연구및인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 이후 연구개발 전담부서를 신고하였다하여 공제를 배제한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 광학렌즈 및 부품을 제조하는 회사로서, 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 총 OOO원(이하 “쟁점세액공제액”이라 한다)을 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발 비에 대한 세액공제를 적용하여 2006.3.31. 및 2007.3.31.에 각각 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 공제받은 2005사업연도 및 2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 이후인 2007.2.28. 연구전담부서로 인정받기 위하여 교육과학기술부장관 (한국산업기술진흥협회) 에게 신고하였으므로 세액공제대상에 해당되지 아니한다 하여 이를 부인하고 청구법인에게 2010.7.12. 법인세 2005사업연도 OOO원 및 2006사업연도 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2000.2.29.부터 경기지방중소기업청장으로부터 벤처기업평가 신청서를 제출하여 2개월여 기간동안 엄격한 현장조사를 실시하여 벤처기업으로 인정받은 기업으로서, 한번 인증받고 나면 유효기간이 2년으로 한정되어 있어서 유효기간이 끝나면 기간연장이 아닌 신규로 다시 신청하여 또다시 엄격한 현장조사를 통하여 발급된다. 청구법인은 2000년도부터 벤처기업신청요건 중 연구개발투자기업과 신기술개발기업으로 신청하여 인증받은 벤처기업으로, 벤처기업신청요건 중 가장 중요한 요건은 자체기술개발전담반과 전담부서원들의 자질 및 자체 특허권 및 실용신안권의 가치내용이다. 연구개발전담부서인증서를 발급하는 (사)한국산업기술진흥협회에서는 등록사항이 아닌 신고사항만으로 인증서를 발급하는 체제로 되어 있으며, 청구법인은 전담부서가 2000년부터 설치되어 있고, 중소기업청로부터 발급받은 벤처인증서와 연구개발실 내부설계도와 내부사진, 연구원 경력증명서를 팩스로 제출하면 즉시 연구개발전담부서인증서를 발급받을 수 있었다. 청구법인은 오랜 현장실시조사를 통해서 벤처인증서를 발급받은 기업임에도 단순신고에 의한 연구개발전담부서인증서를 발급받지 아니하였다 하여 세액공제를 부인하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용이 가능한 연구개발비란 같은 법 시행령 <별표6>에서 규정하는 전담부서에서 사용하는 비용으로서, 전담부서란 같은 법 시행규칙 제7조에 의거 기술개발촉진법 시행규칙제7조의 규정에 의해 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발 전담부서를 말하는 것으로서, 교육과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 신고하지 아니한 기업의 연구개발비용에 대하여는 조세특례제한법제10조의 세액공제를 받을 수 없는 것이다. 또한, 같은 건으로 이미 2010.5.6. 처분청 과세사실판단자문위원회에 해당 안건으로 질의한 결과, 청구인이 조세특례제한법제10조에서 규정하는 세액공제요건을 충족하지 못하여 해당 감면세액을 배제하는 것이 타당한 것으로 회신 받았기 때문에 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다 하겠다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 후 교육과학기술부장관에게 연구개발 전담부서를 신고한 경우 이미 적용받은 세액공제를 배제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세년도까지 각 과세년도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세년도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세년도의 개시일부터 소급하여 4연간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발 생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세년도의 소득세 (사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세년도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하 여 계산한 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세 에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다. < 조세특례제한법 시행령 별표 6> ㅇ 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련) 구 분 비 용

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조 의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제항의 규정에 의한 영 별표5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 ①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다. 제8조【연구시험용시설등의 범위】

① 영 제10조 제1항에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 전담부서 및 산업기술연구조합 육성 법에 의한 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설 로서 다음 각호의 것을 말한다. 다만, 운휴중에 있는 것을 제외한다.

1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학 기기 및 사진제작기기

2. 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

② 영 제10조 제2항에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 직업능력개발훈련시설(내국인이 영 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업을 위하여 설치하는 직업훈련용 시설을 포함한다)로서 제1항 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴중에 있는 것을 제외한다. (4) 기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】

① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

및 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률의 적용을 받는 연구기관

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) (5) 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

① 법 제7조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 1.중소기업기본법제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5인

3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소: 10인

② 법 제7조 제1항 제2호에서 "기업의 연구개발전담부서"(이하 "전담부서"라 한다)라 함은 다음 각 호의 요건을 갖추고 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 전담부서를 말한다.

1. 과학기술분야의 연구개발업무가 그 부서의 주요업무로 되어 있을 것

2. 연구전담요원 1인 이상이 늘 확보되어 있을 것 (6) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】

② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

4. 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류 1부(중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소에 한한다)

5. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다. 제8조(기업내의 연구개발전담부서에 대한 지원) ① 과학기술부장관은 제7조의 규정에 의한 기업부설연구소 외에 다음 각호의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에 대하여 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다.

