당초 처분청의 과세에 따라 확정된 2004년 제2기 부가가치세 면세비율을 기준으로 2005년 제1기 부가가치세의 납부세액을 재계산함이 합리적이라고 판단됨.
당초 처분청의 과세에 따라 확정된 2004년 제2기 부가가치세 면세비율을 기준으로 2005년 제1기 부가가치세의 납부세액을 재계산함이 합리적이라고 판단됨.
1. ○○○세무서장이 2010.7.1. 청구법인에게 한 2005년 제1기 부가가치세 813,256,420원의 부과처분은 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항, 제2항에 따른 납부세액을 재계산함에 있어, ○○○세무서장이 2009.12.10. 청구법인에게 과세한 내역에 따라 2004년 제2기 부가가치세의 면세비율을 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공통매입세액의 안분계산 기준 관련 공통매입세액을 안분하는 기준이 되는 과세공급가액 및 면세공급가액은 모두 “재화 또는 용역의 공급에 대한 대가”임이 전제로 되어야 하는데, 쟁점운영출연금과 쟁점연구출연금은 국가에 용역이나 재화를 공급하고 수취한 대가에 해당하지 아니하는 점, 비록 쟁점운영출연금을 비영리사업부의 손익계산서상 정부출연수익으로 계상하고는 있으나 실질적으로 영리법인의 자본금과 동일한 것인 점, 연구개발사업을 영위하는 청구법인의 입장에서는 국가연구개발사업을 수행함으로 인하여 오히려 공제되지 아니하는 매입세액을 추가로 부담하여야 하는 불합리한 결과가 발생하는 점 등을 종합하였을 때, 공통매입세액의 안분계산시 쟁점운영출연금과 쟁점연구출연금을 총공급가액 및 면세공급가액에 포함하여서는 아니되고, 설령 이를 총공급가액에 포함하는 경우에도 쟁점운영출연금 중 당해 과세기간의 면세비율에 의하여 안분하여 계산한 금액만을 면세공급가액으로 보아야 한다.
(2) 2004년 제2기분 납부세액 재계산 방법 관련 처분청은 부가가치세법 시행령제63조 제1항, 제2항에 따라 감가상각대상자산의 매입세액과 관련하여 납부세액을 재계산함에 있어, 분자에 해당하는 면세공급가액은 당초 쟁점운영출연금만을 포함하여 경정·결의하였던 금액(9,415,098,478원)을 기준으로 하면서, 분모에 해당하는 총공급가액에는 쟁점운영출연금·쟁점연구출연금을 모두 산입하여 2004년 제2기의 면세비율을 58.17%로 산정하였으나, 이러한 계산방법은 2004년 제2기 부가가치세를 과세한 방법(쟁점운영출연금만을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함한 면세비율: 76.32%)이나 2005년 제1기 이후 부가가치세를 과세한 방법(쟁점운영출연금·쟁점연구출연금 모두를 면세공급가액 및 총공급가액에 포함; 면세비율: 81.95%) 중 어느 하나에도 해당하지 아니하는 것으로, 이와 같이 아무런 근거도 없는 위법·부당한 방법으로 납부세액을 재계산하여서는 아니되고, 가장 합리적인 면세비율 산정방법인 2005년 제1기 이후의 부가가치세를 과세한 방법으로 2004년 제2기의 면세비율을 계산하여야 한다.
(1) 공통매입세액의 안분계산 기준 관련 청구법인은과학기술분야 정부출연 연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 건설교통부장관과 건설 및 국토관리 분야의 원천기술 개발에 대한 법률적인 관계를 형성한 다음, 관련 연구 용역을 제공한 대가로 쟁점운영출연금 및 쟁점연구출연금을 수령하였던바 이는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 점, 이를 면세사업인 고유목적사업에 대한 공급대가에서 제외하면 결국 공통매입세액 중 고유목적사업에 사용되는 부분도 과세사업과 관련된 매입세액으로 공제되게 되고, 이는 공통매입세액을 안분계산하는 취지에 어긋나게 되는 점 등을 종합하면, 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 쟁점운영출연금·쟁점연구출연금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여야 한다.
