정부 또는 지방자치단체로부터 국고보조금・공사부담금 및 출연금 등을 받는 경우 자산의 취득에 충당할 출연금 등이 아닌 경우에는 영업수익으로 계상’하도록 규정하고 있어 청구법인이 환경부로부터 수령한 쟁점출연금을 수익으로 계상한 당초 회계처리는 정당함
정부 또는 지방자치단체로부터 국고보조금・공사부담금 및 출연금 등을 받는 경우 자산의 취득에 충당할 출연금 등이 아닌 경우에는 영업수익으로 계상’하도록 규정하고 있어 청구법인이 환경부로부터 수령한 쟁점출연금을 수익으로 계상한 당초 회계처리는 정당함
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공기업에 대한 정부의 ‘출연금’이란 ‘행정주체가 법령에 의하여 설치된 연구기관, 기금, 공단 등 출연대상 주체에 대하여 특정목적을 위하여 지원하는 금전급부’로서 기부행위의 일종으로 대가관계에 있지 아니하며, 환경개선특별회계법에 따라 환경부가 청구법인에게 지급한 쟁점출연금은 사용용도가 특정되거나 사후정산을 통해 미사용분을 반납하거나 청구법인의 업무와 대가관계에 있지 아니하며, 청구법인이 환경부로부터 위탁받은 용역 또는 제공한 용역이 전혀 없고,법인세법상 비영리법인은 “수익사업(사업 또는 수입)에서 생기는 소득”에 대하여만 법인세 납세의무가 있으며, 수익사업의 범위를 “수익이 발생하는 사업” 또는 “대가를 얻는 계속적인 행위로 인하여 생기는 수입”으로 규정하였는바, 환경부가 청구법인에게 지급한 쟁점출연금은 사용용도를 특정하지 아니하고 무상지원한 것으로 청구법인이 별도의 사업을 영위한 것으로 볼 수 없으며, 청구법인이 제공한 용역이 없어 대가관계에 있는 수입으로 볼 수 없으므로, 위 법인세법상 ‘수익사업에서 생긴 소득’에 해당하지 아니한다. 또한, 법인세법상 손익귀속시기는 익금 및 손금에 관한 규정이며, 청구법인의 쟁점출연금은 익금에 해당될 수 없음에도 청구법인이 보수적인 견지에서 수익으로 신고한 것으로, 익금에 해당함을 전제로 하는 손익귀속시기는 적용될 수 없다.
(2) 기업회계기준은 ‘사업용 자산 취득에 사용될 국고보조금’에 대하여 취득한 자산의 차감계정으로 처리하되, 자산을 취득하기 전까지는 예금계정 등의 차감계정으로 처리하고, 자산을 취득한 이후에는 그 자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비와 상계하도록 하였으며, ‘특정의 비용을 보전할 목적으로 지급된 국고보조금’에 대하여도 당기 손익에 반영하지 아니하고 특정의 비용과 상계처리하도록 하여 국고보조금 등이 순자산에 미치는 영향이 없도록 하고 관련 손익도 인식하지 아니하도록 규정하고 있다. 기업회계상 국고보조금이란 명칭에 관계없이 국가등으로부터 교부받은 보조금을 모두 포함하는 개념으로서 출연금의 경우도 경제적 실질이 국고보조금에 해당하는 경우 국고보조금의 회계처리에 의하도록 하고 있어, 청구법인은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금에 대한 손익인식 회계처리를 위 기업회계기준에 의해 행하여진 정당한 회계처리이다. 법인세법및 조세특례제한법에서 달리 규정하는 경우를 제외하고는 기업회계의 기준 또는 관행을 존중하여야 하므로 법인세법은 출연금과 국고보조금에 대한 손익귀속시기를 별도로 규정한 바 없으므로 기업회계기준에 의한 회계처리에 의해 손익이 인식되어야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점출연금이 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 법인세법상 익금에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 않았으며, 공기업․준정부기관 회계기준 제52조에서 ‘정부 또는 지방자치단체로부터 국고보조금․공사부담금 및 출연금 등을 받는 경우 자산의 취득에 충당할 출연금 등이 아닌 경우에는 영업수익으로 계상’하도록 규정하고 있어 청구법인이 환경부로부터 수령한 쟁점출연금을 수익으로 계상한 당초 회계처리는 적정한 것이며, 이는 출연금을 자산취득 이외의 목적으로 지급받은 경우에는 회사의 주된 영업활동과의 관련성에 따라 영업수익 또는 영업외수익(또는 특정비용과 상계)으로 처리하는 