쟁점부동산의 양도가 「조세특례제한법」제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

○○○세무서장이 2010.8.11. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 경정거부처분은 ○○○ 대지 144.1㎡ 및 동 지상 건물 377.06㎡의 양도에 대하여 조세특례제한법제85조의 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1989.5.22. 및 1996.9.21. 취득한 ○○○ 대지 144.1㎡ 및 동 지상 건물 377.06㎡(토지와 건물을 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2006.11.21. ○○○(이하 “양수인”이라 한다)에 1,725,000,000원에 양도하고 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 130,194,495원을 예정신고․납부하였다가, 2010.5.31. 청구인은 쟁점부동산의 양도는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제85조의 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례규정 적용대상에 해당하므로 동 규정에 의거 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다는 경정청구를 하였다. 나.처분청은 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 양수인이 도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다) 규정에 의한 사업시행자로 지정되어 있지 아니하고 양도 이후인 2007.5.25.에 지정되었으므로 위 과세특례규정 적용대상이 아니라 하여 2010.8.11. 청구인에게 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2010.10.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산에 대한 사업시행자는 도정법이 정한 절차에 따라 정비구역안에서 도시환경정비사업 등을 실지로 행하는지 여부에 의하여 판단하여야 하므로 사업시행인가를 사업시행자가 되기 위한 요건으로 볼 수 없고, 조특법 제85조의 입법취지에 비추어 양수인을 도정법상의 사업시행자로 봄이 타당하므로 수용권을 발동하기 이전 단계(사업시행인가 이전)에 양도한 쟁점부동산은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제85조의 기준시가로 양도차익을 산정하는 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 요건은 공익사업시행자(사업시행인가를 받은 자)에게 양도하는 경우여야만 하나, 양수인은 쟁점토지 양도당시(2006.11.21.)가 아닌 2007.5.25.(사업시행인가일)에 공익사업시행자로 지정되어 위 특례요건에 부합하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도가조세특례제한법제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것)제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는소득세법제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 부칙(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)제54조【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치】 이 법 시행 전에 종전의 제85조의 규정을 적용받기 위하여 공익사업용 부동산을 양도한 경우 (수용되는 경우를 포함한다)에는 제85조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다. 도시 및 주거환경정비법(2007.12.21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것) 제2조【용어의 정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. "정비사업"이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다

• 라. 도시환경정비사업: 상업지역ㆍ공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

8. "사업시행자"라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다. 제28조【사업시행인가】

① 사업시행자(제8조제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

② 시장․군수는 제4조 제1항의 규정에 의한 정비구역 외에서 시행하는 주택재건축사업의 사업시행인가를 하고자 하는 경우에는 건축물의 높이․층수․용적률 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여건축법제4조의 규정에 의하여 시․군․구에 설치하는 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 사업시행자(시장·군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 정관등이 정하는 바에 따라 토지 등 소유자(주택재건축사업인 경우에는 조합원을 말하며, 이하 이 항에서 같다)의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역 안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 한다. 제40조【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】

① 정비구역안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.

② 제1항의 규정에 의하여공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용함에 있어서 사업시행인가의 고시(시장·군수가 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제28조 제3항의 규정에 의한 사업시행계획서의 고시를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 있은 때에는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제20조 제1항 및 제22조 제1항의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

③ 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용에 대한 재결의 신청은공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제23조 및 동법 제28조 제1항의 규정에 불구하고 사업시행인가를 할 때 정한 사업시행기간 이내에 이를 행하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)쟁점부동산의 소재지는 2003.11.18. 균형발전촉진지구로, 2005.6.30. 주택외 투기지역으로, 2006.3.13. 도시환경정비구역으로 각각 지정되었는 바, 양수인은 도시환경정비구역인 ○○○ 내에서 정비사업을 시행하기 위하여 쟁점부동산 등을 취득하는 한편, ○○○에 대한 도시환경정비사업을 추진하면서 2006.5.4. ○○○으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문화재보존을 위한 조치사항을, 2006.6.21. ○○○ 심의결과를, 2006.6.29. ○○○내 금지행위 및 시설해제결과를, 2006.6.30. ○○○청장으로부터 ○○○의 심의결과를 각각 통보받았으며, 2006.12.22. ○○○ 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하여 2007.5.25. 사업시행인가를 받았다. (2)조특법 제85조에서 투기지정지역내의 공익사업용 부동산에 대하여 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 입법취지는 투기지정지 역 내의 부동산이라도 공익목적을 위하여 양도 또는 수용되는 부동산의 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액이 아니라 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 조세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위함에 있다(○○○, 같은 뜻임)할 것이다. (3)살피건대, 도정법 제2조 제8호에서 정비사업을 시행하는 자를 “사업시행자”로 규정하는 한편, 같은 법 제28조 제1항과 제4항에서 사업시행자는 정비사업을 시행하고자 하는 경우 사업시행계획서를 지방자치단체장에게 제출하여 사업시행인가를 받아야 하고 사업시행인가를 신청하기 전에 토지 등 소유자의 동의를 얻어야 한다고 규정하고 있을 뿐이며 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 반드시 얻어야 한다고 규정하고 있지는 아니한 점 및 과세형평상 사업시행인가 이전에 사업시행에 협조하여 미리 토지를 양도한 자가 그 이후에 양도한 자와 비교하여 불이익을 받아야 할 합리적 이유가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 양수인이 이미 지방자치단체 교통심의위원회와 건축위원회로부터 교통영향평가 및 건축계획심의결과를 통보받는 등 사실상 사업시행자로서의 역할을 수행한 것으로 보이므로 쟁점부동산을조세특례제한법제85조에서 규정하는 ‘당해 사업시행자에게 양도한 경우’에 해당한다고 해석함이 합리적이라 할 것이다(○○○ 같은 뜻임).

(4) 따라서 위와 같이 쟁점부동산의 양도가 조특법 제85조의 양도소득세 과세특례의 적용요건을 충족하지 아니한다고 인정할 만한 근거가 없는 이상, 과세특례의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(○○○, 2010.10.14. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.