토지임대 보증금으로 보아 건물의 양도가액에서 제외하여야 하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 및 ○○원(이하 “청구인 등”이라 한다)은 2003.1.30. ○○도 ○○○시 ○○동 334-2 소재 9층 근리생활시설 3,829.09㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 1/2 지분씩 공동소유하다가 2006.7.19. 문○○에게 25억 7,082만원에 양도하고, 청구인의 소유지분 금액에 해당하는 12억 8,541만원을 양도가액으로 하여 2007.5.30. 양도소득세 확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 쟁점건물 취득시 발생한 은행대출금 37억원 중 미상환잔액 15억 8,135만원과 임대보증금 미반영액 6억 60만원을 포함하여 실지양도가액이 41억 9,097만원임을 확인하고, 청구인의 소유지분(1/2) 금액에 해당하는 20억 9,097만원을 양도가액으로 하여 2010.7.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 111,471,150원을 각 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인의 부(父)인 이○○은 ○○도 ○○○시 ○○동 334-2에 소재한 건물에서 부동산임대업을 영위하다가 2002년 위 토지의 기존 건축물을 멸실한 후 청구인 등 명의로 쟁점건물을 신축하여 1층을 기존건물에 임차하고 있던 세입자 등에게 임대하고 나머지는 청구인 등이 찜질방 사업을 본격적으로 영위하기 시작한 2003년에 기존 건물에 임차하고 있던 일부 세입자의 임대보증금 2억 1,000만원을 승계하였고, 일부 증액된 임대보증금 9,000만원을 합한 3억원(이하 “쟁점보증금”이라 함)을 이○○에게 토지보증금으로 지급하고 매월 임차료로 600만원을 지급하였다. 따라서, 쟁점보증금은 기존 건물의 기존 임차인 중 쟁점건물에 입점한 임차인에 대한 미반환보증금을 전액 승계하였고, 증액된 보증금 일부를 이

○○에게 토지에 대한 보증금으로 지급한 것이므로 청구인 등이 양수자에게 승계시킨 채무가 아니며, 부가가치세 신고서상 청구인등의 임대보증금으로 기재되어 있으나, 임대보증금 전체를 양수자에게 승계된 채무라 하더라도 토지에 대한 임차보증금은 승계된 채권에 해당하지 아니하므로 쟁점건물의 양도가액 중 청구인이 지분금액에서 제외하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점건물의 양도가액 중 임대보증금 승계금액 6억 60만원은 청구인 등이 쟁점건물의 양도당시 제출한 부동산 임대공급가액 명세서상의 임대보증금 합계금액이고, 토지 소유자인 이○○은 부가가치세 과세표준 신고시 토지보증금에 대한 간주이자를 과세표준에 반영하지 아니하였으며, 청구인 등 또한 토지보증금을 자산으로 계상한 사실이 없는 것으로 확인된다. 반면, 청구인 등은 쟁점건물의 신축으로 승계된 임대보증금 2억 1,000만원과 기존 임차인의 증액된 임대보증금 9,000만원을 합한 3억원(쟁점보증금)을 이○○에게 지급하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있고, 이○○의 확인서와 청구인 등과 특수관계에 있는 토지 수증자인 문○○(이○○의 사위)의 부가가치세 과세표준 신고서만을 제출하고 있으므로 쟁점보증금을 양도가액에서 제외하여 달라는 청구주장은 인정하기 어렵다.

• 가. 쟁 점 쟁점보증금을 토지임대보증금으로 보아 쟁점건물의 양도가액에서 제외하여야한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제17조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인 등은 2003.1.30. 부(父) 이○○ 소유의 ○○도 ○○○시 ○○동 334-2에 소재한 단층건문을 허물고, 쟁점건물을 신축하여 각 2분의 1 지분으로 소유권보존등기를 하였으며, 1층은 기존 임차인들에게 임대하여 주고 나머지 층은 2006.7.18.까지 청구인 등이 공동으로 찜질방 사업을 영위한 사실이 나타난다.