기업회계기준과도 부합하는 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금에 대한 손익인식은 기업회계기준에 의한 회계처리이며, 법인세법상 국고보조금 및 출연금의 손익귀속시기에 대한 별도의 규정이 없으므로 기업회계기준에 따른 회계처리에 의해 손익이 인식되어야 한다고 주장하나, 법인이 정부로부터 자산취득 이외의 목적으로 국고보조금 및 출연금을 교부받은 경우 그 귀속시기는 동 국고보조금 및 출연금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 하는 것이므로(법인세법기본통칙 40-71…7, 국세청 서면2팀-1497, 2005.9.20.), 처분청이 사업연도 말까지 미사용하여 수익으로 계상하지 않은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금을 익금에 산입하고 차기 연도에 이월하여 수익으로 계상한 금액을 이월익금으로 보아 익금불산입하여 이 건 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점출연금은 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로, 법인세법상 익금에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 손익귀속시기가 교부통지를 받은 날(지급 받은 날)이 속하는 사업연도인지 여부
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익
3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. 제113조 【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.
1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업
2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역
3. 교육서비스업 중 유아교육법에 따른 유치원ㆍ 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업
4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업
5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업
6. 사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각목의 사업 가.～ 바. 생략
9. 대한적십자사 조직법에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업
10. 기타 제1호 내지 제9호와 유사한 사업으로서 재정경제부
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공기업에 대한 정부의 ‘출연금’이란 ‘행정주체가 법령에 의하여 설치된 연구기관, 기금, 공단 등 출연대상 주체에 대하여 특정목적을 위하여 지원하는 금전급부’로서 기부행위의 일종으로 대가관계에 있지 아니하며, 환경개선특별회계법에 따라 환경부가 청구법인에게 지급한 쟁점출연금은 사용용도가 특정되거나 사후정산을 통해 미사용분을 반납하거나 청구법인의 업무와 대가관계에 있지 아니하며, 청구법인이 환경부로부터 위탁받은 용역 또는 제공한 용역이 전혀 없고,법인세법상 비영리법인은 “수익사업(사업 또는 수입)에서 생기는 소득”에 대하여만 법인세 납세의무가 있으며, 수익사업의 범위를 “수익이 발생하는 사업” 또는 “대가를 얻는 계속적인 행위로 인하여 생기는 수입”으로 규정하였는바, 환경부가 청구법인에게 지급한 쟁점출연금은 사용용도를 특정하지 아니하고 무상지원한 것으로 청구법인이 별도의 사업을 영위한 것으로 볼 수 없으며, 청구법인이 제공한 용역이 없어 대가관계에 있는 수입으로 볼 수 없으므로, 위 법인세법상 ‘수익사업에서 생긴 소득’에 해당하지 아니한다. 또한, 법인세법상 손익귀속시기는 익금 및 손금에 관한 규정이며, 청구법인의 쟁점출연금은 익금에 해당될 수 없음에도 청구법인이 보수적인 견지에서 수익으로 신고한 것으로, 익금에 해당함을 전제로 하는 손익귀속시기는 적용될 수 없다.
