영농조합법인 소유의 농지가 공공용지로 수용되면서 발생한 유형자산처분이익을 농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액에 해당함

○○○세무서장이 2010.8.5. 청구법인에게 한 2005.1.1.～2005.12.31. 사업연도 법인세 371,826,000원의 부과처분은 청구법인이 2005.1.1.～2005.12.31. 사업연도 법인세 과세표준과 세액 신고시 면제세액으로 신고한 252,000,000원을 면제소득으로 하여 2005.1.1.～2005.12.31. 사업연도 법인세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2001.4.1. 개업(2008.6.30. 폐업)하여 ○○○에서 축산업을 영위한 영농조합법인으로, 2005.8.1. 청구법인 소유의 ○○○ 잡종지 430㎡, 같은 곳 1003-195 잡종지 570㎡, 같은 곳 1003-487 답 760㎡, 같은 곳 1003-488 전 1,043㎡ 합계 2,803㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공공용지의 협의취득을 원인으로 ○○○ 주식회사(대위자 ○○○)에 양도하고, 2006.3.29. 2005.1.1.～2005.12.31. 사업연도(이하 “2005사업연도”라 한다) 법인세 신고시 쟁점토지의 양도차익에 대하여조세특례제한법제66조의 규정에 따른 면제소득(농업소득외의 소득)으로 보아 252,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 면제세액으로 공제하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 2009년 12월 ○○○지방국세청장은 청구법인의 면제세액 신청에 대하여 감면법인 사후관리에 따라 검토한 바, 청구법인의 쟁점금액은조세특례제한법상 법인세 면제대상인 농업소득외의 소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 면제신청을 배제하고 2005사업연도 법인세를 추징할 것을 처분청에 과세자료 통보하였고,

○○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 2010.8.5. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 371,826,000원을 경정․고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령제63조 제1항에는 영농조합법인의 농업소득 외의 소득의 범위에 대하여 법인세가 면제되는 금액의 한도만을 규정하고 있었을 뿐, 그 소득이 발생한 업종 및 원천에 대하여는 별도의 규정을 하고 있지 아니하였는 바, 2005사업연도에 발생한 쟁점금액에 대하여 처분청이 2007.2.28. 개정된 조세특례제한법 시행령제63조 제1항의 규정을 소급적용하여 쟁점금액을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 영농조합법인에 대한조세특례제한법상의 법인세 면제규정은 영농조합법인 및 그 조합원에 대하여 조합원이 농민인 점을 감안하여 조합원 각자가 농업경영시의소득세법상 세제지원수준과 동일한 혜택을 부여하고 있으며, 농민의 경우 농업소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니하는 것과 형평을 맞추어 영농조합법인의 농업소득에 대하여 전액 법인세를 면제하여 주고 있으며, 또한, 농업소득 외의 소득에 대하여도 농민의 경우소득세법상 일정한 농가 부업소득에 대하여 비과세하는 것과 형평을 맞추어 조합원 1인당 12,000천원의 범위내에서 법인세를 면제하여 주고 있는 법 제정취지를 비추어 보아도 유형자산처분이익인 쟁점금액에 대하여 법인세 면제규정을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 영농조합법인 소유의 농지가 공공용지로 수용되면서 발생한 유형자산처분이익을 조세특례제한법 시행령 제63조 제1항 의 농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

○ 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. {1천200만원 × 조합원 수 ×(사업연도월수/12)}

○ 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. {1천200만원 × 조합원 수 ×(사업연도월수/12)}

○ 조세특례제한법 시행령 부칙(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제2조 【일반적 적용례】

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

○ 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제197조 【정의】 이 절에서 “농업소득”이라 함은 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류표상의 농업중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 “작물”이라 한다)의 재배로 발생하는 소득을 말한다.

○ 농업․농촌기본법 시행령(2004.4.24. 대통령령 제18377호로 개정된 후의 것) 제13조 【영농조합법인의 사업】 영농조합법인의 사업은 다음 각호와 같다.

