매매가액이 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우 부가가치세법에 규정된 방법으로 계산한 비율에 따라 안분계산하는 것이 타당함

OO세무서장이 2010.6.11. 청구법인에게 한 부가가치세 2005년 제1기 5,833,530원, 2005년 제2기 33,066,860원, 2006년 제1기 28,504,140원, 2006년 제2기 48,214,700원, 2007년 제1기 24,599,460원, 2007년 제2기 58,663,020원, 2008년 제1기 4,224,390원, 2008년 제2기 12,440,190원, 2009년 제1기 844,620원, 2009년 제2기 1,381,780원의 부과처분은 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 제1호에 규정된 방법으로 계산한 비율로 토지 및 건물의 공급가액을 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2004년 12월부터 OOOOO OOO OOO OOO-OO 대지 7,926㎡, 건물 24,722㎡ 규모의 아파트형공장(OOOOOOO, 이하 “쟁점아파트형공장”이라 한다)을 신축하여 분양하면서 토지와 건물의 공급가액을 구분하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점아파트형공장을 신축하여 분양하면서 토지와 건물의 공급가액을 분양예정가액의 비율로 계산하여 세금계산서를 발행하여야 함에도 불구하고 임의적으로 계산한 건물공급가액으로 세금계산서를 교부하였다고 보아, 쟁점아파트형공장의 건물분양가액을 당초의 분양예정가액 비율로 안분 재계산하여 과소신고한 건물공급가액에 대하여 2010.6.11. 청구법인에게 부가가치세 217,772,690원(2005년 제1기 5,833,530원, 2005년 제2기 33,066,860원, 2006년 제1기 28,504,140원, 2006년 제2기 48,214,700원, 2007년 제1기 24,599,460원, 2007년 제2기 58,663,020원, 2008년 제1기 4,224,390원, 2008년 제2기 12,440,190원, 2009년 제1기 844,620원, 2009년 제2기 1,381,780원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 작성한 분양예정금액은 외부에 공표되지 않은 참고용일 뿐이고, 분양시에는 이를 참고로 매수인과 협의하여 토지가액, 건물가액 및 부가가치세를 구분한 분양계약서를 작성하고 이에 따라 분양하였는 바, 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래금액 그 자체를 의미하므로 매매계약서 등에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우에는 실지거래가액을 적용하여야 하며, 설사 처분청이 이를 인정치 않는다 하더라도 예비적 청구로서 부가가치세법 시행령제48조의2에 따라 구분이 불분명한 것으로 보아 보충적 방법을 적용하는 것이 타당하다. 한편, 청구법인으로서는 분양가액을 산정함에 있어 안분방법에 관계없이 토지가액과 건물가액의 합계액이 동일하여 분양수입 변동은 없고, 매수자들은 사업자이어서 부가가치세를 환급받게 되므로 건물가액을 낮추어 매매계약서를 기재할 이유가 없으며, 매수인과 협의된 분양금액의 토지와 건물가액의 평균비율은 34: 66으로 감정평가법인의 평가내역상 40: 60과 비교해 보더라도 청구법인이 건물가액을 낮게 분양한 것은 아닐 뿐만 아니라 쟁점아파트형공장 토지의 공시지가는 2004년 이후 매년 상승하고 있음에도 이를 고려하지 아니하고 분양가액 대비 토지가액이 상대적으로 낮은 2004년 분양예정금액에 근거하여 일률적으로 건물가액을 산정하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 분양 초기인 2005년 10월까지는 계약체결 시 분양예정가액을 적용하여 건물 공급가액을 각각 결정하였으나, 2005년 11월 이후부터는 분양가액을 할인하여 계약할 경우 할인액을 모두 건물분에서 차감하거나, 분양가액의 변동이 없어도 토지의 가액을 증가시키고 토지가액 증가분만큼 건물가액을 감액하거나, 분양가액이 예정가액보다 증가할 경우 토지의 점유비율을 증가시켜 건물 공급가액을 과소하게 계산하는 등 분양가액에서 토지가 차지하는 비율을 증가시키고 건물 비율을 감소시켰는 바, 집합건물의 경우 토지 및 건물의 공급가액을 확정하고 분양을 개시하면 각 호별 총 분양가액이 변동된다 하더라도 각 호별로 기 확정된 부가가치세 과세표준 예정비율로 건물에 대한 부가가치세를 신고․납부하여야 함에도 불구하고, 분양 시 매수인과 협의하였다는 이유로 각 호별 건물 공급가액의 비율을 당초 분양예정가액의 비율보다 임의적으로 낮게 적용하여 건물분 공급가액을 과소하게 산정하는 것은 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정할 수 있는 실지거래가액이라 할 수 없으며, 부가가치세법 시행령제48조의2에서 정한 보충적 방법은 이 건과 같이 분양예정가액에 의거 토지와 건물의 가액을 명확히 구분하여 나타낸 경우에는 적용할 여지가 없다. 분양가액의 변동 없이 건물분 공급가액만을 낮추면 거래징수할 부가가치세가 과소 산출되어 해당 부가가치세만큼이 청구법인의 수익으로 귀속되며, 청구법인이 제시한 감정평가서는 대외 제시용이 아닌 자체 자산재평가 목적으로서 전체에 대한 감정평가가 아닌 B동 706호 1개호의 평가이고, 작성일은 2009.3.5.로서 기 분양된 공장의 계약 당시 실지거래가액을 정하는 데 참고하였다고 볼 수 없는 한편, 쟁점아파트형공장의 토지는 대지권으로 전환되었으므로 토지와 건물을 별도로 구분하여 거래할 수 없는 바, 대지권 가격상승은 제한적인 것으로 보는 것이 타당하며, 설사 대지권 가격상승이 있더라도 가격상승분 만큼 호별 분양가액이 상승되어야 함에도 불구하고 오히려 분양금액이 분양예정금액에 비하여 401백만원 감소한 것으로 보아 대부분 분양가액의 변동 없이 부당하게 건물가액을 감소시킨 것으로서 국세기본법 제16조에 의거 청구법인이 당초 작성한 분양예정가액에 따라 안분 재계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 신고한 토지와 건물의 거래가액을 부인하고, 토지와 건물에 대한 분양예정가액의 비율로 안분하여 계산된 건물가액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. (2) 부가가치세법 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2004년 12월부터 쟁점아파트형공장을 신축하여 분양하면서 토지와 건물의 공급가액을 구분하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점아파트형 공장을 신축하여 분양하면서 토지와 건물의 공급가액을 분양예정가액의 비율로 계산하여 세금계산서를 발행하여야 함에도 불구하고 임의적으로 계산한 건물공급가액으로 세금계산서를 교부하였다고 보아, 쟁점아파트형공장의 건물분양가액을 당초의 분양예정가액 비율로 안분 재계산하여 과소신고한 건물공급가액에 대하여 아래<표1>과 같이 청구법인에게 부가가치세를 과세하였다.OOO (나) 2004.9.4. OOOOO OOOOO은 2004.8.23. 청구법인이 제 출한 아파트형공장 입주자 모집공고(안) 승인을 통보하였고, 2004.10.7. 청구법인은 OOOOOOO 분양공고하면서 토지와 건물가액을 구분하지 아니하고 분양공고를 한 사실이 확인된다. (다) 청구법인이 쟁점아파트공장을 신축분양하면서 분양예정가액을 기준으로 토지비율은 26.4%에서 33.9%로 7.5% 상승하였으나, 건물비율은 73.6%에서 66.1%로 7.5% 감소분양한 사실이 아래 <표2>와 같이 확인된다. OOO (라) 쟁점아파트형공장의 총 분양원가 및 분양가액의 내역은 아래 <표3>과 같다. ○○○ (마) 청구법인이 신고한 건물가액과 기준시가에 의한 건물가액과 비교한 내역은 아래<표4>와 같다.