(2) 기업회계기준은 ‘사업용 자산 취득에 사용될 국고보조금’에 대하여 취득한 자산의 차감계정으로 처리하되, 자산을 취득하기 전까지는 예금계정 등의 차감계정으로 처리하고, 자산을 취득한 이후에는 그 자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비와 상계하도록 하였으며, ‘특정의 비용을 보전할 목적으로 지급된 국고보조금’에 대하여도 당기 손익에 반영하지 아니하고 특정의 비용과 상계처리하도록 하여 국고보조금 등이 순자산에 미치는 영향이 없도록 하고 관련 손익도 인식하지 아니하도록 규정하고 있다. 기업회계상 국고보조금이란 명칭에 관계없이 국가등으로부터 교부받은 보조금을 모두 포함하는 개념으로서 출연금의 경우도 경제적 실질이 국고보조금에 해당하는 경우 국고보조금의 회계처리에 의하도록 하고 있어, 청구법인은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금에 대한 손익인식 회계처리를 위 기업회계기준에 의해 행하여진 정당한 회계처리이다. 법인세법및 조세특례제한법에서 달리 규정하는 경우를 제외하고는 기업회계의 기준 또는 관행을 존중하여야 하므로 법인세법은 출연금과 국고보조금에 대한 손익귀속시기를 별도로 규정한 바 없으므로 기업회계기준에 의한 회계처리에 의해 손익이 인식되어야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점출연금이 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 법인세법상 익금에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 않았으며, 공기업․준정부기관 회계기준 제52조에서 ‘정부 또는 지방자치단체로부터 국고보조금․공사부담금 및 출연금 등을 받는 경우 자산의 취득에 충당할 출연금 등이 아닌 경우에는 영업수익으로 계상’하도록 규정하고 있어 청구법인이 환경부로부터 수령한 쟁점출연금을 수익으로 계상한 당초 회계처리는 적정한 것이며, 이는 출연금을 자산취득 이외의 목적으로 지급받은 경우에는 회사의 주된 영업활동과의 관련성에 따라 영업수익 또는 영업외수익(또는 특정비용과 상계)으로 처리하는 기업회계기준과도 부합하는 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금에 대한 손익인식은 기업회계기준에 의한 회계처리이며, 법인세법상 국고보조금 및 출연금의 손익귀속시기에 대한 별도의 규정이 없으므로 기업회계기준에 따른 회계처리에 의해 손익이 인식되어야 한다고 주장하나, 법인이 정부로부터 자산취득 이외의 목적으로 국고보조금 및 출연금을 교부받은 경우 그 귀속시기는 동 국고보조금 및 출연금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 하는 것이므로(법인세법기본통칙 40-71…7, 국세청 서면2팀-1497, 2005.9.20.), 처분청이 사업연도 말까지 미사용하여 수익으로 계상하지 않은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금을 익금에 산입하고 차기 연도에 이월하여 수익으로 계상한 금액을 이월익금으로 보아 익금불산입하여 이 건 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점출연금은 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로, 법인세법상 익금에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 손익귀속시기가 교부통지를 받은 날(지급 받은 날)이 속하는 사업연도인지 여부
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익
3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. 제113조 【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.
1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업
2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역
3. 교육서비스업 중 유아교육법에 따른 유치원ㆍ 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업
4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업
5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업
6. 사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각목의 사업 가.～ 바. 생략
9. 대한적십자사 조직법에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업
10. 기타 제1호 내지 제9호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 제11조 【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). 단서생략
제71조 【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】④ 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)ㆍ 조세특례제한법 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 재정경제부령으로 정한다. 제156조 【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제36조 【기타 손익의 귀속사업연도】영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제76조 【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 단서생략
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.
(1) 심판청구서 및 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인은 2005～2009사업연도 중 위 <표1>과 같이 쟁점출연금 및 쟁점국가보조금을 수령하면서, 출연금을 수령시 수익으로 인식하고, 출연금으로 자산을 취득하거나 당해 연도말까지 미사용시 이를 수익에서 차감하는 회계처리를 하고, 국고보조금은 수령시에 예금의 차감계정으로 계상하였다가 사용시점에 비용과 수익을 인식하여, 출연금 및 국가보조금 중 지급받은 사업연도말까지 사용하지 못한 금액은 익금에서 제외한 것으로 나타난다.
(2) 조사청은 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 귀속시기는 실제로 지급받은 날의 속하는 사업연도라고 보아, 청구법인의 2006～2009사업연도 중 수령한 출연금에 대하여 지급받은 날이 속하는 사업연도에 수익으로 계상하지 아니한 8,013,295,273원과 출연금으로 취득한 자산상당액 2,791,225,644원 합계 10,804,520,917원을 익금에 산입하고, 차기연도에 이월하여 수익으로 계상한 3,659,488,346원을 이월익금으로 보아 익금불산입하였으며, 2005～2009사업연도 중 지급받은 국고보조금 중 지급받은 날이 속하는 사업연도까지 사용하지 아니하여 수익으로 계상하지 아니한 10,915,483,968원을 익금에 산입하고, 차기 연도에 이월하여 수익으로 계상한 10,861,339,094원은 이월익금으로 보아 익금불산입하라는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 과세자료 통보에 따라 2010.7.7. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 1,614,985,100원 및 농어촌특별세 4,856,070원, 2009년 법인세 249,383,620원 및 농어촌특별세 3,996,890원을 경정․고지하였다(2010.7.7. 청구법인에게 2008년 법인세 348,931,440원 및 농어촌특별세 4,414,610원을, 2010.7.29. 2006사업연도 법인세 780,597,390원을, 2008사업연도 법인세 1,147,648,240원 및 농어촌특별세 7,029,970원을, 2009사업연도 법인세 443,147,460원 및 농어촌특별세 3,996,890원을 환급).
