구매확인서의 발급절차상 하자가 있었음을 알고 거래하였다고 할 수 없으므로 쟁점거래 금액에 대하여 영세율을 적용하는 것이 타당함

OO세무서장이 2010.3.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2005년 제2기 40,195,510원, 2006년 제2기 238,686,480원, 2007년 제1기 1,255,472,460원, 2007년 제2기 500,189,580원, 2008년 제1기 275,103,640원, 합계 2,309,647,670원의 부과처분은 청구법인이 주식회사 OOOO 및 OOOO 주식회사에게 교부한 2005년 제2기 공급가액 118,882,583원, 2006년 제2기 공급가액 1,362,340,373원, 2007년 제1기 공급가액 8,212,317,625원, 2007년 공급가액 제2기 3,344,526,559원, 2008년 제1기 공급가액 2,147,916,077원, 합계 15,185,983,217원의 세금계산서에 대하여 영의 세율을 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO OOO OOO OOO 472-1에서 OOO(8㎜ 동선) 등을 생산․판매하는 법인으로, 2005년 제2기부터 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOOO 및 OOOO 주식회사(이하 “쟁점거래처”라고 한다)로부터 수령한 구매확인서를 근거로 2005년 제2기 118,883천원, 2006년 제2기 1,362,340천원, 2007년 제1기 8,212,317천원, 2007년 제2기 3,344,526천원, 2008년 제1기 2,147,916천원, 합계 15,185,982천원(이하 “쟁점거래금액”이라 한다)의 영세율 세금계산서를 발행하고 ‘0(零)’의 세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 OOOO국세청장으로부터 쟁점거래처가 실제 수출사실이 없는데도 허위 수출계약서를 OOOOO장에게 제출하여 선적기일이 누락된 구매확인서를 발급받았으므로 쟁점거래금액에 대하여 ‘0(零)’의 세율을 적용한 당초 신고를 부인하고 부가가치세를 경정하라는 내용이 포함된 과세자료를 통보받고, 이를 근거로 2010.3.10. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제2기 40,195,510원, 2006년 제2기 238,686,480원, 2007년 제1기 1,255,472,460원, 2007년 제2기 500,189,580원, 2008년 제1기 275,103,640원, 합계 2,309,647,670원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 정당한 승인권자인 OOOOO의 장이 발급한 구매확인서 원본을 신뢰하고 거래하였으므로 쟁점거래금액에 대하여 영세율을 적용하는 것은 정당하다. ‘구매확인서는 통상 물품의 공급 전에 발급되므로 구매일의 기재 없이 발급되는 경우가 많고, 그 기재사항인 근거서류 및 번호, HS번호, 품명 및 규격, 수량, 유효기일, 선적기일 등이 누락되어 있더라도 정당한 승인권자에 의하여 발급된 구매확인서인 이상 그 효력이 있다고 보아야 한다’는 대법원판례(대법2007두4193, 2009.2.12.)와 대외무역법에서 정하는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 실제 수출여부와 무관하게 영세율을 적용한다는 부가가치세법 기본통칙11-24-9에 비추어 보면, 구매확인서에 근거하여 발생하게 될 거래가 영세율 거래에 해당하는 지의 여부를 판단할 의무는 지식경제부장관 및 OOOOO장에게 있는 것이고, OOOOO장이 영세율 거래에 해당된다고 판단하여 정상적으로 구매확인서를 발급한 이상 이 구매확인서를 신뢰하고 거래한 당사자에게는 구매확인서 발급절차상 하자 및 효력발생 여부에 대한 책임을 지울 수 없으며, 정당한 승인권자인 OOOOO장이 교부한 구매확인서의 하자를 중과실로 알지 못한 공급자를 영세율 적용대상에서 제외한다는 규정이 없으므로 쟁점거래처가 허위 수출계약서를 근거로 구매확인서를 발급받은 사실을 알지 못한 청구법인의 쟁점거래금액에 대하여 구매확인서의 일부 하자를 이유로 영세율 적용을 배제하는 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행규칙제9조의2 제2항(2002.4.12. 재정경제부령 제258호로 개정된 것)에는 영세율을 적용받을 수 있는 구매확인서라 함은 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재되어야 한다고 규정되어 있고, 과실이나 착오로 필요적 기재사항이 누락된 경우 실제 수출한 사실이 확인되어야 하며(국심 2004구740, 2004.8.10.), 필요적 기재사항이 누락되었음에도 실제 수출여부를 확인하지 아니한 것은 최소한의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없는 것이므로, 쟁점거래처로부터 선적기일의 기재사항이 누락된 하자있는 구매확인서를 4년 동안 수령하면서도 실제 수출여부에 대한 최소한의 주의의무를 다하지 아니한 청구법인의 쟁점거래금액에 대하여 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 경정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 수출사실이 없고 선적기일이 기재되지 아니한 구매확인서를 근거로 청구법인이 발행한 쟁점거래금액의 세금계산서에 대하여 영의 세율 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제11조 【영세율 적용】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제24조 【수출의 범위】② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다) (3) 부가가치세법 시행규칙(2002.4.12. 재정경제부령258호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 【내국신용장 등의 범위】② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 구매확인서라 함은 OOOOO의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 승인서를 말한다. (4) 부가가치세법 시행규칙(2002.4.12. 재정경제부령258호로 개정된 것) 제9조의2 【내국신용장 등의 범위】② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 구매확인서라 함은 대외무역법 시행령 제31조 및 제91조 제11항에 따라 OOOOO의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다. (5) 부가가치세법 기본통칙 11-24-9 【내국신용장 또는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화】내국신용장 또는 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다. (6) 대외무역법 제18조 【구매확인서의 발급 등】① 지식경제부장관은 외화획득용 원료․기재를 구매하려는 자가 부가가치세법제11조 제1항 제4호에 따라 영(零)의 세율을 적용받기 위하여 확인을 신청하면 외화획득용 원료․기재를 구매하는 것임을 확인하는 서류(이하 “구매확인서”라 한다)를 발급할 수 있다.

