토목공사비를 청구인 제시한 증빙에 의하여 재조사 하여야 함.

○○○세무서장이 2010.2.16. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 31,060,990원의 부과처분은, ○○○ 공장용지 698㎡의 토목공사비를 청구인 제시 증빙에 의하여 재조사하여 확인되는 지출액은 동 공장용지의 취득가액에 산입하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2001.9.26. 취득한 ○○○ 임야 1,752㎡(이하 “원토지”라 한다)를 2001.7.24. ~ 2003.10.9. 기간동안 공장부지시설 조성공사를 하여 2003.10.14. 공장용지로 지목을 변경한 후 2008.6.9. 원토지에서 분할된 같은 리 74-22 공장용지 698㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 위 지상건물 269.1㎡를 양도하고 양도가액을 696,300,000원, 취득가액을 550,866,899원으로 하여 양도소득세 과세표준 확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 취득가액 중 토목공사비 129,242,384원(이하 “쟁점공사비”라 한다)에 대한 지출증빙 등의 제시가 없다 하여 쟁점공사비를 취득가액에서 차감하고 2010.2.16. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 31,060,990원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.12. 이의신청을 거쳐 2010.8.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 제출한 전문용역기관의 토목공사비 산정보고서는 화성시가 위촉한 제3의 독립기관에서 적법 절차에 따라 작성되고 제반 법규에 의하여 공식적으로 인정된 보고서이므로 쟁점공사비를 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다. 쟁점토지에 대한 토목공사를 한 후 5년 이상 경과하여 지출증빙 전체를 제시할 수는 없으나, 약 85,000천원의 증빙을 사후 찾아내어 심판청구시 제출하였으므로 최소한 동 금액은 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 개발비용산정보고서는 세금계산서나 금융증빙서류 등 청구인이 실제 지출한 증빙에 의하여 산정된 것이 아니어서 그 토목공사비를 실지거래가액으로 인정할 수 없고, 양도차익을 산정할 때에 자산의 취득가액은 실지거래가액이어야 하므로 개발비용산정보고서상의 토목공사비를 취득가액으로 인정하지 아니한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 개발비용산정기관이 산출한 토목공사비를 쟁점토지의 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 같은 항 제2호부터 제4호까지의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목，제7항 또는 제114조 제7항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 (2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의 2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) (3) 개발이익 환수에 관한 법률 제11조 【개발비용의 산정】

① 개발사업의 시행과 관련하여 지출된 비용(이하 “개발비용”이라 한다)은 다음 각 호의 금액을 합하여 산출한다.

1. 순 공사비(제세공과금을 포함한다), 조사비, 설계비, 일반관리비 및 그 밖의 경비

2. 관계 법령이나 인가등의 조건에 따라 납부 의무자가 공공시설이나 토지 등을 국가나 지방자치단체에 제공하거나 기부한 경우에는 그 가액

(4) 개발이익 환수에 관한 법률 시행령 제10조 【개발비용의 산정】

① 법 제11조 제1항 각 호에 따른 개발비용의 산정기준은 각각 다음 각 호와 같다.

당해 개발사업을 위하여 지출한 재료비ㆍ노무비ㆍ경비ㆍ제세공과금의 합계액

직접 당해 개발사업의 시행을 위한 측량비 기타 조사에 소요된 비용으로서 순공사비에 해당되지 아니하는 비용의 합계액

당해 개발사업의 설계를 위하여 지출한 비용

당해 개발사업과 관련하여 관리활동부문에서 발생한 제비용의 합계액

토지가액에 포함되지 아니한 개발사업구역 안의 건물ㆍ입목ㆍ영업권 등에 대한 보상비와 다른 법령의 규정이나 개발사업에 대한 인가의 조건 등에 의하여 국가ㆍ지방자치단체에 납부한 부담금의 합계액. 이 경우 건물 등에 대한 보상비에는 해당 개발사업의 시행을 위하여 철거하는 건물의 가액이 포함되며, 건물가액은 다음 각 목에 따른 가액으로 한다.

