1천710만원 + 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제167조의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. ~ 10. (생략) 제167조의 5【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제1항 제2호의5에서 “대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. ~ 9. (생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의한 사실관계를 보면 청구인은 2000.7.10. 쟁점주택을 취득하여 거주하다가 2006.4.7. 양도하였고, 2005.8.16. 청구인의 남편 ○○○ 쟁점외1주택을 취득하였으며, 2006.3.7. 청구인이 쟁점외2주택을 취득하여 1세대 3주택이 된 상태에서 쟁점주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하지 않다가 처분청의 안내로 기한후 신고하였으며, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사결과 취득가액을 145,000,000원으로 하여, 1세대 3주택자의 양도에 해당되므로 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율 60%를 적용하여 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 투기목적 없이 청구인의 남편 ○○○ 질병치료 및 거주이전을 목적으로 대체 주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 1세대 3주택이 된 것으로 1세대 3주택자에 대한 중과세율 등을 적용한 처분은 부당하다고 주장하면서, 매매계약서, 진단서, 은행 대출금 통장 사본, 쟁점2주택 양도자인 ○○○ 진술서, 대법원 판례 등을 증빙자료로 제출하고 있는 바 이에 대해 살펴본다. (가) 쟁점주택의 매매계약서 및 등기부등본을 보면, 2006.2.11. 청구인과 매수인 ○○○ 외1인이 매매대금 275백만원에 매매계약을 체결하면서 매매잔금은 2006.4.7. 지급하는 것으로 약정하였으며, 2006.4.7. ○○○ 외1인의 명의로 소유권이전 등기되었으며, 쟁점외2주택의 매매계약서 및 등기부등본을 보면, 2006.2.18. 청구인과 매도자 ○○○가 매매대금 195백만원에 매매계약을 체결하면서 잔금은 2006.3.7.에 지급하는 것으로 약정하였으며, 2006.3.7. 청구인명의로 소유권이전 등기된 것으로 나타난다. (나) 청구인의 남편 ○○○ 말기 콩팥신장병, 상세불명의 협심증, 상세불명의 신경통 및 신경염-다발부위 등의 질병으로 1992년 6월에 혈액투석을 시작하여 2007.4.30.까지 주 3회 혈액투석을 받으면서 진료한 사실이 2011.3.17. 안양시 소재 ○○○에서 발급한 진단서에 의해 확인되며, 청구인의 남편 ○○○은 2007.5.2. 사망하였음이 확인된다. (다) 쟁점2주택의 취득시 양도자인 ○○○의 요청에 따라 급히 잔금을 마련하기 위하여 대출받은 것으로 주장하며 제출한 ○○○ 대출금통장 사본에 의하면, 청구인은 2006.3.7. ○○○에서 아파트파워론2 가게자금으로 1억원을 대출(상환기일 2026.3.7.까지 168개월로 6년거치 14년 상환조건)받은 사실이 확인된다. (라) 2010.8.24. 작성된 쟁점외2주택의 매도자인 ○○○ 진술서에는 “매매거래시 매도자의 입장에서 급히 자금이 필요하여 잔금을 1개월 이내로 해 줄 것을 요구함으로서 청구인에게 피해가 가게되어 미안함과 도의적인 책임감을 통감하며, 조금이라도 도움이 되는 증인이 될 수 있기를 희망한다”는 내용으로 자필 작성한 것으로 보여지며, ○○○ 쟁점외2주택의 양도당시 ○○○ 영위(1999.1.20. 개업, 2010.7.31. 폐업)하고 있었음이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

(3) 위의 사실관계 등을 종합하면, 청구인의 남편 ○○○이 취득한 쟁점외1주택은 사망후 자녀의 자립에 도움을 주기위한 용도로 취득한 것으로 보여지고, 쟁점외2주택의 경우는 쟁점주택을 대체하여 거주하기 위하여 2006.2.11. 쟁점주택을 양도하는 계약을 체결한 후 2006.2.18. 쟁점외2주택의 취득계약을 체결하였으며, 만일 쟁점외2주택을 취득하면서 잔금지급일을 쟁점주택의 잔금청산일 이후로 하였다면 청구인은 일시적 1세대 2주택자로 비과세규정이 적용되었을 것이나, 청구인은 쟁점외2주택의 매도자가 급전을 요청함에 따라 선의에서 계약일로부터 잔금약정일까지의 기간을 1개월 이내로 하고 금융기관의 대출을 받아 잔금을 지급하여 주고 그 소유권을 이전등기한 관계로 부득이하게 3주택자가 되었는 바, 결국 청구인이 3주택자가 된 기간도 1개월에 불과하였으며, 쟁점외2주택을 투기목적으로 취득한 것은 아니었던 것으로 보여지는 점과 소득세법제104조 제1항 제2호의 3 소정의 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율 적용규정은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인의 경우와 같이 쟁점주택을 양도하고 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 일시적인 3주택을 보유하게 된 것일 뿐 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없는 경우에는 위의 규정에 정한 1세대 3주택자에 대한 중과세의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다고 판단된다(대법원 2010.7.29. 선고 2010두7840도 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 60%의 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 잘못이므로 1세대 2주택자에 해당하는 양도소득세율 등을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.