(2) 2004년 제2기분 납부세액 재계산 방법 관련 2004년 제2기분 부가가치세의 부과제척기간이 만료된 날 이후에 2005년 제1기 부가가치세 납부세액을 재계산함에 있어 2004년 제2기의 면세비율을 산정하는 방법에 대하여 명확한 규정이 없고 관련 예규·판례·선결정례도 없는 상황에서, 쟁점운영출연금과 쟁점연구출연금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 2004년 제2기 부가가치세 신고 또는 과세가 이루어지지 아니한 이상 이와 같은 방법으로 면세비율을 계산할 수는 없고, 2004년 제2기 부가가치세 경정당시의 면세비율을 계산한 방식을 기준으로 쟁점연구출연금을 총공급가액에 포함하고 면세공급가액은 경정당시의 금액으로 산정하여 면세비율(58.17%)을 계산하여야 하고, 이와 같이 할 경우 당해 감가상각대상자산에 대하여 과거 과다하게 공제된 매입세액을 시정할 수 있게 된다.
① 공통매입세액의 안분계산시 청구법인의 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점운영출연금과 쟁점연구출연금을 포함하여야 하는지 여부
② 2005년 제1기 부가가치세 납부세액의 재계산을 위하여 2004년 제2기 부가가치세의 면세비율을 산정함에 있어, 연구출연금을 총공급가액에만 산입하고 면세공급가액에서 제외한 처분의 당부
15. 도서관ㆍ과학관ㆍ박물관ㆍ미술관ㆍ동물원 또는 식물원에의 입장 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 제63조(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.
② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.
가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율
가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. (4) 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “과학기술분야 정부출연 연구기관”이라 함은 정부가 출연하고 과학기술분야 연구를 주된 목적으로 하는 기관을 말한다. 제5조【운영재원】① 연구기관 및 연구회는 정부의 출연금 그 밖의 수익금으로 운영한다.
② 정부는 연구기관 및 연구회의 설립·운영에 소요되는 경비에 충당하기 위하여 예산의 범위 안에서 연구기관 및 연구회에 출연금을 교부할 수 있다. 제8조【연구기관의 설립】① 이 법에 설립되는 연구기관은 [별표]와 같다. [별표] 이 법에 의해서 설립되는 연구기관(제8조 제1항) 기관명 한국과학기술연구원(이하 생략) 제13조【예산 및 사업계획의 승인 등】① 중앙행정기관의 장은 매년 연구기관에서 연구함이 상당하다고 인정되는 과제에 대한 우선순위와 소요예산 등을 기재한 의견서를 대통령령이 정하는 바에 따라 감독관청의 장(제29조제1항의 구분에 따른 감독관청의 장을 말한다. 이하 같다)에게 제출할 수 있다.
② 감독관청의 장은 제1항의 규정에 의하여 제출된 의견서 등을 종합적으로 검토하여 매년 4월 15일까지 다음 사업연도 연구기관의 예산요구시 적용되는 사항에 관한 기준(이하 이 조에서 "예산요구기준"이라 한다)을 연구회에 통보하여야 하며, 연구회는 이를 소관연구기관에 통보하여야 한다. 이 경우 감독관청의 장은 예산요구기준에 관하여 과학기술기본법 제9조 의 규정에 의한 국가과학기술위원회의 의견을 들어야 한다.
③ 연구기관은 대통령령이 정하는 기간 이내에 예산요구기준에 따라 다음 사업연도의 예산요구서 및 사업계획서를 작성하여 소속연구회에 제출하여야 한다. (5) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
(1) 청구법인은 당초 2005년 제1기 부가가치세를 신고할 당시 공통매입세액을 499,232,445원, 면세비율을 26.11%로 계산하여 공통매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액에 해당하여 공제받지 못하는 금액을 130,341,416원으로 산정하였고, 2004년 제2기 부가가치세 신고당시의 면세비율(62.84%)과의 차이에 의하여 부가가치세 납부세액을 재계산(350,491,230원 환급)하였다.
(2) 처분청은 부가가치세법 시행령제61조에 따라 면세비율을 계산함에 있어 청구법인이 위 과세기간 중 지급받은 쟁점운영출연금·쟁점연구출연금을 총공급가액 및 면세공급가액에 산입하여, 면세비율을 54.49%로 산정하여 공통매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액을 계산하였고, 2004년 제2기 중 청구법인이 수령한 연구출연금을 총공급가액에만 산입하여 동 과세기간의 면세비율을 59.28%로 산정하여, 부가가치세 납부세액의 재계산대상이 되지 아니한다고 보아 이 건 부가가치세 과세처분을 하였다.