② 지식경제부장관은 구매확인서를 발급받은 자에 대하여는원료․기재의 구매 여부를 사후관리하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 구매확인서의 신청․발급절차 및 사후관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 대외무역법 시행령 제31조 【구매확인서의 신청ㆍ발급 등】① 법 제18조 제1항에 따른 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지식경제부장관에게 제출하여야 한다.

1. 구매자ㆍ공급자에 관한 서류

2. 외화획득용 원료ㆍ기재의 가격ㆍ수량 등에 관한 서류

3. 법 제16조 제1항에 따른 외화획득용 원료ㆍ기재라는 사실을 증명하는 서류로서 지식경제부장관이 정하여 고시하는 서류

② 지식경제부장관은 제1항에 따른 신청을 받은 경우 신청인이 구매하려는 원료ㆍ기재가 제26조에 따른 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인하여 발급 여부를 결정한 후 구매확인서를 발급하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에서 규정한 것 외에 구매확인서의 발급 등에 필요한 세부 사항은 지식경제부장관이 정하여 고시한다.

(8) 대외무역관리규정 제37조 【구매확인서의 발급신청 등】① 영 제31조 제1항 제1호 및 제2호에 규정한 서류란 별지 제13호 서식에 의한 외화획득용원료ㆍ물품등구매(공급)확인(신청)서 (갑)지와 (을)지를 말하며, 제3호에 규정한 “외화획득용 원료ㆍ기재임을 입증하는 서류”란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

2. 수출계약서(품목ㆍ수량ㆍ가격 등에 합의하여 서명한 수출계약 입증서류)

3. 외화매입(예치)증명서(외화획득 이행 관련 대금임이 관계 서류에 의해 확인되는 경우만 해당한다.

6. 수출신고필증(제36조의 단서에 따라 구매한 자가 신청한 경우만 해당한다)

7. 영 제26조 각 호에 따른 외화획득에 제공되는 물품 등을 생산하기 위한 경우임을 입증할 수 있는 서류

② 구매확인서를 발급받으려는 자는 제1항에서 규정한 별지 제13호 서식에 의한 외화획득용원료(물품 등)구매(공급)확인신청서 3부에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 OOOOO의 장 또는 전자무역기반사업자에게 신청하여야 한다.

1. 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류 1부

2. 외화획득용 원료(물품 등) 공급계약서 또는 물품 등 매도확약서 1부

3. 세금계산서 사본(제36조의 단서에 따라 구매한 자가 신청한 경우만 해당한다)

③ 외국환은행의 장 또는 전자무역기반사업자는 제1항에 따라 발급된 구매확인서에 의하여 2차 구매확인서를 발급할 수 있으며 외화획득용 원료 또는 물품의 제조ㆍ가공ㆍ유통(완제품의 유통을 포함한다)과정이 여러 단계인 경우에는 각 단계별로 순차로 발급할 수 있다.

