임야를 양도한 후에 양수자가 공익사업시행자로 지정된 경우에 「조특법」 제85조에 따라 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있음

○○○세무서장이 2010.7.12. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 환급관련 경정 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1989.11.1. 경기도 ○○○ 외 1필지 임야 161,950㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)를 취득하였다가 2006.12.26. 이를 ○○○에게 양도한 후 양도가액을 실지거래가액인 6,730,744천원으로, 취득가액을 환산한 가액인 3,984,449,136원으로, 납부세액을 668,979,130원으로 하여 2007.2.29. 양도소득과세표준 예정신고를 하였다.
• 나. 그 후 청구인은 골프장 건설용지로 양도된 쟁점임야가 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제85조에 의한 공익사업용 토지로서 기준시가 적용대상에 해당된다는 이유로 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 재산정하여 2010.5.19. 처분청에 청구인이 당초 신고한 세액 중 494,145,120원을 감액경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인이 실지거래가액으로 양도소득과세표준 예정신고를 하였으므로 확정신고기한이 경과한 후에 기준시가로 양도가액과 취득가액을 산정할 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점토지가 공익사업용 토지에 해당되지 아니한다는 이유로 2010.7.12. 청구인에게 감액경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지가 기준시가 적용대상에 해당되는데도 착오로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 신고하였고, 처분청은 납세의무자가 실지거래가액에 의하여 양도소득세 신고를 한 다음 확정신고기한이 경과한 후에 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 달라고 경정청구를 하는 것은 인정할 수 없다고 보아 이를 거부하는 처분을 하였으나, 납세의무자가 실지거래가액으로 양도소득과세표준신고를 한 후 기준시가 방식으로 양도차익의 산정방법을 변경하여 경정청구를 할 수 없다는 종전의 심판결정례와는 달리 최근 감사원심사결정례(감심 2011-5, 2011.1.13.)에서는 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 신고하였다가 추후에 이를 알고 적법한 기간내에 경정청구를 하였다면 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 결정한 사실이 있고, 청구인이 양도한 쟁점임야는조특법제85조에서 규정하고 있는 공익사업용 토지로서의 요건을 충족하고 있으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 실지거래가액으로 양도소득과세표준 예정신고를 하였다가 확정신고기한 경과후에 기준시가로 양도소득을 산정하여야 한다는 내용으로 경정청구를 하였으나, 조특법 제85조 제1항에서 소득세법제96조 제1항 제6호의2에 따라 지정된 지역내 토지를 양도한 경우에도 양도인이 토지를 지정일 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에는 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있으나, 같은 항 단서에서 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 본문을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제12조에서 이러한 규정은 2005.1.1.이후 확정신고 도래분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 아니한 이상, 쟁점임야의 양도차익은 실지거래가액으로 산정하여야 할 것으로서 기준시가로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 경정하여야 한다는 청구주장은 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점 임야를 양도한 후에 양수자가 공익사업시행자로 지정된 경우에 조특법 제85조에 따라 기준시가로 양도차익을 산정하여 달라고 경정청구할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

(2) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 2.~4. (생 략)

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 【정의 】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “공익사업”이라 함은 제4조 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

3. “사업시행자”라 함은 공익사업을 수행하는 자를 말한다.

7. “사업인정”이라 함은 공익사업을 토지등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다. 제4조【공익사업】 이 법에 의하여 토지등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.

3. 국가 또는 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건 또는 문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

7. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업 (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

10. “도시계획시설사업”이라 함은 도시계획시설을 설치·정비 또는 개량하는 사업을 말한다.

12. “도시계획사업시행자”라 함은 이 법 또는 다른 법률의 규정에 의하여 도시계획사업을 시행하는 자를 말한다. 제86조【도시계획시설사업의 시행자】

① 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 관할구역안의 도시계획시설사업을 시행한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 시행자가 될 수 있는 자외의 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.

⑥ 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 제2항·제3항 또는 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자를 지정한 때에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 그 지정내용을 고시하여야 한다. 제88조【실시계획의 작성 및 인가 등】

① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다.

② 도시계획시설사업의 시행자(괄호 생략)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다. (후단 생략) 제92조【관련 인·허가 등의 의제】

① 건설교통부장관 또는 시·도지사가 제88조의 규정에 의한 실시계획의 작성 또는 인가를 함에 있어서 당해 실시계획에 대한 다음 각호의 인·허가등에 관하여 제3항의 규정에 의하여 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 당해 인·허가등을 받은 것으로 보며, 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시가 있은 때에는 관계 법률에 의한 인·허가 등의 고시·공고 등이 있은 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.12.19. ○○○개발과 쟁점임야에 대하여 매매대금을 6,730,744천원으로, 잔금지금일을 2006.12.26.로 하여 매매계약을 체결하였고, 잔금지급일에 ○○○개발로 소유권 이전등기가 이루어진 것으로 매매계약서 및 부동산등기부등본에서 나타난다

(2) 청구인은 쟁점임야의 양도에 대하여 2007.2.29. 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였고, 쟁점임야의 양수인인 ○○○건설은 쟁점임야 양수일로부터 약 1년이 경과한 2007.12.24. 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정되었다.