(3) 청구법인은 쟁점운영출연금의 성격에 대하여 “관련 법령에 의하여 정부가 사용용도를 지정하지 아니하고 보조하는 일반재원으로법인세법상 비과세 수입에 해당하며, 청구법인의 예산편성시 자체수입 부족분을 충당하는 정부출연금으로 분류된다.”고 소명하였고, 쟁점연구출연금의 성격에 대하여 “국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정의 적용을 받는 연구사업 수익으로 법령에 근거한 특정 연구개발 과제를 수행하기 위한 것이며,법인세법상 비과세 수입으로 청구법인의 예산편성시 “자체수입”으로 분류하는데, 이는 다른 과세·면세사업의 수입과 동일하다.”고 소명하였다.
(4) 청구법인의 심판청구 대리인은 2011.6.22. 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 “청구법인은 건설회사, 국토해양부 등으로부터 기술연구를 의뢰받고 그 대가를 지급받게 되는데, 그 내용에 따라 과세(타당성 검토 등) 내지 면세(순수학술연구)로 구분되고, 특정한 연구와 관련하여서는 쟁점연구출연금을, 특정사업과 관련하여서는 특정사업출연금을 지급받은 다음, 자체 수입만으로 해결되지 아니하는 부분에 대하여는 쟁점운영출연금으로 보전받는다”는 취지로 의견진술을 하였고, 처분청을 대리한 중부지방국세청 ○○○ 조사반장은 같은 회의에 출석하여 “과세사업을 위하여 국가에서 출연금을 지급할 이유는 없다 할 것이므로 쟁점연구출연금 뿐만이 아니라 쟁점운영출연금의 경우도 사실상 고유목적사업인 면세·비과세사업에 대한 대가임을 인정하여야 한다”는 내용으로 의견진술을 하였다.
(5) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. (가)부가가치세법제17조 제1항 및 제2항에 의하면, 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되도록 하되, 면세사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이에 따라 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제하지 아니하도록 규정되어 있으며, 다만 같은 법 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 해당 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 대하여 규정하고 있다. 그런데,부가가치세법제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 공제대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 결국 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 세액이 있다면 그 중 과세사업분으로 공제되는 매입세액과 비과세사업분으로 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 방법이 필요한 점 등을 종합적으로 고려하면, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 은 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추하여 적용된다고 봄이 상당하다. 그렇다면, 위 규정은 공통매입세액 중 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업과 관련된 매입세액만을 계산하기 위한 규정이 아니라 과세사업과 관련한 매입세액을 산출하는 데도 유추적용될 수 있다고 할 것이다(조심 2008전1764, 2009.9.30. 같은 뜻임). (나) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 출연금 등을 지급받는 경우, 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점, 이러한 경우 총공급가액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입금액과 쟁점운영출연금, 쟁점연구출연금, 특정사업출연금 등)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점 등을 고려하였을 때, 청구법인도 총공급가액에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에서 공제하여야 할 것이고, 이는 결국 이 건 과세처분과 같이 쟁점운영출연금, 쟁점연구츨연금과 특정사업출연금을 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산정하는 방식과 동일하다 하겠다.
(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. (가) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항, 제2항에 따라 납부세액을 재계산함에 있어, 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율이라 함은 당해 과세기간의 면세비율과 이전에 납부세액을 재계산하였던 과세기간에 적용하였던 면세비율의 차이를 의미한다고 해석하여야 할 것이다. (나) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 2005년 제1기 부가가치세의 납부세액을 재계산하는 경우 당해 과세기간의 면세비율과 이전에 납부세액을 재계산하였던 2004년 제2기 부가가치세 면세비율의 차이에 의하여 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율을 계산하여야 하는데, 처분청이 당초 2004년 제2기 부가가치세를 과세함에 있어 연구출연금을 총공급가액 및 면세공급가액 모두에 산입하지 아니하여 면세비율을 산정하였고, 청구법인도 2004년 제2기 부가가치세를 불복청구(조심 2010중2501)함에 있어 연구출연금을 면세공급가액에 산입하여야 한다고 주장하지 아니하였던바, 그렇다면 당초 처분청의 과세에 따라 확정된 2004년 제2기 부가가치세 면세비율을 기준으로 2005년 제1기 부가가치세의 납부세액을 재계산함이 합리적이라고 보인다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.