④ 구매확인서를 발급한 후 발급근거 서류의 외화획득용 원료 또는 물품 등의 내용 변경 등으로 이미 발급받은 구매확인서와 내용이 상이하여 재발급을 요청하는 경우에는 이미 발급된 구매확인서를 회수하고 새로운 구매확인서를 발급할 수 있다. 다만, 변경 내용이 경미한 경우에는 변경 사항만 정정하여 발급할 수 있다.

⑤ 영 제31조 제2항에 규정한 “외화획득의 범위에 해당하는지를 확인”이란 OOOOO의 장 또는 전자무역기반사업자가 구매확인서 발급 신청인으로부터 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 확인하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1967년 OOOO 주식회사로 설립되어 전력․통신케이블, 전력기기, SCR 관련 제품의 제조․판매 및 유지보수 등을 주업으로 운영하던 중 2008.7.4. 분할존속회사를 청구법인으로 하고, 분할신설회사를 OOOO 주식회사로 하여 인적분할 하였다.

(2) 처분청의 심리자료에 의하면, (가) 청구법인은 아래 〈표1〉과 같이 2005년부터 2008년 기간 동안 쟁점거래처가 OOOOO의 장으로부터 교부받아 청구법인에게 제출한 구매확인서 원본을 근거로 OOO(OOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOOOO OOOOOO OOO) 매출에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고한 사실이 있고, 〈표1〉쟁점거래처에 영세율로 매출한 쟁점거래금액 내역 (나) OOOO국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하고 쟁점거래처가 수출계약서를 OOOOO장에게 제출하여 선적기일이 누락된 구매확인서를 발급받았으나, 실제 수출이 이루어지지 않은 사실을 확인하고 처분청으로 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이를 근거로 쟁점거래금액에 대한 영세율적용을 배제하고 부가가치세를 경정․고지한 것으로 나타난다. (다) 조사당시 청구법인의 OOO사업부 박OO차장이 답변한 문답서에는 은행에서 발급된 구매확인서이므로 사실관계에 대한 별다른 확인절차 없이 거래하였다는 내용이 나타나 있고, 주식회사 OOOO대표이사 임OO은 문답서에서 당초 추진하던 수출 건이 파기되어 내수로 전환하였고, 청구법인의 담당직원으로부터 수출사실여부에 대한 확인이나 구매확인서의 부실기재에 대한 언급을 받은 적이 없었으며, 동종업계에서는 공급처로부터 공급받아 판매를 하게 되는 최종 판매처의 정보는 공급처에 알려주지 않는 것이 거래관행이라고 기재되어 있다.

(3) 청구법인이 취급하는 OOO은 순도 99.99% 이상의 전기동원판을 사용하여 직경 8㎜의 와이어형태로 가공된 wire rod로 전력선, 에나멜선, 선박용 전선, 자동차용 전선 등 산업전반에 걸쳐 광범위하게 사용되는 산업 기초재료이며, OOO의 국내시장가격은 OOO회사인 OOOO과 OOOO이 사실상 주도하고 있으므로 청구법인이 임의적으로 공급가격을 조절할 수 없고, 톤당 수출판매단가는 OOO(OOOOOO OOOOO OOOOOOOO, OOOOOOO OO) + US$250으로 결정되고, 톤당 내수판매단가는 OOOOOOO에서 매월 초에 고시하는 기준가격 + 80,000원으로 결정되고 있으며, 이를 연도별로 비교하면 아래 〈표2〉와 같이 통상 내수판매단가가 높게 형성되는 것으로 보인다. 〈표2〉연도별 수출 및 내수판매단가 비교