1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명 칭으로 되어 있을 것

2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것

3. 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의 한 기술·기능계의 기사 이상의 기술자격을 가진 자(중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업의 경우에는 전문대학에서 자연계분야 에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능 계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당연구분야에 2년 이상 근무한 자) 1인 이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있을 것. 다 만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구전담요원의 경우에는 자연계분야가 아닌 분야의 학력을 가진 자로 할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 전담부서의 지원에 관하여 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

(7) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조【정의】

① 이 법에서 "벤처기업"이라 함은 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

② 이 법에서 "투자"라 함은 주식회사가 발행한 주식·무담보 전환사채 또는 무담보신주인수권부사채를 인수하거나, 유한회사의 출자를 인수하는 것을 말한다.

③ 이 법에서 "벤처기업전용단지"라 함은 벤처기업 및 대통령령이 정하는 지원시설을 집단적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동 을 조장하기 위하여 제17조의 규정에 의하여 지정된 산업단지를 말한다.

(8) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 (벤처기업의 해당 여부에 대한 확인)

① 벤처기업으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 중소기업청장은 제1항의 규정에 의하여 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 확인절차 등에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다. (9) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제2조 (연구개발비의 산정기준)

① 벤처기업육성에 관한 특별조치법 (이하 "법"이라 한다) 제2조의2 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 연구개발비는조세특례제한법시행령 별표 6의 규정에 의한 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용과 이에 준하는 비용으로서 중소기업청장이 필요하다고 인정하여 고시하는 비용으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2005사업연도에 OOO원, 2006사업연도에 OOO원의조세특례제한법제10조 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 하여 2006.3.31. 및 2007.3.31.에 각각 법인세를 신고하였으나, 처분청은 세액공제를 적용받은 후에 연구전담부서로 인정받기 위하여 교육과학기술부장관에게 신고한 이유로 세액공제대상에 해당되지 아니한다 하여 세액공제를 부인한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 오래전부터 엄격한 현장조사를 통하여 경기지방중소기업청장 등으로부터 벤처기업으로 인정받았고, 연구개발한 기술로 특허청에 특허 및 실용신안등록하고 무역진흥 및 성실납세 등으로 대통령, 산업자원부장관 및 국세청장 등으로부터 표창받은 사실이 있다며 벤처기업확인서, 특허증, 실용신안등록증, 표창장을 제출하고 있어 내용을 보면, 다음 <표1>, <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOO

(3) 청구법인은 2007.3.21. 사단법인 한국산업기술진흥협회장으로부 터 발급받은 기술혁신형 중소기업확인서에 의하면, 2007.2.28. 교육과학기술부장관 (사단법인 한국산업기술진흥협회에 위임) 에게 연구전담부서로 인정받기 위하여 신고한 사실과 사단법인 한국산업기술진흥협회장으로부터 2007.2.28. 기술개발촉진법 시행령제15조 제2항 및 동 시행규칙 제8조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서로 인정받은 사실이 나타나고, 2007.11.15. 경기지방중소기업청장으로부터 유효기간이 2007.11.15.부터 2010.11.14.인 기술혁신형 중소기업확인서를 발급받은 사실이 확인된다. (4) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 같은 법 제10조 제1항 본문의 “대통령령이 정하는 비용”을 “각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 <별표6>의 비용을 말한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 “영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 <별표6>의 1. 기술개발란 가목 ①에서 ‘재정경제부령이 정하는 자’라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제6조 제2항에서 규정하고 있는 ‘전담부서’란 같은 조 제1항에서 기술개발촉진법 시행규칙제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발 전담부서를 말한다고 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 청구법인은 이미 오래전에 엄격한 현장조사를 통해서 벤처인증서를 발급받은 기업임에도 세액공제를 적용받은 이후에 교육과학기술부장관 (한국산업기술진흥협회장에게 위임) 에게 연구전담부서로 인정받기 위하여 신고하였다는 이유로 세액공제를 부인 하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 전담부서가 신고(확인)일 이전에 기술개발촉진법 시행규칙제8조에서 규정하는 전담부서의 요건을 갖추었는지 여부는 별론으로 하더라도, 이 건 납세의무성립일 현재 시행되던 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조의 규정에 의하면, 세액공제 요건의 대상이 되는 전담부서에 대하여 과학기술부장관(위탁받은 한국산업기술진흥협회장)에게 신고한 전담부서로 한정하고 있으므로 신고 이전에 대하여는 세액공제의 요건을 갖추었다고 보기 어려워 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단되고(국심 2004전4481,2006.2.2. 같은 뜻임), 처분청이 청구법인이 공제받은 2005사업연도 및 2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 이후인 2007.2.28. 교육과학기술부장관 (한국산업기술진흥협회장) 에게 연구전담부서로 인정받기 위하여 신고하였 으므로 세액공제대상에 해당되지 아니한다 하여 이를 부인하고 청구법인에게 경정․고지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.