실지거래가액이 불분명하여 건물가액은 장부가액과 감정평가액 비율로 각 안분하여 산정함

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 모형제작 제조업을 영위하면서 2010.5.7. ○○○(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 ○○○ 외 5필지 토지 5,693㎡와 그 지상 건물 1,532.98㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)와 호이스트, 정반 등의 기계장치(이하 “쟁점기계장치”라 하고, 쟁점건물을 포함하여 “쟁점건물 등”이라 한다)를 총 2,450백만원에 취득하고, 쟁점건물 등의 공급가액을 800백만원(이하 “쟁점가액”이라 한다)으로 계상한 세금계산서를 수취한 후, 부가가치세 신고시 쟁점건물 등의 관련매입세액 80백만원을 공제하여 46,336,080원의 환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 현지확인조사를 실시한 결과, 쟁점부동산 등의 매매계약서상에 쟁점건물 등과 토지를 별도 구분함이 없이 일괄거래한 사실을 확인한 후, 토지와 쟁점건물 등의 가액이 합리적인 방법으로 안분되지 아니하여 실지거래가액이 불분명하다고 보아, 토지와 쟁점건물 등을 장부가액과 감정평가액 비율로 각 안분하여 쟁점건물 등의 공급가액을 530백만원으로 산정한 후 2010.9.17. 청구법인에게 부가가치세 18,850천원의 환급통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.6. 이의신청을 거쳐 2010.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 취득한 쟁점건물 등은 쟁점매입처가 법인전환전 개인사업자인 ○○○(대표자 ○○○이라 한다)이 ○○○와 건물신축공사 도급계약을 체결하여 공사를 하면서 쟁점건물 1,016백만원, 쟁점기계장치 66백만원을 지급한 사실이 확인되며, ○○○가 공사대금 중 590백만원만을 세금계산서로 발행하였으나, 쟁점매입처가 처분청에 쟁점건물에 대한 양도소득세 신고시 쟁점건물의 취득가액을 실제 공사비 지급액인 1,106백만원으로 인정하여 달라는 경정청구를 한 결과, 쟁점건물의 취득가액을 세금계산서 수취분인 59백만원을 차감한 957백만원으로 인정한 바 있어 쟁점건물 등의 실질적인 가치는 1,082백만원으로 보아야 하므로, 쟁점매입처가 쟁점건물 등의 실질가액에서 당해 자산의 사용기간에 따른 감가상각을 고려하여 쟁점건물 등의 가액을 쟁점가액인 800백만원으로 하여 발행한 세금계산서를 수취한 것은 정당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 등의 매매계약서상 쟁점건물 등과 토지를 일괄하여 2,450백만원으로 거래하였으며, 쟁점가액 800백만원은 기준시가 426백만원 및 ○○○ 감정평가액 513백만원보다 현저히 높고, 쟁점기계장비에 대한 감정가액 및 시가를 확인할 수 없어 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제2호 규정에 따라 쟁점매입처의 장부가액을 근거로 토지와 쟁점건물 등의 가액을 각 1차 안분계산한 후, 2010.4.21. ○○○이 평가한 쟁점부동산의 감정가액을 기준으로 2차 안분계산하여 쟁점건물 등의 가액을 530백만원으로 계산한 것은 정당하다고 하겠고, 쟁점매입처의 장부가액이 ○○○의 쟁점건물에 대한 실제 공사금액에 비하여 과소계상되었다고 주장하나, 쟁점매입처로의 법인전환시 2007.12.31. 현재의 현물출자가액 산정보고서에서 쟁점부동산 등의 가액이 실물확인 및 감정평가에 의하여 산정된 것으로 확인되는바, ○○○의 장부가액 과소계상 등은 쟁점매입처로의 법인전환시 감정평가에 의해 산정된 장부가액과는 관련성이 없다고 하겠으므로, 쟁점건물 등의 가액을 530백만원으로 산정한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지와 건물 및 기계장치를 일괄 공급한 경우로서 토지와 건물등의 가액이 불분명한 것으로 보아 장부가액과 감정평가액을 기준으로 안분계산한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2010.4.15. 청구법인과 쟁점매입처간에 체결한 쟁점부동산매매계약서의 주요내용을 보면, 매매대금 2,525백만원으로 되어 있고, 특약사항으로 토지와 건물 일괄(부대설비) 매매조건으로서 쟁점기계장치인 호이스트 4대, 정반(정반거리 12m)을 매매조건에 포함한다고 되어 있다.

(2) 쟁점매입처의 2009.12.31. 현재 대차대조표상 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 장부가액은 2,251,620천원으로서 그 중 토지 1,680,810천원, 쟁점건물 545,623천원, 쟁점기계장치 25,186천원으로 되어 있다.

(3) 2010.4.19. ○○○이 담보목적으로 작성한 쟁점부동산에 대한 감정평가서 주요내용을 보면, 평가의뢰인은 ○○○ 감정평가액은 총 2,410,953천원(토지 1,897,700천원, 쟁점건물 513,253천원)으로 되어 있다.

(4) 처분청의 쟁점부동산 및 쟁점기계장치에 대한 과세표준 안분내역을 보면, 아래 표와 같이 1차로 토지, 쟁점건물 및 쟁점기계장치의 장부가액이 모두 있으므로 당해 장부가액에 따라 각 안분계산한 후, 토지와 쟁점건물에 대한 ○○○의 감정평가액에 따라 다시 안분계산을 하였다.

○○○

(5) ○○○과 ○○○의 쟁점건물 신축공사계약서를 보면, 도급금액이 1,118백만원으로 되어 있고, ○○○은 ○○○에 2006.3.31.~2008.1.15. 계좌이체로 1,016백만원의 공사대금을 지급하였으며, ○○○은 ○○○로부터 2006.10.2.~2007.12.26. 총 5건, 공급가액 590백만원의 세금계산서를 수취한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점매입처가 쟁점부동산 및 쟁점기계장치를 청구법인에게 양도한 후, 처분청 ○○○에 신청한 쟁점건물 신축공사 취득가액 관련 경정청구 결과를 보면, 당초 ○○○이 공사업체 측에 지급한 총 금액(1,016백만원)을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하였다.

(7) 위 사실관계와 관계법령을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 제2호에서 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우로서 그 건물 등의 공급가액이 불분명한 경우에는 기준시가, 장부가액, 감정평가가액 등에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는바, 쟁점계약서상의 양도가액 산정시 쟁점건물 및 쟁점기계장치의 가액을 별도로 구분하지 아니한데 대하여 양도자인 쟁점매입처의 쟁점건물 및 쟁점기계장치의 취득가액을 기초로 하여 청구법인의 취득가액을 산정하는 규정이 달리 없으며, ○○○이 쟁점매입처로의 법인전환에 따른 유형자산의 현물출자시 2007.12.31. 현재의 실물확인 및 감정평가에 의하여 금액산정이 이루어졌으므로, 청구법인의 쟁점건물 등에 대한 취득가액을 ○○○의 쟁점건물과 쟁점기계장치 취득비용을 기초로 산정한 쟁점금액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.