(4) 청구법인은 쟁점거래처로부터 유선으로 주문을 접수한 담당자가 즉시 청구법인의 ERP시스템에 주문내역을 입력하고, 영업담당자는 매매계약서에 따라 쟁점거래처 또는 쟁점거래처가 지정하는 장소에 직접 운송한 후 납품처의 담당자가 확인서명한 거래명세서를 회수하며, 영업지침에 따라 배송차량의 정보는 물론 출하지시서에 의해 지정된 배송처로 운반이 완료되었는지 여부를 기록 관리하고 있으므로 부당행위가 발생할 우려가 없으며, 아래 〈표3〉과 같이 쟁점거래처의 영세율 매출이 차지하는 비율이 미미하여 사실과 다른 구매확인서임을 인지하고도 거래를 계속할 이유가 없었다고 주장하고 있다. 〈표3〉청구법인의 총매출액 대비 쟁점거래처와의 영세율 매출금액 비교

(5) 처분청에서는 구매확인서의 선적기일이 누락되었으므로 쟁점거래처가 실제 수출하지 아니한 사실을 청구법인에서 사전에 인지할 수 있었다는 의견이고, 청구법인은 조세심판관회의에 출석하여 구매확인서의 기재사항이 일부 누락된 경우에도 일반적으로 통용되었다고 진술하면서 제출한 구매확인서 원본을 보면, 실제 수출사실이 있는 거래처가 발급받은 구매확인서에도 구매수량, 단가, 유효기일, 선적기일 등의 기재사항 일부가 누락된 것으로 나타난다.

(6) 2002.4.12. 재정경제부령 제258호로 개정된 부가가치세법 시행규칙제9조의2 제2항의 개정 이유를 보면, 수출지원을 위하여 내국신용장이나 구매확인서에 의해 공급하는 경우 영세율을 적용하고 있으나, 공급자와 구매자가 공모하여 허위로 발급받은 구매확인서에 의해 재화를 공급하고 영세율을 적용받는 사례를 방지하기 위하여 개정한다고 되어 있고, 부가가치세법 기본통칙 11-24-9에는 내국신용장 또는 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다고 되어 있다.

(7) 상기 사실관계와 관계법령을 종합하여 살피건대, OOOOO장이 발급한 구매확인서에 의하여 수출용 물품을 매입한 자가 당해 물품을 수출하지 아니한 경우로서 매출자와 매입자가 공모하여 당해 물품이 수출되지 아니할 것을 미리 알고 구매확인서를 교부받았거나, 당해 구매확인서가 적법한 것이 아니라는 것을 미리 알았다고 볼 사정이 있는 경우에는 영세율 적용을 배제하는 것이나, 그러한 공모사실 등이 없는 경우 구매확인서에 의하여 공급한 재화가 공급된 이후, 단지 수출용도에 사용되지 아니하였다는 이유만으로 영세율 적용을 배제하기는 어렵다 할 것인 바(국심 2005서0036, 2005.7.13., 국심 2005서4182, 2007.1.26., 같은 뜻), 청구법인이 쟁점거래처에 공급한 OOO의 수출이 어려워 내수용으로 판매하고 부가가치세를 신고․납부한 것으로 나타나므로 세수일실이 발생하지 아니하였고, 상기〈표2〉와 같이 내수판매단가가 높게 형성되어 수출판매단가로 OOO을 공급함으로써 청구법인의 이익을 오히려 감소시키는 결과가 나타나며, 영세율 적용이 배제되었을 경우 부가가치세를 추징당하는 위험이 있는데도 특수관계가 없는 쟁점거래처와 통정하여 허위의 구매확인서에 의해 OOO을 영세율로 공급하였을 별다른 이유가 없어 보이는 점, 청구법인의 다수 거래처 중에서 쟁점거래처 외의 다른 거래처는 기재사항의 일부가 기재되지 아니한 구매확인서를 근거로 한 영세율 거래 및 정상적인 수출사실이 나타나고, 전체 매출액에서 쟁점거래처가 차지하는 거래비중이 0.6%에 불과하여 사실과 다르게 영세율로 공급하였을 개연성이 없어 보일 뿐만 아니라, 처분청이 제시하는 조사내용만으로는 청구법인이 OOO을 판매할 당시에 수출하지 아니한 사실을 인지하고도 영세율로 공급하기로 쟁점거래처와 공모하였다거나 구매확인서의 발급절차상 하자가 있었음을 알고 거래하였다고 단정하기는 어려운 점 등으로 미루어 볼 때 쟁점거래처로부터 수취한 구매확인서 원본을 근거로 OOO을 영세율로 공급한 쟁점거래금액에 대하여 영세율 적용대상에서 배제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 쟁점거래금액에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.