○○○ (바) 쟁점아파트형공장의 분양가 증감내역을 살펴보면 총 68건의 분양실적 중 분양예정가와 실제분양가의 차이가 없는 11건, 건물의 분양가 비율이 증가한 4건을 제외한 53건은 건물의 분양가 비율이 감소한 사실이 아래 <표5>․<표6>․<표7>과 같다.

○○○ (사) 청구법인과 매수자 하OO 외 67명간에 체결한 매매계약서, 세금계산서 등에 의하면 총 분양대금에서 토지금액, 건물금액, 부가가치세를 구분하여 계약을 체결하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부한 사실이 확인된다.

○○○ (바) 쟁점아파트형공장 토지의 연도별 개별공시지가는 아래 <표8>과 같다.

○○○

(2) 위 사실관계를 근거로 청구법인이 신고한 토지와 건물의 거래가액을 부인하고, 토지와 건물에 대한 분양예정가액의 비율로 안분계산하여 과세한 처분이 정당한지 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 분양예정금액과 토지, 건물의 안분비율을 정한 분양계획표를 미리 작성하고도 계약당사자간 합의나 토지가액의 상승 등을 이유로 토지가액 비율을 증가시키고 건물가액 비율을 감소시킨 것은 임의의 가액으로 건물공급가액을 산정한 것으로 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정할 수 있는 실지거래가액이라 할 수 없으므로 청구법인이 당초 작성한 분양계획표 상 분양예정 가액의 예정비율로 건물공급가액을 재계산하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. (나) 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서에 규정된 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”란 실지거래 가액이 확인되지 아니하거나, 일괄 양도한 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재 되어 있지 아니한 경우 및 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 등을 말하는 것이므로 매매계약서상에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있는 경우라 하더라도 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지(조심2010구3276, 2011.3.23.외 다수 같은 뜻임)라고 하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인과 매수자간에 체결한 부동산매매계약서를 보면 토지와 건물가액을 구분하여 거래하였으나, 건물분양가액이 건물공사원가보다 1,717백만원이 낮고, 청구법인이 신고한 건물가액을 기준시가에 의한 건물가액과 비교해 보아도 청구법인이 신고한 건물가액이 709백만원만큼 낮아 청구법인이 특별한 이유 없이 건물가액을 더 많이 감액하는 방법으로 토지가액과 건물가액을 임의적으로 산정한 것으로 보여져 토지 및 건물의 공급가액을 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 제1호에 규정된 방법으로 계산한 비율에 따라 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유가 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.