(3) 이에 대하여 청구법인은 쟁점출연금이 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 법인세법상 익금에 해당하지 아니하고, 쟁점출연금 및 출연금의 손익인식은 기업회계기준에 의한 회계처리이며, 법인세법상 국고보조금 및 출연금의 손익귀속시기에 대한 별도의 규정이 없으므로 법인세법 제43조 에 따라 기업회계기준이 적용되어야 한다고 주장하고 있다.
(4) 한국환경자원공사법(현재OOOOOO법으로 개정)에 따르면, 폐기물의 발생억제․재활용 및 적정처리를 위한 사업을 효율적으로 수행하게 함으로써 순환형 자원관리체계의 구축에 기여하기 위하여 청구법인이 설립되었고, 청구법인은 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리, 폐기물재활용시설의 설치․운영 등의 사업을 행하도록 하면서, 필요한 자금은 국가, 지방자치단체 또는 그 외의 자의 출연 및 보조금, 위 사업으로 인한 수익금, 차입금 및 기타 수익금 등으로 조달하도록 규정하고 있으며, 환경개선특별회계법 제4조 제3호 에는 ‘청구법인의 사업비 및 운영비에 출연할 수 있다’고 규정하고 있다.
(5) 위 사실관계 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법제3조 제2항 제1호에 비영리내국법인의 수익사업에서 생기는 소득은 ‘제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것’으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1항에는 ‘각호에 규정된 것을 제외한 통계청장이 고시하는 한국표준산업분률에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것’이라고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점출연금이 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 법인세법상 익금에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인이 영위하는 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리, 폐기물재활용시설의 설치․운영 등의 사업은 법인세법 시행령제2조 제1항 각호에 따라 수익사업에서 제외되는 사업으로 열거되지 않았고, 한국표준산업분류표상 ‘재생용 재료 수집 및 판매업’ 등에 해당한다고 볼 수 있는 점, 쟁점출연금은 청구법인이 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리 등을 함에 따라 지급되는 것인 점, 청구법인은 위 사업활동을 통해 지속적으로 수익이 발생하고 있는 점, 청구법인은 법인세법제156조에 따라 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계처리로 구분하지도 않은 점, 청구법인은 사용한 쟁점출연금을 수익으로 계상하여 법인세 신고를 한 점 등으로 볼 때, 쟁점출연금을 비영리 내국법인의 수익사업에서 생긴 소득이 아니라는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.
(6) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제43조(기업회계기준과 관행의 적용)에서 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인의 익금과 손금의 귀속사업연도에 있어서 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따르도록 규정하고 있다. (나) 법인세법기본통칙 40-71…7 【국고보조금의 귀속시기】에는 “법인이 가격안정을 위하여 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속시기는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 해석하고 있다. (다) 청구법인은 법인세법상 국고보조금 및 출연금의 손익귀속시기에 대한 별도의 규정이 없으므로, 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 귀속시기는 기업회계기준(자산을 취득할 국고보조금은 자산의 차감계정으로 처리하고 그 자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비와 상계처리하고, 비용을 보전할 목적의 출연금 및 국고보조금은 당기 손익에 반영하지 않고 특정비용과 상계처리)에 따라야 한다고 주장하나, 법인세법 제40조 제1항 에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 하고 있어 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 귀속시기는 기업회계기준이 아니라 법인세법제40조에 따라 ‘실제로 지급받은 날(교부통지를 받은 날)’로 보아야 하므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점출연금 및 쟁점국고보조금의 귀속시기를 실제로 지급받은 날(교부통지를 받은 날)의 속하는 사업연도라고 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.