(3) 청구인은 쟁점임야가 조특법 제85조에 의한 공익사업용 토지로서 기준시가 적용대상에 해당됨에도 청구인이 착오로 실지거래가액에 의하여 양도소득세 신고를 하였다는 이유로 2010.5.19. 처분청에 이 건 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점임야 양도당시 ○○○건설이 공익사업시행자가 아닐 뿐만 아니라, 청구인이 실지거래가액으로 양도소득과세표준 예정신고를 하였으므로 확정신고기한이 경과한 후에 기준시가로 양도차익을 재계산할 수 없다 하여 2010.7.12. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(4) 청구인이 제출한 주요 증빙 및 그 내용은 아래와 같다. (가) 경기도지사는 고시 제2006-413호(2006.12.4.)를 통하여, 쟁점임야 등에 대한 도시관리계획(용도지역변경, 도시계획시설)을 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 에 따라 다음 <표1> 및 <표2>와 같이 결정하고, 같은 법 제30조 제6항 및 같은 법 시행령 제25조 제5항 규정에 따라 이를 고시하였다. (나) 경기도 ○○○장은 공고 제2007-351호(2007.12.24)를 통하여 위 경기도 고시 제2006-413호로 결정된 도시계획시설(체육시설: 두미컨트리클럽)에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조 규정에 의거 사업시행자 지정과 같은 법 제88조 규정에 의거 실시계획인가하고 같은 법 제91조 및 같은 법 시행령 제100조 규정에 의거 고시하였는 바, 이에 의하여 ○○○개발이 사업시행자로 지정되었고, 첨부된 수용 또는 사용할 토지의 명세 및 그 소유자의 성명·주소 란에 청구인이 쟁점임야에 대하여 사용동의한 것으로 나타난다. (다) ○○○개발이 2005.7.22. 경기도 ○○○장에게 “도시계획시설(체육시설-두미CC)결정 주민제안”이라는 제목으로 보낸 공문사본에 의하면, ○○○개발은 토지이용의 효율성 제고 및 지역발전, 지역주민체육시설 확충을 위하여 ○○○ 일원에 회원제골프장 18홀을 건설하고자 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제26조 제1항에 의거하여 도시계획시설결정(체육시설-골프장) 주민제안서를 제출한 것으로 나타난다. (라) 경기도 ○○○장이 2005.9.6. ○○○개발에게 “도시관리계획입안 제안서 처리 통보(두미CC)”라는 제목으로 보낸 공문(도시과-5454호)에서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제26조 및 같은 법 시행령 제20조의 규정에 의거 도시관리계획으로 입안할 계획으로 계획수립에 필요한 구비서류를 제출하도록 통보하였다. (마) 그 밖에 ○○○개발이 공익사업시행자로 지정되기 이전에 사업수행을 위하여 활동하였다는 다수의 공문[도시관리계획결정 신청(두미 제2005-6호, 2005.10.21.), ○○○ 사전재해영향성검토 협의결과에 따른 조치계획 및 조치결과 제출(○○○ 도시과-723호, 2006.2.3.), ○○○ 사전재해영향성검토서 조치계획 및 조치결과 제출(두미 제2006-1호, 2006.2.16.), ○○○ 조성사업 사전환경성검토서 보완 제출(○○○ 도시과-2060호, 2006.4.6.), ○○○ 조성을 위한 도시관리계획변경결정 협의결과 통보(○○○ 도시과-2184호, 2006.4.12.), ○○○ 사전환경성검토 협의의견 조치계획 및 결과 제출(○○○ 도시과-4294호, 2006.7.11.) 등] 사본을 제출하였다.

(5) 조특법제85조의 투기지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 관련 입법취지는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액이 아니라 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 조세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위함이다(대법원 2006두16779, 2007.12.27. 참조).

(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제2조 제12호에서 도시계획사업을 시행하는 자를 도시계획사업시행자로 규정하는 한편, 같은 법 제88조 제1항에서 도시계획사업시행자는 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 작성하여 시·도지사 등의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있을 뿐이며 도시계획사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 실시계획인가를 반드시 얻어야 한다고 규정하고 있지는 아니한 점 및 과세형평상 실시계획인가 이전에 사업시행에 협조하여 미리 토지를 양도한 자가 그 이후에 양도한 자와 비교하여 불이익을 받아야 할 합리적 이유가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 2006.12.26. 쟁점임야를 양도하기 전인 2005.7.22. ○○○개발이 경기도 ○○○장에게 도시계획시설(체육시설-두미CC)결정 주민제안서를 제출하여 2005.9.6. 경기도 ○○○장으로부터 도시관리계획으로 입안할 계획을 통보받는 등 사실상 도시계획사업시행자로서의 역할을 수행한 것으로 보이고, 특히 쟁점임야 양도후 2007.12.24. ○○○개발이 도시계획사업시행자로 지정된 경우 쟁점임야를 조특법제85조에서 규정하는 당해 사업시행자에게 양도한 경우에 해당한다고 해석함이 합리적이라 할 것이다(조심 2010서2537, 2010.10.14. 같은 뜻). 또한, 이 건 실지거래가액에 의한 양도차익이 기준시가에 의한 양도차익보다 훨씬 많은 점에 비추어 청구인은 당초부터 양도소득세를 적게 납부할 목적으로 쟁점임야의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 신고한 것으로 보이지 아니하므로, 청구인이 당초 실지거래가액에 의하여 이 건 양도차익을 계산하여 신고하고서 확정신고기한이 경과한 후에 경정청구를 하였고, 쟁점임야 양도당시 ○○○개발이 도시계획사업시행자로 지정되지 아니하였다는 사유로 처분청이 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.