1. 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우
③ 사업장 관할 세무서장등은 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제62조【의제매입세액계산】① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 기획재정부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
(1) 중부지방국세청장은 청구인에 대한 세무조사시, 쟁점사업장에 있는 장어 1마리당 평균 무게를 산출하고, 이를 기준으로 하여 장어의 매입수량을 환산(kg→마리)한 다음, 장어의 수량에 매출단가를 곱하여 공급대가를 산출하고, 그 대가에서 장어죽의 제조에 사용된 장어량 등을 차감하는 방식으로 매출누락액을 산출하여 과세를 하여야 하며, 청구인이 사업자 자격인 ○○○으로부터 장어와 부식을 공급받은 것으로 판단을 하고, ○○○이 아니라 제3자로부터 수취한 계산서를 사실과 다른 계산서로 보아 쟁점의제매입세액을 불공제하여야 한다는 취지의 과세자료를 통보하였다.
(2) 처분청은 중부지방국세청장으로부터 통보받은 위 과세자료에 따라 부가가치세와 종합소득세를 경정하여 청구인에게 고지하였다.
(3) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청이 쟁점사업장의 장어죽 제조횟수를 1일 1회로 확정하여 해당 장어 소모량(1일 7마리)을 매출누락액에서 차감한 것에 대하여, 청구인은 최소 2일에 3회 이상 장어죽을 제조하여 고객에게 제공하였고, 고객이 장어를 6인분 이상 주문하면 무료로 1마리를 공급하였으므로 해당 수량만큼은 매출누락액에서 추가로 차감되어야 한다고 주장하면서, 장어죽 제조와 그릇당 배분과정을 재현한 동영상 자료와 다른 장어음식점 운영자들의 확인서를 증빙서류로 제출하였다. (나) 청구인이 재현한 동영상 자료에 의하면, 장어죽을 1회 제조하는 경우 그릇에 죽을 가득 담아서 평균 129그릇이 만들어지는 것으로 나타나는 반면, 고객이 올린 인터넷 블로그 등에 의하여 채집한 자료에 의하면, 쟁점사업장에서는 청구인이 제시하는 동영상 자료의 1/2 수준에도 미치지 못하는 양의 장어죽을 제공하고 있는 사실이 인정된다. (다) 장어음식점 운영자가 작성하여 제출한 확인서(12명)에 장어를 4~10인분 주문하면 장어 1마리를 무료로 제공한다고 기재되어 있으나, 청구인이 쟁점사업장에서 실제로 장어를 무료로 제공하였는지 여부에 대한 구체적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있다. (라) 위 내용을 종합하면, 청구인이 제시하는 동영상 자료는 실제 판매한 내용과 달리 임의로 제작된 가능성이 있다고 보이고, 그 밖에 청구인의 주장을 뒷받침할 만한 구체적 입증자료를 제시하지 못하고 있으므로 청구주장을 그대로 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 ○○○이 사업자로서 청구인에게 장어와 부식을 공급하였다는 의견이고, 청구인은 외조카인 ○○○이 장어식당 운영의 노하우가 있기 때문에 청구인을 대신해서 장어를 주문하고, 자기가 운영하는 식당의 부식을 구입하는 때 자기의 차량으로 쟁점사업장에 필요한 분도 함께 매입한 것에 불과하다는 주장이다. (나) ○○○이 청구인의 외조카로 1999.1.8.부터 ○○○이라는 상호로 장어식당을 운영하고 있으며 장어주문 및 부식구매 대가를 받은 사실에 대하여 다툼이 없다. (다) 청구인의 확인서에는 “장어가 필요한 경우 ○○○을 통하여 구입하였고, 생물은 ○○○으로부터 택배로 전달받았으며, 매입대금은 ○○○에게 지급하였다.”는 거래내용이 기재되어 있다. (라) ○○○의 확인서에는 “쟁점사업장과의 거래는 ○○○과 하였고, 대금 또한 ○○○을 통하여 결제하였으며, 계산서는 청구인을 공급받는 자로 하여 발행한 뒤 이를 ○○○에게 전달하였다.”라는 취지의 거래내역이 기록되어 있다. (마) ○○○의 진술서에 의하면, 쟁점사업장에서 장어가 필요하다고 연락이 오면, ○○○을 방문하여 장어의 품질상태를 확인한 후 적정한 수량을 주문하였고, 청구인이 장어 매입대금에 kg당 500원을 가산하여 본인의 예금통장으로 입금하여 주면, 그 대금에서 kg당 500원을 차감한 금액을 ○○○에 입금하였으며, 쟁점사업장에 야채 등의 부식이 필요하면 청구인으로부터 대금을 받아서 본인의 차량을 이용하여 구매한 뒤 이를 전달하였고, 그 대가로 매월 200만원(2006년 초에는 150만원) 상당을 지급받은 것으로 나타난다. (바) 살피건대, 처분청은 ○○○이 사업자로서 청구인에게 장어와 부식을 공급하고 대가를 받은 것으로 보았으나, 청구인과 ○○○의 관계(외숙모와 조카 사이), 장어와 부식 매입대금의 흐름(청구인→○○○→재화공급자) 등을 감안하면, ○○○이 사업자 자격으로 청구인에게 장어와 부식을 판매하였다기 보다는 청구인을 대신하여 쟁점사업장에서 필요로 하는 장어와 부식을 대리구매하여 주고 일정한 수수료를 받은 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 ○○○이 청구인으로부터 지급받은 대가에 대하여 처분청이 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구인이 사실과 다른 계산서를 수취한 것으로 보아 쟁점의제매입세액을 불공제한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.