(2) 청구인 등과 문

○○가 체결한 쟁점건물의 매매계약서(2006.6.2.)에 의하면, 매매대상은 쟁점건물(토지 제외)이고, 매매대금은 26억원(계약금 20억원, 잔금 6억원은 2006.7.3.까지 지급)이며, 청구인 등은 잔금지급일 현재의 위 부동산과 관련된 채무 및 제세공과금을 변제하기로 한다고 약정되어 있고, 문○○가 처분청에 제출한 부동산거래내역확인서(2009.11.2.)에 의하면, 위 매매계약서 내용과 동일하되 잔금 6억원은 임차보증금과 대체한다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 청구인 등이 쟁점건물을 사돈인 문○○에 양도하고 신고한 양도소득세 신고서 및 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 쟁점건물의 신고서상 양도가액 및 처분청 조사시 쟁점건물의 양도가액은 아래 <표>와 같다. <표>쟁점건물의 양도가액 구분 금액 내역 비고 신고 양도가액 (25억 7,082만원) 19억 7,082만원 문

○○ 양수대금 6억원 보증금 승계금액 조사 양도가액 (41억 8,195만원) 15억 8,135만원 계약당시 피담보채무잔액 대출금 20억원 문

○○ 양수대금 입금증 6억 60만원 보증금 승계내역 임대공급가액명세서

(4) 처분청이 제출한 금융거래자료에 의하면, 쟁점건물의 계약당시 청구인 등의 피담보채무내역은 아래 <표>와 같다. <피담보채무내역> (단위: 천원) 채무자 총금액 계약당시 채무잔액 대출일자 완제일자

○○석 1,200,000 0 2002.9.18. 2006.6.2.

○○원 800,000 768,076 2002.12.16. 2007.4.11.

○○원 1,100,000 231,280 2003.1.30. 2007.4.11.

○○석 600,000 582,000 2003.11.13. 2007.4.11. 계 3,700,000 1,581,356

(5) 청구인 등이 쟁점건물을 문○○에 양도하고 승계한 보증금내역은 아래 <표>와 같이 부동산임대공급명세서에 나타난다. <표> 보증금 승계내역 (단위: 천원) 상 호 보 증 금

○○마트 115,000

○○장식 70,000

○○부동산 118,300 김밥○○ 30,000

○○부동산 118,300

○○부동산 55,000

○○부동산 40,000

○○꽃집 10,000

○○사랑 14,000 떡볶이

○○ 10,000

○○○치킨 20,000 계 600,600

(6) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 이○○은 부가가치세 신고서에 청구인 등으로부터 월세 600백만원을 아래 <표>와 같이 계상하였으나 보증금에 대한 간주이자를 과세표준으로 계상하지 아니한 사실이 나타난다. <표> 부가가치세 신고내역 (단위: 천원) 과세기간 매출금액 매출내역 보증금이자 월세 2003.1기 30,000

• 30,000 2003.2기 30,000

• 30,000 2004.1기 30,000

• 30,000 2004.2기 30,000

• 30,000 2005.1기 24,000

• 24,000 2005.2기 24,000

• 24,000 2006.1기 20,000

• 20,000

(7) 청구인 등이 2003~2006년 귀속 종합소득세 신고서에 의하면, 손익계산서에 월임차료를 필요경비로 공제한 사실은 있으나, 토지보증금에 대하여는 아래 <표>와 같이 자산으로 계상하지 아니한 사실이 나타난다. <표> 청구인 등의 종합소득세 신고서내역 (단위: 천원) 과세기간 계정과목 대차대조표 손익계산서 사업 임대 사업 임대 2003년 임차보증금(자산)

• - 임대보증금(부채)

• 685,300 임차료 47,400 12,600 2004년 임차보증금(자산)

• - 임대보증금(부채)

• 631,300 임차료 48,600 11,400 2005년 임차보증금(자산)

• - 임대보증금(부채)

• 630,600 임차료 38,880 9,120 2006년 임차보증금(자산)

• - 임대보증금(부채)

• 600,600 임차료 16,760 3,240

(8) 청구인은 쟁점건물의 양도가액에는 토지사용에 대한 보증금으로 지급한 3억원을 차감하여야 하고, 설사 당해 토지보증금 3억원을 인정할 수 없다고 하더라도 기존 세입자의 보증금 2억 1,000만원은 승계된 사실이 명백하므로 이를 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 이○○의 2001년 제1기 부가가치세 신고서 및 청구인 등의 2003년 제1기 부가가치세 신고서에 의하면, 쟁점건물의 기존 세입자의 보증금 승계내역은 아래 <표>와 같이 나타난다. <표> 기존세입자의 보증금 승계내역 (단위: 천원) 기존 세입자 보증금 내역 (이

○○의 신고내역 중 승계내역) 승계한 보증금 내역 (청구인 등의 신고내역 중 승계내역) 보증금 변동내역 상호 사업자번호/주민번호 보증금 상호 사업자번호/주민번호 보증금 튀김집 680513-1 20,000 해장국 (고