개발사업의 착수 전에 부과대상토지의 개량을 위하여 지출한 비용으로서 개시시점지가에 반영되지 아니한 비용

② 법 제11조 제1항의 규정에 의한 개발비용은 납부의무자가 당해 사업시행과 관련하여 지출한 제1항 각호의 개발비용을 합한 금액으로서 그 산출내역서와 증빙서류를 갖추어 제시한 금액으로 한다.(단서 생략)

⑤ 국토해양부장관이 제2항의 규정에 의하여 납부의무자가 제시한 금액의 사실여부 확인과 제3항의 규정에 의한 금액의 산출에 있어, 당해 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 그 확인 또는 금액산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 이를 의뢰할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.9.26. 원토지를 취득하여 공장부지시설 조성공사를 한 후 공장용지로 지목을 변경하고 다시 3필지로 분할하여 그 중 쟁점토지를 2008.6.9. 양도하였음이 쟁점토지 등기부등본에서 <표1>과 같이 확인된다.

○○○

(2) 청구인은 쟁점토지 및 그 위 공장건물을 양도하고 양도소득 과세표준 확정신고를 하면서 양도가액은 696,300,000원, 취득가액은 550,866,899원으로 하고, 취득가액은 <표2>와 같이 토지취득가액 71,740,000원, 건물 건축공사비 349,884,000원, 토목공사비 129,242,384원으로 하였으나, 처분청은 개발비용산정보고서에 근거한 토목공사비 129,242,384원(쟁점공사비)을 취득가액으로 인정하지 아니하였다.

○○○

(3) 처분청은 2010.1.4. ○○○시장에게 원토지의 개발비용산출내역 및 개발부담금 결정내용에 관한 협조요청 공문(납세자보호담당관-3)을 발송하고, ○○○ 회신(화성시 민원봉사과-414, 2010.1.5.)한 내용에 의하면 <표3>과 같이 청구인 제출 개발비용 921,187천원을 부인하고 324,402천원을 인정한 것으로 나타난다.

○○○

(4) 먼저 청구인이 제시한 사단법인 ○○○ 작성(2003.12월) 개발비용산정보고서상의 토목공사비 129,242,384원을 쟁점토지의 취득가액으로 인정할 수 있는지를 살펴보면, 동 보고서상의 토목공사비는 실제 지출한 개발비용이 아니라 건설교통부 개발이익환수제 업무처리요령 및 원가계산에 의한 예정가격작성준칙(회계예규 2200.04-105-7,2001.2.10.)을 적용하여 산출한 것으로서, 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 그 취득가액 및 필요경비도 실지거래가액에 의하여야 하므로 위 개발비용산정보고서상의 토목공사비를 취득가액으로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(5) 청구인은 이 건 심판청구시 과세전적부심사청구 및 이의신청 당시에 제출하지 아니하였던 쟁점토지의 토목공사비 약 85,000천원 상당의 지출증빙서류를 제시하고 있는 바, 제출된 증빙서류는 2002년 및 2003년 토목공사 시행기간 중 식대, 간식비, 음료수비, 운송비, 중기사용료(포크레인, 덤프트럭, 지게차 등), 유류비, 토목자재 등이며, 이들 증빙은 공급자·증빙서류의 종류·공급받은 품목 등이 각각 다르고, 각각 공급자의 날인이 되어 있는 등 사후에 작성된 것으로 보기 어려우며, 청구인은 조세심판관회의에 출석하여 동 증빙서류는 토목공사 당시 현장소장이 보관하고 있었던 것을 사후 확인하고 현장소장이 소재한 경상남도 창원시에서 찾아 왔다고 진술한 바 있다.

(6) 이상의 사실관계를 종합해 보면, ○○○ 제3의 기관에 의뢰하여 산정한 원토지의 개발비용은 324,402천원(쟁점토지 면적부분 129,242,384원) 정도인 것으로 처분청에 회신한 점, 그럼에도 불구하고 청구인은 쟁점토지를 개발하여 그 지목이 임야에서 공장용지로 변경된 사실이 있음에도 토목공사비를 필요경비로 전혀 인정받지 못한 점, 청구인 제시증빙은 거래상대방의 영수증, 중기작업일보, 신용 카드매출전표 등 그 종류와 서식이 다양하고, 증빙에 모두 거래업체 명 및 날인이 되어 있어 사후 작성하였다고 보기 어려운 점, 청구인 제시 증빙이 쟁점토지의 토목공사를 실시한 2002년 하반기부터 2003년 상반기 기간 동안의 자료인 점 등에서 청구인 제시증빙이 토목공사비와 관련이 있다고 볼 수 있는 측면은 있으나, 제시된 증빙의 건수가 많아 그 진위 여부 및 세금계산서 수취분과 중복되는지 여부의 확인이 필요하므로 이를 재조사하여 토목공사비와 관련된 증빙은 쟁점토지의 취득가액으로 인정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.