2. 농업에 관련된 공동이용시설의 설치․운영

3. 농산물의 공동출하․가공 및 수출

5. 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업

○ 농업․농촌기본법 시행령 제21조 【부대사업】 농업회사법인은 부대사업으로 다음 각호의 사업을 할 수 있다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산․공급

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매․비축사업

4. 농업기계 기타 장비의 임대․수리․보관사업

5. 소규모 관계시설의 수탁․관리사업

• 라. 사실관계 및 판단

(1) 2003.12.31. 공고된 ○○○ 공고 ○○○ 및 2005.4.1. 공고된 (가칭)○○○ 주식회사의 보상계획 및 이주대책 공고에 의하여 청구법인 소유의 쟁점토지 등이 사업지구에 포함된 것으로 나타나고, 2005.7.27. 청구법인과 ○○○ 주식회사 간에 체결된 손실보상협의계약을 보면, 손실보상액의 합계액이 4,122,945천원으로 되어 있고, 쟁점토지분은 3,981,161천원인 것으로 나타나며, 쟁점토지 등기부등본상 그 소유권이 2005.8.1. 공공용지의 협의취득을 원인으로 청구법인에서 ○○○ 주식회사(대위자 ○○○)에 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2005사업연도 주식등변동상황명세서를 보면, 2005사업연도말 현재 총출자좌수 22좌(1좌당 액면가액 20,000천원)로서 총 출자금이 440,000천원으로 되어 있고, 청구법인을 제외하고 ○○○ 외 20명의 조합원으로 구성되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 제출한 영농조합법인면제세액계산서를 보면, 조합원수 21명에 각 12,000천원을 곱하여 산출된 252,000천원을 면제세액으로 하여 세액감면(면제)신청을 한 것으로 나타난다.

(4) 처분청은 청구법인의 쟁점토지 양도에 따라 발생된 부동산처분이익은조세특례제한법제66조에서 규정하는 법인세가 면제되는 소득에 해당하지 아니한다 하여, 청구법인의 세액감면(면제)신청을 배제하여 이 건 2005사업연도 법인세 부과처분을 하였고, 이에 대하여 청구법인은 처분청이 2007.2.28. 개정된 조세특례제한법 시행령제63조 제1항의 규정을 소급적용하여 쟁점금액을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하는 것은 부당하다는 주장이다. (5)조세특례제한법제66조 및 같은 법 시행령 제63조는 당초 영농조합법인의 소득 중 ‘농업소득(지방세법 제197조 에 의한 작물재배업소득)’의 경우 법인세를 전액 면제하고, ‘농업소득 외의 소득’은 인적 한도(조합원 1인당 12,000천원) 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을 2003.12.31.(일몰기한은 2003.12.30. 법률 제7003호에 의하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가, 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된조세특례제한법제66조 및 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 조세특례제한법 시행령제63조의 개정을 통하여, 법인세가 일부 면제되는 농업소득 외의 소득을 ‘농업ㆍ농촌기본법 시행령제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득’으로 한정하면서, 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데, 2007년 개정세법(기획재정부)을 보면 그 개정취지에 관하여 “한ㆍ미 FTA 추진 등과 관련하여 농ㆍ어업 경쟁력 강화를 위해 농ㆍ어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 면제대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정”한 것이라고 밝히고 있다.

(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령제63조의 경우에는 영농조합법인의 소득 중 작물재배업에 의하지 않은 ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 일률적으로 조합원 1인당 12,000천원까지 법인세를 면제하여 준다고만 규정하고 있을 뿐, 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 구체적으로 규정하고 있지 아니하고 있고, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 조세특례제한법 시행령제63조에서 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 구체적으로 규정하면서 그 부칙 제2조에서 2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 청구법인이 보유한 쟁점토지를 2005.8.1. 양도함에 따라 발생한 양도차익에 대하여는 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령제63조에 따라, 청구법인의 2005사업연도말 현재 조합원수 21명에 1인당 12,000천원을 곱한 금액 252,000천원은 법인세가 일부 면제되는 농업소득 외의 소득으로 보아야 할 것이어서○○○, 처분청이 이를 부인하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 청구법인은 농업소득 외의 소득으로 계산된 252,000천원을 전액을 면제세액으로 하여 신고한 것은 잘못이 있는 것으로 판단되므로, 이를 면제소득으로 하여 법인세 면제세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.