○○) 680513-1 20,000 0

○○공인중개사 750319-1 30,000

○○부동산 (이○○) 740402-2 40,000 10,000

○ 아름다운이야기 127-15-* 25,000

○○부동산 (이○○) 560818-1 118,300 93,300

○○컨설팅중개 127-81-* 25,000

○○부동산 (최○○) 620805-1 55,000 30,000

○○부동산 (정○○) 580627-2 30,000

○○부동산 (정○○) 580627-2 70,000 40,000

○○장식 (지○○) 590210-1 25,000

○○장식 (지○○) 590210-1 70,000 45,000 부동산

○○ (최○○) 127-13-* 25,000 부동산

○○ (최○○) 641015-1 20,000 -5,000 공인중개사 (김

○○) 127-17-* 30,000

○○부동산 (김○○) 640815-2 40,000 10,000 계 210,000 계 433,300 223,300 (나) 청구인이 제출한 세입자의 확인서 및 금융거래자료에 의하면, 청구인 등이 기존 세입자(2개 세입자는 확인되지 아니함)의 보증금을 승계한 사실이 아래 <표>와 같이 나타난다. <표> 보증금 승계사실 내역 기존 세입자 보증금 내역 승계한 보증금 내역 보증금 변동내역 증빙서류 상호 보증금 상호 보증금 튀김집 20,000 해장국 (고

○○) 20,000 0 행방모름

○○공인중개사 30,000

○○부동산 (이○○) 40,000 10,000 금융거래자료

○ 아름다운이야기 25,000

○○부동산 (이○○) 118,300 93,300 확인서, 금융거래자료

○○컨설팅중개 25,000

○○부동산 (최○○) 55,000 30,000 확인서, 금융거래자료

○○부동산 (정○○) 30,000

○○부동산 (정○○) 70,000 40,000 금융거래자료

○○장식 (지○○) 25,000

○○장식 (지○○) 70,000 45,000 확인서, 금융거래자료 부동산

○○ (최○○) 25,000 부동산

○○ (최○○) 20,000 -5,000 행방모름 공인중개사 (김

○○) 30,000

○○부동산 (김○○) 40,000 10,000 확인서, 금융거래자료 계 210,000 계 433,300 223,300 (다) 청구인 등이 문○○에게 쟁점건물을 양도할 당시 이○○은 쟁점건물에 소재한 토지를 ○○옥(청구인 등의 누나) 및 ○○갑(청구인 등의 매형이자 문○○의 자)에 증여하였고, 문○○ 외 1인의 2006년 제2기 부가가치세 신고서에 의하면, ○○갑 외 1인은 사업자등록을 한 후 당해 토지에 대한 보증금 3억원(쟁점보증금)을 별로로 구분하여 부가가치세를 신고한 사실이 나타나고, ○○갑의 확인서(작성일 불명)에 의하면, 장인 이○○로부터 위 토지를 증여받고 쟁점건물의 보증금 중에 포함된 토지 보증금 3억원은 나중에 상환하라고 한 것으로 나타나며, 건물소유자인 문○○로부터 3억원을 지급받은 사실이 없다는 내용이 기재되어 있고, 또한, ○○갑과 문○○가 체결한 토지임대차계약서(2006.7.1.)에는 임대보증금 3억원, 월임대료 600만원, 계약기간은 2008.6.30.까지로 약정된 사실이 나타난다.

(9) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점건물의 양도가액에 토지임대보증금(3억원)이 포함되어 있다고 주장하나, 쟁점건물의 양도가액 중 보증금 인계금액 6억 60만원은 청구인 등이 쟁점건물 양도시 제출한 부동산 임대공급가액 명세서상의 임대보증금의 합계금액으로 토지에 대한 임대보증금은 청구인등과 이○○의 개인적 채권·채무로서 쟁점건물의 양도가액에는 포함되지 아니하는 것으로 보이는 점, 토지 소유자 이○○은 부가가치세 신고시 토지임대보증금에 대한 간주이자를 과세표준에 반영하지 아니한 점, 청구인 등이 토지임대보증금을 이○○에게 지급하였다는 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 못한 점, 청구인 등과 특수관계에 있는 자들로 제시된 증빙자료의 신빙성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보아 청구인 등이 이○○에게 지급하였다고 주장하는 토지임대보증금을 쟁점건물의 양도가액 중 청구인 지분에서 차감하여 달라는 청구인 주장을 인정하기 어렵다고 하겠다. 따라서, 쟁점건물의 양도가액(41억 8,195만원)에서 청구인의 소유지분(1/2) 금액에 해당하는 20억 9,097만원을 양도가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.